More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbro_3145 on replicon NC_013441
Organism: Gordonia bronchialis DSM 43247



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013441  Gbro_3145  Cold-shock protein DNA-binding protein  100 
 
 		 164 aa  324  4.0000000000000003e-88  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.843099  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2741  cold-shock DNA-binding domain protein  58.86 
 
 		 152 aa  152  2e-36  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4200  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  39.1 
 
 		 146 aa  98.6  3e-20  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0910872  normal  0.749922 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1949  cold-shock DNA-binding protein family protein  37.42 
 
 		 141 aa  97.1  9e-20  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0433733  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0353  putative cold-shock DNA-binding domain protein  35.03 
 
 		 156 aa  79.3  0.00000000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.361723  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2213  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  32.5 
 
 		 138 aa  77  0.0000000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.557194  normal  0.22233 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2070  cold-shock protein, DNA-binding  33.12 
 
 		 137 aa  74.7  0.0000000000005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.176613  normal  0.566807 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02738  putative Cold shock-like protein  45.45 
 
 		 70 aa  60.8  0.000000008  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.161159  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4185  cold-shock DNA-binding domain protein  42.5 
 
 		 127 aa  60.1  0.00000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.942545  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0848  cold-shock DNA-binding domain protein  40 
 
 		 127 aa  59.3  0.00000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.433224  decreased coverage  0.00674689 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0507  cold-shock DNA-binding domain protein  45.16 
 
 		 67 aa  59.3  0.00000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.804223  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2963  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  38.81 
 
 		 70 aa  58.9  0.00000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.711924 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3294  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  40 
 
 		 131 aa  58.5  0.00000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.977708  normal  0.173304 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8902  putative cold-shock DNA-binding domain protein  45.21 
 
 		 132 aa  58.2  0.00000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.197613  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4731  cold-shock DNA-binding domain protein  38.82 
 
 		 129 aa  58.5  0.00000004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0146  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  38.37 
 
 		 132 aa  58.5  0.00000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00475602 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0200  cold-shock DNA-binding domain protein  46.67 
 
 		 311 aa  58.5  0.00000004  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0333811  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02364  stress response protein CspD  40.91 
 
 		 72 aa  58.2  0.00000005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.000164326  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0735  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  44.44 
 
 		 70 aa  58.2  0.00000005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2238  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  44.93 
 
 		 71 aa  58.2  0.00000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.611476  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26200  cold-shock DNA-binding protein family  31.82 
 
 		 128 aa  57.8  0.00000007  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.109676  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0818  cold-shock DNA-binding domain protein  40 
 
 		 135 aa  57.8  0.00000007  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1685  cold-shock DNA-binding protein family protein  34.52 
 
 		 89 aa  57.4  0.00000009  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000048024  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0746  cold-shock DNA-binding domain protein  41.46 
 
 		 127 aa  57.4  0.00000009  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0633058  hitchhiker  0.00940381 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0927  cold-shock protein, DNA-binding  42.86 
 
 		 70 aa  57  0.0000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000650584  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2904  cold-shock DNA-binding protein family protein  41.54 
 
 		 71 aa  56.6  0.0000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0532076  normal  0.608581 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0104  cold-shock DNA-binding protein family protein  40.58 
 
 		 129 aa  56.6  0.0000001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1358  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  43.75 
 
 		 70 aa  57  0.0000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000569017 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2883  cold-shock DNA-binding domain protein  41.54 
 
 		 69 aa  56.2  0.0000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00808952 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1500  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  41.54 
 
 		 69 aa  56.2  0.0000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0825  cold-shock DNA-binding domain protein  39.36 
 
 		 139 aa  56.6  0.0000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.425934  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1464  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  41.54 
 
 		 69 aa  56.2  0.0000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1464  cold-shock family protein  41.1 
 
 		 83 aa  56.6  0.0000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1366  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  43.08 
 
 		 69 aa  55.8  0.0000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1250  cold-shock DNA-binding protein family protein  41.54 
 
 		 71 aa  56.2  0.0000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.124236  normal  0.203788 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1236  Cold-shock protein DNA-binding protein  37.37 
 
 		 155 aa  55.5  0.0000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.111681  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1514  cold-shock family protein  41.1 
 
 		 71 aa  55.5  0.0000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0493  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  41.94 
 
 		 66 aa  55.5  0.0000003  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.156279  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1892  cold-shock DNA-binding domain protein  44.44 
 
 		 67 aa  55.8  0.0000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4713  cold-shock DNA-binding domain protein  46.03 
 
 		 67 aa  55.8  0.0000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1648  cold shock domain-contain protein  42.19 
 
 		 69 aa  55.1  0.0000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0234  cold-shock DNA-binding protein family protein  36.99 
 
 		 127 aa  55.5  0.0000004  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10888  cold shock protein B cspB  34.44 
 
 		 138 aa  55.1  0.0000004  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  3.73128e-16  normal  0.272066 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000590  cold shock protein CspA  43.75 
 
 		 69 aa  55.1  0.0000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00446829  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2463  cold-shock DNA-binding protein family protein  43.28 
 
 		 89 aa  55.1  0.0000004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.843644 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2930  cold-shock DNA-binding domain protein  40.58 
 
 		 127 aa  54.7  0.0000005  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.915487  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1469  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  41.54 
 
 		 69 aa  55.1  0.0000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06418  hypothetical protein  43.75 
 
 		 70 aa  54.7  0.0000006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1369  hypothetical protein  46.77 
 
 		 66 aa  54.3  0.0000006  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.309276 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0312  cold-shock DNA-binding domain protein  41.27 
 
 		 418 aa  54.3  0.0000006  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.147611  hitchhiker  0.000223606 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2743  cold-shock DNA-binding domain protein  42.03 
 
 		 71 aa  54.3  0.0000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1053  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  41.33 
 
 		 180 aa  54.3  0.0000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2622  cold-shock DNA-binding protein family protein  41.54 
 
 		 69 aa  54.3  0.0000007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00345453 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2689  cold-shock DNA-binding protein family protein  41.54 
 
 		 69 aa  54.3  0.0000007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000312687 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3003  cold-shock DNA-binding domain protein  42.03 
 
 		 71 aa  54.3  0.0000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.667413 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1672  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  42.25 
 
 		 73 aa  54.3  0.0000007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.974123 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1564  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  37.88 
 
 		 68 aa  54.3  0.0000008  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0747165  normal  0.986392 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1668  cold-shock DNA-binding protein family protein  41.94 
 
 		 67 aa  54.3  0.0000008  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.0000281076  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0493  hypothetical protein  39.19 
 
 		 77 aa  53.9  0.0000009  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3261  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  43.55 
 
 		 69 aa  53.9  0.0000009  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3598  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  46.77 
 
 		 66 aa  53.5  0.000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.851035  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1650  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  41.43 
 
 		 71 aa  53.5  0.000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0051  cold shock protein  42.86 
 
 		 69 aa  53.9  0.000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.86437  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2628  stress response protein CspD  37.88 
 
 		 68 aa  53.5  0.000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1054  cold shock protein CspA  44.62 
 
 		 67 aa  53.1  0.000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000920965  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0895  cold-shock DNA-binding domain protein  40.32 
 
 		 63 aa  53.5  0.000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.164019 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1029  cold shock protein  44.62 
 
 		 67 aa  53.1  0.000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  3.00447e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1213  cold shock protein CspA  44.62 
 
 		 67 aa  53.5  0.000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0469  hypothetical protein  39.19 
 
 		 77 aa  53.9  0.000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_31390  cold-shock DNA-binding protein family  39.73 
 
 		 127 aa  53.5  0.000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.5492  normal  0.13403 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1135  cold shock protein CspA  44.62 
 
 		 67 aa  53.1  0.000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000287991  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01731  hypothetical protein  40.91 
 
 		 68 aa  53.5  0.000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3018  cold-shock DNA-binding domain protein  43.55 
 
 		 63 aa  53.9  0.000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.0000000391893  normal  0.904013 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1257  putative cold shock-like protein  42.19 
 
 		 70 aa  53.9  0.000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.143325 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2229  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  37.88 
 
 		 68 aa  53.5  0.000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.205522  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2376  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  39.39 
 
 		 84 aa  53.5  0.000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0000357457  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2134  cold-shock DNA-binding protein family protein  42.65 
 
 		 70 aa  53.5  0.000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.895111  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1646  cold-shock DNA-binding protein family protein  37.88 
 
 		 68 aa  53.5  0.000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000452654  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1721  cold-shock DNA-binding protein family protein  37.88 
 
 		 68 aa  53.5  0.000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00000154262  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1751  cold-shock DNA-binding protein family protein  37.88 
 
 		 68 aa  53.5  0.000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00123105  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2698  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  43.75 
 
 		 70 aa  53.5  0.000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.089353  normal  0.418887 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2534  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  40 
 
 		 68 aa  53.1  0.000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.629108  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5157  cold-shock DNA-binding domain protein  43.55 
 
 		 63 aa  53.5  0.000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03487  putative cold shock-like protein cspG  41.27 
 
 		 69 aa  52.4  0.000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG2100  CSD family cold shock protein  36.92 
 
 		 67 aa  52.8  0.000002  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1896  cold-shock DNA-binding domain protein  40.98 
 
 		 67 aa  53.1  0.000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.385975  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1440  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  38.71 
 
 		 67 aa  52.8  0.000002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5567  cold shock protein  38.81 
 
 		 70 aa  52.4  0.000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.197261  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2346  cold-shock DNA-binding protein family protein  38.89 
 
 		 180 aa  52.8  0.000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2140  cold-shock DNA-binding protein family protein  41.94 
 
 		 67 aa  52.8  0.000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.000000000648799  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8097  cold-shock DNA-binding domain protein  37.5 
 
 		 131 aa  52.8  0.000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1042  cold-shock DNA-binding domain protein  35.48 
 
 		 68 aa  53.1  0.000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1165  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  41.94 
 
 		 69 aa  53.1  0.000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.122246 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2256  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  38.46 
 
 		 68 aa  52.8  0.000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0306  cold shock domain-contain protein  40.62 
 
 		 70 aa  53.1  0.000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.751232  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_04410  cold shock domain protein CspD  43.86 
 
 		 317 aa  53.1  0.000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.528564 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1765  cold shock DNA-binding protein  38.81 
 
 		 71 aa  53.1  0.000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0225255  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1021  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  38.89 
 
 		 180 aa  52.8  0.000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0436807  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2701  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  38.46 
 
 		 68 aa  52.4  0.000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0238191  normal  0.0590257 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2503  cold-shock DNA-binding protein family protein  36.36 
 
 		 68 aa  52  0.000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00000079429  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>