More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Clim_1819 on replicon NC_010803
Organism: Chlorobium limicola DSM 245



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010803  Clim_1819  cold-shock DNA-binding domain protein  100 
 
 
85 aa  174  3e-43  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.959275  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1762  cold-shock DNA-binding protein family protein  74.12 
 
 
85 aa  132  9.999999999999999e-31  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0734  cold-shock DNA-binding domain protein  78.67 
 
 
95 aa  125  2.0000000000000002e-28  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0597  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  77.46 
 
 
89 aa  119  1.9999999999999998e-26  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0830  cold-shock DNA-binding domain protein  81.82 
 
 
96 aa  118  3.9999999999999996e-26  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0934  cold-shock DNA-binding domain protein  76.06 
 
 
84 aa  117  3.9999999999999996e-26  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.679655  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0235  cold-shock DNA-binding domain protein  48.78 
 
 
95 aa  82  0.000000000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.433921  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2279  cold-shock DNA-binding domain protein  47.14 
 
 
310 aa  71.6  0.000000000004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.703886  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03487  putative cold shock-like protein cspG  53.97 
 
 
69 aa  68.9  0.00000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2863  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  52.31 
 
 
67 aa  68.2  0.00000000004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000000104202  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1466  cold-shock DNA-binding domain protein  51.47 
 
 
67 aa  67.8  0.00000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.00122582  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0948  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50 
 
 
67 aa  67.4  0.00000000006  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.360484  normal  0.128926 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0628  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  48.53 
 
 
67 aa  67  0.00000000007  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1965  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  53.85 
 
 
70 aa  67  0.00000000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.000020659  normal  0.0130883 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4269  cold-shock DNA-binding protein family protein  48.53 
 
 
67 aa  67.4  0.00000000007  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2698  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  55.56 
 
 
70 aa  67  0.00000000007  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.089353  normal  0.418887 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1580  cold-shock DNA-binding domain protein  48.53 
 
 
67 aa  67  0.00000000008  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.507056  normal  0.495998 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0278  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  54.55 
 
 
65 aa  67  0.00000000008  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  unclonable  0.0000000141015  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4183  cold-shock DNA-binding protein family protein  57.81 
 
 
67 aa  67  0.00000000008  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0862888  normal  0.391924 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0320  cold-shock DNA-binding protein family  57.14 
 
 
68 aa  67  0.00000000009  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.673011 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0560  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50 
 
 
67 aa  67  0.00000000009  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001501  cold shock transcriptional regulator CspA  55.56 
 
 
70 aa  67  0.00000000009  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.103059  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2463  cold shock protein CspA  52.31 
 
 
70 aa  66.2  0.0000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.222592  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0945  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  57.81 
 
 
66 aa  66.2  0.0000000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  unclonable  0.000000276652  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0923  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  57.81 
 
 
66 aa  66.2  0.0000000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000200134  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1840  cold-shock DNA-binding domain protein  57.14 
 
 
70 aa  66.2  0.0000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1274  cold-shock DNA-binding protein family protein  53.03 
 
 
67 aa  66.2  0.0000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1358  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  55.56 
 
 
70 aa  66.2  0.0000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000569017 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0051  cold shock protein  58.33 
 
 
69 aa  66.2  0.0000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.86437  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3261  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  55.56 
 
 
69 aa  66.2  0.0000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2681  cold-shock DNA-binding domain protein  53.03 
 
 
67 aa  66.2  0.0000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0114675  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3227  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  52.31 
 
 
70 aa  66.2  0.0000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.751558  normal  0.890411 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2588  cold-shock DNA-binding domain protein  53.03 
 
 
67 aa  66.2  0.0000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.110334  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2129  cold-shock DNA-binding domain protein  57.14 
 
 
70 aa  66.6  0.0000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0754  cold-shock DNA-binding domain protein  57.58 
 
 
66 aa  66.2  0.0000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3637  putative cold-shock DNA-binding domain protein  48.53 
 
 
67 aa  65.5  0.0000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4042  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50 
 
 
67 aa  65.5  0.0000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1257  putative cold shock-like protein  56.67 
 
 
70 aa  65.9  0.0000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.143325 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1034  cold shock-like protein CspG  58.33 
 
 
69 aa  65.9  0.0000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0273  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  52.24 
 
 
67 aa  65.1  0.0000000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.355642 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0262  cold-shock DNA-binding domain protein  51.47 
 
 
67 aa  65.1  0.0000000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2122  cold-shock DNA-binding domain protein  55.56 
 
 
70 aa  65.1  0.0000000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2129  cold-shock DNA-binding domain protein  50 
 
 
69 aa  65.1  0.0000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0273  cold-shock DNA-binding domain protein  51.47 
 
 
67 aa  65.1  0.0000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1947  Cold-shock protein DNA-binding  51.56 
 
 
68 aa  65.1  0.0000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.711231  hitchhiker  0.00117492 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1900  cold-shock DNA-binding domain protein  51.47 
 
 
67 aa  65.1  0.0000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.030523  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0252  cold-shock DNA-binding protein family protein  51.47 
 
 
67 aa  65.1  0.0000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.994476  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3292  cold-shock DNA-binding domain protein  51.47 
 
 
67 aa  65.1  0.0000000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  hitchhiker  0.0070619  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1662  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  49.37 
 
 
79 aa  65.1  0.0000000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.801094 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1369  hypothetical protein  53.03 
 
 
66 aa  65.1  0.0000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.309276 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1111  cold shock transcriptional regulator CspA  53.97 
 
 
70 aa  65.1  0.0000000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1376  cold-shock DNA-binding protein family protein  53.62 
 
 
67 aa  65.1  0.0000000003  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.128629  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6800  cold-shock DNA-binding domain protein  48.53 
 
 
67 aa  65.1  0.0000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00992  DNA-binding transcriptional regulator  50.79 
 
 
70 aa  64.7  0.0000000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2653  cold-shock DNA-binding domain protein  50.79 
 
 
70 aa  64.7  0.0000000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000496106  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1225  cold shock protein CspG  50.79 
 
 
70 aa  64.7  0.0000000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000203795  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4117  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  48.53 
 
 
67 aa  64.7  0.0000000004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.327381  normal  0.21845 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1584  cold-shock DNA-binding protein family  52.94 
 
 
67 aa  64.7  0.0000000004  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  unclonable  0.0000000000000297873  unclonable  9.08249e-24 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1099  cold shock protein CspG  50.79 
 
 
70 aa  64.7  0.0000000004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_16470  putative cold-shock DNA-binding domain protein  56.25 
 
 
67 aa  64.7  0.0000000004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  8.463030000000001e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2326  cold shock protein CspG  50.79 
 
 
70 aa  64.7  0.0000000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000227415  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1366  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  57.14 
 
 
69 aa  64.7  0.0000000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1105  cold shock protein CspG  50.79 
 
 
70 aa  64.7  0.0000000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000233553  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2607  cold shock protein CspG  50.79 
 
 
70 aa  64.7  0.0000000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.286712  normal  0.273161 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00999  hypothetical protein  50.79 
 
 
70 aa  64.7  0.0000000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2135  cold shock protein CspG  50.79 
 
 
70 aa  64.7  0.0000000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2415  cold-shock DNA-binding domain protein  48.53 
 
 
67 aa  64.3  0.0000000005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.751848  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1762  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  48.53 
 
 
67 aa  64.3  0.0000000005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00760021 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0306  cold shock domain-contain protein  52.38 
 
 
70 aa  64.3  0.0000000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.751232  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1878  cold-shock DNA-binding protein family protein  50.77 
 
 
66 aa  64.3  0.0000000005  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0958  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  52.94 
 
 
68 aa  64.3  0.0000000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000177063  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1775  cold-shock protein, DNA-binding  48.53 
 
 
67 aa  64.3  0.0000000005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0218  putative cold-shock DNA-binding domain protein  48.53 
 
 
67 aa  63.9  0.0000000006  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.230692  hitchhiker  0.00399283 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1165  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  56.67 
 
 
69 aa  64.3  0.0000000006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.122246 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3598  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  54.55 
 
 
66 aa  64.3  0.0000000006  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.851035  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3483  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  54.1 
 
 
70 aa  64.3  0.0000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.207055  normal  0.0338515 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2061  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  55.56 
 
 
70 aa  63.9  0.0000000007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.97163  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5134  cold-shock DNA-binding protein family protein  48.53 
 
 
67 aa  63.9  0.0000000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.984065  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0927  cold-shock protein, DNA-binding  53.97 
 
 
70 aa  63.9  0.0000000007  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000650584  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0028  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  53.12 
 
 
66 aa  63.5  0.0000000008  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.00000000000670362  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1929  cold-shock DNA-binding protein family protein  54.1 
 
 
70 aa  63.9  0.0000000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00237274  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1853  cold-shock DNA-binding protein family protein  53.85 
 
 
66 aa  63.9  0.0000000008  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.00000000550442  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2762  hypothetical protein  51.56 
 
 
71 aa  63.5  0.0000000009  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1151  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  56.25 
 
 
66 aa  63.5  0.0000000009  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.00000468526  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0979  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  56.25 
 
 
66 aa  63.5  0.0000000009  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000188175  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1464  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  57.14 
 
 
69 aa  63.5  0.0000000009  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0010  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  54.55 
 
 
65 aa  63.5  0.0000000009  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  unclonable  0.00000000102405  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2883  cold-shock DNA-binding domain protein  57.14 
 
 
69 aa  63.5  0.0000000009  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00808952 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1500  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  57.14 
 
 
69 aa  63.5  0.0000000009  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1221  cold shock DNA-binding domain-containing protein  53.97 
 
 
70 aa  62.8  0.000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1220  cold shock DNA-binding domain-containing protein  53.97 
 
 
70 aa  63.2  0.000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4019  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  52.94 
 
 
66 aa  63.2  0.000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000020604  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3605  putative cold-shock DNA-binding domain protein  47.06 
 
 
67 aa  63.5  0.000000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.439248 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0444  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  53.97 
 
 
70 aa  63.2  0.000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1006  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  54.17 
 
 
89 aa  63.5  0.000000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.644816  hitchhiker  0.000419725 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2494  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50 
 
 
67 aa  62.8  0.000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.170049  decreased coverage  0.000196654 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0374  cold shock DNA-binding domain-containing protein  53.97 
 
 
70 aa  62.8  0.000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3052  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  47.06 
 
 
70 aa  62.8  0.000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1469  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  57.14 
 
 
69 aa  63.2  0.000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_5000  cold shock protein  47.06 
 
 
70 aa  63.5  0.000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>