More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_2176 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_2176  hypothetical protein  100 
 
 		 240 aa  484  1e-136  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.979062  normal  0.0387048 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3336  hypothetical protein  54.26 
 
 		 238 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.928903  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2966  hypothetical protein  38.96 
 
 		 214 aa  139  3e-32  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1832  cold-shock DNA-binding domain protein  38.99 
 
 		 204 aa  133  1.9999999999999998e-30  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2628  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  37.09 
 
 		 237 aa  132  6e-30  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.326591  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2603  hypothetical protein  50.37 
 
 		 142 aa  131  7.999999999999999e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.44963  normal  0.510687 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1412  cold-shock DNA-binding domain protein  39.37 
 
 		 204 aa  129  4.0000000000000003e-29  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2865  hypothetical protein  39.42 
 
 		 196 aa  129  5.0000000000000004e-29  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00327413  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3140  hypothetical protein  52.85 
 
 		 156 aa  125  7e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0149218  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2851  hypothetical protein  32.7 
 
 		 207 aa  123  3e-27  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1356  cold-shock DNA-binding domain protein  34.68 
 
 		 211 aa  121  9.999999999999999e-27  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000728005 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1327  cold-shock DNA-binding domain protein  34.68 
 
 		 209 aa  121  9.999999999999999e-27  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0400  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  32.23 
 
 		 223 aa  119  4.9999999999999996e-26  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.666449  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5254  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  37.95 
 
 		 219 aa  118  6e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.737386  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0148  cold shock DNA-binding domain-containing protein  34.1 
 
 		 201 aa  115  5e-25  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3007  hypothetical protein  55.86 
 
 		 144 aa  114  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.943547  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2863  hypothetical protein  60.44 
 
 		 125 aa  113  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2151  cold-shock domain-contain protein  34.89 
 
 		 225 aa  113  2.0000000000000002e-24  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1103  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  35.71 
 
 		 203 aa  111  8.000000000000001e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.984456 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2826  hypothetical protein  59.34 
 
 		 137 aa  111  8.000000000000001e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3494  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  35.51 
 
 		 224 aa  111  8.000000000000001e-24  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0199101  normal  0.508028 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3443  cold-shock protein, DNA-binding:protein of unknown function DUF1294  36.84 
 
 		 206 aa  110  2.0000000000000002e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0927  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  34.29 
 
 		 205 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2918  hypothetical protein  58.24 
 
 		 137 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.486235  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39180  hypothetical protein  64.52 
 
 		 144 aa  108  7.000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0677929  normal  0.287403 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2482  cold-shock DNA-binding domain protein  35.58 
 
 		 204 aa  106  3e-22  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2755  hypothetical protein  48.46 
 
 		 145 aa  106  4e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2028  cold shock DNA-binding domain-containing protein  35.55 
 
 		 203 aa  104  1e-21  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.344773  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2455  protein of unknown function DUF1294  34.84 
 
 		 204 aa  102  6e-21  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2800  hypothetical protein  41.55 
 
 		 157 aa  94.4  1e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2883  hypothetical protein  40.38 
 
 		 167 aa  92.4  5e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.384269  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1076  hypothetical protein  32.29 
 
 		 203 aa  92  7e-18  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.980272  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2979  hypothetical protein  40.14 
 
 		 172 aa  92  8e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3079  hypothetical protein  44.72 
 
 		 179 aa  90.5  2e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.661385  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1202  hypothetical protein  40.16 
 
 		 142 aa  88.6  7e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011682  PHATRDRAFT_47535  predicted protein  47.42 
 
 		 155 aa  87  3e-16  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3088  hypothetical protein  54.05 
 
 		 116 aa  84  0.000000000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1288  protein of unknown function DUF1294  54.05 
 
 		 116 aa  83.6  0.000000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.337632  normal  0.31647 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3231  hypothetical protein  54.05 
 
 		 116 aa  84  0.000000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1395  membrane protein,putative  54.05 
 
 		 116 aa  83.2  0.000000000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1030  cold shock DNA-binding domain-containing protein  49.38 
 
 		 111 aa  79.7  0.00000000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00724956  normal  0.608674 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0090  hypothetical protein  52.78 
 
 		 107 aa  78.2  0.0000000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007901  Rfer_4331  hypothetical protein  51.85 
 
 		 98 aa  77.4  0.0000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2709  protein of unknown function DUF1294  53.16 
 
 		 96 aa  74.3  0.000000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.746611  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2743  protein of unknown function DUF1294  45.45 
 
 		 182 aa  75.1  0.000000000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2226  protein of unknown function DUF1294  56.67 
 
 		 120 aa  73.6  0.000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.18219  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1556  hypothetical protein  44 
 
 		 91 aa  73.6  0.000000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.719633  hitchhiker  0.00000000539156 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1898  hypothetical protein  41.3 
 
 		 165 aa  68.9  0.00000000006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.521707 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1894  hypothetical protein  42.47 
 
 		 134 aa  67.8  0.0000000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1811  cyanate transport  47.62 
 
 		 114 aa  66.6  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1709  cyanate transport  47.62 
 
 		 114 aa  65.9  0.0000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.382277  normal  0.0124774 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1751  cyanate transport  47.62 
 
 		 114 aa  66.2  0.0000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.715256  normal  0.132365 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0957  hypothetical protein  43.28 
 
 		 178 aa  65.9  0.0000000006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.35989  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1525  cyanate transport  47.62 
 
 		 114 aa  65.9  0.0000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0579567  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1748  cyanate transport  47.62 
 
 		 114 aa  64.7  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.262334  normal  0.159952 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1020  hypothetical protein  44.29 
 
 		 89 aa  65.1  0.000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.967949  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3044  hypothetical protein  38.96 
 
 		 116 aa  65.1  0.000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1662  hypothetical protein  47.83 
 
 		 115 aa  64.3  0.000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.580937  normal  0.652065 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2410  hypothetical protein  49.15 
 
 		 90 aa  58.5  0.00000009  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1142  hypothetical protein  50.79 
 
 		 135 aa  58.2  0.0000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5433  cold-shock DNA-binding domain protein  42.62 
 
 		 67 aa  57.8  0.0000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0949203  hitchhiker  0.00613475 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1721  protein of unknown function DUF1294  46.77 
 
 		 103 aa  58.2  0.0000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.51963 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0733  cold shock domain-contain protein  35 
 
 		 203 aa  57.8  0.0000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0545  cold-shock DNA-binding domain protein  40.91 
 
 		 168 aa  56.6  0.0000004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.803384  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6292  cold-shock DNA-binding domain protein  39.68 
 
 		 67 aa  56.2  0.0000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.392497  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5163  cold-shock DNA-binding domain protein  40.98 
 
 		 67 aa  55.8  0.0000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.160929  normal  0.551155 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2154  hypothetical protein  49.33 
 
 		 164 aa  55.5  0.0000008  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0190416 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3086  cold shock protein  38.1 
 
 		 67 aa  55.1  0.0000009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0221  cold-shock DNA-binding domain protein  40.91 
 
 		 70 aa  55.1  0.0000009  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02364  stress response protein CspD  45.45 
 
 		 72 aa  55.1  0.000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.000164326  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2965  cold-shock DNA-binding domain protein  47.27 
 
 		 68 aa  54.7  0.000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000138264 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01731  hypothetical protein  47.27 
 
 		 68 aa  54.3  0.000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0875  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  40.58 
 
 		 177 aa  54.7  0.000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.377088  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0647  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  28.91 
 
 		 217 aa  55.1  0.000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3647  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  29.63 
 
 		 204 aa  53.9  0.000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2948  protein of unknown function DUF1294  47.76 
 
 		 124 aa  53.1  0.000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1947  Cold-shock protein DNA-binding  41.94 
 
 		 68 aa  53.5  0.000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.711231  hitchhiker  0.00117492 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3544  cold-shock DNA-binding protein family protein  38.81 
 
 		 192 aa  53.1  0.000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4295  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  34.29 
 
 		 206 aa  53.5  0.000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1275  protein of unknown function DUF1294  47.76 
 
 		 120 aa  53.1  0.000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2147  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  38.46 
 
 		 68 aa  52.8  0.000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.135641  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4506  hypothetical protein  34.57 
 
 		 120 aa  53.1  0.000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0557  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  40 
 
 		 67 aa  52.8  0.000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0146749  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2466  cold shock-like transcription regulator protein  44.64 
 
 		 67 aa  52.8  0.000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.4868  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1514  cold-shock family protein  37.68 
 
 		 71 aa  52.8  0.000005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0855  cold-shock DNA-binding protein family protein  44.64 
 
 		 68 aa  52.8  0.000005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.563444  normal  0.445485 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2376  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  41.79 
 
 		 84 aa  52.8  0.000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0000357457  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3306  cold-shock DNA-binding protein family protein  45.45 
 
 		 69 aa  52.8  0.000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0613  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  42.42 
 
 		 71 aa  52.4  0.000006  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.513087  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2874  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  38.1 
 
 		 68 aa  52.4  0.000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3373  cold-shock DNA-binding protein family protein  39.71 
 
 		 185 aa  52.4  0.000006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3723  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  39.33 
 
 		 179 aa  52.4  0.000007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2160  cold-shock protein, DNA-binding  37.68 
 
 		 70 aa  52.4  0.000007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.233344  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6028  cold-shock DNA-binding protein family protein  42.37 
 
 		 67 aa  52  0.000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3678  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  30.09 
 
 		 188 aa  52  0.000008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1304  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  44.74 
 
 		 201 aa  52  0.000009  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.366521  normal  0.14728 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3278  hypothetical protein  39.44 
 
 		 274 aa  52  0.000009  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0154434  hitchhiker  0.000533264 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2376  cold shock domain family protein  38.24 
 
 		 70 aa  51.6  0.00001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.85246  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0798  cold-shock DNA-binding protein family protein  42.86 
 
 		 68 aa  51.2  0.00001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000106482  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2951  cold-shock DNA-binding protein family protein  40.68 
 
 		 77 aa  51.6  0.00001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.15288  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>