More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sare_2213 on replicon NC_009953
Organism: Salinispora arenicola CNS-205



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009953  Sare_2213  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  100 
 
 		 138 aa  281  3.0000000000000004e-75  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.557194  normal  0.22233 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2070  cold-shock protein, DNA-binding  89.86 
 
 		 137 aa  252  9e-67  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.176613  normal  0.566807 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1949  cold-shock DNA-binding protein family protein  47.86 
 
 		 141 aa  125  1.0000000000000001e-28  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0433733  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4200  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  43.84 
 
 		 146 aa  115  1.9999999999999998e-25  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0910872  normal  0.749922 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3145  Cold-shock protein DNA-binding protein  32.5 
 
 		 164 aa  77  0.00000000000008  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.843099  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2741  cold-shock DNA-binding domain protein  30 
 
 		 152 aa  68.9  0.00000000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0353  putative cold-shock DNA-binding domain protein  30.46 
 
 		 156 aa  61.6  0.000000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.361723  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0200  cold-shock DNA-binding domain protein  41.25 
 
 		 311 aa  60.1  0.000000009  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0333811  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4409  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  41.54 
 
 		 67 aa  59.3  0.00000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5095  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  41.54 
 
 		 67 aa  59.3  0.00000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5764  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  41.54 
 
 		 170 aa  59.3  0.00000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.008002 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5798  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  41.54 
 
 		 67 aa  58.5  0.00000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.992183 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5581  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  41.54 
 
 		 67 aa  58.2  0.00000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6765  cold-shock DNA-binding domain protein  40.62 
 
 		 67 aa  57.4  0.00000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.929729  normal  0.307986 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2780  cold-shock DNA-binding protein family protein  40.62 
 
 		 67 aa  57.4  0.00000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00000626517  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0493  hypothetical protein  40.85 
 
 		 77 aa  57.4  0.00000007  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0469  hypothetical protein  38.03 
 
 		 77 aa  57  0.0000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4361  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  38.46 
 
 		 67 aa  56.6  0.0000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2503  cold-shock DNA-binding protein family protein  39.06 
 
 		 68 aa  56.6  0.0000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00000079429  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3900  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  38.46 
 
 		 67 aa  56.6  0.0000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.878106  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2596  cold-shock DNA-binding protein family protein  39.06 
 
 		 67 aa  56.2  0.0000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.111063  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1257  putative cold shock-like protein  45.16 
 
 		 70 aa  55.1  0.0000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.143325 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5838  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  36.92 
 
 		 67 aa  55.1  0.0000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.284132  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1449  cold-shock DNA-binding protein family protein  36.92 
 
 		 67 aa  55.1  0.0000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3904  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  36.92 
 
 		 67 aa  55.1  0.0000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4464  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  36.92 
 
 		 67 aa  55.1  0.0000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6014  cold-shock DNA-binding protein family protein  40.62 
 
 		 67 aa  54.7  0.0000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4995  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  37.5 
 
 		 67 aa  54.3  0.0000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.833631  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0751  cold-shock DNA-binding protein family protein  39.06 
 
 		 67 aa  54.3  0.0000006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0895  cold-shock DNA-binding domain protein  40 
 
 		 63 aa  54.3  0.0000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.164019 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5491  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  43.66 
 
 		 69 aa  53.9  0.0000007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.599855  normal  0.0633447 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1505  cold-shock DNA-binding protein family protein  46.15 
 
 		 66 aa  53.9  0.0000007  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.248091  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1668  cold-shock DNA-binding protein family protein  35.94 
 
 		 67 aa  53.9  0.0000007  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.0000281076  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1681  cold-shock DNA-binding domain protein  38.1 
 
 		 69 aa  53.5  0.0000009  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.248337  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4522  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  37.5 
 
 		 67 aa  53.1  0.000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.044588  normal  0.193224 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6028  cold-shock DNA-binding protein family protein  39.06 
 
 		 67 aa  53.1  0.000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1151  cold-shock DNA-binding protein family protein  37.5 
 
 		 67 aa  53.1  0.000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0114699  normal  0.306384 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1672  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  38.46 
 
 		 73 aa  53.1  0.000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.974123 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0273  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  40.62 
 
 		 67 aa  52.8  0.000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.355642 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2676  cold-shock DNA-binding protein family protein  42.19 
 
 		 67 aa  53.1  0.000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000256327  unclonable  1.4308e-18 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4064  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  37.5 
 
 		 67 aa  53.1  0.000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.325578  normal  0.535982 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00885  cold shock protein-like protein  38.46 
 
 		 74 aa  52.4  0.000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.679557  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2762  cold-shock DNA-binding domain protein  38.46 
 
 		 74 aa  52.4  0.000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00553863  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2716  stationary phase/starvation inducible regulatory protein CspD  38.46 
 
 		 74 aa  52.4  0.000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0002  cold shock-like transcription regulator protein  37.31 
 
 		 67 aa  52.8  0.000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  unclonable  0.0000000106276  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2449  stationary phase/starvation inducible regulatory protein CspD  38.46 
 
 		 74 aa  52.4  0.000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0782347  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3895  cold-shock DNA-binding domain protein  37.5 
 
 		 67 aa  52.4  0.000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1041  stationary phase/starvation inducible regulatory protein CspD  38.46 
 
 		 74 aa  52.4  0.000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.000029024  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2280  stationary phase/starvation inducible regulatory protein CspD  38.46 
 
 		 74 aa  52.4  0.000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00002354  normal  0.0221589 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1358  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  43.55 
 
 		 70 aa  52.4  0.000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000569017 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0984  stationary phase/starvation inducible regulatory protein CspD  38.46 
 
 		 74 aa  52.4  0.000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.102908  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1002  cold-shock domain-contain protein  35.94 
 
 		 67 aa  52.8  0.000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.229308  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00891  hypothetical protein  38.46 
 
 		 74 aa  52.4  0.000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.67802  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4166  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  35.38 
 
 		 67 aa  52.8  0.000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.745487  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0312  cold-shock DNA-binding domain protein  48.44 
 
 		 418 aa  52.4  0.000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.147611  hitchhiker  0.000223606 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3782  cold-shock DNA-binding domain protein  37.5 
 
 		 67 aa  52.4  0.000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0399631  normal  0.208523 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1374  cold-shock DNA-binding domain protein  37.5 
 
 		 67 aa  52.8  0.000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.287556  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6397  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  37.5 
 
 		 67 aa  52.4  0.000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.257839 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5524  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  37.5 
 
 		 67 aa  52.4  0.000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.337597  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0953  stationary phase/starvation inducible regulatory protein CspD  38.46 
 
 		 74 aa  52.4  0.000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00980817  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5888  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  37.5 
 
 		 67 aa  52.4  0.000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.232235  normal  0.225892 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1853  cold-shock domain-contain protein  34.38 
 
 		 67 aa  51.6  0.000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.537737  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1049  cold-shock DNA-binding domain protein  40.62 
 
 		 67 aa  52  0.000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0262  cold-shock DNA-binding domain protein  40.62 
 
 		 67 aa  52  0.000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1045  cold-shock DNA-binding domain protein  40.62 
 
 		 67 aa  52  0.000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.396466  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0899  cold-shock domain-contain protein  34.38 
 
 		 67 aa  51.6  0.000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0388  cold shock transcription regulator protein  34.38 
 
 		 67 aa  51.6  0.000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0252  cold-shock DNA-binding protein family protein  40.62 
 
 		 67 aa  52  0.000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.994476  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0988  cold-shock DNA-binding protein family protein  40.62 
 
 		 67 aa  52  0.000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1944  hypothetical protein  34.38 
 
 		 67 aa  51.6  0.000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1442  cold-shock domain-contain protein  34.38 
 
 		 67 aa  51.6  0.000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1965  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  39.68 
 
 		 70 aa  52  0.000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.000020659  normal  0.0130883 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0482  cold-shock domain-contain protein  34.38 
 
 		 67 aa  51.6  0.000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5816  major cold shock protein  36.92 
 
 		 67 aa  52  0.000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0273  cold-shock DNA-binding domain protein  40.62 
 
 		 67 aa  52  0.000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0167  cold-shock domain-contain protein  34.38 
 
 		 67 aa  51.6  0.000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0143  putative cold-shock DNA-binding domain protein  39.06 
 
 		 67 aa  52  0.000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.113975  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2463  cold shock protein CspA  39.68 
 
 		 70 aa  51.6  0.000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.222592  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3227  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  39.68 
 
 		 70 aa  51.6  0.000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.751558  normal  0.890411 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0492  putative cold-shock DNA-binding domain protein  42.19 
 
 		 67 aa  51.2  0.000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02738  putative Cold shock-like protein  41.27 
 
 		 70 aa  51.6  0.000004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.161159  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1710  cold-shock DNA-binding domain protein  37.68 
 
 		 73 aa  51.6  0.000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.138064  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1832  cold-shock DNA-binding domain protein  36.84 
 
 		 204 aa  51.2  0.000005  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0244  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  45.16 
 
 		 69 aa  51.2  0.000005  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0290  cold-shock DNA-binding protein family protein  39.06 
 
 		 67 aa  50.8  0.000005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3947  cold-shock protein DNA-binding  40.58 
 
 		 69 aa  50.8  0.000006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.246482 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2494  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  40.62 
 
 		 67 aa  50.8  0.000006  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.170049  decreased coverage  0.000196654 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2588  cold-shock DNA-binding domain protein  40.62 
 
 		 67 aa  50.8  0.000006  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.110334  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2334  cold-shock DNA-binding protein family protein  40 
 
 		 67 aa  50.8  0.000006  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.213577  normal  0.0207687 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2681  cold-shock DNA-binding domain protein  40.62 
 
 		 67 aa  50.8  0.000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0114675  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1274  cold-shock DNA-binding protein family protein  40.62 
 
 		 67 aa  50.8  0.000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2342  cold-shock DNA-binding protein family protein  40 
 
 		 67 aa  50.8  0.000006  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.432439 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2295  cold-shock DNA-binding protein family protein  40 
 
 		 67 aa  50.8  0.000006  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.904352  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4315  cold-shock DNA-binding domain protein  40.58 
 
 		 69 aa  50.8  0.000006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0374104  normal  0.166197 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1892  cold-shock DNA-binding domain protein  41.54 
 
 		 67 aa  50.8  0.000006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0507  cold-shock DNA-binding domain protein  40.62 
 
 		 67 aa  50.4  0.000007  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.804223  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1976  cold-shock DNA-binding domain protein  38.46 
 
 		 73 aa  50.4  0.000007  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.995657  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5340  cold-shock DNA-binding protein family protein  35.38 
 
 		 83 aa  50.4  0.000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3176  cold-shock DNA-binding protein family protein  39.06 
 
 		 67 aa  50.4  0.000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1685  cold-shock DNA-binding protein family protein  28.05 
 
 		 89 aa  50.4  0.000008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000048024  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>