More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Paes_0734 on replicon NC_011059
Organism: Prosthecochloris aestuarii DSM 271



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011059  Paes_0734  cold-shock DNA-binding domain protein  100 
 
 
95 aa  196  9e-50  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0830  cold-shock DNA-binding domain protein  75 
 
 
96 aa  125  2.0000000000000002e-28  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1819  cold-shock DNA-binding domain protein  78.67 
 
 
85 aa  125  2.0000000000000002e-28  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.959275  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1762  cold-shock DNA-binding protein family protein  72.73 
 
 
85 aa  123  8.000000000000001e-28  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0597  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  83.82 
 
 
89 aa  122  2e-27  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0934  cold-shock DNA-binding domain protein  74.67 
 
 
84 aa  120  6e-27  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.679655  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0235  cold-shock DNA-binding domain protein  65 
 
 
95 aa  86.7  9e-17  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.433921  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2279  cold-shock DNA-binding domain protein  49.3 
 
 
310 aa  73.6  0.0000000000009  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.703886  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03487  putative cold shock-like protein cspG  50.75 
 
 
69 aa  72.8  0.000000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1947  Cold-shock protein DNA-binding  53.62 
 
 
68 aa  72.4  0.000000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.711231  hitchhiker  0.00117492 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1466  cold-shock DNA-binding domain protein  59.02 
 
 
67 aa  72.4  0.000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.00122582  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1358  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  57.14 
 
 
70 aa  70.9  0.000000000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000569017 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2863  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  52.38 
 
 
67 aa  70.9  0.000000000006  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000000104202  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0278  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  58.21 
 
 
65 aa  70.9  0.000000000006  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  unclonable  0.0000000141015  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0010  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  56.72 
 
 
65 aa  70.5  0.000000000007  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  unclonable  0.00000000102405  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1257  putative cold shock-like protein  58.33 
 
 
70 aa  70.5  0.000000000008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.143325 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3261  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  57.14 
 
 
69 aa  70.5  0.000000000008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3637  putative cold-shock DNA-binding domain protein  53.97 
 
 
67 aa  69.7  0.00000000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1369  hypothetical protein  56.25 
 
 
66 aa  69.7  0.00000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.309276 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0320  cold-shock DNA-binding protein family  56.25 
 
 
68 aa  68.6  0.00000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.673011 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0945  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  58.46 
 
 
66 aa  69.3  0.00000000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  unclonable  0.000000276652  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0923  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  58.46 
 
 
66 aa  69.3  0.00000000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000200134  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5134  cold-shock DNA-binding protein family protein  53.97 
 
 
67 aa  68.6  0.00000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.984065  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0028  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  56.92 
 
 
66 aa  68.6  0.00000000003  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.00000000000670362  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2454  cold shock protein CspA  50.72 
 
 
67 aa  67.8  0.00000000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.0000000020427  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2257  cold shock protein CspA  50.72 
 
 
67 aa  67.8  0.00000000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000681816  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2216  cold shock protein  50.72 
 
 
67 aa  67.8  0.00000000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  9.62754e-25  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2177  cold shock protein  50.72 
 
 
67 aa  67.8  0.00000000005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000147175  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2422  cold shock protein CspA  50.72 
 
 
67 aa  67.8  0.00000000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000271714  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2440  cold shock protein CspA  50.72 
 
 
67 aa  67.8  0.00000000005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.11145 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2698  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  53.97 
 
 
70 aa  67.8  0.00000000005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.089353  normal  0.418887 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2521  cold shock protein CspA  50.72 
 
 
67 aa  67.8  0.00000000005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000175758  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1165  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  56.67 
 
 
69 aa  67.8  0.00000000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.122246 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0958  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  56.06 
 
 
68 aa  67.8  0.00000000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000177063  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0948  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  53.97 
 
 
67 aa  67.4  0.00000000006  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.360484  normal  0.128926 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2129  cold-shock DNA-binding domain protein  53.12 
 
 
69 aa  67.4  0.00000000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_16470  putative cold-shock DNA-binding domain protein  53.62 
 
 
67 aa  67  0.00000000008  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  8.463030000000001e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0926  cold-shock DNA-binding domain protein  52.11 
 
 
71 aa  67  0.00000000008  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000157292  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0013  cold-shock DNA-binding domain protein  49.21 
 
 
67 aa  67  0.00000000009  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0628  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50.79 
 
 
67 aa  67  0.00000000009  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0560  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50 
 
 
67 aa  66.6  0.0000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8911  putative cold-shock DNA-binding domain protein  53.97 
 
 
66 aa  66.6  0.0000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0273  cold-shock DNA-binding domain protein  52.38 
 
 
67 aa  66.2  0.0000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2426  cold-shock DNA-binding domain protein  52.38 
 
 
67 aa  66.2  0.0000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.386206  normal  0.184038 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6800  cold-shock DNA-binding domain protein  50.79 
 
 
67 aa  66.6  0.0000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0252  cold-shock DNA-binding protein family protein  52.38 
 
 
67 aa  66.2  0.0000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.994476  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3598  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  55.38 
 
 
66 aa  66.2  0.0000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.851035  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05400  putative cold-shock DNA-binding domain protein  55.07 
 
 
67 aa  66.2  0.0000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  4.33246e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0262  cold-shock DNA-binding domain protein  52.38 
 
 
67 aa  66.2  0.0000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3605  putative cold-shock DNA-binding domain protein  48.48 
 
 
67 aa  66.2  0.0000000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.439248 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0218  putative cold-shock DNA-binding domain protein  50 
 
 
67 aa  66.2  0.0000000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.230692  hitchhiker  0.00399283 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6113  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  54.69 
 
 
66 aa  66.2  0.0000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0668  cold-shock DNA-binding domain protein  49.21 
 
 
67 aa  65.9  0.0000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.16024  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02738  putative Cold shock-like protein  50 
 
 
70 aa  65.9  0.0000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.161159  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1580  cold-shock DNA-binding domain protein  48.48 
 
 
67 aa  65.9  0.0000000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.507056  normal  0.495998 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1034  cold shock-like protein CspG  55 
 
 
69 aa  65.5  0.0000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1093  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50.79 
 
 
72 aa  65.9  0.0000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1151  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  53.85 
 
 
66 aa  65.9  0.0000000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.00000468526  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0051  cold shock protein  55 
 
 
69 aa  65.9  0.0000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.86437  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1878  cold-shock DNA-binding protein family protein  52.38 
 
 
66 aa  65.9  0.0000000002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1732  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  55.38 
 
 
66 aa  65.5  0.0000000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.0000000000101176  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4269  cold-shock DNA-binding protein family protein  49.21 
 
 
67 aa  65.9  0.0000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2880  cold-shock DNA-binding domain protein  47.83 
 
 
68 aa  65.5  0.0000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000807571  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1853  cold-shock DNA-binding protein family protein  53.97 
 
 
66 aa  65.5  0.0000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.00000000550442  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0803  cold-shock DNA-binding domain protein  50.79 
 
 
66 aa  65.5  0.0000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0248  cold shock protein CspD  57.38 
 
 
66 aa  65.9  0.0000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00000599312  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0979  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  53.85 
 
 
66 aa  65.9  0.0000000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000188175  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0855  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  47.83 
 
 
67 aa  65.5  0.0000000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.0000000708983  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0310  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  52.24 
 
 
67 aa  65.1  0.0000000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000124748 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1189  cold shock protein CspE  53.12 
 
 
69 aa  65.1  0.0000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1762  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50 
 
 
67 aa  65.1  0.0000000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00760021 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1235  cold-shock DNA-binding protein family protein  56.45 
 
 
66 aa  65.1  0.0000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1274  cold-shock DNA-binding protein family protein  54.1 
 
 
67 aa  65.5  0.0000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2681  cold-shock DNA-binding domain protein  54.1 
 
 
67 aa  65.5  0.0000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0114675  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0368  cold-shock DNA-binding domain protein  53.03 
 
 
68 aa  65.1  0.0000000003  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  unclonable  2.16983e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2588  cold-shock DNA-binding domain protein  54.1 
 
 
67 aa  65.5  0.0000000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.110334  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2630  cold-shock DNA-binding domain protein  56.45 
 
 
66 aa  65.1  0.0000000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.681724  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2724  cold-shock DNA-binding domain protein  56.45 
 
 
66 aa  65.1  0.0000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.720009  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0638  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  44.94 
 
 
87 aa  65.1  0.0000000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.557859  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1110  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  56.67 
 
 
69 aa  65.1  0.0000000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0603017  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0268  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  52.24 
 
 
67 aa  65.1  0.0000000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00110044 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1775  cold-shock protein, DNA-binding  50 
 
 
67 aa  65.1  0.0000000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3242  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  57.38 
 
 
66 aa  65.5  0.0000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.0000000134861  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0103  cold-shock DNA-binding domain protein  47.62 
 
 
67 aa  65.1  0.0000000003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00992  DNA-binding transcriptional regulator  49.21 
 
 
70 aa  64.7  0.0000000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2627  cold-shock DNA-binding domain protein  56.25 
 
 
66 aa  64.7  0.0000000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0368791  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2653  cold-shock DNA-binding domain protein  49.21 
 
 
70 aa  64.7  0.0000000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000496106  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1225  cold shock protein CspG  49.21 
 
 
70 aa  64.7  0.0000000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000203795  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0273  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  53.23 
 
 
67 aa  64.7  0.0000000004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.355642 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1777  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  47.83 
 
 
67 aa  64.7  0.0000000004  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000000555984  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1105  cold shock protein CspG  49.21 
 
 
70 aa  64.7  0.0000000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000233553  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1099  cold shock protein CspG  49.21 
 
 
70 aa  64.7  0.0000000004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2135  cold shock protein CspG  49.21 
 
 
70 aa  64.7  0.0000000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2221  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  55.74 
 
 
66 aa  64.7  0.0000000004  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.00000000348612  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2607  cold shock protein CspG  49.21 
 
 
70 aa  64.7  0.0000000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.286712  normal  0.273161 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0392  cold-shock DNA-binding protein family protein  52.31 
 
 
92 aa  64.7  0.0000000004  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2326  cold shock protein CspG  49.21 
 
 
70 aa  64.7  0.0000000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000227415  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1662  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  45.68 
 
 
79 aa  65.1  0.0000000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.801094 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1900  cold-shock DNA-binding domain protein  53.12 
 
 
67 aa  64.7  0.0000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.030523  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00999  hypothetical protein  49.21 
 
 
70 aa  64.7  0.0000000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>