More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tpau_0825 on replicon NC_014158
Organism: Tsukamurella paurometabola DSM 20162



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014158  Tpau_0825  cold-shock DNA-binding domain protein  100 
 
 
139 aa  281  3.0000000000000004e-75  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.425934  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1236  Cold-shock protein DNA-binding protein  68.84 
 
 
155 aa  194  5.000000000000001e-49  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.111681  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1707  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  64.75 
 
 
136 aa  187  5e-47  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5045  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  64.08 
 
 
136 aa  185  2e-46  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10888  cold shock protein B cspB  64.29 
 
 
138 aa  184  2e-46  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  3.73128e-16  normal  0.272066 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4562  cold-shock DNA-binding protein family protein  61.15 
 
 
136 aa  177  2.9999999999999997e-44  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.0340056 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4858  cold-shock DNA-binding protein family protein  61.15 
 
 
136 aa  177  2.9999999999999997e-44  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.705438  normal  0.0994336 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4475  cold-shock DNA-binding protein family protein  60.43 
 
 
147 aa  176  8e-44  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.534449  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_34040  cold-shock DNA-binding protein family  61.59 
 
 
128 aa  175  2e-43  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0481  cold-shock DNA-binding domain protein  62.32 
 
 
131 aa  174  3e-43  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4731  cold-shock DNA-binding domain protein  56.43 
 
 
129 aa  160  5.0000000000000005e-39  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0146  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  55.4 
 
 
132 aa  157  4e-38  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00475602 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4426  cold-shock DNA-binding protein family protein  55.8 
 
 
131 aa  151  2e-36  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.285968 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3947  cold-shock protein, DNA-binding  51.45 
 
 
128 aa  149  1e-35  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.986356  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4338  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50.72 
 
 
128 aa  147  4e-35  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0812  cold-shock DNA-binding domain protein  55.07 
 
 
131 aa  145  2.0000000000000003e-34  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.507491  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0104  cold-shock DNA-binding protein family protein  53.62 
 
 
129 aa  144  3e-34  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8097  cold-shock DNA-binding domain protein  51.08 
 
 
131 aa  145  3e-34  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0848  cold-shock DNA-binding domain protein  48.92 
 
 
127 aa  143  7.0000000000000006e-34  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.433224  decreased coverage  0.00674689 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3932  cold-shock DNA-binding protein family protein  55.07 
 
 
131 aa  142  2e-33  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.558986  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_24110  cold-shock DNA-binding protein family  49.64 
 
 
133 aa  138  1.9999999999999998e-32  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0818  cold-shock DNA-binding domain protein  52.55 
 
 
135 aa  138  3e-32  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_31390  cold-shock DNA-binding protein family  46.76 
 
 
127 aa  137  3.9999999999999997e-32  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.5492  normal  0.13403 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8902  putative cold-shock DNA-binding domain protein  48.55 
 
 
132 aa  135  2e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.197613  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26200  cold-shock DNA-binding protein family  50.71 
 
 
128 aa  135  2e-31  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.109676  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5860  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  46.76 
 
 
144 aa  134  4e-31  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.344345 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0746  cold-shock DNA-binding domain protein  47.48 
 
 
127 aa  134  6.0000000000000005e-31  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0633058  hitchhiker  0.00940381 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2047  cold-shock DNA-binding domain protein  47.48 
 
 
127 aa  133  7.000000000000001e-31  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.716085 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0234  cold-shock DNA-binding protein family protein  49.28 
 
 
127 aa  132  9.999999999999999e-31  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3580  putative cold-shock DNA-binding domain protein  46.76 
 
 
152 aa  133  9.999999999999999e-31  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0321058  normal  0.113438 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2930  cold-shock DNA-binding domain protein  46.04 
 
 
127 aa  130  7.999999999999999e-30  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.915487  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4185  cold-shock DNA-binding domain protein  47.48 
 
 
127 aa  125  1.0000000000000001e-28  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.942545  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0790  cold-shock DNA-binding protein family protein  46.04 
 
 
127 aa  124  5e-28  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0908  cold-shock DNA-binding domain protein  45.65 
 
 
127 aa  122  1e-27  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.547384 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_04160  cold-shock DNA-binding protein family  47.14 
 
 
127 aa  122  1e-27  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0300603  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3294  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50 
 
 
131 aa  121  3e-27  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.977708  normal  0.173304 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0007  cold shock protein  40.58 
 
 
129 aa  119  1.9999999999999998e-26  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0722  cold-shock DNA-binding domain protein  39.13 
 
 
129 aa  110  4.0000000000000004e-24  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.155583 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3497  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  56.25 
 
 
66 aa  77.8  0.00000000000005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.000000616798  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4701  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  56.25 
 
 
66 aa  76.3  0.0000000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000295831  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0248  cold shock protein CspD  56.25 
 
 
66 aa  76.6  0.0000000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00000599312  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4972  cold shock protein CspD  54.69 
 
 
66 aa  75.5  0.0000000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5001  cold shock protein CspD  54.69 
 
 
66 aa  75.5  0.0000000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.219986  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5019  cold shock protein CspD  54.69 
 
 
66 aa  75.5  0.0000000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0351296  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4754  cold shock protein CspD  54.69 
 
 
66 aa  75.5  0.0000000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000000181  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4592  cold shock protein  54.69 
 
 
66 aa  75.5  0.0000000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000232551  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4614  cold shock protein  54.69 
 
 
66 aa  75.5  0.0000000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.0000000000000169422  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5115  cold shock protein CspD  54.69 
 
 
66 aa  75.5  0.0000000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00303936  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4990  cold shock protein CspD  54.69 
 
 
66 aa  75.5  0.0000000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00510931  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6113  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  53.03 
 
 
66 aa  75.1  0.0000000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3299  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  55.56 
 
 
66 aa  74.3  0.0000000000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.301257  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3242  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  54.69 
 
 
66 aa  74.3  0.0000000000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.0000000134861  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2221  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  54.69 
 
 
66 aa  73.9  0.0000000000006  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.00000000348612  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3553  cold shock protein CspB  53.12 
 
 
66 aa  73.2  0.000000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.0000000000960966  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3548  cold shock protein CspB  53.12 
 
 
66 aa  73.2  0.000000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    decreased coverage  4.8624399999999996e-45 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3333  cold shock protein CspB  53.12 
 
 
66 aa  73.2  0.000000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  0.0000000000000736097  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3297  cold shock protein  53.12 
 
 
66 aa  73.2  0.000000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  1.0310600000000001e-23  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3248  cold shock protein  53.12 
 
 
66 aa  73.2  0.000000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.0000000000000222014  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1670  cold shock protein CspB  53.12 
 
 
66 aa  73.2  0.000000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.000000000143673  decreased coverage  2.4479999999999998e-23 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3647  cold shock protein CspB  53.12 
 
 
66 aa  73.2  0.000000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.00000702498  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3594  cold shock protein CspB  53.12 
 
 
66 aa  73.2  0.000000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000632893  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3557  cold shock protein CspB  53.12 
 
 
66 aa  73.2  0.000000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.000000000616269  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0803  cold-shock DNA-binding domain protein  54.55 
 
 
66 aa  72.8  0.000000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3598  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  53.97 
 
 
66 aa  72  0.000000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.851035  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0028  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  48.44 
 
 
66 aa  71.6  0.000000000003  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.00000000000670362  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0310  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  51.52 
 
 
67 aa  71.2  0.000000000004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000124748 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3141  cold-shock DNA-binding domain protein  55.38 
 
 
67 aa  71.2  0.000000000004  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0244532  hitchhiker  0.00153434 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0268  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  51.52 
 
 
67 aa  71.2  0.000000000004  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00110044 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1517  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  53.97 
 
 
65 aa  70.9  0.000000000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2627  cold-shock DNA-binding domain protein  54.69 
 
 
66 aa  71.2  0.000000000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0368791  n/a   
 
 
-
 
NC_008505  LACR_C47  cold-shock DNA-binding protein family protein  48.44 
 
 
66 aa  71.2  0.000000000005  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1970  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50 
 
 
69 aa  70.9  0.000000000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.00428125  normal  0.0463669 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1853  cold-shock DNA-binding protein family protein  51.56 
 
 
66 aa  70.9  0.000000000005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.00000000550442  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05400  putative cold-shock DNA-binding domain protein  50 
 
 
67 aa  70.9  0.000000000006  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  4.33246e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2532  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  53.97 
 
 
65 aa  70.9  0.000000000006  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.19716  normal  0.287944 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1614  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50 
 
 
68 aa  70.9  0.000000000006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.074349  hitchhiker  0.00762568 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5298  cold shock protein CspC  52.38 
 
 
67 aa  70.5  0.000000000007  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5040  cold shock protein CspC  52.38 
 
 
67 aa  70.5  0.000000000007  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4870  cold shock protein  52.38 
 
 
67 aa  70.5  0.000000000007  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4885  cold shock protein  52.38 
 
 
67 aa  70.5  0.000000000007  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4985  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  52.38 
 
 
67 aa  70.5  0.000000000007  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0638  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  46.75 
 
 
87 aa  70.5  0.000000000007  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.557859  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3728  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50.79 
 
 
65 aa  70.5  0.000000000007  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.484525  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5356  cold shock protein CspC  52.38 
 
 
67 aa  70.5  0.000000000007  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5280  cold shock protein CspC  52.38 
 
 
67 aa  70.5  0.000000000007  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000584465 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2440  cold shock protein CspA  53.12 
 
 
67 aa  70.1  0.000000000008  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.11145 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2454  cold shock protein CspA  53.12 
 
 
67 aa  70.1  0.000000000008  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.0000000020427  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2257  cold shock protein CspA  53.12 
 
 
67 aa  70.1  0.000000000008  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000681816  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2216  cold shock protein  53.12 
 
 
67 aa  70.1  0.000000000008  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  9.62754e-25  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2521  cold shock protein CspA  53.12 
 
 
67 aa  70.1  0.000000000008  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000175758  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2177  cold shock protein  53.12 
 
 
67 aa  70.1  0.000000000008  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000147175  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2422  cold shock protein CspA  53.12 
 
 
67 aa  70.1  0.000000000008  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000271714  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2052  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50 
 
 
68 aa  70.5  0.000000000008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0435864  normal  0.0231014 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2485  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50 
 
 
68 aa  70.5  0.000000000008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.109641  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1731  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  51.56 
 
 
69 aa  70.5  0.000000000008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  unclonable  0.0000000915529  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1655  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  52.38 
 
 
69 aa  70.1  0.000000000009  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.260165  normal  0.588405 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1369  hypothetical protein  53.97 
 
 
66 aa  70.1  0.000000000009  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.309276 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5424  cold shock protein CspC  52.38 
 
 
65 aa  70.1  0.000000000009  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.491326  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2727  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50.79 
 
 
66 aa  70.1  0.000000000009  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3245  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  52.38 
 
 
65 aa  70.1  0.000000000009  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.370321  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>