More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mpe_A2028 on replicon NC_008825
Organism: Methylibium petroleiphilum PM1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008825  Mpe_A2028  cold shock DNA-binding domain-containing protein  100 
 
 		 203 aa  409  1e-113  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.344773  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2628  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  37.09 
 
 		 237 aa  154  7e-37  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.326591  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3443  cold-shock protein, DNA-binding:protein of unknown function DUF1294  43.39 
 
 		 206 aa  150  1e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2851  hypothetical protein  39.89 
 
 		 207 aa  149  4e-35  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1412  cold-shock DNA-binding domain protein  42.11 
 
 		 204 aa  143  1e-33  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1832  cold-shock DNA-binding domain protein  41.05 
 
 		 204 aa  144  1e-33  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3494  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  43.54 
 
 		 224 aa  143  2e-33  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0199101  normal  0.508028 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5254  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  43.43 
 
 		 219 aa  137  1e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.737386  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2482  cold-shock DNA-binding domain protein  41.97 
 
 		 204 aa  130  9e-30  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0148  cold shock DNA-binding domain-containing protein  37.17 
 
 		 201 aa  129  4.0000000000000003e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2865  hypothetical protein  36.65 
 
 		 196 aa  128  5.0000000000000004e-29  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00327413  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2966  hypothetical protein  40.41 
 
 		 214 aa  127  1.0000000000000001e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0927  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  40.1 
 
 		 205 aa  126  2.0000000000000002e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1103  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  37.95 
 
 		 203 aa  126  3e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.984456 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1327  cold-shock DNA-binding domain protein  36.98 
 
 		 209 aa  114  7.999999999999999e-25  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1356  cold-shock DNA-binding domain protein  36.98 
 
 		 211 aa  114  8.999999999999998e-25  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000728005 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0400  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  31.4 
 
 		 223 aa  112  5e-24  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.666449  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2151  cold-shock domain-contain protein  36.46 
 
 		 225 aa  109  3e-23  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1202  hypothetical protein  44.17 
 
 		 142 aa  99.8  2e-20  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3079  hypothetical protein  42.22 
 
 		 179 aa  98.2  7e-20  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.661385  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2883  hypothetical protein  43.08 
 
 		 167 aa  95.9  3e-19  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.384269  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3336  hypothetical protein  36.06 
 
 		 238 aa  94.4  1e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.928903  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2800  hypothetical protein  50 
 
 		 157 aa  94.4  1e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2979  hypothetical protein  48.08 
 
 		 172 aa  91.3  8e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1395  membrane protein,putative  56.58 
 
 		 116 aa  89.7  2e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3231  hypothetical protein  56.58 
 
 		 116 aa  89.4  3e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3088  hypothetical protein  56.58 
 
 		 116 aa  89.4  4e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1288  protein of unknown function DUF1294  56.58 
 
 		 116 aa  89.4  4e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.337632  normal  0.31647 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2455  protein of unknown function DUF1294  32.82 
 
 		 204 aa  88.6  5e-17  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0537  cold-shock DNA-binding protein family protein  42.06 
 
 		 195 aa  87.4  1e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.120085  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2176  hypothetical protein  32.71 
 
 		 240 aa  86.7  2e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.979062  normal  0.0387048 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0090  hypothetical protein  53.85 
 
 		 107 aa  84.7  9e-16  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1030  cold shock DNA-binding domain-containing protein  55.41 
 
 		 111 aa  82  0.000000000000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00724956  normal  0.608674 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2226  protein of unknown function DUF1294  49.44 
 
 		 120 aa  81.6  0.000000000000008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.18219  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0957  hypothetical protein  50 
 
 		 178 aa  79.7  0.00000000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.35989  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1894  hypothetical protein  46.25 
 
 		 134 aa  79.3  0.00000000000004  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1076  hypothetical protein  32.45 
 
 		 203 aa  75.1  0.0000000000007  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.980272  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1898  hypothetical protein  37.41 
 
 		 165 aa  73.9  0.000000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.521707 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3355  cold-shock DNA-binding protein family protein  58.06 
 
 		 193 aa  73.6  0.000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3044  hypothetical protein  41.86 
 
 		 116 aa  73.6  0.000000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007901  Rfer_4331  hypothetical protein  48.78 
 
 		 98 aa  71.2  0.00000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3007  hypothetical protein  45.56 
 
 		 144 aa  69.3  0.00000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.943547  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2709  protein of unknown function DUF1294  47.37 
 
 		 96 aa  69.3  0.00000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.746611  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1556  hypothetical protein  44.74 
 
 		 91 aa  68.6  0.00000000007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.719633  hitchhiker  0.00000000539156 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2154  hypothetical protein  53.42 
 
 		 164 aa  68.2  0.00000000008  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0190416 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2603  hypothetical protein  48.57 
 
 		 142 aa  65.9  0.0000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.44963  normal  0.510687 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2755  hypothetical protein  48.61 
 
 		 145 aa  65.5  0.0000000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39180  hypothetical protein  51.43 
 
 		 144 aa  64.3  0.000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0677929  normal  0.287403 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0545  cold-shock DNA-binding domain protein  40.57 
 
 		 168 aa  62.8  0.000000004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.803384  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3140  hypothetical protein  49.28 
 
 		 156 aa  62  0.000000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0149218  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2743  protein of unknown function DUF1294  42.31 
 
 		 182 aa  61.6  0.000000007  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2826  hypothetical protein  40.21 
 
 		 137 aa  62  0.000000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2863  hypothetical protein  41.57 
 
 		 125 aa  61.6  0.000000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3143  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  48.33 
 
 		 68 aa  60.1  0.00000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0689  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  42.19 
 
 		 219 aa  58.9  0.00000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3653  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  44.44 
 
 		 80 aa  59.3  0.00000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.820165  normal  0.8886 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0680  cold-shock DNA-binding domain protein  42.19 
 
 		 219 aa  59.3  0.00000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3697  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  42.19 
 
 		 203 aa  58.5  0.00000007  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0659  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  40.62 
 
 		 217 aa  58.2  0.00000007  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3544  cold-shock DNA-binding protein family protein  33.71 
 
 		 192 aa  58.2  0.00000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3103  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  42.37 
 
 		 186 aa  58.2  0.00000008  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.0104717 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01099  integral membrane protein  45.28 
 
 		 60 aa  58.2  0.00000009  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0894512  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06258  integral membrane protein  45.28 
 
 		 60 aa  58.2  0.00000009  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0533489  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5163  cold-shock DNA-binding domain protein  48.39 
 
 		 67 aa  57.4  0.0000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.160929  normal  0.551155 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2221  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  49.23 
 
 		 66 aa  56.6  0.0000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.00000000348612  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0647  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  45.76 
 
 		 217 aa  57  0.0000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3553  cold shock protein CspB  52.54 
 
 		 66 aa  56.6  0.0000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.0000000000960966  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1670  cold shock protein CspB  52.54 
 
 		 66 aa  56.6  0.0000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.000000000143673  decreased coverage  2.4479999999999998e-23 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3333  cold shock protein CspB  52.54 
 
 		 66 aa  56.6  0.0000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  0.0000000000000736097  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3297  cold shock protein  52.54 
 
 		 66 aa  56.6  0.0000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  1.0310600000000001e-23  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3248  cold shock protein  52.54 
 
 		 66 aa  56.6  0.0000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.0000000000000222014  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3548  cold shock protein CspB  52.54 
 
 		 66 aa  56.6  0.0000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    decreased coverage  4.8624399999999996e-45 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3594  cold shock protein CspB  52.54 
 
 		 66 aa  56.6  0.0000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000632893  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2918  hypothetical protein  40 
 
 		 137 aa  57  0.0000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.486235  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1811  cyanate transport  38.16 
 
 		 114 aa  56.6  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3557  cold shock protein CspB  52.54 
 
 		 66 aa  56.6  0.0000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.000000000616269  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3647  cold shock protein CspB  52.54 
 
 		 66 aa  56.6  0.0000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.00000702498  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6292  cold-shock DNA-binding domain protein  46.77 
 
 		 67 aa  56.6  0.0000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.392497  normal  1 
 
 
-
 
NC_009431  Rsph17025_4290  hypothetical protein  41.27 
 
 		 68 aa  56.2  0.0000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3148  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50 
 
 		 71 aa  56.2  0.0000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0858327  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2454  cold shock protein CspA  47.06 
 
 		 67 aa  56.2  0.0000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.0000000020427  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2257  cold shock protein CspA  47.06 
 
 		 67 aa  56.2  0.0000004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000681816  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2216  cold shock protein  47.06 
 
 		 67 aa  56.2  0.0000004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  9.62754e-25  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2177  cold shock protein  47.06 
 
 		 67 aa  56.2  0.0000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000147175  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2440  cold shock protein CspA  47.06 
 
 		 67 aa  56.2  0.0000004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.11145 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2521  cold shock protein CspA  47.06 
 
 		 67 aa  56.2  0.0000004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000175758  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2422  cold shock protein CspA  47.06 
 
 		 67 aa  56.2  0.0000004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000271714  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2246  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  47.62 
 
 		 67 aa  55.8  0.0000004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  decreased coverage  0.000000157436  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3167  cold-shock DNA-binding domain protein  47.69 
 
 		 68 aa  55.5  0.0000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.0000000493488  hitchhiker  0.00220171 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0798  cold-shock DNA-binding protein family protein  47.69 
 
 		 68 aa  55.5  0.0000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000106482  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4386  cold-shock DNA-binding domain protein  46.77 
 
 		 67 aa  55.5  0.0000006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.490734 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4276  cold-shock DNA-binding domain protein  46.77 
 
 		 67 aa  55.5  0.0000006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1388  cold-shock DNA-binding protein family protein  49.09 
 
 		 67 aa  55.1  0.0000007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000202704  normal  0.239262 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1291  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  46.03 
 
 		 67 aa  55.1  0.0000007  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.515471  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1283  cold-shock DNA-binding domain protein  48.33 
 
 		 70 aa  55.1  0.0000007  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.165738 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0172  cold-shock DNA-binding domain protein  46.03 
 
 		 67 aa  55.1  0.0000008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  hitchhiker  0.0000163048  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3620  cold-shock DNA-binding protein  39.68 
 
 		 68 aa  55.1  0.0000008  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3242  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50.85 
 
 		 66 aa  54.7  0.0000009  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.0000000134861  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1662  hypothetical protein  39.73 
 
 		 115 aa  54.7  0.0000009  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.580937  normal  0.652065 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3373  cold-shock DNA-binding protein family protein  33.33 
 
 		 185 aa  54.7  0.0000009  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>