221 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_2628 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_2628  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  100 
 
 		 237 aa  486  1e-136  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.326591  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2851  hypothetical protein  49.55 
 
 		 207 aa  221  9e-57  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1412  cold-shock DNA-binding domain protein  45.79 
 
 		 204 aa  196  2.0000000000000003e-49  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3443  cold-shock protein, DNA-binding:protein of unknown function DUF1294  45.33 
 
 		 206 aa  190  2e-47  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0148  cold shock DNA-binding domain-containing protein  43.64 
 
 		 201 aa  189  2.9999999999999997e-47  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1832  cold-shock DNA-binding domain protein  44.95 
 
 		 204 aa  187  2e-46  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1103  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  42.79 
 
 		 203 aa  169  2e-41  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.984456 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2865  hypothetical protein  42.31 
 
 		 196 aa  169  3e-41  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00327413  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5254  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  43.72 
 
 		 219 aa  169  3e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.737386  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2482  cold-shock DNA-binding domain protein  42.47 
 
 		 204 aa  166  4e-40  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2028  cold shock DNA-binding domain-containing protein  37.09 
 
 		 203 aa  154  9e-37  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.344773  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0400  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  37.1 
 
 		 223 aa  147  1.0000000000000001e-34  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.666449  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0927  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  35.89 
 
 		 205 aa  143  2e-33  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3494  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  37.33 
 
 		 224 aa  142  6e-33  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0199101  normal  0.508028 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3079  hypothetical protein  43.98 
 
 		 179 aa  132  3.9999999999999996e-30  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.661385  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2883  hypothetical protein  49.64 
 
 		 167 aa  130  2.0000000000000002e-29  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.384269  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2966  hypothetical protein  33.78 
 
 		 214 aa  129  6e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2979  hypothetical protein  46.15 
 
 		 172 aa  126  3e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3336  hypothetical protein  36.28 
 
 		 238 aa  125  5e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.928903  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2800  hypothetical protein  48.09 
 
 		 157 aa  125  8.000000000000001e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1202  hypothetical protein  50.81 
 
 		 142 aa  124  1e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1395  membrane protein,putative  59 
 
 		 116 aa  123  2e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1327  cold-shock DNA-binding domain protein  35.19 
 
 		 209 aa  123  3e-27  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1356  cold-shock DNA-binding domain protein  35.19 
 
 		 211 aa  123  3e-27  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000728005 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3088  hypothetical protein  59 
 
 		 116 aa  123  3e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3231  hypothetical protein  59 
 
 		 116 aa  123  3e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1288  protein of unknown function DUF1294  68.29 
 
 		 116 aa  122  5e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.337632  normal  0.31647 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2151  cold-shock domain-contain protein  36.32 
 
 		 225 aa  115  6e-25  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2176  hypothetical protein  35.05 
 
 		 240 aa  113  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.979062  normal  0.0387048 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1030  cold shock DNA-binding domain-containing protein  55.21 
 
 		 111 aa  109  3e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00724956  normal  0.608674 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0090  hypothetical protein  58.14 
 
 		 107 aa  102  4e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0957  hypothetical protein  34.13 
 
 		 178 aa  98.2  1e-19  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.35989  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2455  protein of unknown function DUF1294  30.43 
 
 		 204 aa  94.4  2e-18  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2709  protein of unknown function DUF1294  50.57 
 
 		 96 aa  90.1  2e-17  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.746611  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3044  hypothetical protein  46.74 
 
 		 116 aa  90.1  2e-17  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1894  hypothetical protein  45.26 
 
 		 134 aa  90.1  3e-17  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2226  protein of unknown function DUF1294  57.32 
 
 		 120 aa  90.1  3e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.18219  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1076  hypothetical protein  32.84 
 
 		 203 aa  88.2  1e-16  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.980272  normal  1 
 
 
-
 
NC_007901  Rfer_4331  hypothetical protein  54.43 
 
 		 98 aa  86.3  4e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1556  hypothetical protein  54.17 
 
 		 91 aa  84  0.000000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.719633  hitchhiker  0.00000000539156 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06258  integral membrane protein  55.93 
 
 		 60 aa  81.3  0.00000000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0533489  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01099  integral membrane protein  55.93 
 
 		 60 aa  81.3  0.00000000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0894512  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39180  hypothetical protein  49.4 
 
 		 144 aa  80.9  0.00000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0677929  normal  0.287403 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2154  hypothetical protein  56.1 
 
 		 164 aa  78.2  0.0000000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0190416 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3007  hypothetical protein  53.52 
 
 		 144 aa  77  0.0000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.943547  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1898  hypothetical protein  36.3 
 
 		 165 aa  77  0.0000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.521707 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3140  hypothetical protein  43.14 
 
 		 156 aa  75.1  0.0000000000009  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0149218  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2826  hypothetical protein  42.11 
 
 		 137 aa  74.7  0.000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2863  hypothetical protein  42.11 
 
 		 125 aa  74.3  0.000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0545  cold-shock DNA-binding domain protein  46.58 
 
 		 168 aa  73.2  0.000000000004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.803384  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2755  hypothetical protein  44.44 
 
 		 145 aa  72.4  0.000000000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2603  hypothetical protein  41.67 
 
 		 142 aa  70.5  0.00000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.44963  normal  0.510687 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2918  hypothetical protein  38.95 
 
 		 137 aa  70.5  0.00000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.486235  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1275  protein of unknown function DUF1294  42.45 
 
 		 120 aa  65.9  0.0000000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011682  PHATRDRAFT_47535  predicted protein  40.26 
 
 		 155 aa  65.1  0.0000000008  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2948  protein of unknown function DUF1294  51.19 
 
 		 124 aa  62  0.000000009  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1811  cyanate transport  38.03 
 
 		 114 aa  61.6  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1662  hypothetical protein  41.46 
 
 		 115 aa  61.2  0.00000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.580937  normal  0.652065 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3425  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  26.67 
 
 		 276 aa  60.8  0.00000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1525  cyanate transport  35.16 
 
 		 114 aa  60.1  0.00000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0579567  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1751  cyanate transport  35.16 
 
 		 114 aa  60.5  0.00000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.715256  normal  0.132365 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0485  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  28.81 
 
 		 205 aa  60.5  0.00000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0647  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  29.46 
 
 		 217 aa  59.7  0.00000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1709  cyanate transport  35.16 
 
 		 114 aa  58.9  0.00000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.382277  normal  0.0124774 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0875  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  42.19 
 
 		 177 aa  58.5  0.00000009  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.377088  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1748  cyanate transport  35.16 
 
 		 114 aa  58.2  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.262334  normal  0.159952 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2743  protein of unknown function DUF1294  35.21 
 
 		 182 aa  58.2  0.0000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3103  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  32.56 
 
 		 186 aa  58.2  0.0000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.0104717 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1304  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  51.02 
 
 		 201 aa  57.4  0.0000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.366521  normal  0.14728 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0733  cold shock domain-contain protein  29.73 
 
 		 203 aa  55.5  0.0000007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4295  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  35.42 
 
 		 206 aa  54.7  0.000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0537  cold-shock DNA-binding protein family protein  36.92 
 
 		 195 aa  54.3  0.000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.120085  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3355  cold-shock DNA-binding protein family protein  31.68 
 
 		 193 aa  53.9  0.000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0690  cold shock DNA-binding domain-containing protein  40 
 
 		 117 aa  53.5  0.000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3278  hypothetical protein  26.67 
 
 		 274 aa  52.8  0.000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0154434  hitchhiker  0.000533264 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3544  cold-shock DNA-binding protein family protein  33.73 
 
 		 192 aa  53.1  0.000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2278  protein of unknown function DUF1294  40 
 
 		 94 aa  52.4  0.000007  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0626  hypothetical protein  41.56 
 
 		 97 aa  51.6  0.00001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5163  cold-shock DNA-binding domain protein  44.44 
 
 		 67 aa  51.2  0.00001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.160929  normal  0.551155 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2410  hypothetical protein  40.3 
 
 		 90 aa  51.6  0.00001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1721  protein of unknown function DUF1294  41.94 
 
 		 103 aa  50.8  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.51963 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0659  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  40.82 
 
 		 217 aa  50.8  0.00002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2213  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  25.98 
 
 		 138 aa  50.4  0.00003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.557194  normal  0.22233 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0200  cold-shock DNA-binding domain protein  35.29 
 
 		 311 aa  50.1  0.00003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0333811  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0580  cold-shock DNA-binding protein family protein  32.14 
 
 		 197 aa  50.1  0.00003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6292  cold-shock DNA-binding domain protein  41.94 
 
 		 67 aa  50.1  0.00003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.392497  normal  1 
 
 
-
 
NC_009431  Rsph17025_4329  hypothetical protein  41.54 
 
 		 68 aa  50.1  0.00003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.208733 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3697  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  28.46 
 
 		 203 aa  49.3  0.00005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3373  cold-shock DNA-binding protein family protein  33.33 
 
 		 185 aa  49.3  0.00006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1142  hypothetical protein  36.76 
 
 		 135 aa  48.9  0.00007  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009431  Rsph17025_4258  hypothetical protein  40 
 
 		 68 aa  48.9  0.00007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.321323  normal  0.982609 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0689  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  38.78 
 
 		 219 aa  48.5  0.00008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0680  cold-shock DNA-binding domain protein  38.78 
 
 		 219 aa  48.9  0.00008  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5433  cold-shock DNA-binding domain protein  40.32 
 
 		 67 aa  48.5  0.00009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0949203  hitchhiker  0.00613475 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3678  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  36.67 
 
 		 188 aa  48.5  0.00009  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3647  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  27.05 
 
 		 204 aa  48.5  0.00009  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1810  cold-shock DNA-binding domain protein  42.42 
 
 		 69 aa  48.5  0.00009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.275955  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3086  cold shock protein  40.32 
 
 		 67 aa  48.1  0.0001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0217  cold-shock DNA-binding domain protein  40.91 
 
 		 69 aa  47.8  0.0001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4458  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  42.42 
 
 		 69 aa  47.8  0.0001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>