More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_2147 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007964  Nham_2147  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  100 
 
 		 68 aa  142  2e-33  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.135641  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2842  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  48.53 
 
 		 68 aa  67.8  0.00000000005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0668  cold-shock DNA-binding domain protein  51.52 
 
 		 63 aa  67.8  0.00000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.138203 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4688  cold-shock DNA-binding domain protein  53.73 
 
 		 63 aa  67  0.00000000008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0555964  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3098  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  47.06 
 
 		 69 aa  65.1  0.0000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.392301 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0013  cold-shock DNA-binding domain protein  50 
 
 		 67 aa  63.5  0.0000000009  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0103  cold-shock DNA-binding domain protein  47.69 
 
 		 67 aa  63.2  0.000000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0641  cold-shock DNA-binding domain protein  50 
 
 		 67 aa  62.4  0.000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1798  cold-shock DNA-binding domain protein  47.06 
 
 		 69 aa  62.4  0.000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0440  cold-shock DNA-binding domain protein  49.23 
 
 		 68 aa  62.4  0.000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.270892  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0004  Cold-shock protein DNA-binding  49.25 
 
 		 63 aa  62.4  0.000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1752  cold-shock DNA-binding protein family protein  44.29 
 
 		 68 aa  62.4  0.000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3018  cold-shock DNA-binding domain protein  49.25 
 
 		 63 aa  62.8  0.000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.0000000391893  normal  0.904013 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0895  cold-shock DNA-binding domain protein  49.25 
 
 		 63 aa  61.6  0.000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.164019 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1522  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50 
 
 		 67 aa  61.6  0.000000003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_34450  cold-shock DNA-binding protein family  50.77 
 
 		 68 aa  61.6  0.000000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1465  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50 
 
 		 67 aa  61.6  0.000000003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.359616  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0668  cold-shock DNA-binding domain protein  50 
 
 		 67 aa  62  0.000000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.16024  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0472  cold-shock DNA-binding protein family protein  50 
 
 		 67 aa  62  0.000000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.16014  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0954  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  44.12 
 
 		 68 aa  62  0.000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.631034  normal  0.812615 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4535  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  46.15 
 
 		 68 aa  62  0.000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5421  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  47.89 
 
 		 68 aa  61.6  0.000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.14942  normal  0.64967 
 
 
-
 
NC_011879  Achl_4023  cold-shock DNA-binding domain protein  46.15 
 
 		 67 aa  61.2  0.000000004  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00477592 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0301  cold-shock DNA-binding domain protein  46.15 
 
 		 67 aa  61.2  0.000000004  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  decreased coverage  0.00253542  normal  0.0688177 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3605  putative cold-shock DNA-binding domain protein  50 
 
 		 67 aa  60.8  0.000000005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.439248 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_19390  cold-shock DNA-binding protein family  45.45 
 
 		 67 aa  61.2  0.000000005  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.704539  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3637  putative cold-shock DNA-binding domain protein  51.72 
 
 		 67 aa  60.8  0.000000006  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6389  cold-shock DNA-binding domain protein  52.17 
 
 		 68 aa  60.8  0.000000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.113104  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3143  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  44.78 
 
 		 68 aa  60.5  0.000000007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1466  cold-shock DNA-binding domain protein  47.69 
 
 		 67 aa  60.5  0.000000009  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.00122582  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2279  cold-shock DNA-binding domain protein  48.44 
 
 		 310 aa  59.7  0.00000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.703886  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2874  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  43.48 
 
 		 68 aa  60.1  0.00000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1521  cold-shock DNA-binding protein family protein  41.18 
 
 		 68 aa  59.7  0.00000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.490356  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08241  cold-shock DNA-binding domain protein  47.06 
 
 		 64 aa  60.1  0.00000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5162  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  42.25 
 
 		 69 aa  59.7  0.00000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0769  cold-shock DNA-binding domain protein  41.18 
 
 		 69 aa  59.7  0.00000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.218929 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2980  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  44.12 
 
 		 73 aa  59.7  0.00000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  decreased coverage  0.0073832  normal  0.0936276 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1909  cold-shock DNA-binding protein family protein  44.64 
 
 		 69 aa  59.7  0.00000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5378  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  44.12 
 
 		 69 aa  58.9  0.00000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.260469 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0246  cold-shock DNA-binding domain protein  43.66 
 
 		 69 aa  58.9  0.00000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.251668  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0886  cold-shock protein DNA-binding  47.06 
 
 		 69 aa  59.3  0.00000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0757124 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3086  cold shock protein  44.29 
 
 		 67 aa  59.3  0.00000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0932  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  41.79 
 
 		 68 aa  59.3  0.00000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0846  cold-shock DNA-binding domain protein  47.06 
 
 		 69 aa  59.3  0.00000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.012505 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0217  cold-shock DNA-binding domain protein  43.66 
 
 		 69 aa  58.9  0.00000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0530  Cold-shock protein DNA-binding  46.97 
 
 		 63 aa  58.9  0.00000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000113602 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1263  cold-shock DNA-binding domain protein  44.12 
 
 		 67 aa  58.9  0.00000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0573  Cold-shock protein DNA-binding protein  48.28 
 
 		 67 aa  59.3  0.00000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0752  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  44.62 
 
 		 67 aa  59.3  0.00000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000576972  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1892  cold-shock protein DNA-binding  46.27 
 
 		 69 aa  58.9  0.00000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00992  DNA-binding transcriptional regulator  41.54 
 
 		 70 aa  58.5  0.00000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2653  cold-shock DNA-binding domain protein  41.54 
 
 		 70 aa  58.5  0.00000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000496106  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1650  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  51.67 
 
 		 71 aa  58.5  0.00000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00999  hypothetical protein  41.54 
 
 		 70 aa  58.5  0.00000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1105  cold shock protein CspG  41.54 
 
 		 70 aa  58.5  0.00000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000233553  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1099  cold shock protein CspG  41.54 
 
 		 70 aa  58.5  0.00000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2326  cold shock protein CspG  41.54 
 
 		 70 aa  58.5  0.00000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000227415  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2607  cold shock protein CspG  41.54 
 
 		 70 aa  58.5  0.00000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.286712  normal  0.273161 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2135  cold shock protein CspG  41.54 
 
 		 70 aa  58.5  0.00000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1189  cold shock protein CspE  40.62 
 
 		 69 aa  58.5  0.00000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1225  cold shock protein CspG  41.54 
 
 		 70 aa  58.5  0.00000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000203795  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1055  cold-shock DNA-binding protein family protein  44.83 
 
 		 67 aa  58.5  0.00000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.481948  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1247  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  48.53 
 
 		 64 aa  58.5  0.00000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1514  cold-shock family protein  51.67 
 
 		 71 aa  58.2  0.00000004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3031  cold shock protein CspE  40.62 
 
 		 69 aa  58.2  0.00000004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.036334  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0679  cold-shock DNA-binding protein family protein  39.13 
 
 		 68 aa  58.2  0.00000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.233328  normal  0.774201 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2681  cold-shock DNA-binding domain protein  40.32 
 
 		 68 aa  58.2  0.00000004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.741556  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1858  cold shock protein CspE  40.62 
 
 		 69 aa  58.2  0.00000004  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0644498  normal  0.32354 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1267  cold-shock DNA-binding domain protein  47.69 
 
 		 67 aa  58.2  0.00000004  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.922504  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1732  Cold-shock protein DNA-binding  46.27 
 
 		 63 aa  57.8  0.00000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.477747  normal  0.0104533 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2701  cold-shock DNA-binding domain protein  46.55 
 
 		 67 aa  58.2  0.00000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4798  cold-shock DNA-binding protein family protein  46.55 
 
 		 67 aa  57.8  0.00000004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6800  cold-shock DNA-binding domain protein  46.55 
 
 		 67 aa  58.2  0.00000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4884  cold-shock DNA-binding protein family protein  46.55 
 
 		 67 aa  57.8  0.00000004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.71911  normal  0.101787 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2958  cold shock protein CspE  40.62 
 
 		 69 aa  58.2  0.00000004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0282333  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5398  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  46.55 
 
 		 67 aa  58.2  0.00000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.262283  normal  0.0908383 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5184  cold-shock DNA-binding protein family protein  46.55 
 
 		 67 aa  57.8  0.00000004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00427326 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1392  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  46.55 
 
 		 67 aa  57.8  0.00000004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.124556  normal  0.329269 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2638  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  45.61 
 
 		 63 aa  58.2  0.00000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0531949  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3141  cold-shock DNA-binding domain protein  48.28 
 
 		 67 aa  57.8  0.00000005  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0244532  hitchhiker  0.00153434 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6292  cold-shock DNA-binding domain protein  44.29 
 
 		 67 aa  57.8  0.00000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.392497  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0009  cold-shock DNA-binding domain protein  41.79 
 
 		 68 aa  57.8  0.00000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1464  cold-shock family protein  51.67 
 
 		 83 aa  57.8  0.00000005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0386  cold-shock DNA-binding protein family protein  41.18 
 
 		 68 aa  57.8  0.00000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.654168  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0221  cold-shock DNA-binding domain protein  41.54 
 
 		 70 aa  57.8  0.00000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0662  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  41.43 
 
 		 75 aa  57.8  0.00000005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.000214016  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2134  cold-shock DNA-binding protein family protein  46.67 
 
 		 70 aa  57.8  0.00000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.895111  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2040  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  41.18 
 
 		 68 aa  57.8  0.00000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0812  cold-shock DNA-binding domain protein  44.12 
 
 		 69 aa  57.8  0.00000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.674883  normal  0.12074 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0850  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  41.18 
 
 		 68 aa  57.8  0.00000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1810  cold-shock DNA-binding domain protein  44.12 
 
 		 69 aa  57.4  0.00000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.275955  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4008  cold-shock DNA-binding domain protein  52.94 
 
 		 64 aa  57.4  0.00000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5491  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50 
 
 		 69 aa  57.4  0.00000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.599855  normal  0.0633447 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0290  cold-shock DNA-binding protein family protein  45.45 
 
 		 67 aa  57.4  0.00000006  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_26130  cold-shock DNA-binding protein family  46.15 
 
 		 67 aa  57.4  0.00000006  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0218  putative cold-shock DNA-binding domain protein  48.28 
 
 		 67 aa  57.4  0.00000006  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.230692  hitchhiker  0.00399283 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3653  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  40.3 
 
 		 80 aa  57.4  0.00000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.820165  normal  0.8886 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3880  cold-shock DNA-binding domain protein  46.55 
 
 		 67 aa  57.4  0.00000007  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.902071  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2426  cold-shock DNA-binding domain protein  46.55 
 
 		 67 aa  57.4  0.00000007  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.386206  normal  0.184038 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0521  cold-shock DNA-binding domain protein  46.15 
 
 		 67 aa  57.4  0.00000007  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>