More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Krad_0353 on replicon NC_009664
Organism: Kineococcus radiotolerans SRS30216



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009664  Krad_0353  putative cold-shock DNA-binding domain protein  100 
 
 		 156 aa  301  2.0000000000000002e-81  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.361723  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3145  Cold-shock protein DNA-binding protein  35.03 
 
 		 164 aa  79.3  0.00000000000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.843099  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2741  cold-shock DNA-binding domain protein  37.25 
 
 		 152 aa  77.4  0.00000000000007  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4200  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  33.33 
 
 		 146 aa  73.2  0.000000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0910872  normal  0.749922 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1949  cold-shock DNA-binding protein family protein  29.49 
 
 		 141 aa  68.9  0.00000000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0433733  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2213  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  30.46 
 
 		 138 aa  61.6  0.000000004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.557194  normal  0.22233 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2070  cold-shock protein, DNA-binding  32.45 
 
 		 137 aa  61.2  0.000000005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.176613  normal  0.566807 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1986  cold-shock DNA-binding domain protein  47.06 
 
 		 64 aa  56.2  0.0000002  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  0.320623 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1585  cold-shock DNA-binding domain protein  45.59 
 
 		 64 aa  55.8  0.0000002  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_5000  cold shock protein  37.14 
 
 		 70 aa  55.5  0.0000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1740  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  37.14 
 
 		 70 aa  55.5  0.0000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.183326  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3052  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  37.14 
 
 		 70 aa  55.1  0.0000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0647  cold-shock DNA-binding domain protein  41.43 
 
 		 69 aa  53.1  0.000001  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0430  cold-shock DNA-binding domain protein  44.12 
 
 		 64 aa  53.5  0.000001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0554  cold-shock DNA-binding domain protein  44.12 
 
 		 64 aa  53.5  0.000001  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2592  cold-shock DNA-binding domain protein  44.62 
 
 		 64 aa  52.4  0.000002  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  decreased coverage  0.00103043  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2850  cold-shock DNA-binding domain protein  43.08 
 
 		 65 aa  52.4  0.000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0339  cold-shock DNA-binding domain protein  44.62 
 
 		 64 aa  52.4  0.000002  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.219193 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0301  cold-shock DNA-binding domain protein  42.65 
 
 		 64 aa  52.4  0.000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1312  cold-shock DNA-binding domain protein  42.65 
 
 		 64 aa  52  0.000003  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  0.632587 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1794  cold-shock DNA-binding protein family protein  37.33 
 
 		 75 aa  52.4  0.000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00000283022  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0830  cold-shock DNA-binding domain protein  32.91 
 
 		 96 aa  52  0.000003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_04410  cold shock domain protein CspD  39.71 
 
 		 317 aa  51.6  0.000004  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.528564 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1326  cold-shock DNA-binding domain protein  44.62 
 
 		 64 aa  51.6  0.000004  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.706189  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0661  cold-shock DNA-binding domain protein  43.08 
 
 		 64 aa  51.6  0.000004  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.90481  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1819  cold-shock DNA-binding domain protein  34.29 
 
 		 85 aa  51.2  0.000005  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.959275  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0855  cold-shock DNA-binding protein family protein  39.71 
 
 		 68 aa  51.2  0.000005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.563444  normal  0.445485 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1762  cold-shock DNA-binding protein family protein  32.5 
 
 		 85 aa  51.2  0.000005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3545  cold-shock DNA-binding domain protein  43.75 
 
 		 64 aa  51.2  0.000005  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0734  cold-shock DNA-binding domain protein  44.29 
 
 		 95 aa  51.2  0.000006  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2129  cold-shock DNA-binding domain protein  41.18 
 
 		 64 aa  51.2  0.000006  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0493  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  38.46 
 
 		 66 aa  50.4  0.000009  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.156279  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1070  cold shock protein  37.14 
 
 		 70 aa  50.1  0.00001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00138821  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1124  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  37.14 
 
 		 70 aa  50.1  0.00001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000192661  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6028  cold-shock DNA-binding protein family protein  38.81 
 
 		 67 aa  50.1  0.00001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1421  cold-shock DNA-binding domain protein  42.19 
 
 		 64 aa  49.7  0.00001  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1440  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  34.33 
 
 		 67 aa  50.1  0.00001  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1111  cold shock transcriptional regulator CspA  37.14 
 
 		 70 aa  50.4  0.00001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2863  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  39.06 
 
 		 67 aa  50.1  0.00001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000000104202  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3545  cold shock protein  37.14 
 
 		 70 aa  50.1  0.00001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000314537  hitchhiker  0.00788202 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1855  cold-shock DNA-binding domain protein  41.54 
 
 		 64 aa  50.1  0.00001  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001501  cold shock transcriptional regulator CspA  34.29 
 
 		 70 aa  49.7  0.00001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.103059  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12963  cold shock protein, putative DNA-binding protein  39.39 
 
 		 63 aa  49.3  0.00002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.189222  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6014  cold-shock DNA-binding protein family protein  38.81 
 
 		 67 aa  49.7  0.00002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3176  cold-shock DNA-binding protein family protein  40 
 
 		 67 aa  49.7  0.00002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4117  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  40.3 
 
 		 67 aa  49.7  0.00002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.327381  normal  0.21845 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000590  cold shock protein CspA  36.76 
 
 		 69 aa  49.3  0.00002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00446829  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1220  cold shock DNA-binding domain-containing protein  37.14 
 
 		 70 aa  48.9  0.00002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3292  cold-shock DNA-binding domain protein  40.3 
 
 		 67 aa  49.7  0.00002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  hitchhiker  0.0070619  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2739  cold-shock DNA-binding domain protein  40.58 
 
 		 68 aa  49.3  0.00002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000080188  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3366  cold-shock DNA-binding domain protein  38.57 
 
 		 67 aa  48.9  0.00002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0444  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  37.14 
 
 		 70 aa  48.9  0.00002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0312  cold-shock DNA-binding domain protein  40 
 
 		 418 aa  48.9  0.00003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.147611  hitchhiker  0.000223606 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2279  cold-shock DNA-binding domain protein  39.19 
 
 		 310 aa  48.9  0.00003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.703886  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1614  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  40.62 
 
 		 305 aa  48.9  0.00003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4042  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  38.81 
 
 		 67 aa  48.5  0.00003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4386  cold-shock DNA-binding domain protein  37.88 
 
 		 67 aa  48.9  0.00003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.490734 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4276  cold-shock DNA-binding domain protein  37.88 
 
 		 67 aa  48.9  0.00003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0374  cold shock DNA-binding domain-containing protein  37.14 
 
 		 70 aa  48.9  0.00003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1502  cold-shock DNA-binding domain protein  39.13 
 
 		 68 aa  48.5  0.00003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.683183 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1221  cold shock DNA-binding domain-containing protein  37.14 
 
 		 70 aa  48.9  0.00003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0013  cold-shock DNA-binding domain protein  37.31 
 
 		 67 aa  48.5  0.00003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1549  cold-shock DNA-binding domain protein  41.18 
 
 		 64 aa  48.1  0.00004  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6907  cold-shock DNA-binding domain protein  37.88 
 
 		 67 aa  48.1  0.00004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.240211  normal  0.394944 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2061  cold-shock DNA-binding protein family protein  35.82 
 
 		 67 aa  48.5  0.00004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.131927 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2951  cold-shock DNA-binding protein family protein  37.88 
 
 		 77 aa  48.1  0.00004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.15288  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0200  cold-shock DNA-binding domain protein  40.58 
 
 		 311 aa  48.1  0.00004  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0333811  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2202  cold-shock DNA-binding domain protein  35.82 
 
 		 67 aa  48.5  0.00004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2494  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  38.81 
 
 		 67 aa  48.5  0.00004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.170049  decreased coverage  0.000196654 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2039  hypothetical protein  37.14 
 
 		 69 aa  48.1  0.00005  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0712  cold shock-like protein CspD  35.14 
 
 		 76 aa  48.1  0.00005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2129  cold-shock DNA-binding domain protein  37.14 
 
 		 70 aa  47.8  0.00006  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5134  cold-shock DNA-binding protein family protein  35.82 
 
 		 67 aa  47.8  0.00006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.984065  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06418  hypothetical protein  35.71 
 
 		 70 aa  47.8  0.00006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4306  protein of unknown function DUF88  43.94 
 
 		 299 aa  47.4  0.00007  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.122513 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4244  protein of unknown function DUF88  43.94 
 
 		 299 aa  47.4  0.00007  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4469  cold-shock DNA-binding protein family protein  38.81 
 
 		 67 aa  47.4  0.00007  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0376  cold shock DNA-binding domain-containing protein  35.71 
 
 		 70 aa  47.4  0.00007  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0443  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  35.71 
 
 		 70 aa  47.4  0.00007  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1550  cold-shock DNA-binding domain protein  39.71 
 
 		 64 aa  47.4  0.00007  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3383  cold-shock DNA-binding domain protein  32.35 
 
 		 198 aa  47.4  0.00008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.706051  normal  0.504445 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2791  cold-shock domain-contain protein  35.82 
 
 		 67 aa  47.4  0.00008  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.827238  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1846  cold-shock DNA-binding protein family protein  34.29 
 
 		 69 aa  47.4  0.00008  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.174737  normal  0.594257 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3609  cold shock transcription regulator protein  35.82 
 
 		 67 aa  47.4  0.00008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2936  cold-shock domain-contain protein  35.82 
 
 		 67 aa  47.4  0.00008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1668  cold-shock DNA-binding protein family protein  33.33 
 
 		 67 aa  47.4  0.00008  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.0000281076  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2133  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  34.29 
 
 		 69 aa  47.4  0.00008  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.415341  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2061  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  37.14 
 
 		 70 aa  47.4  0.00008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.97163  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1840  cold-shock DNA-binding domain protein  37.14 
 
 		 70 aa  47.4  0.00008  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0587  cold-shock DNA-binding domain protein  37.31 
 
 		 67 aa  47.4  0.00008  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2963  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  37.14 
 
 		 70 aa  47.4  0.00008  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.711924 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0442  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  35.71 
 
 		 70 aa  47.4  0.00008  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1750  cold-shock domain-contain protein  35.82 
 
 		 67 aa  47.4  0.00008  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3598  CspE-related protein  35.82 
 
 		 67 aa  47.4  0.00008  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.164204  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3622  cold-shock domain-contain protein  35.82 
 
 		 67 aa  47.4  0.00008  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3184  cold-shock domain-contain protein  35.82 
 
 		 67 aa  47.4  0.00008  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0934  cold-shock DNA-binding domain protein  33.33 
 
 		 84 aa  47  0.00009  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.679655  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0252  cold-shock DNA-binding protein family protein  38.81 
 
 		 67 aa  47  0.00009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.994476  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0273  cold-shock DNA-binding domain protein  38.81 
 
 		 67 aa  47  0.00009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0262  cold-shock DNA-binding domain protein  38.81 
 
 		 67 aa  47  0.00009  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>