More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_1949 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_1949  cold-shock DNA-binding protein family protein  100 
 
 		 141 aa  285  1e-76  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0433733  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4200  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  65.31 
 
 		 146 aa  195  2.0000000000000003e-49  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0910872  normal  0.749922 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2070  cold-shock protein, DNA-binding  46.43 
 
 		 137 aa  126  1.0000000000000001e-28  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.176613  normal  0.566807 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2213  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  47.86 
 
 		 138 aa  125  1.0000000000000001e-28  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.557194  normal  0.22233 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3145  Cold-shock protein DNA-binding protein  37.42 
 
 		 164 aa  97.1  7e-20  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.843099  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2741  cold-shock DNA-binding domain protein  36 
 
 		 152 aa  86.3  1e-16  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0353  putative cold-shock DNA-binding domain protein  29.49 
 
 		 156 aa  68.9  0.00000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.361723  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2503  cold-shock DNA-binding protein family protein  42.65 
 
 		 68 aa  61.2  0.000000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00000079429  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0848  cold-shock DNA-binding domain protein  46.25 
 
 		 127 aa  58.2  0.00000004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.433224  decreased coverage  0.00674689 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0234  cold-shock DNA-binding protein family protein  35.79 
 
 		 127 aa  57  0.00000009  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5134  cold-shock DNA-binding protein family protein  41.79 
 
 		 67 aa  56.2  0.0000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.984065  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0146  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  40.24 
 
 		 132 aa  56.6  0.0000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00475602 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0007  cold shock protein  37.11 
 
 		 129 aa  56.6  0.0000001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1832  CspD, cold shock  39.68 
 
 		 67 aa  56.6  0.0000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0689958  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2628  stress response protein CspD  38.1 
 
 		 68 aa  55.8  0.0000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3018  cold-shock DNA-binding domain protein  39.39 
 
 		 63 aa  55.8  0.0000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.0000000391893  normal  0.904013 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0751  cold-shock DNA-binding protein family protein  39.39 
 
 		 67 aa  55.8  0.0000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1668  cold-shock DNA-binding protein family protein  42.86 
 
 		 67 aa  55.8  0.0000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.0000281076  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1646  cold-shock DNA-binding protein family protein  38.1 
 
 		 68 aa  55.8  0.0000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000452654  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1721  cold-shock DNA-binding protein family protein  38.1 
 
 		 68 aa  55.8  0.0000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00000154262  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2229  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  38.1 
 
 		 68 aa  55.8  0.0000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.205522  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1751  cold-shock DNA-binding protein family protein  38.1 
 
 		 68 aa  55.8  0.0000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00123105  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2058  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  38.1 
 
 		 68 aa  56.2  0.0000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0186622  normal  0.543357 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1564  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  38.1 
 
 		 68 aa  55.1  0.0000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0747165  normal  0.986392 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_31390  cold-shock DNA-binding protein family  42.5 
 
 		 127 aa  55.1  0.0000004  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.5492  normal  0.13403 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2930  cold-shock DNA-binding domain protein  42.25 
 
 		 127 aa  54.7  0.0000004  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.915487  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0312  cold-shock DNA-binding domain protein  36.23 
 
 		 418 aa  55.1  0.0000004  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.147611  hitchhiker  0.000223606 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2279  cold-shock DNA-binding domain protein  38.89 
 
 		 310 aa  55.1  0.0000004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.703886  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2467  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  38.1 
 
 		 68 aa  54.3  0.0000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000143105  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2587  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  38.1 
 
 		 68 aa  54.3  0.0000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.138  normal  0.042071 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1877  cold-shock DNA-binding domain protein  38.1 
 
 		 68 aa  54.3  0.0000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00131631  hitchhiker  0.0000956681 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2474  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  38.1 
 
 		 68 aa  54.3  0.0000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00220065  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2256  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  39.68 
 
 		 68 aa  54.3  0.0000006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2894  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  40.3 
 
 		 67 aa  54.3  0.0000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0694911  normal  0.905374 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3591  cold-shock DNA-binding protein family protein  40 
 
 		 67 aa  53.9  0.0000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.724551 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0668  cold-shock DNA-binding domain protein  41.67 
 
 		 63 aa  53.9  0.0000008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.138203 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2602  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  40 
 
 		 67 aa  53.9  0.0000008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0673828  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0476  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  40 
 
 		 67 aa  53.9  0.0000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.528893 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0408  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  40 
 
 		 67 aa  53.9  0.0000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.125835  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0503  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  40 
 
 		 67 aa  53.9  0.0000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0434  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  40 
 
 		 67 aa  53.9  0.0000008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.157399  normal  0.399503 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02364  stress response protein CspD  40.98 
 
 		 72 aa  53.5  0.0000009  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.000164326  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0493  hypothetical protein  38.71 
 
 		 77 aa  53.1  0.000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0469  hypothetical protein  38.71 
 
 		 77 aa  53.1  0.000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5342  cold-shock DNA-binding protein family protein  38.46 
 
 		 67 aa  53.1  0.000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1947  Cold-shock protein DNA-binding  42.03 
 
 		 68 aa  53.1  0.000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.711231  hitchhiker  0.00117492 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0200  cold-shock DNA-binding domain protein  34.38 
 
 		 311 aa  53.1  0.000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0333811  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2609  cold shock domain-containing protein CspD  34.57 
 
 		 87 aa  53.1  0.000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5818  cold-shock DNA-binding protein family  38.46 
 
 		 67 aa  53.1  0.000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03487  putative cold shock-like protein cspG  36.92 
 
 		 69 aa  53.5  0.000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2376  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  39.34 
 
 		 84 aa  53.5  0.000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0000357457  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2694  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  34.57 
 
 		 87 aa  53.1  0.000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.251619  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0746  cold-shock DNA-binding domain protein  42.25 
 
 		 127 aa  53.5  0.000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0633058  hitchhiker  0.00940381 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1599  cold shock domain-containing protein CspD  34.57 
 
 		 87 aa  53.1  0.000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4924  cold-shock DNA-binding domain protein  40 
 
 		 94 aa  52.8  0.000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0507  cold-shock DNA-binding domain protein  39.34 
 
 		 67 aa  53.1  0.000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.804223  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1884  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  38.1 
 
 		 68 aa  53.1  0.000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.104557  hitchhiker  0.000000642748 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2701  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  38.1 
 
 		 68 aa  53.1  0.000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0238191  normal  0.0590257 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0013  cold-shock DNA-binding domain protein  40.28 
 
 		 67 aa  52.4  0.000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2534  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  38.1 
 
 		 68 aa  52.8  0.000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.629108  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8902  putative cold-shock DNA-binding domain protein  32.93 
 
 		 132 aa  52  0.000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.197613  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1614  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  40 
 
 		 305 aa  52  0.000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0895  cold-shock DNA-binding domain protein  40.58 
 
 		 63 aa  52  0.000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.164019 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4731  cold-shock DNA-binding domain protein  33.8 
 
 		 129 aa  52  0.000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1449  cold-shock DNA-binding protein family protein  38.71 
 
 		 67 aa  52  0.000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2047  cold-shock DNA-binding domain protein  39.44 
 
 		 127 aa  52  0.000003  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.716085 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2269  cold-shock DNA-binding domain protein  37.1 
 
 		 73 aa  52  0.000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1685  cold-shock DNA-binding protein family protein  40.98 
 
 		 89 aa  52  0.000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000048024  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0103  cold-shock DNA-binding domain protein  38.81 
 
 		 67 aa  51.6  0.000003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3904  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  38.71 
 
 		 67 aa  52  0.000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5838  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  38.71 
 
 		 67 aa  52  0.000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.284132  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4464  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  38.71 
 
 		 67 aa  52  0.000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1762  cold-shock DNA-binding protein family protein  32.1 
 
 		 85 aa  52  0.000003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_04410  cold shock domain protein CspD  41.18 
 
 		 317 aa  51.6  0.000003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.528564 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6014  cold-shock DNA-binding protein family protein  38.24 
 
 		 67 aa  51.6  0.000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1151  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  40 
 
 		 66 aa  51.2  0.000004  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.00000468526  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3880  cold-shock DNA-binding domain protein  36.11 
 
 		 67 aa  51.6  0.000004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.902071  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4426  cold-shock DNA-binding protein family protein  39.44 
 
 		 131 aa  51.2  0.000004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.285968 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0979  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  40 
 
 		 66 aa  51.2  0.000004  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000188175  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0830  cold-shock DNA-binding domain protein  41.38 
 
 		 96 aa  51.2  0.000004  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3035  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  38.89 
 
 		 69 aa  51.2  0.000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.084577  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1440  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  34.33 
 
 		 67 aa  51.2  0.000005  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3143  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  43.94 
 
 		 68 aa  51.2  0.000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6028  cold-shock DNA-binding protein family protein  38.24 
 
 		 67 aa  50.8  0.000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001501  cold shock transcriptional regulator CspA  35.38 
 
 		 70 aa  50.8  0.000006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.103059  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2369  cold-shock DNA-binding domain protein  37.1 
 
 		 73 aa  50.8  0.000006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0104  cold-shock DNA-binding protein family protein  34.74 
 
 		 129 aa  50.8  0.000006  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0235  cold-shock DNA-binding domain protein  42.37 
 
 		 95 aa  50.8  0.000006  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.433921  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3900  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  37.1 
 
 		 67 aa  50.8  0.000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.878106  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4361  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  37.1 
 
 		 67 aa  50.8  0.000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1257  putative cold shock-like protein  36.07 
 
 		 70 aa  50.4  0.000008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.143325 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3895  cold-shock DNA-binding domain protein  36.92 
 
 		 67 aa  50.4  0.000008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3782  cold-shock DNA-binding domain protein  36.92 
 
 		 67 aa  50.4  0.000008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0399631  normal  0.208523 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1710  cold-shock DNA-binding domain protein  37.1 
 
 		 73 aa  50.4  0.000008  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.138064  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3609  cold shock transcription regulator protein  35.82 
 
 		 67 aa  50.1  0.00001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1976  cold-shock DNA-binding domain protein  37.1 
 
 		 73 aa  50.1  0.00001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.995657  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2681  cold-shock DNA-binding domain protein  35.38 
 
 		 67 aa  49.7  0.00001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0114675  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_07120  cold-shock DNA-binding protein family  38.57 
 
 		 67 aa  50.1  0.00001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.976007  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2963  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  33.33 
 
 		 70 aa  50.1  0.00001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.711924 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1750  cold-shock domain-contain protein  35.82 
 
 		 67 aa  50.1  0.00001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>