More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bfae_26200 on replicon NC_013172
Organism: Brachybacterium faecium DSM 4810



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013172  Bfae_26200  cold-shock DNA-binding protein family  100 
 
 		 128 aa  259  8e-69  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.109676  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_31390  cold-shock DNA-binding protein family  56.25 
 
 		 127 aa  157  5e-38  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.5492  normal  0.13403 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0104  cold-shock DNA-binding protein family protein  59.06 
 
 		 129 aa  155  2e-37  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0848  cold-shock DNA-binding domain protein  57.03 
 
 		 127 aa  154  3e-37  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.433224  decreased coverage  0.00674689 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0234  cold-shock DNA-binding protein family protein  57.48 
 
 		 127 aa  152  1e-36  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3580  putative cold-shock DNA-binding domain protein  57.03 
 
 		 152 aa  152  2e-36  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0321058  normal  0.113438 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0746  cold-shock DNA-binding domain protein  56.25 
 
 		 127 aa  151  2.9999999999999998e-36  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0633058  hitchhiker  0.00940381 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4185  cold-shock DNA-binding domain protein  56.25 
 
 		 127 aa  150  4e-36  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.942545  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_24110  cold-shock DNA-binding protein family  57.58 
 
 		 133 aa  149  1e-35  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2047  cold-shock DNA-binding domain protein  54.69 
 
 		 127 aa  146  8e-35  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.716085 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_04160  cold-shock DNA-binding protein family  57.81 
 
 		 127 aa  146  1.0000000000000001e-34  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0300603  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0818  cold-shock DNA-binding domain protein  54.96 
 
 		 135 aa  144  3e-34  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0722  cold-shock DNA-binding domain protein  51.97 
 
 		 129 aa  142  2e-33  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.155583 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0007  cold shock protein  52.76 
 
 		 129 aa  141  3e-33  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1236  Cold-shock protein DNA-binding protein  54.89 
 
 		 155 aa  140  9e-33  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.111681  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0812  cold-shock DNA-binding domain protein  52.67 
 
 		 131 aa  139  9.999999999999999e-33  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.507491  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8902  putative cold-shock DNA-binding domain protein  49.24 
 
 		 132 aa  137  3.9999999999999997e-32  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.197613  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10888  cold shock protein B cspB  52.21 
 
 		 138 aa  137  3.9999999999999997e-32  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  3.73128e-16  normal  0.272066 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2930  cold-shock DNA-binding domain protein  50 
 
 		 127 aa  136  7.999999999999999e-32  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.915487  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4731  cold-shock DNA-binding domain protein  51.94 
 
 		 129 aa  136  1e-31  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5045  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  51.09 
 
 		 136 aa  136  1e-31  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0825  cold-shock DNA-binding domain protein  50.71 
 
 		 139 aa  135  2e-31  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.425934  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_34040  cold-shock DNA-binding protein family  50 
 
 		 128 aa  134  4e-31  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1707  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  49.64 
 
 		 136 aa  132  1.9999999999999998e-30  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0790  cold-shock DNA-binding protein family protein  49.22 
 
 		 127 aa  131  3e-30  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0146  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  48.09 
 
 		 132 aa  131  3.9999999999999996e-30  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00475602 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4562  cold-shock DNA-binding protein family protein  49.64 
 
 		 136 aa  130  6.999999999999999e-30  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.0340056 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4858  cold-shock DNA-binding protein family protein  49.64 
 
 		 136 aa  130  6.999999999999999e-30  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.705438  normal  0.0994336 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0481  cold-shock DNA-binding domain protein  48.44 
 
 		 131 aa  128  2.0000000000000002e-29  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0908  cold-shock DNA-binding domain protein  48.82 
 
 		 127 aa  129  2.0000000000000002e-29  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.547384 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4475  cold-shock DNA-binding protein family protein  48.91 
 
 		 147 aa  128  3e-29  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.534449  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3932  cold-shock DNA-binding protein family protein  51.15 
 
 		 131 aa  128  3e-29  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.558986  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4426  cold-shock DNA-binding protein family protein  50.38 
 
 		 131 aa  125  1.0000000000000001e-28  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.285968 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3947  cold-shock protein, DNA-binding  49.22 
 
 		 128 aa  125  3e-28  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.986356  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8097  cold-shock DNA-binding domain protein  48.48 
 
 		 131 aa  124  4.0000000000000003e-28  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3294  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  51.13 
 
 		 131 aa  124  4.0000000000000003e-28  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.977708  normal  0.173304 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4338  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  48.44 
 
 		 128 aa  123  1e-27  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5860  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  41.67 
 
 		 144 aa  116  9.999999999999999e-26  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.344345 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0312  cold-shock DNA-binding domain protein  49.25 
 
 		 418 aa  70.1  0.00000000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.147611  hitchhiker  0.000223606 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3299  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  49.25 
 
 		 66 aa  65.9  0.0000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.301257  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS5040  cold shock protein CspC  53.45 
 
 		 67 aa  63.5  0.0000000008  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4870  cold shock protein  53.45 
 
 		 67 aa  63.5  0.0000000008  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4885  cold shock protein  53.45 
 
 		 67 aa  63.5  0.0000000008  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4985  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  53.45 
 
 		 67 aa  63.5  0.0000000008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5280  cold shock protein CspC  53.45 
 
 		 67 aa  63.5  0.0000000008  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000584465 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1853  cold-shock DNA-binding protein family protein  52.46 
 
 		 66 aa  63.5  0.0000000008  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.00000000550442  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2064  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50 
 
 		 67 aa  63.5  0.0000000008  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.0000000000424325  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5647  cold shock protein CspC  53.45 
 
 		 65 aa  63.5  0.0000000009  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000135799 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5310  cold shock protein CspC  53.45 
 
 		 65 aa  63.5  0.0000000009  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.156889  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5424  cold shock protein CspC  53.45 
 
 		 65 aa  63.5  0.0000000009  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.491326  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0036  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50 
 
 		 66 aa  63.5  0.0000000009  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG2100  CSD family cold shock protein  44.12 
 
 		 67 aa  63.2  0.000000001  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3728  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  48.39 
 
 		 65 aa  62.8  0.000000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.484525  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5356  cold shock protein CspC  51.72 
 
 		 67 aa  62.4  0.000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5298  cold shock protein CspC  51.72 
 
 		 67 aa  62.4  0.000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1817  cold-shock DNA-binding domain protein  49.23 
 
 		 66 aa  62.4  0.000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000000002542  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1151  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  42.42 
 
 		 66 aa  62.4  0.000000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.00000468526  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4701  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  51.67 
 
 		 66 aa  62.8  0.000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000295831  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0979  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  42.42 
 
 		 66 aa  62.4  0.000000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000188175  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2784  cold-shock protein DNA-binding  43.28 
 
 		 66 aa  62  0.000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2727  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  43.28 
 
 		 66 aa  62  0.000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0248  cold shock protein CspD  50 
 
 		 66 aa  61.6  0.000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00000599312  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2901  cold-shock DNA-binding domain protein  47.69 
 
 		 66 aa  61.6  0.000000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  unclonable  0.0000000000581473  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0833  cold-shock protein DNA-binding  50 
 
 		 66 aa  61.6  0.000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000457197  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0817  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50 
 
 		 66 aa  61.6  0.000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.000000123312  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2279  cold-shock DNA-binding domain protein  44.44 
 
 		 310 aa  62  0.000000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.703886  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1732  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  42.42 
 
 		 66 aa  61.6  0.000000003  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.0000000000101176  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3973  cold-shock DNA-binding domain protein  52.63 
 
 		 65 aa  61.2  0.000000004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.000000000342931  unclonable  0.0000000000681945 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0200  cold-shock DNA-binding domain protein  37.5 
 
 		 311 aa  61.2  0.000000004  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0333811  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2146  cold-shock DNA-binding domain protein  50 
 
 		 66 aa  60.8  0.000000006  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_04410  cold shock domain protein CspD  41.18 
 
 		 317 aa  60.8  0.000000006  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.528564 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3245  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  51.72 
 
 		 65 aa  60.8  0.000000006  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.370321  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0644  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  48.33 
 
 		 66 aa  60.5  0.000000007  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.0000000000253244  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7468  cold-shock DNA-binding domain protein  43.75 
 
 		 68 aa  60.8  0.000000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5019  cold shock protein CspD  50 
 
 		 66 aa  60.5  0.000000008  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0351296  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4754  cold shock protein CspD  50 
 
 		 66 aa  60.5  0.000000008  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000000181  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4592  cold shock protein  50 
 
 		 66 aa  60.5  0.000000008  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000232551  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4614  cold shock protein  50 
 
 		 66 aa  60.5  0.000000008  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.0000000000000169422  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4990  cold shock protein CspD  50 
 
 		 66 aa  60.5  0.000000008  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00510931  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5115  cold shock protein CspD  50 
 
 		 66 aa  60.5  0.000000008  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00303936  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4972  cold shock protein CspD  50 
 
 		 66 aa  60.5  0.000000008  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5001  cold shock protein CspD  50 
 
 		 66 aa  60.5  0.000000008  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.219986  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3497  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  48.33 
 
 		 66 aa  60.1  0.00000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.000000616798  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0466  CSD family cold shock protein  48.33 
 
 		 66 aa  59.7  0.00000001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.281351  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2863  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  37.88 
 
 		 67 aa  59.7  0.00000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000000104202  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0028  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  37.88 
 
 		 66 aa  59.7  0.00000001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.00000000000670362  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0782  cold-shock DNA-binding domain protein  48.44 
 
 		 66 aa  59.7  0.00000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.733249  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3637  putative cold-shock DNA-binding domain protein  40.3 
 
 		 67 aa  60.1  0.00000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0260  cold-shock DNA-binding protein family protein  41.79 
 
 		 67 aa  60.1  0.00000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0278  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  41.54 
 
 		 65 aa  59.7  0.00000001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  unclonable  0.0000000141015  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1580  cold-shock DNA-binding domain protein  45 
 
 		 67 aa  59.7  0.00000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.507056  normal  0.495998 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6575  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  41.79 
 
 		 67 aa  60.1  0.00000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.513102  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5449  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  43.28 
 
 		 94 aa  59.3  0.00000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.265568  normal  0.248856 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1264  cold-shock DNA-binding domain protein  48.33 
 
 		 66 aa  58.9  0.00000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.00000000000176373  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1662  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  48.28 
 
 		 79 aa  59.3  0.00000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.801094 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0226  cold-shock DNA-binding protein family protein  50 
 
 		 65 aa  59.3  0.00000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000017804  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4469  cold-shock DNA-binding protein family protein  44.62 
 
 		 67 aa  58.9  0.00000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008505  LACR_C47  cold-shock DNA-binding protein family protein  42.19 
 
 		 66 aa  58.9  0.00000002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0392  cold-shock DNA-binding protein family protein  46.27 
 
 		 92 aa  58.9  0.00000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3080  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  49.12 
 
 		 65 aa  58.9  0.00000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000356634  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>