More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BLD_0007 on replicon NC_010816
Organism: Bifidobacterium longum DJO10A



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010816  BLD_0007  cold shock protein  100 
 
 
129 aa  262  1e-69  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0722  cold-shock DNA-binding domain protein  72.09 
 
 
129 aa  199  9e-51  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.155583 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0746  cold-shock DNA-binding domain protein  57.14 
 
 
127 aa  152  2e-36  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0633058  hitchhiker  0.00940381 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_31390  cold-shock DNA-binding protein family  56.35 
 
 
127 aa  151  4e-36  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.5492  normal  0.13403 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0234  cold-shock DNA-binding protein family protein  52.76 
 
 
127 aa  149  8.999999999999999e-36  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0104  cold-shock DNA-binding protein family protein  53.97 
 
 
129 aa  148  3e-35  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2047  cold-shock DNA-binding domain protein  54.76 
 
 
127 aa  147  5e-35  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.716085 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3580  putative cold-shock DNA-binding domain protein  54.76 
 
 
152 aa  147  6e-35  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0321058  normal  0.113438 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_24110  cold-shock DNA-binding protein family  55.38 
 
 
133 aa  145  2.0000000000000003e-34  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0818  cold-shock DNA-binding domain protein  52.71 
 
 
135 aa  144  5e-34  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_04160  cold-shock DNA-binding protein family  51.59 
 
 
127 aa  143  9e-34  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0300603  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26200  cold-shock DNA-binding protein family  52.76 
 
 
128 aa  141  3e-33  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.109676  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0848  cold-shock DNA-binding domain protein  50.79 
 
 
127 aa  140  6e-33  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.433224  decreased coverage  0.00674689 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3947  cold-shock protein, DNA-binding  51.56 
 
 
128 aa  137  3.9999999999999997e-32  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.986356  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4338  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  51.56 
 
 
128 aa  137  4.999999999999999e-32  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8902  putative cold-shock DNA-binding domain protein  48.09 
 
 
132 aa  136  7e-32  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.197613  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0790  cold-shock DNA-binding protein family protein  47.62 
 
 
127 aa  136  7.999999999999999e-32  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0908  cold-shock DNA-binding domain protein  47.24 
 
 
127 aa  136  1e-31  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.547384 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2930  cold-shock DNA-binding domain protein  49.21 
 
 
127 aa  132  9.999999999999999e-31  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.915487  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4185  cold-shock DNA-binding domain protein  45.24 
 
 
127 aa  130  6e-30  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.942545  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0812  cold-shock DNA-binding domain protein  46.92 
 
 
131 aa  129  1.0000000000000001e-29  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.507491  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_34040  cold-shock DNA-binding protein family  45.67 
 
 
128 aa  129  2.0000000000000002e-29  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8097  cold-shock DNA-binding domain protein  46.15 
 
 
131 aa  127  4.0000000000000003e-29  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4731  cold-shock DNA-binding domain protein  48.44 
 
 
129 aa  125  2.0000000000000002e-28  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0481  cold-shock DNA-binding domain protein  44.88 
 
 
131 aa  123  8.000000000000001e-28  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3932  cold-shock DNA-binding protein family protein  43.08 
 
 
131 aa  123  8.000000000000001e-28  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.558986  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0825  cold-shock DNA-binding domain protein  40.58 
 
 
139 aa  119  1.9999999999999998e-26  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.425934  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10888  cold shock protein B cspB  41.04 
 
 
138 aa  117  6e-26  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  3.73128e-16  normal  0.272066 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5045  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  41.48 
 
 
136 aa  117  7e-26  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1707  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  41.48 
 
 
136 aa  116  9e-26  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4426  cold-shock DNA-binding protein family protein  43.51 
 
 
131 aa  115  1.9999999999999998e-25  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.285968 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0146  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  40.46 
 
 
132 aa  112  2.0000000000000002e-24  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00475602 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3294  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  47.33 
 
 
131 aa  111  3e-24  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.977708  normal  0.173304 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4562  cold-shock DNA-binding protein family protein  42.22 
 
 
136 aa  111  3e-24  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.0340056 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4858  cold-shock DNA-binding protein family protein  42.22 
 
 
136 aa  111  3e-24  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.705438  normal  0.0994336 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1236  Cold-shock protein DNA-binding protein  39.71 
 
 
155 aa  110  6e-24  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.111681  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4475  cold-shock DNA-binding protein family protein  41.48 
 
 
147 aa  109  1.0000000000000001e-23  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.534449  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5860  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  43.94 
 
 
144 aa  106  8.000000000000001e-23  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.344345 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0278  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  54.1 
 
 
65 aa  75.9  0.0000000000002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  unclonable  0.0000000141015  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1732  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50.79 
 
 
66 aa  75.9  0.0000000000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.0000000000101176  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0028  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  52.38 
 
 
66 aa  75.9  0.0000000000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.00000000000670362  n/a   
 
 
-
 
NC_008505  LACR_C47  cold-shock DNA-binding protein family protein  53.97 
 
 
66 aa  75.9  0.0000000000002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1853  cold-shock DNA-binding protein family protein  53.97 
 
 
66 aa  72.8  0.000000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.00000000550442  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1151  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  49.21 
 
 
66 aa  72.4  0.000000000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.00000468526  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1376  cold-shock DNA-binding protein family protein  53.12 
 
 
67 aa  72.4  0.000000000002  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.128629  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0979  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  49.21 
 
 
66 aa  72.4  0.000000000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000188175  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0982  cold-shock DNA-binding domain protein  51.61 
 
 
83 aa  71.6  0.000000000003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.000000000734957  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0036  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  52.38 
 
 
66 aa  71.6  0.000000000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0174  cold-shock DNA-binding protein family protein  51.56 
 
 
65 aa  71.2  0.000000000005  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.0000215085  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3728  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  51.67 
 
 
65 aa  70.5  0.000000000007  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.484525  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4701  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  49.21 
 
 
66 aa  70.5  0.000000000008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000295831  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05400  putative cold-shock DNA-binding domain protein  50.82 
 
 
67 aa  70.1  0.000000000009  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  4.33246e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3299  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  51.52 
 
 
66 aa  70.1  0.000000000009  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.301257  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2064  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50 
 
 
67 aa  70.1  0.00000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.0000000000424325  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG2100  CSD family cold shock protein  45.45 
 
 
67 aa  69.7  0.00000000001  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4985  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  51.67 
 
 
67 aa  69.7  0.00000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5040  cold shock protein CspC  51.67 
 
 
67 aa  69.7  0.00000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4870  cold shock protein  51.67 
 
 
67 aa  69.7  0.00000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4885  cold shock protein  51.67 
 
 
67 aa  69.7  0.00000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0312  cold-shock DNA-binding domain protein  47.76 
 
 
418 aa  69.7  0.00000000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.147611  hitchhiker  0.000223606 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_04410  cold shock domain protein CspD  45.12 
 
 
317 aa  70.1  0.00000000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.528564 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3497  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  47.62 
 
 
66 aa  69.7  0.00000000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.000000616798  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5280  cold shock protein CspC  51.67 
 
 
67 aa  69.7  0.00000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000584465 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5424  cold shock protein CspC  51.67 
 
 
65 aa  69.3  0.00000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.491326  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3973  cold-shock DNA-binding domain protein  51.67 
 
 
65 aa  68.9  0.00000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.000000000342931  unclonable  0.0000000000681945 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5310  cold shock protein CspC  51.67 
 
 
65 aa  69.3  0.00000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.156889  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5647  cold shock protein CspC  51.67 
 
 
65 aa  69.3  0.00000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000135799 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0248  cold shock protein CspD  47.62 
 
 
66 aa  68.9  0.00000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00000599312  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4972  cold shock protein CspD  47.62 
 
 
66 aa  68.2  0.00000000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4990  cold shock protein CspD  47.62 
 
 
66 aa  68.2  0.00000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00510931  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5019  cold shock protein CspD  47.62 
 
 
66 aa  68.2  0.00000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0351296  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4754  cold shock protein CspD  47.62 
 
 
66 aa  68.2  0.00000000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000000181  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4592  cold shock protein  47.62 
 
 
66 aa  68.2  0.00000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000232551  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4614  cold shock protein  47.62 
 
 
66 aa  68.2  0.00000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.0000000000000169422  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5115  cold shock protein CspD  47.62 
 
 
66 aa  68.2  0.00000000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00303936  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5001  cold shock protein CspD  47.62 
 
 
66 aa  68.2  0.00000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.219986  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3080  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  51.67 
 
 
65 aa  68.6  0.00000000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000356634  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5298  cold shock protein CspC  50 
 
 
67 aa  68.2  0.00000000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0945  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50.82 
 
 
66 aa  68.2  0.00000000004  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  unclonable  0.000000276652  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5356  cold shock protein CspC  50 
 
 
67 aa  68.2  0.00000000004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0923  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50.82 
 
 
66 aa  68.2  0.00000000004  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000200134  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4529  cold shock DNA-binding domain-containing protein  50.82 
 
 
68 aa  67.8  0.00000000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_16470  putative cold-shock DNA-binding domain protein  49.18 
 
 
67 aa  67.8  0.00000000005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  8.463030000000001e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0226  cold-shock DNA-binding protein family protein  51.67 
 
 
65 aa  67.8  0.00000000005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000017804  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0010  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50.82 
 
 
65 aa  67.8  0.00000000005  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  unclonable  0.00000000102405  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1543  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  46.88 
 
 
68 aa  67.4  0.00000000006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1970  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  49.23 
 
 
69 aa  67.4  0.00000000006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.00428125  normal  0.0463669 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0833  cold-shock protein DNA-binding  47.62 
 
 
66 aa  67  0.00000000007  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000457197  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0817  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  47.62 
 
 
66 aa  67  0.00000000007  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.000000123312  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2178  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50 
 
 
65 aa  67.4  0.00000000007  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1817  cold-shock DNA-binding domain protein  46.88 
 
 
66 aa  67  0.00000000008  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000000002542  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0644  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  47.62 
 
 
66 aa  67  0.00000000009  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.0000000000253244  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1264  cold-shock DNA-binding domain protein  47.62 
 
 
66 aa  66.6  0.0000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.00000000000176373  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1057  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  49.18 
 
 
68 aa  66.6  0.0000000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0880  cold shock protein  46.03 
 
 
66 aa  66.2  0.0000000001  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  decreased coverage  0.000035682  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0200  cold-shock DNA-binding domain protein  50.79 
 
 
311 aa  66.2  0.0000000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0333811  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0755  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  47.54 
 
 
68 aa  66.6  0.0000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2727  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  42.42 
 
 
66 aa  66.6  0.0000000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2614  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  45.31 
 
 
68 aa  66.2  0.0000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.0114712 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1614  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  46.88 
 
 
68 aa  66.6  0.0000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.074349  hitchhiker  0.00762568 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>