More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sked_31390 on replicon NC_013521
Organism: Sanguibacter keddieii DSM 10542



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013521  Sked_31390  cold-shock DNA-binding protein family  100 
 
 
127 aa  251  2.0000000000000002e-66  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.5492  normal  0.13403 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0746  cold-shock DNA-binding domain protein  80.31 
 
 
127 aa  206  7e-53  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0633058  hitchhiker  0.00940381 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2047  cold-shock DNA-binding domain protein  74.8 
 
 
127 aa  200  6e-51  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.716085 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0848  cold-shock DNA-binding domain protein  70.87 
 
 
127 aa  190  5e-48  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.433224  decreased coverage  0.00674689 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2930  cold-shock DNA-binding domain protein  69.29 
 
 
127 aa  179  1e-44  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.915487  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0234  cold-shock DNA-binding protein family protein  63.49 
 
 
127 aa  169  1e-41  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0104  cold-shock DNA-binding protein family protein  62.7 
 
 
129 aa  167  4e-41  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3580  putative cold-shock DNA-binding domain protein  65.35 
 
 
152 aa  164  2.9999999999999998e-40  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0321058  normal  0.113438 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4185  cold-shock DNA-binding domain protein  58.27 
 
 
127 aa  159  1e-38  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.942545  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26200  cold-shock DNA-binding protein family  56.25 
 
 
128 aa  157  5e-38  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.109676  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_04160  cold-shock DNA-binding protein family  58.27 
 
 
127 aa  156  1e-37  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0300603  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8902  putative cold-shock DNA-binding domain protein  59.54 
 
 
132 aa  156  1e-37  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.197613  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0481  cold-shock DNA-binding domain protein  57.48 
 
 
131 aa  154  3e-37  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0818  cold-shock DNA-binding domain protein  57.69 
 
 
135 aa  153  7e-37  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0790  cold-shock DNA-binding protein family protein  57.48 
 
 
127 aa  152  2e-36  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0007  cold shock protein  56.35 
 
 
129 aa  151  4e-36  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8097  cold-shock DNA-binding domain protein  55.73 
 
 
131 aa  149  1e-35  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_34040  cold-shock DNA-binding protein family  53.54 
 
 
128 aa  149  1e-35  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0812  cold-shock DNA-binding domain protein  56.15 
 
 
131 aa  147  4e-35  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.507491  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_24110  cold-shock DNA-binding protein family  56.49 
 
 
133 aa  147  4e-35  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0908  cold-shock DNA-binding domain protein  53.97 
 
 
127 aa  145  2.0000000000000003e-34  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.547384 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1236  Cold-shock protein DNA-binding protein  52.94 
 
 
155 aa  143  7.0000000000000006e-34  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.111681  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0722  cold-shock DNA-binding domain protein  53.17 
 
 
129 aa  142  1e-33  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.155583 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0146  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  55.73 
 
 
132 aa  142  1e-33  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00475602 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10888  cold shock protein B cspB  50.37 
 
 
138 aa  138  1.9999999999999998e-32  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  3.73128e-16  normal  0.272066 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4731  cold-shock DNA-binding domain protein  53.49 
 
 
129 aa  138  3e-32  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4426  cold-shock DNA-binding protein family protein  55.38 
 
 
131 aa  138  3e-32  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.285968 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0825  cold-shock DNA-binding domain protein  46.76 
 
 
139 aa  137  3.9999999999999997e-32  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.425934  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3294  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  55.3 
 
 
131 aa  135  1e-31  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.977708  normal  0.173304 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5045  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  48.53 
 
 
136 aa  135  2e-31  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3932  cold-shock DNA-binding protein family protein  50.77 
 
 
131 aa  133  9e-31  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.558986  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1707  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  47.79 
 
 
136 aa  132  9.999999999999999e-31  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4858  cold-shock DNA-binding protein family protein  47.06 
 
 
136 aa  131  3.9999999999999996e-30  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.705438  normal  0.0994336 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4562  cold-shock DNA-binding protein family protein  47.06 
 
 
136 aa  131  3.9999999999999996e-30  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.0340056 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4475  cold-shock DNA-binding protein family protein  46.32 
 
 
147 aa  129  1.0000000000000001e-29  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.534449  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4338  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  48.03 
 
 
128 aa  125  2.0000000000000002e-28  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3947  cold-shock protein, DNA-binding  46.46 
 
 
128 aa  123  8.000000000000001e-28  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.986356  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5860  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  45.86 
 
 
144 aa  118  1.9999999999999998e-26  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.344345 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0028  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50.79 
 
 
66 aa  68.2  0.00000000004  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.00000000000670362  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0278  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  53.33 
 
 
65 aa  67.8  0.00000000005  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  unclonable  0.0000000141015  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2338  cold-shock DNA-binding domain protein  48.44 
 
 
143 aa  66.6  0.0000000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00428193  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3299  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50.79 
 
 
66 aa  66.6  0.0000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.301257  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4701  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50 
 
 
66 aa  65.5  0.0000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000295831  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3497  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  48.44 
 
 
66 aa  65.9  0.0000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.000000616798  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6113  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  49.21 
 
 
66 aa  65.9  0.0000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3728  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  46.88 
 
 
65 aa  65.5  0.0000000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.484525  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5040  cold shock protein CspC  46.88 
 
 
67 aa  64.7  0.0000000004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4870  cold shock protein  46.88 
 
 
67 aa  64.7  0.0000000004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4885  cold shock protein  46.88 
 
 
67 aa  64.7  0.0000000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1853  cold-shock DNA-binding protein family protein  50 
 
 
66 aa  64.7  0.0000000004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.00000000550442  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5280  cold shock protein CspC  46.88 
 
 
67 aa  64.7  0.0000000004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000584465 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4985  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  46.88 
 
 
67 aa  64.7  0.0000000004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5310  cold shock protein CspC  46.88 
 
 
65 aa  64.3  0.0000000005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.156889  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5647  cold shock protein CspC  46.88 
 
 
65 aa  64.3  0.0000000005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000135799 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5424  cold shock protein CspC  46.88 
 
 
65 aa  64.3  0.0000000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.491326  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0268  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50.79 
 
 
67 aa  64.7  0.0000000005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00110044 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0310  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50.79 
 
 
67 aa  64.7  0.0000000005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000124748 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8911  putative cold-shock DNA-binding domain protein  49.21 
 
 
66 aa  64.3  0.0000000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0248  cold shock protein CspD  48.44 
 
 
66 aa  63.9  0.0000000006  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00000599312  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1151  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  51.67 
 
 
66 aa  63.9  0.0000000007  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.00000468526  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0979  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  51.67 
 
 
66 aa  63.9  0.0000000007  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000188175  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5019  cold shock protein CspD  46.88 
 
 
66 aa  63.9  0.0000000008  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0351296  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4754  cold shock protein CspD  46.88 
 
 
66 aa  63.9  0.0000000008  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000000181  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4592  cold shock protein  46.88 
 
 
66 aa  63.9  0.0000000008  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000232551  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4614  cold shock protein  46.88 
 
 
66 aa  63.9  0.0000000008  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.0000000000000169422  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5115  cold shock protein CspD  46.88 
 
 
66 aa  63.9  0.0000000008  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00303936  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5001  cold shock protein CspD  46.88 
 
 
66 aa  63.9  0.0000000008  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.219986  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4990  cold shock protein CspD  46.88 
 
 
66 aa  63.9  0.0000000008  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00510931  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0817  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  47.62 
 
 
66 aa  63.9  0.0000000008  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.000000123312  n/a   
 
 
-
 
NC_008505  LACR_C47  cold-shock DNA-binding protein family protein  45.31 
 
 
66 aa  63.5  0.0000000008  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1376  cold-shock DNA-binding protein family protein  46.88 
 
 
67 aa  63.5  0.0000000008  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.128629  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0833  cold-shock protein DNA-binding  47.62 
 
 
66 aa  63.9  0.0000000008  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000457197  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4972  cold shock protein CspD  46.88 
 
 
66 aa  63.9  0.0000000008  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3548  cold shock protein CspB  48.44 
 
 
66 aa  63.5  0.0000000009  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    decreased coverage  4.8624399999999996e-45 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3553  cold shock protein CspB  48.44 
 
 
66 aa  63.5  0.0000000009  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.0000000000960966  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3333  cold shock protein CspB  48.44 
 
 
66 aa  63.5  0.0000000009  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  0.0000000000000736097  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3297  cold shock protein  48.44 
 
 
66 aa  63.5  0.0000000009  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  1.0310600000000001e-23  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3248  cold shock protein  48.44 
 
 
66 aa  63.5  0.0000000009  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.0000000000000222014  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1670  cold shock protein CspB  48.44 
 
 
66 aa  63.5  0.0000000009  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.000000000143673  decreased coverage  2.4479999999999998e-23 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3594  cold shock protein CspB  48.44 
 
 
66 aa  63.5  0.0000000009  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000632893  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1777  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50.82 
 
 
67 aa  63.5  0.0000000009  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000000555984  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3647  cold shock protein CspB  48.44 
 
 
66 aa  63.5  0.0000000009  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.00000702498  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3557  cold shock protein CspB  48.44 
 
 
66 aa  63.5  0.0000000009  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.000000000616269  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5298  cold shock protein CspC  45.31 
 
 
67 aa  63.2  0.000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05400  putative cold-shock DNA-binding domain protein  46.88 
 
 
67 aa  62.8  0.000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  4.33246e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5356  cold shock protein CspC  45.31 
 
 
67 aa  63.2  0.000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1732  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  48.33 
 
 
66 aa  63.2  0.000000001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.0000000000101176  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2221  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  49.21 
 
 
66 aa  62.4  0.000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.00000000348612  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3621  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  53.23 
 
 
69 aa  62.8  0.000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0652324  hitchhiker  0.000182164 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0803  cold-shock DNA-binding domain protein  48.48 
 
 
66 aa  62.8  0.000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3637  putative cold-shock DNA-binding domain protein  49.25 
 
 
67 aa  62  0.000000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2064  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  49.21 
 
 
67 aa  62  0.000000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.0000000000424325  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0928  cold-shock DNA-binding domain protein  48.33 
 
 
65 aa  61.6  0.000000003  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG2100  CSD family cold shock protein  42.42 
 
 
67 aa  61.2  0.000000004  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2236  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50.82 
 
 
67 aa  61.6  0.000000004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.0000000182228  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3242  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  46.88 
 
 
66 aa  61.6  0.000000004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.0000000134861  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8123  cold-shock DNA-binding domain protein  46.67 
 
 
67 aa  61.6  0.000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0782  cold-shock DNA-binding domain protein  49.21 
 
 
66 aa  60.8  0.000000005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.733249  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3080  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  47.54 
 
 
65 aa  60.8  0.000000006  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000356634  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_16470  putative cold-shock DNA-binding domain protein  43.94 
 
 
67 aa  60.8  0.000000006  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  8.463030000000001e-19  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>