More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Namu_4731 on replicon NC_013235
Organism: Nakamurella multipartita DSM 44233



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013235  Namu_4731  cold-shock DNA-binding domain protein  100 
 
 
129 aa  255  1e-67  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_34040  cold-shock DNA-binding protein family  67.97 
 
 
128 aa  179  1e-44  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10888  cold shock protein B cspB  58.09 
 
 
138 aa  167  6e-41  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  3.73128e-16  normal  0.272066 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1236  Cold-shock protein DNA-binding protein  60.58 
 
 
155 aa  162  2.0000000000000002e-39  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.111681  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5045  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  57.66 
 
 
136 aa  161  3e-39  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1707  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  58.39 
 
 
136 aa  161  3e-39  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0825  cold-shock DNA-binding domain protein  56.43 
 
 
139 aa  160  5.0000000000000005e-39  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.425934  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3947  cold-shock protein, DNA-binding  60.16 
 
 
128 aa  160  7e-39  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.986356  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4338  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  60.16 
 
 
128 aa  159  9e-39  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0481  cold-shock DNA-binding domain protein  57.03 
 
 
131 aa  158  3e-38  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4562  cold-shock DNA-binding protein family protein  57.25 
 
 
136 aa  156  9e-38  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.0340056 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4858  cold-shock DNA-binding protein family protein  57.25 
 
 
136 aa  156  9e-38  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.705438  normal  0.0994336 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4475  cold-shock DNA-binding protein family protein  56.52 
 
 
147 aa  155  3e-37  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.534449  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0848  cold-shock DNA-binding domain protein  58.91 
 
 
127 aa  148  3e-35  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.433224  decreased coverage  0.00674689 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4426  cold-shock DNA-binding protein family protein  59.09 
 
 
131 aa  146  1.0000000000000001e-34  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.285968 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0146  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  53.79 
 
 
132 aa  145  2.0000000000000003e-34  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00475602 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0104  cold-shock DNA-binding protein family protein  56.25 
 
 
129 aa  144  3e-34  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5860  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  49.24 
 
 
144 aa  143  7.0000000000000006e-34  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.344345 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0234  cold-shock DNA-binding protein family protein  52.34 
 
 
127 aa  141  3e-33  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0746  cold-shock DNA-binding domain protein  58.14 
 
 
127 aa  140  5e-33  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0633058  hitchhiker  0.00940381 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_31390  cold-shock DNA-binding protein family  53.49 
 
 
127 aa  138  3e-32  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.5492  normal  0.13403 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8902  putative cold-shock DNA-binding domain protein  54.14 
 
 
132 aa  137  6e-32  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.197613  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4185  cold-shock DNA-binding domain protein  54.26 
 
 
127 aa  137  6e-32  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.942545  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8097  cold-shock DNA-binding domain protein  54.89 
 
 
131 aa  136  1e-31  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26200  cold-shock DNA-binding protein family  51.94 
 
 
128 aa  136  1e-31  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.109676  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2047  cold-shock DNA-binding domain protein  53.49 
 
 
127 aa  135  2e-31  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.716085 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2930  cold-shock DNA-binding domain protein  53.49 
 
 
127 aa  135  3.0000000000000003e-31  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.915487  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_24110  cold-shock DNA-binding protein family  51.88 
 
 
133 aa  134  3.0000000000000003e-31  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_04160  cold-shock DNA-binding protein family  56.59 
 
 
127 aa  132  9.999999999999999e-31  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0300603  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3580  putative cold-shock DNA-binding domain protein  53.49 
 
 
152 aa  130  6e-30  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0321058  normal  0.113438 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0812  cold-shock DNA-binding domain protein  50.76 
 
 
131 aa  126  1.0000000000000001e-28  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.507491  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0007  cold shock protein  48.44 
 
 
129 aa  125  2.0000000000000002e-28  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3932  cold-shock DNA-binding protein family protein  50 
 
 
131 aa  124  6e-28  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.558986  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0818  cold-shock DNA-binding domain protein  51.15 
 
 
135 aa  122  1e-27  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0722  cold-shock DNA-binding domain protein  48.44 
 
 
129 aa  120  4e-27  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.155583 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3294  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  52.27 
 
 
131 aa  115  9.999999999999999e-26  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.977708  normal  0.173304 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0908  cold-shock DNA-binding domain protein  49.22 
 
 
127 aa  116  9.999999999999999e-26  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.547384 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0790  cold-shock DNA-binding protein family protein  48.06 
 
 
127 aa  114  6e-25  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1762  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  55.22 
 
 
67 aa  75.9  0.0000000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00760021 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1775  cold-shock protein, DNA-binding  55.22 
 
 
67 aa  75.9  0.0000000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1151  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  56.92 
 
 
66 aa  72  0.000000000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.00000468526  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_37160  cold-shock DNA-binding protein family  52.24 
 
 
67 aa  72.8  0.000000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.0943216 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0979  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  56.92 
 
 
66 aa  72  0.000000000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000188175  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06418  hypothetical protein  52.31 
 
 
70 aa  72.4  0.000000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1267  cold-shock DNA-binding domain protein  53.12 
 
 
67 aa  71.6  0.000000000003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.922504  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6575  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50.75 
 
 
67 aa  71.2  0.000000000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.513102  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0260  cold-shock DNA-binding protein family protein  50.75 
 
 
67 aa  71.2  0.000000000004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0560  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  53.85 
 
 
67 aa  71.2  0.000000000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0948  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50.75 
 
 
67 aa  70.9  0.000000000005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.360484  normal  0.128926 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1580  cold-shock DNA-binding domain protein  52.24 
 
 
67 aa  70.9  0.000000000005  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.507056  normal  0.495998 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4269  cold-shock DNA-binding protein family protein  53.85 
 
 
67 aa  70.9  0.000000000005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1376  cold-shock DNA-binding protein family protein  53.85 
 
 
67 aa  70.9  0.000000000006  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.128629  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3123  cold-shock protein, DNA-binding  52.31 
 
 
67 aa  70.9  0.000000000006  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0870951  normal  0.605091 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3353  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  52.31 
 
 
67 aa  70.9  0.000000000006  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0827794  hitchhiker  0.00618792 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1111  cold shock transcriptional regulator CspA  50.77 
 
 
70 aa  70.5  0.000000000007  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0218  putative cold-shock DNA-binding domain protein  50.75 
 
 
67 aa  70.5  0.000000000007  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.230692  hitchhiker  0.00399283 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1049  cold-shock DNA-binding domain protein  52.24 
 
 
67 aa  70.5  0.000000000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0988  cold-shock DNA-binding protein family protein  52.24 
 
 
67 aa  70.5  0.000000000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1045  cold-shock DNA-binding domain protein  52.24 
 
 
67 aa  70.5  0.000000000008  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.396466  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2415  cold-shock DNA-binding domain protein  49.25 
 
 
67 aa  70.1  0.000000000009  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.751848  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3497  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  51.56 
 
 
66 aa  69.7  0.00000000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.000000616798  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2426  cold-shock DNA-binding domain protein  47.76 
 
 
67 aa  70.1  0.00000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.386206  normal  0.184038 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2869  cold-shock DNA-binding protein family protein  53.85 
 
 
67 aa  69.3  0.00000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0181409  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000590  cold shock protein CspA  50 
 
 
69 aa  69.7  0.00000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00446829  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1900  cold-shock DNA-binding domain protein  52.24 
 
 
67 aa  69.7  0.00000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.030523  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0628  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  49.25 
 
 
67 aa  70.1  0.00000000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3637  putative cold-shock DNA-binding domain protein  49.25 
 
 
67 aa  68.9  0.00000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4169  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  52.24 
 
 
67 aa  68.9  0.00000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.206868  normal  0.740799 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0531  cold-shock DNA-binding protein family protein  51.56 
 
 
70 aa  68.9  0.00000000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0526  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  51.56 
 
 
70 aa  68.9  0.00000000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0898507  hitchhiker  0.00873644 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0220  cold-shock DNA-binding domain protein  52.31 
 
 
67 aa  68.9  0.00000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2129  cold-shock DNA-binding domain protein  49.25 
 
 
69 aa  68.9  0.00000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5001  cold shock protein CspD  51.56 
 
 
66 aa  68.6  0.00000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.219986  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0803  cold-shock DNA-binding domain protein  50 
 
 
66 aa  68.6  0.00000000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5019  cold shock protein CspD  51.56 
 
 
66 aa  68.6  0.00000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0351296  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0028  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  52.31 
 
 
66 aa  68.2  0.00000000003  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.00000000000670362  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4972  cold shock protein CspD  51.56 
 
 
66 aa  68.6  0.00000000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4754  cold shock protein CspD  51.56 
 
 
66 aa  68.6  0.00000000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000000181  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4592  cold shock protein  51.56 
 
 
66 aa  68.6  0.00000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000232551  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4614  cold shock protein  51.56 
 
 
66 aa  68.6  0.00000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.0000000000000169422  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7468  cold-shock DNA-binding domain protein  50 
 
 
68 aa  68.2  0.00000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5115  cold shock protein CspD  51.56 
 
 
66 aa  68.6  0.00000000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00303936  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0143  putative cold-shock DNA-binding domain protein  49.25 
 
 
67 aa  68.6  0.00000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.113975  normal 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2784  cold-shock protein DNA-binding  47.76 
 
 
66 aa  68.6  0.00000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3299  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  46.97 
 
 
66 aa  68.6  0.00000000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.301257  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4990  cold shock protein CspD  51.56 
 
 
66 aa  68.6  0.00000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00510931  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6113  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  49.25 
 
 
66 aa  68.6  0.00000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2727  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  47.76 
 
 
66 aa  68.6  0.00000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0051  cold shock protein  52.38 
 
 
69 aa  68.6  0.00000000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.86437  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001501  cold shock transcriptional regulator CspA  50.77 
 
 
70 aa  68.2  0.00000000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.103059  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1896  cold-shock DNA-binding domain protein  47.76 
 
 
67 aa  67.8  0.00000000004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.385975  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5929  putative cold-shock DNA-binding domain protein  49.25 
 
 
67 aa  67.8  0.00000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.380899  normal  0.0156128 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1274  cold-shock DNA-binding protein family protein  52.31 
 
 
67 aa  68.2  0.00000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_26130  cold-shock DNA-binding protein family  51.56 
 
 
67 aa  68.2  0.00000000004  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2588  cold-shock DNA-binding domain protein  52.31 
 
 
67 aa  68.2  0.00000000004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.110334  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2880  cold-shock DNA-binding domain protein  54.41 
 
 
68 aa  68.2  0.00000000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000807571  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4566  putative cold-shock DNA-binding domain protein  48.44 
 
 
67 aa  68.2  0.00000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.55888  normal  0.0641574 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2221  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  53.12 
 
 
66 aa  68.2  0.00000000004  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.00000000348612  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2681  cold-shock DNA-binding domain protein  52.31 
 
 
67 aa  68.2  0.00000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0114675  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_04410  cold shock domain protein CspD  44.93 
 
 
317 aa  67.8  0.00000000005  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.528564 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>