More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Franean1_0146 on replicon NC_009921
Organism: Frankia sp. EAN1pec



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009921  Franean1_0146  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  100 
 
 
132 aa  261  2e-69  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00475602 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4426  cold-shock DNA-binding protein family protein  90.08 
 
 
131 aa  226  1e-58  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.285968 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0812  cold-shock DNA-binding domain protein  64.89 
 
 
131 aa  168  3e-41  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.507491  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5045  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  58.82 
 
 
136 aa  161  3e-39  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10888  cold shock protein B cspB  59.26 
 
 
138 aa  160  5.0000000000000005e-39  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  3.73128e-16  normal  0.272066 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0234  cold-shock DNA-binding protein family protein  57.25 
 
 
127 aa  159  1e-38  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1236  Cold-shock protein DNA-binding protein  58.39 
 
 
155 aa  159  1e-38  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.111681  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0825  cold-shock DNA-binding domain protein  55.4 
 
 
139 aa  157  3e-38  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.425934  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5860  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  55.3 
 
 
144 aa  156  7e-38  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.344345 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1707  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  55.88 
 
 
136 aa  156  8e-38  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4562  cold-shock DNA-binding protein family protein  55.15 
 
 
136 aa  154  5.0000000000000005e-37  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.0340056 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4858  cold-shock DNA-binding protein family protein  55.15 
 
 
136 aa  154  5.0000000000000005e-37  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.705438  normal  0.0994336 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8902  putative cold-shock DNA-binding domain protein  54.55 
 
 
132 aa  153  7e-37  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.197613  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0104  cold-shock DNA-binding protein family protein  58.78 
 
 
129 aa  153  8e-37  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4475  cold-shock DNA-binding protein family protein  54.41 
 
 
147 aa  152  2e-36  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.534449  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4338  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  56.82 
 
 
128 aa  149  1e-35  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3947  cold-shock protein, DNA-binding  56.06 
 
 
128 aa  148  2e-35  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.986356  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3932  cold-shock DNA-binding protein family protein  54.96 
 
 
131 aa  147  3e-35  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.558986  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0818  cold-shock DNA-binding domain protein  52.67 
 
 
135 aa  147  6e-35  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_34040  cold-shock DNA-binding protein family  56.82 
 
 
128 aa  146  9e-35  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4731  cold-shock DNA-binding domain protein  53.79 
 
 
129 aa  145  2.0000000000000003e-34  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8097  cold-shock DNA-binding domain protein  50.38 
 
 
131 aa  145  2.0000000000000003e-34  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_24110  cold-shock DNA-binding protein family  51.91 
 
 
133 aa  143  8.000000000000001e-34  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3580  putative cold-shock DNA-binding domain protein  54.96 
 
 
152 aa  142  1e-33  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0321058  normal  0.113438 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_31390  cold-shock DNA-binding protein family  55.73 
 
 
127 aa  142  1e-33  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.5492  normal  0.13403 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2047  cold-shock DNA-binding domain protein  55.73 
 
 
127 aa  141  3e-33  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.716085 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4185  cold-shock DNA-binding domain protein  52.67 
 
 
127 aa  141  3e-33  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.942545  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0746  cold-shock DNA-binding domain protein  56.06 
 
 
127 aa  141  3e-33  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0633058  hitchhiker  0.00940381 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0481  cold-shock DNA-binding domain protein  52.27 
 
 
131 aa  136  8.999999999999999e-32  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0848  cold-shock DNA-binding domain protein  53.44 
 
 
127 aa  134  3.0000000000000003e-31  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.433224  decreased coverage  0.00674689 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3294  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  53.79 
 
 
131 aa  135  3.0000000000000003e-31  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.977708  normal  0.173304 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2930  cold-shock DNA-binding domain protein  52.67 
 
 
127 aa  134  4e-31  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.915487  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26200  cold-shock DNA-binding protein family  48.09 
 
 
128 aa  131  3.9999999999999996e-30  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.109676  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0790  cold-shock DNA-binding protein family protein  50.38 
 
 
127 aa  130  7.999999999999999e-30  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0908  cold-shock DNA-binding domain protein  50.38 
 
 
127 aa  129  1.0000000000000001e-29  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.547384 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_04160  cold-shock DNA-binding protein family  49.62 
 
 
127 aa  124  3e-28  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0300603  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0007  cold shock protein  40.46 
 
 
129 aa  112  2.0000000000000002e-24  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0722  cold-shock DNA-binding domain protein  41.98 
 
 
129 aa  109  1.0000000000000001e-23  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.155583 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3637  putative cold-shock DNA-binding domain protein  50.75 
 
 
67 aa  72.4  0.000000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1580  cold-shock DNA-binding domain protein  52.24 
 
 
67 aa  70.9  0.000000000006  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.507056  normal  0.495998 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1775  cold-shock protein, DNA-binding  53.73 
 
 
67 aa  70.5  0.000000000008  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1762  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  53.73 
 
 
67 aa  70.5  0.000000000008  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00760021 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0948  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  52.24 
 
 
67 aa  68.2  0.00000000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.360484  normal  0.128926 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0260  cold-shock DNA-binding protein family protein  47.76 
 
 
67 aa  68.2  0.00000000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6575  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  47.76 
 
 
67 aa  68.2  0.00000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.513102  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0028  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  45.31 
 
 
66 aa  68.2  0.00000000004  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.00000000000670362  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0103  cold-shock DNA-binding domain protein  47.76 
 
 
67 aa  68.2  0.00000000004  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2426  cold-shock DNA-binding domain protein  49.25 
 
 
67 aa  67.8  0.00000000005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.386206  normal  0.184038 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5929  putative cold-shock DNA-binding domain protein  47.76 
 
 
67 aa  67.8  0.00000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.380899  normal  0.0156128 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0641  cold-shock DNA-binding domain protein  49.25 
 
 
67 aa  67.8  0.00000000005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0472  cold-shock DNA-binding protein family protein  49.25 
 
 
67 aa  67.8  0.00000000005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.16014  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03487  putative cold shock-like protein cspG  47.69 
 
 
69 aa  67.4  0.00000000006  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0628  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50.75 
 
 
67 aa  67.4  0.00000000006  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3141  cold-shock DNA-binding domain protein  48.44 
 
 
67 aa  67  0.00000000009  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0244532  hitchhiker  0.00153434 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0368  cold-shock DNA-binding domain protein  51.61 
 
 
68 aa  66.2  0.0000000001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  unclonable  2.16983e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1111  cold shock transcriptional regulator CspA  47.69 
 
 
70 aa  66.2  0.0000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_37160  cold-shock DNA-binding protein family  44.78 
 
 
67 aa  65.5  0.0000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.0943216 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0051  cold shock protein  49.21 
 
 
69 aa  65.9  0.0000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.86437  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4169  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  44.78 
 
 
67 aa  66.2  0.0000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.206868  normal  0.740799 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0312  cold-shock DNA-binding domain protein  44.78 
 
 
418 aa  65.5  0.0000000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.147611  hitchhiker  0.000223606 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4798  cold-shock DNA-binding protein family protein  44.78 
 
 
67 aa  65.9  0.0000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4884  cold-shock DNA-binding protein family protein  44.78 
 
 
67 aa  65.9  0.0000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.71911  normal  0.101787 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0013  cold-shock DNA-binding domain protein  47.76 
 
 
67 aa  65.5  0.0000000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5184  cold-shock DNA-binding protein family protein  44.78 
 
 
67 aa  65.9  0.0000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00427326 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6113  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50.75 
 
 
66 aa  65.9  0.0000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1042  cold-shock DNA-binding domain protein  50 
 
 
68 aa  65.9  0.0000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1358  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  46.97 
 
 
70 aa  65.1  0.0000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000569017 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3200  cold-shock DNA-binding domain protein  48.44 
 
 
279 aa  65.1  0.0000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.693924  normal  0.993369 
 
 
-
 
NC_011879  Achl_4023  cold-shock DNA-binding domain protein  46.27 
 
 
67 aa  65.1  0.0000000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00477592 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1464  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50.77 
 
 
69 aa  65.1  0.0000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1267  cold-shock DNA-binding domain protein  50.82 
 
 
67 aa  65.1  0.0000000003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.922504  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2883  cold-shock DNA-binding domain protein  50.77 
 
 
69 aa  65.1  0.0000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00808952 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3353  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  46.15 
 
 
67 aa  65.1  0.0000000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0827794  hitchhiker  0.00618792 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3156  cold-shock DNA-binding domain protein  48.44 
 
 
268 aa  65.1  0.0000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2974  cold-shock protein DNA-binding  48.44 
 
 
281 aa  65.1  0.0000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.372989 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1500  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50.77 
 
 
69 aa  65.1  0.0000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1911  cold-shock DNA-binding protein family protein  55.36 
 
 
70 aa  65.5  0.0000000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000206161  normal  0.143594 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0301  cold-shock DNA-binding domain protein  47.69 
 
 
67 aa  65.1  0.0000000003  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  decreased coverage  0.00253542  normal  0.0688177 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0752  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  49.18 
 
 
67 aa  65.1  0.0000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000576972  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02480  cold-shock DNA-binding protein family  47.76 
 
 
67 aa  65.1  0.0000000003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.181166  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5398  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  44.78 
 
 
67 aa  65.1  0.0000000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.262283  normal  0.0908383 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3123  cold-shock protein, DNA-binding  46.15 
 
 
67 aa  65.1  0.0000000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0870951  normal  0.605091 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13677  cold shock protein A cspA  46.27 
 
 
67 aa  65.1  0.0000000003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0108357  normal  0.108106 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2279  cold-shock DNA-binding domain protein  45.83 
 
 
310 aa  64.7  0.0000000004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.703886  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1896  cold-shock DNA-binding domain protein  47.76 
 
 
67 aa  64.7  0.0000000004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.385975  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1466  cold-shock DNA-binding domain protein  47.69 
 
 
67 aa  64.7  0.0000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.00122582  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1392  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  46.15 
 
 
67 aa  64.7  0.0000000004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.124556  normal  0.329269 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0668  cold-shock DNA-binding domain protein  46.27 
 
 
67 aa  64.3  0.0000000005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.16024  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3299  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50.75 
 
 
66 aa  64.3  0.0000000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.301257  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3261  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  46.97 
 
 
69 aa  64.3  0.0000000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1151  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  47.69 
 
 
66 aa  64.3  0.0000000005  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.00000468526  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2784  cold-shock protein DNA-binding  41.79 
 
 
66 aa  64.3  0.0000000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0979  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  47.69 
 
 
66 aa  64.3  0.0000000005  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000188175  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2727  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  41.79 
 
 
66 aa  64.3  0.0000000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1251  cold-shock DNA-binding domain protein  46.15 
 
 
67 aa  64.3  0.0000000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.791861  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1900  cold-shock DNA-binding domain protein  49.25 
 
 
67 aa  63.9  0.0000000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.030523  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0970  cold-shock DNA-binding domain protein  47.89 
 
 
74 aa  63.9  0.0000000006  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.251773 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1034  cold shock-like protein CspG  47.62 
 
 
69 aa  64.3  0.0000000006  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1469  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50.77 
 
 
69 aa  64.3  0.0000000006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0144  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  46.88 
 
 
259 aa  63.9  0.0000000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.569824  normal  0.04146 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>