More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_0722 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013721  HMPREF0424_0722  cold-shock DNA-binding domain protein  100 
 
 
129 aa  264  2.9999999999999995e-70  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.155583 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0007  cold shock protein  72.09 
 
 
129 aa  199  9e-51  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_31390  cold-shock DNA-binding protein family  53.17 
 
 
127 aa  142  1e-33  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.5492  normal  0.13403 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26200  cold-shock DNA-binding protein family  51.97 
 
 
128 aa  142  2e-33  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.109676  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_04160  cold-shock DNA-binding protein family  52.38 
 
 
127 aa  142  2e-33  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0300603  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0848  cold-shock DNA-binding domain protein  51.59 
 
 
127 aa  141  3e-33  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.433224  decreased coverage  0.00674689 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0746  cold-shock DNA-binding domain protein  52.38 
 
 
127 aa  141  3e-33  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0633058  hitchhiker  0.00940381 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0234  cold-shock DNA-binding protein family protein  50.39 
 
 
127 aa  139  1.9999999999999998e-32  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0790  cold-shock DNA-binding protein family protein  50.79 
 
 
127 aa  139  1.9999999999999998e-32  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0104  cold-shock DNA-binding protein family protein  50.79 
 
 
129 aa  139  1.9999999999999998e-32  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0908  cold-shock DNA-binding domain protein  50.39 
 
 
127 aa  137  3.9999999999999997e-32  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.547384 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2047  cold-shock DNA-binding domain protein  50 
 
 
127 aa  136  7.999999999999999e-32  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.716085 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3580  putative cold-shock DNA-binding domain protein  50 
 
 
152 aa  136  1e-31  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0321058  normal  0.113438 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2930  cold-shock DNA-binding domain protein  49.21 
 
 
127 aa  135  2e-31  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.915487  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_24110  cold-shock DNA-binding protein family  50 
 
 
133 aa  132  9.999999999999999e-31  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0818  cold-shock DNA-binding domain protein  51.16 
 
 
135 aa  133  9.999999999999999e-31  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8902  putative cold-shock DNA-binding domain protein  48.09 
 
 
132 aa  130  5e-30  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.197613  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8097  cold-shock DNA-binding domain protein  48.46 
 
 
131 aa  128  2.0000000000000002e-29  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3947  cold-shock protein, DNA-binding  47.66 
 
 
128 aa  126  1.0000000000000001e-28  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.986356  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4338  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  46.88 
 
 
128 aa  125  2.0000000000000002e-28  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4185  cold-shock DNA-binding domain protein  44.44 
 
 
127 aa  122  2e-27  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.942545  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0812  cold-shock DNA-binding domain protein  44.62 
 
 
131 aa  121  3e-27  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.507491  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4731  cold-shock DNA-binding domain protein  48.44 
 
 
129 aa  120  4e-27  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_34040  cold-shock DNA-binding protein family  43.31 
 
 
128 aa  120  9e-27  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0481  cold-shock DNA-binding domain protein  42.52 
 
 
131 aa  117  3.9999999999999996e-26  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3932  cold-shock DNA-binding protein family protein  41.54 
 
 
131 aa  112  1.0000000000000001e-24  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.558986  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5045  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  41.48 
 
 
136 aa  112  2.0000000000000002e-24  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0825  cold-shock DNA-binding domain protein  39.13 
 
 
139 aa  110  4.0000000000000004e-24  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.425934  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0146  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  41.98 
 
 
132 aa  109  1.0000000000000001e-23  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00475602 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10888  cold shock protein B cspB  41.04 
 
 
138 aa  108  3e-23  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  3.73128e-16  normal  0.272066 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4426  cold-shock DNA-binding protein family protein  41.22 
 
 
131 aa  107  4.0000000000000004e-23  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.285968 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4562  cold-shock DNA-binding protein family protein  41.48 
 
 
136 aa  107  5e-23  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.0340056 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4858  cold-shock DNA-binding protein family protein  41.48 
 
 
136 aa  107  5e-23  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.705438  normal  0.0994336 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4475  cold-shock DNA-binding protein family protein  40.74 
 
 
147 aa  105  2e-22  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.534449  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1236  Cold-shock protein DNA-binding protein  38.97 
 
 
155 aa  105  2e-22  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.111681  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1707  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  38.52 
 
 
136 aa  103  5e-22  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3294  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  44.27 
 
 
131 aa  103  9e-22  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.977708  normal  0.173304 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5860  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  37.88 
 
 
144 aa  90.9  6e-18  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.344345 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3299  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  53.03 
 
 
66 aa  73.2  0.000000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.301257  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0982  cold-shock DNA-binding domain protein  53.45 
 
 
83 aa  68.9  0.00000000002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.000000000734957  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0028  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  47.62 
 
 
66 aa  66.6  0.00000000009  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.00000000000670362  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0310  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  46.27 
 
 
67 aa  66.6  0.0000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000124748 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1732  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  44.44 
 
 
66 aa  66.2  0.0000000001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.0000000000101176  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0268  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  46.27 
 
 
67 aa  66.6  0.0000000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00110044 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0979  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  47.62 
 
 
66 aa  66.6  0.0000000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000188175  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1853  cold-shock DNA-binding protein family protein  50 
 
 
66 aa  66.2  0.0000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.00000000550442  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1151  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  47.62 
 
 
66 aa  66.6  0.0000000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.00000468526  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0010  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50.88 
 
 
65 aa  66.2  0.0000000001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  unclonable  0.00000000102405  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05400  putative cold-shock DNA-binding domain protein  51.72 
 
 
67 aa  65.5  0.0000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  4.33246e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0201  cold shock protein  53.33 
 
 
66 aa  65.9  0.0000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000435671  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8911  putative cold-shock DNA-binding domain protein  48.33 
 
 
66 aa  65.1  0.0000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6113  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  42.42 
 
 
66 aa  65.1  0.0000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008505  LACR_C47  cold-shock DNA-binding protein family protein  44.44 
 
 
66 aa  64.7  0.0000000004  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0782  cold-shock DNA-binding domain protein  48.33 
 
 
66 aa  64.3  0.0000000005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.733249  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0833  cold-shock protein DNA-binding  46.67 
 
 
66 aa  63.9  0.0000000006  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000457197  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0817  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  46.67 
 
 
66 aa  63.9  0.0000000006  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.000000123312  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5298  cold shock protein CspC  49.12 
 
 
67 aa  63.9  0.0000000007  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0312  cold-shock DNA-binding domain protein  45.59 
 
 
418 aa  63.9  0.0000000007  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.147611  hitchhiker  0.000223606 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5356  cold shock protein CspC  49.12 
 
 
67 aa  63.9  0.0000000007  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8123  cold-shock DNA-binding domain protein  45.45 
 
 
67 aa  63.5  0.0000000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0278  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  49.12 
 
 
65 aa  63.5  0.0000000008  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  unclonable  0.0000000141015  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2064  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  48.33 
 
 
67 aa  63.9  0.0000000008  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.0000000000424325  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3637  putative cold-shock DNA-binding domain protein  50.82 
 
 
67 aa  63.5  0.000000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0226  cold-shock DNA-binding protein family protein  46.97 
 
 
65 aa  63.2  0.000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000017804  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2901  cold-shock DNA-binding domain protein  48.33 
 
 
66 aa  63.5  0.000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  unclonable  0.0000000000581473  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1376  cold-shock DNA-binding protein family protein  45.31 
 
 
67 aa  63.2  0.000000001  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.128629  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5040  cold shock protein CspC  47.37 
 
 
67 aa  62.4  0.000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4870  cold shock protein  47.37 
 
 
67 aa  62.4  0.000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4885  cold shock protein  47.37 
 
 
67 aa  62.4  0.000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5280  cold shock protein CspC  47.37 
 
 
67 aa  62.4  0.000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000584465 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5647  cold shock protein CspC  46.55 
 
 
65 aa  62  0.000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000135799 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5424  cold shock protein CspC  46.55 
 
 
65 aa  62  0.000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.491326  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_16470  putative cold-shock DNA-binding domain protein  46.55 
 
 
67 aa  62  0.000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  8.463030000000001e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4985  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  47.37 
 
 
67 aa  62.4  0.000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5310  cold shock protein CspC  46.55 
 
 
65 aa  62  0.000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.156889  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3065  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  40.91 
 
 
66 aa  62  0.000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  0.000000000279167  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3973  cold-shock DNA-binding domain protein  47.37 
 
 
65 aa  61.6  0.000000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.000000000342931  unclonable  0.0000000000681945 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5230  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  46.27 
 
 
67 aa  61.6  0.000000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.244858  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0036  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  45 
 
 
66 aa  62  0.000000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3557  cold shock protein CspB  42.19 
 
 
66 aa  61.6  0.000000004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.000000000616269  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3553  cold shock protein CspB  42.19 
 
 
66 aa  61.6  0.000000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.0000000000960966  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3333  cold shock protein CspB  42.19 
 
 
66 aa  61.6  0.000000004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  0.0000000000000736097  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3297  cold shock protein  42.19 
 
 
66 aa  61.6  0.000000004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  1.0310600000000001e-23  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3248  cold shock protein  42.19 
 
 
66 aa  61.6  0.000000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.0000000000000222014  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2053  cold-shock DNA-binding domain protein  49.23 
 
 
67 aa  61.2  0.000000004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.203977  normal  0.0111256 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3594  cold shock protein CspB  42.19 
 
 
66 aa  61.6  0.000000004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000632893  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3647  cold shock protein CspB  42.19 
 
 
66 aa  61.6  0.000000004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.00000702498  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3242  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  43.75 
 
 
66 aa  61.6  0.000000004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.0000000134861  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3548  cold shock protein CspB  42.19 
 
 
66 aa  61.6  0.000000004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    decreased coverage  4.8624399999999996e-45 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0928  cold-shock DNA-binding domain protein  43.75 
 
 
65 aa  61.2  0.000000004  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0555  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  46.67 
 
 
66 aa  61.6  0.000000004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000000000705321  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1580  cold-shock DNA-binding domain protein  47.54 
 
 
67 aa  61.6  0.000000004  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.507056  normal  0.495998 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1670  cold shock protein CspB  42.19 
 
 
66 aa  61.6  0.000000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.000000000143673  decreased coverage  2.4479999999999998e-23 
 
 
-
 
NC_004116  SAG2100  CSD family cold shock protein  37.88 
 
 
67 aa  61.2  0.000000005  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0260  cold-shock DNA-binding protein family protein  44.78 
 
 
67 aa  61.2  0.000000005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6575  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  44.78 
 
 
67 aa  61.2  0.000000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.513102  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0392  cold-shock DNA-binding protein family protein  43.33 
 
 
92 aa  61.2  0.000000005  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3080  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  47.37 
 
 
65 aa  60.8  0.000000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000356634  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0466  CSD family cold shock protein  45 
 
 
66 aa  60.8  0.000000006  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.281351  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3728  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  41.67 
 
 
65 aa  60.5  0.000000007  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.484525  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>