119 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_1103 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_1103  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  100 
 
 		 203 aa  410  1e-114  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.984456 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2628  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  43.64 
 
 		 237 aa  179  2e-44  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.326591  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0148  cold shock DNA-binding domain-containing protein  45 
 
 		 201 aa  179  2.9999999999999997e-44  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2865  hypothetical protein  45.79 
 
 		 196 aa  172  3.9999999999999995e-42  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00327413  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2851  hypothetical protein  41.38 
 
 		 207 aa  170  1e-41  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1412  cold-shock DNA-binding domain protein  43.63 
 
 		 204 aa  164  9e-40  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3443  cold-shock protein, DNA-binding:protein of unknown function DUF1294  42.21 
 
 		 206 aa  155  4e-37  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1832  cold-shock DNA-binding domain protein  43.08 
 
 		 204 aa  152  2.9999999999999998e-36  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1030  cold shock DNA-binding domain-containing protein  69.23 
 
 		 111 aa  145  3e-34  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00724956  normal  0.608674 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0927  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  42.16 
 
 		 205 aa  145  5e-34  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2482  cold-shock DNA-binding domain protein  40.39 
 
 		 204 aa  145  5e-34  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5254  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  39.9 
 
 		 219 aa  139  3e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.737386  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3494  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  36.89 
 
 		 224 aa  137  2e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0199101  normal  0.508028 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2028  cold shock DNA-binding domain-containing protein  38.42 
 
 		 203 aa  133  1.9999999999999998e-30  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.344773  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1327  cold-shock DNA-binding domain protein  37.95 
 
 		 209 aa  129  3e-29  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1356  cold-shock DNA-binding domain protein  37.95 
 
 		 211 aa  129  3e-29  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000728005 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2966  hypothetical protein  37.63 
 
 		 214 aa  118  7e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2151  cold-shock domain-contain protein  37.3 
 
 		 225 aa  117  9.999999999999999e-26  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3079  hypothetical protein  41.94 
 
 		 179 aa  115  3.9999999999999997e-25  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.661385  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0400  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  33.18 
 
 		 223 aa  115  6e-25  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.666449  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2883  hypothetical protein  52.55 
 
 		 167 aa  112  4.0000000000000004e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.384269  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2800  hypothetical protein  59.43 
 
 		 157 aa  111  8.000000000000001e-24  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1288  protein of unknown function DUF1294  57.43 
 
 		 116 aa  111  8.000000000000001e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.337632  normal  0.31647 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3231  hypothetical protein  55.88 
 
 		 116 aa  111  9e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1395  membrane protein,putative  56.44 
 
 		 116 aa  110  1.0000000000000001e-23  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3336  hypothetical protein  34.22 
 
 		 238 aa  110  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.928903  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3088  hypothetical protein  56.44 
 
 		 116 aa  110  1.0000000000000001e-23  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2979  hypothetical protein  48.55 
 
 		 172 aa  109  3e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1202  hypothetical protein  52.17 
 
 		 142 aa  108  5e-23  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2176  hypothetical protein  31.28 
 
 		 240 aa  102  5e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.979062  normal  0.0387048 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0090  hypothetical protein  49.45 
 
 		 107 aa  95.1  6e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3044  hypothetical protein  48.57 
 
 		 116 aa  94.7  9e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0957  hypothetical protein  45.38 
 
 		 178 aa  94.4  1e-18  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.35989  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2455  protein of unknown function DUF1294  32.79 
 
 		 204 aa  91.3  1e-17  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2226  protein of unknown function DUF1294  51.22 
 
 		 120 aa  80.5  0.00000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.18219  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1894  hypothetical protein  45 
 
 		 134 aa  80.1  0.00000000000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1076  hypothetical protein  30 
 
 		 203 aa  80.5  0.00000000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.980272  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1556  hypothetical protein  46.67 
 
 		 91 aa  78.6  0.00000000000006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.719633  hitchhiker  0.00000000539156 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2154  hypothetical protein  60.56 
 
 		 164 aa  77.4  0.0000000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0190416 
 
 
-
 
NC_007901  Rfer_4331  hypothetical protein  48.75 
 
 		 98 aa  77  0.0000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39180  hypothetical protein  46.43 
 
 		 144 aa  77  0.0000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0677929  normal  0.287403 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3007  hypothetical protein  47.3 
 
 		 144 aa  73.2  0.000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.943547  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2603  hypothetical protein  44.23 
 
 		 142 aa  73.2  0.000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.44963  normal  0.510687 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1898  hypothetical protein  40.44 
 
 		 165 aa  73.9  0.000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.521707 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2709  protein of unknown function DUF1294  47.95 
 
 		 96 aa  73.6  0.000000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.746611  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2863  hypothetical protein  49.35 
 
 		 125 aa  72.8  0.000000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2826  hypothetical protein  48.05 
 
 		 137 aa  71.6  0.000000000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3140  hypothetical protein  41.18 
 
 		 156 aa  70.9  0.00000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0149218  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2918  hypothetical protein  45.45 
 
 		 137 aa  68.9  0.00000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.486235  normal  1 
 
 
-
 
NC_011682  PHATRDRAFT_47535  predicted protein  46.03 
 
 		 155 aa  68.2  0.00000000007  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2755  hypothetical protein  45.07 
 
 		 145 aa  68.6  0.00000000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1811  cyanate transport  46.67 
 
 		 114 aa  62.8  0.000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1751  cyanate transport  46.67 
 
 		 114 aa  62  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.715256  normal  0.132365 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1709  cyanate transport  46.67 
 
 		 114 aa  62  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.382277  normal  0.0124774 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1525  cyanate transport  46.67 
 
 		 114 aa  62  0.000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0579567  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1748  cyanate transport  46.67 
 
 		 114 aa  60.8  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.262334  normal  0.159952 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1020  hypothetical protein  37.66 
 
 		 89 aa  60.1  0.00000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.967949  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2410  hypothetical protein  43.42 
 
 		 90 aa  59.7  0.00000003  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3278  hypothetical protein  36.47 
 
 		 274 aa  59.3  0.00000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0154434  hitchhiker  0.000533264 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01099  integral membrane protein  40.68 
 
 		 60 aa  59.7  0.00000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0894512  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06258  integral membrane protein  40.68 
 
 		 60 aa  59.7  0.00000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0533489  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1662  hypothetical protein  42.47 
 
 		 115 aa  58.9  0.00000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.580937  normal  0.652065 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1721  protein of unknown function DUF1294  47.69 
 
 		 103 aa  58.5  0.00000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.51963 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3544  cold-shock DNA-binding protein family protein  42.19 
 
 		 192 aa  58.2  0.00000007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3103  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  29.75 
 
 		 186 aa  57  0.0000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.0104717 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0545  cold-shock DNA-binding domain protein  30.3 
 
 		 168 aa  56.6  0.0000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.803384  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0647  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  38.46 
 
 		 217 aa  55.5  0.0000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2628  hypothetical protein  42.86 
 
 		 90 aa  54.3  0.000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.105894  normal  0.375374 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3373  cold-shock DNA-binding protein family protein  40 
 
 		 185 aa  54.3  0.000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3697  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  30.97 
 
 		 203 aa  54.7  0.000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4295  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  40 
 
 		 206 aa  54.7  0.000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2743  protein of unknown function DUF1294  33.33 
 
 		 182 aa  53.5  0.000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0690  cold shock DNA-binding domain-containing protein  39.77 
 
 		 117 aa  53.1  0.000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3425  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  35.23 
 
 		 276 aa  53.1  0.000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3647  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  31.33 
 
 		 204 aa  52.8  0.000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0680  cold-shock DNA-binding domain protein  41.54 
 
 		 219 aa  52  0.000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2278  protein of unknown function DUF1294  42.11 
 
 		 94 aa  52.4  0.000005  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0689  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  41.54 
 
 		 219 aa  52  0.000006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009431  Rsph17025_4258  hypothetical protein  48.28 
 
 		 68 aa  51.6  0.000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.321323  normal  0.982609 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0875  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  41.27 
 
 		 177 aa  51.6  0.000008  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.377088  normal  1 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4942  protein of unknown function DUF1294  34.41 
 
 		 124 aa  51.6  0.000008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0441  cold-shock protein, DNA-binding  33.77 
 
 		 239 aa  50.8  0.00001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00249195  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0580  cold-shock DNA-binding protein family protein  38.46 
 
 		 197 aa  50.8  0.00001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0485  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  38.46 
 
 		 205 aa  50.8  0.00001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009431  Rsph17025_4329  hypothetical protein  48.28 
 
 		 68 aa  51.2  0.00001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.208733 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0659  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  40 
 
 		 217 aa  51.2  0.00001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0626  hypothetical protein  45 
 
 		 97 aa  50.8  0.00001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3043  protein of unknown function DUF1294  43.66 
 
 		 92 aa  51.2  0.00001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.816761  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2948  protein of unknown function DUF1294  47.17 
 
 		 124 aa  50.8  0.00001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0537  cold-shock DNA-binding protein family protein  34.43 
 
 		 195 aa  50.1  0.00002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.120085  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1142  hypothetical protein  44.26 
 
 		 135 aa  50.1  0.00002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2024  cold-shock DNA-binding protein family protein  48.28 
 
 		 68 aa  50.4  0.00002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1275  protein of unknown function DUF1294  44 
 
 		 120 aa  50.1  0.00002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0735  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  48.28 
 
 		 68 aa  50.4  0.00002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.976411  normal  0.373537 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3678  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  35.38 
 
 		 188 aa  50.1  0.00002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1486  cold-shock protein  38.57 
 
 		 176 aa  49.3  0.00003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00940094  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0733  cold shock domain-contain protein  37.31 
 
 		 203 aa  48.9  0.00005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1952  cold-shock DNA-binding protein family protein  44.83 
 
 		 77 aa  48.9  0.00005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3621  cold-shock DNA-binding protein  44.83 
 
 		 77 aa  48.9  0.00005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0603  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  44.83 
 
 		 68 aa  48.9  0.00006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>