More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Acid345_4183 on replicon NC_008009
Organism: Candidatus Koribacter versatilis Ellin345



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008009  Acid345_4183  cold-shock DNA-binding protein family protein  100 
 
 
67 aa  139  1.9999999999999998e-32  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0862888  normal  0.391924 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4356  cold-shock DNA-binding protein family protein  70.97 
 
 
66 aa  99  2e-20  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.184389 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4019  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  72.58 
 
 
66 aa  96.3  1e-19  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000020604  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2630  cold-shock DNA-binding domain protein  71.43 
 
 
66 aa  95.5  2e-19  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.681724  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1266  cold-shock DNA-binding protein family protein  67.19 
 
 
66 aa  95.5  2e-19  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  2.7573e-18  decreased coverage  0.00000000000100442 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0226  cold-shock DNA-binding protein family protein  65.62 
 
 
65 aa  95.9  2e-19  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000017804  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1235  cold-shock DNA-binding protein family protein  71.43 
 
 
66 aa  95.5  2e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2724  cold-shock DNA-binding domain protein  71.43 
 
 
66 aa  95.5  2e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.720009  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1905  cold shock domain-contain protein  66.67 
 
 
66 aa  94.7  4e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00000974395  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2532  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  70.97 
 
 
65 aa  94  6e-19  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.19716  normal  0.287944 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5298  cold shock protein CspC  62.12 
 
 
67 aa  93.6  9e-19  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5356  cold shock protein CspC  62.12 
 
 
67 aa  93.6  9e-19  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2627  cold-shock DNA-binding domain protein  66.13 
 
 
66 aa  93.2  9e-19  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0368791  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0958  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  61.19 
 
 
68 aa  93.2  1e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000177063  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4985  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  62.12 
 
 
67 aa  93.2  1e-18  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5040  cold shock protein CspC  62.12 
 
 
67 aa  93.2  1e-18  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4870  cold shock protein  62.12 
 
 
67 aa  93.2  1e-18  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4885  cold shock protein  62.12 
 
 
67 aa  93.2  1e-18  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2197  cold-shock DNA-binding domain protein  66.67 
 
 
66 aa  92.8  1e-18  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.000000106738  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5280  cold shock protein CspC  62.12 
 
 
67 aa  93.2  1e-18  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000584465 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1077  cold-shock DNA-binding domain protein  64.52 
 
 
66 aa  92.8  1e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.27833e-32 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0208  cold-shock DNA-binding domain protein  65.08 
 
 
66 aa  93.2  1e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000000000807689  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1894  cold-shock DNA-binding protein family protein  66.13 
 
 
66 aa  92.8  1e-18  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.00218073  hitchhiker  0.000840233 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4519  cold-shock DNA-binding protein family protein  67.74 
 
 
66 aa  93.2  1e-18  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3185  cold-shock DNA-binding domain protein  64.52 
 
 
66 aa  92.8  1e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000000000997397  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0581  cold-shock domain-contain protein  64.06 
 
 
66 aa  92.8  2e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0833  cold-shock protein DNA-binding  66.13 
 
 
66 aa  92  2e-18  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000457197  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0942  cold-shock DNA-binding protein family protein  62.12 
 
 
71 aa  92  2e-18  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2222  cold-shock DNA-binding domain protein  63.49 
 
 
66 aa  92.4  2e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000000000977172  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2536  cold-shock DNA-binding protein family protein  65.08 
 
 
69 aa  92.4  2e-18  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.532819  normal  0.0603654 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0191  cold-shock DNA-binding domain protein  65.08 
 
 
66 aa  92.4  2e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  8.97537e-36 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3186  cold-shock DNA-binding domain protein  61.9 
 
 
67 aa  92.4  2e-18  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000014796  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2005  cold-shock DNA-binding domain protein  63.49 
 
 
66 aa  92.4  2e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.1727900000000003e-24 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0817  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  66.13 
 
 
66 aa  92  2e-18  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.000000123312  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5310  cold shock protein CspC  63.49 
 
 
65 aa  91.7  3e-18  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.156889  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0340  cold-shock DNA-binding protein family protein  63.49 
 
 
66 aa  91.7  3e-18  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  unclonable  3.6796e-20  unclonable  6.2466300000000005e-24 
 
 
 
NC_009524  PsycPRwf_0769  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  63.08 
 
 
71 aa  91.7  3e-18  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000056179  normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5424  cold shock protein CspC  63.49 
 
 
65 aa  91.7  3e-18  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.491326  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5647  cold shock protein CspC  63.49 
 
 
65 aa  91.7  3e-18  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000135799 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0466  CSD family cold shock protein  66.13 
 
 
66 aa  91.3  4e-18  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.281351  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1505  cold-shock DNA-binding protein family protein  64.06 
 
 
66 aa  91.3  4e-18  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.248091  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2223  cold-shock DNA-binding protein family  61.9 
 
 
65 aa  91.3  4e-18  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000339527  decreased coverage  1.60158e-22 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1475  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  63.49 
 
 
71 aa  90.9  5e-18  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1878  cold-shock DNA-binding protein family protein  62.5 
 
 
66 aa  90.5  6e-18  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0557  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  62.5 
 
 
67 aa  90.1  8e-18  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0146749  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0191  cold-shock domain-contain protein  61.9 
 
 
66 aa  90.1  1e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0207  cold-shock domain-contain protein  64.52 
 
 
66 aa  89.7  1e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.0000092661  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1502  cold-shock DNA-binding domain protein  63.49 
 
 
68 aa  89.7  1e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.683183 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0387  cold-shock DNA-binding domain protein  63.64 
 
 
67 aa  89.7  1e-17  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.000000000327706  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2891  cold-shock DNA-binding domain protein  61.29 
 
 
66 aa  89.7  1e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  6.87323e-28 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1523  cold-shock DNA-binding protein family protein  64.06 
 
 
66 aa  90.1  1e-17  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.478782  normal  0.638647 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2739  cold-shock DNA-binding domain protein  63.49 
 
 
68 aa  89.7  1e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000080188  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3728  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  61.9 
 
 
65 aa  90.1  1e-17  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.484525  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3308  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  62.9 
 
 
66 aa  90.1  1e-17  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000000515158  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4380  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  64.52 
 
 
66 aa  89  2e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000149248  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0273  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  68.85 
 
 
67 aa  89  2e-17  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.355642 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1110  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  61.9 
 
 
69 aa  89.4  2e-17  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0603017  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2901  cold-shock DNA-binding domain protein  66.15 
 
 
66 aa  88.2  3e-17  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  unclonable  0.0000000000581473  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2178  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  61.9 
 
 
65 aa  88.2  3e-17  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3711  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  63.49 
 
 
66 aa  88.6  3e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000509741  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4020  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  62.9 
 
 
66 aa  88.2  3e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000184454  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0201  cold shock protein  63.49 
 
 
66 aa  88.2  4e-17  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000435671  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3080  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  64.52 
 
 
65 aa  87.8  4e-17  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000356634  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1853  cold-shock DNA-binding protein family protein  63.08 
 
 
66 aa  87.8  4e-17  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.00000000550442  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2949  cold-shock DNA-binding protein family protein  66.67 
 
 
69 aa  87.8  4e-17  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000763354  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2806  cold shock proteins  63.49 
 
 
85 aa  87.8  5e-17  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  5.72104e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0237  cold-shock DNA-binding protein family protein  61.29 
 
 
66 aa  87.8  5e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000692047  hitchhiker  0.0000000000000296416 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1369  hypothetical protein  60 
 
 
66 aa  87.4  5e-17  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.309276 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1391  cold-shock DNA-binding domain protein  58.73 
 
 
66 aa  87.4  5e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000000000857842  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1953  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  60.94 
 
 
69 aa  87.8  5e-17  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0846226  normal  0.0196408 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4220  cold-shock protein  60.61 
 
 
69 aa  87.4  6e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39180  Cold-shock-like protein  61.54 
 
 
69 aa  87.4  6e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.197755  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49410  cold-shock protein  60.61 
 
 
69 aa  87.4  6e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000191939  normal  0.274128 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4042  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  70.49 
 
 
67 aa  87.4  6e-17  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1263  cold-shock DNA-binding protein family protein  57.58 
 
 
205 aa  87  7e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.18948  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0028  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  65.57 
 
 
66 aa  87  7e-17  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.00000000000670362  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4547  cold-shock protein  57.81 
 
 
203 aa  87.4  7e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1732  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  67.21 
 
 
66 aa  87  7e-17  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.0000000000101176  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51840  cold-shock protein  57.81 
 
 
204 aa  87.4  7e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.192967  hitchhiker  0.0041484 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05400  putative cold-shock DNA-binding domain protein  60 
 
 
67 aa  87  8e-17  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  4.33246e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0273  cold-shock DNA-binding domain protein  67.21 
 
 
67 aa  87  8e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0252  cold-shock DNA-binding protein family protein  67.21 
 
 
67 aa  87  8e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.994476  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0262  cold-shock DNA-binding domain protein  67.21 
 
 
67 aa  87  8e-17  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0103  cold-shock DNA-binding domain protein  67.21 
 
 
67 aa  86.7  9e-17  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1045  cold-shock DNA-binding domain protein  67.21 
 
 
67 aa  86.3  1e-16  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.396466  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3292  cold-shock DNA-binding domain protein  68.85 
 
 
67 aa  86.7  1e-16  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  hitchhiker  0.0070619  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3366  cold-shock DNA-binding domain protein  68.85 
 
 
67 aa  86.3  1e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0988  cold-shock DNA-binding protein family protein  67.21 
 
 
67 aa  86.3  1e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1049  cold-shock DNA-binding domain protein  67.21 
 
 
67 aa  86.3  1e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3973  cold-shock DNA-binding domain protein  62.9 
 
 
65 aa  86.7  1e-16  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.000000000342931  unclonable  0.0000000000681945 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1587  cold-shock DNA-binding protein family  63.49 
 
 
66 aa  85.5  2e-16  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000012511  unclonable  7.72165e-24 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3069  cold-shock DNA-binding protein family protein  63.49 
 
 
69 aa  85.5  2e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0986156  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3670  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  60.32 
 
 
66 aa  85.9  2e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.000000000254143  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4117  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  68.85 
 
 
67 aa  85.9  2e-16  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.327381  normal  0.21845 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_16470  putative cold-shock DNA-binding domain protein  61.29 
 
 
67 aa  85.9  2e-16  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  8.463030000000001e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1466  cold-shock DNA-binding domain protein  67.74 
 
 
67 aa  85.9  2e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.00122582  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2649  cold-shock DNA-binding domain protein  60.32 
 
 
69 aa  85.1  3e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.139093  normal  0.222327 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6113  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  63.93 
 
 
66 aa  85.1  3e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3009  cold-shock DNA-binding domain protein  59.68 
 
 
66 aa  85.1  3e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000000338094  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0645  cold-shock DNA-binding domain protein  61.29 
 
 
66 aa  85.1  3e-16  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.0000000155303  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>