More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_0481 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013093  Amir_0481  cold-shock DNA-binding domain protein  100 
 
 
131 aa  257  3e-68  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_34040  cold-shock DNA-binding protein family  77.34 
 
 
128 aa  208  2e-53  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10888  cold shock protein B cspB  64.23 
 
 
138 aa  184  4e-46  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  3.73128e-16  normal  0.272066 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0825  cold-shock DNA-binding domain protein  62.32 
 
 
139 aa  174  3e-43  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.425934  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1236  Cold-shock protein DNA-binding protein  61.31 
 
 
155 aa  174  4e-43  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.111681  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5045  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  60.74 
 
 
136 aa  171  2.9999999999999996e-42  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1707  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  60.74 
 
 
136 aa  169  9e-42  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4475  cold-shock DNA-binding protein family protein  60.74 
 
 
147 aa  166  8e-41  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.534449  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4562  cold-shock DNA-binding protein family protein  60 
 
 
136 aa  165  2e-40  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.0340056 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4858  cold-shock DNA-binding protein family protein  60 
 
 
136 aa  165  2e-40  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.705438  normal  0.0994336 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4731  cold-shock DNA-binding domain protein  57.03 
 
 
129 aa  158  3e-38  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0104  cold-shock DNA-binding protein family protein  61.72 
 
 
129 aa  157  5e-38  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_31390  cold-shock DNA-binding protein family  57.48 
 
 
127 aa  154  3e-37  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.5492  normal  0.13403 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4338  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  55.12 
 
 
128 aa  154  4e-37  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3947  cold-shock protein, DNA-binding  54.33 
 
 
128 aa  153  6e-37  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.986356  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0746  cold-shock DNA-binding domain protein  56.69 
 
 
127 aa  147  3e-35  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0633058  hitchhiker  0.00940381 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0818  cold-shock DNA-binding domain protein  56.62 
 
 
135 aa  145  1.0000000000000001e-34  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0234  cold-shock DNA-binding protein family protein  55.12 
 
 
127 aa  145  2.0000000000000003e-34  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2047  cold-shock DNA-binding domain protein  55.12 
 
 
127 aa  144  3e-34  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.716085 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8902  putative cold-shock DNA-binding domain protein  53.79 
 
 
132 aa  144  5e-34  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.197613  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5860  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  51.11 
 
 
144 aa  142  2e-33  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.344345 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4185  cold-shock DNA-binding domain protein  53.54 
 
 
127 aa  139  9.999999999999999e-33  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.942545  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0848  cold-shock DNA-binding domain protein  52.76 
 
 
127 aa  139  9.999999999999999e-33  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.433224  decreased coverage  0.00674689 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4426  cold-shock DNA-binding protein family protein  55.73 
 
 
131 aa  138  1.9999999999999998e-32  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.285968 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0146  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  52.27 
 
 
132 aa  136  8.999999999999999e-32  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00475602 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0812  cold-shock DNA-binding domain protein  54.96 
 
 
131 aa  136  1e-31  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.507491  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2930  cold-shock DNA-binding domain protein  51.18 
 
 
127 aa  135  2e-31  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.915487  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0790  cold-shock DNA-binding protein family protein  51.18 
 
 
127 aa  135  2e-31  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3932  cold-shock DNA-binding protein family protein  52.67 
 
 
131 aa  134  3.0000000000000003e-31  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.558986  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3580  putative cold-shock DNA-binding domain protein  51.97 
 
 
152 aa  135  3.0000000000000003e-31  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0321058  normal  0.113438 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_04160  cold-shock DNA-binding protein family  54.33 
 
 
127 aa  133  6.0000000000000005e-31  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0300603  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_24110  cold-shock DNA-binding protein family  50.39 
 
 
133 aa  132  1.9999999999999998e-30  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8097  cold-shock DNA-binding domain protein  47.33 
 
 
131 aa  131  3e-30  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0908  cold-shock DNA-binding domain protein  48.03 
 
 
127 aa  129  1.0000000000000001e-29  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.547384 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26200  cold-shock DNA-binding protein family  48.44 
 
 
128 aa  128  2.0000000000000002e-29  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.109676  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3294  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  52.27 
 
 
131 aa  127  7.000000000000001e-29  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.977708  normal  0.173304 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0007  cold shock protein  44.88 
 
 
129 aa  123  8.000000000000001e-28  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0722  cold-shock DNA-binding domain protein  42.52 
 
 
129 aa  117  3.9999999999999996e-26  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.155583 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3299  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  53.97 
 
 
66 aa  76.6  0.0000000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.301257  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6113  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  51.52 
 
 
66 aa  75.1  0.0000000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3497  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  53.97 
 
 
66 aa  74.7  0.0000000000004  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.000000616798  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1151  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  53.97 
 
 
66 aa  73.9  0.0000000000007  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.00000468526  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0979  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  53.97 
 
 
66 aa  73.9  0.0000000000007  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000188175  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0268  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  51.52 
 
 
67 aa  73.6  0.0000000000009  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00110044 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0310  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  51.52 
 
 
67 aa  73.6  0.0000000000009  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000124748 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5001  cold shock protein CspD  52.38 
 
 
66 aa  72  0.000000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.219986  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3553  cold shock protein CspB  51.56 
 
 
66 aa  72.4  0.000000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.0000000000960966  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5019  cold shock protein CspD  52.38 
 
 
66 aa  72  0.000000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0351296  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3333  cold shock protein CspB  51.56 
 
 
66 aa  72.4  0.000000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  0.0000000000000736097  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4754  cold shock protein CspD  52.38 
 
 
66 aa  72  0.000000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000000181  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3297  cold shock protein  51.56 
 
 
66 aa  72.4  0.000000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  1.0310600000000001e-23  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4592  cold shock protein  52.38 
 
 
66 aa  72  0.000000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000232551  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3248  cold shock protein  51.56 
 
 
66 aa  72.4  0.000000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.0000000000000222014  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4614  cold shock protein  52.38 
 
 
66 aa  72  0.000000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.0000000000000169422  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3647  cold shock protein CspB  51.56 
 
 
66 aa  72.4  0.000000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.00000702498  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1670  cold shock protein CspB  51.56 
 
 
66 aa  72.4  0.000000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.000000000143673  decreased coverage  2.4479999999999998e-23 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3594  cold shock protein CspB  51.56 
 
 
66 aa  72.4  0.000000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000632893  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5115  cold shock protein CspD  52.38 
 
 
66 aa  72  0.000000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00303936  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0260  cold-shock DNA-binding protein family protein  54.69 
 
 
67 aa  72  0.000000000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3557  cold shock protein CspB  51.56 
 
 
66 aa  72.4  0.000000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.000000000616269  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8911  putative cold-shock DNA-binding domain protein  50 
 
 
66 aa  72.4  0.000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4972  cold shock protein CspD  52.38 
 
 
66 aa  72  0.000000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4990  cold shock protein CspD  52.38 
 
 
66 aa  72  0.000000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00510931  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3548  cold shock protein CspB  51.56 
 
 
66 aa  72.4  0.000000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    decreased coverage  4.8624399999999996e-45 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6575  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  54.69 
 
 
67 aa  72  0.000000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.513102  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0392  cold-shock DNA-binding protein family protein  49.23 
 
 
92 aa  72  0.000000000003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0248  cold shock protein CspD  52.38 
 
 
66 aa  71.6  0.000000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00000599312  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0803  cold-shock DNA-binding domain protein  53.97 
 
 
66 aa  71.2  0.000000000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1732  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  49.21 
 
 
66 aa  70.9  0.000000000005  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.0000000000101176  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1517  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  53.33 
 
 
65 aa  71.2  0.000000000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2221  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50.79 
 
 
66 aa  70.5  0.000000000007  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.00000000348612  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0028  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  46.03 
 
 
66 aa  70.5  0.000000000007  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.00000000000670362  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1512  cold shock protein CspB  53.33 
 
 
65 aa  70.1  0.000000000008  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0532666  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1484  cold shock protein  53.33 
 
 
65 aa  70.1  0.000000000008  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00463121  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1629  cold shock protein CspB  53.33 
 
 
65 aa  70.1  0.000000000008  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0278  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  49.18 
 
 
65 aa  70.5  0.000000000008  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  unclonable  0.0000000141015  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3637  putative cold-shock DNA-binding domain protein  54.84 
 
 
67 aa  70.5  0.000000000008  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2532  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  48.44 
 
 
65 aa  70.1  0.00000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.19716  normal  0.287944 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3784  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  43.48 
 
 
69 aa  69.7  0.00000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4701  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50.79 
 
 
66 aa  70.1  0.00000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000295831  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1111  cold shock transcriptional regulator CspA  49.25 
 
 
70 aa  70.1  0.00000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1720  cold shock protein CspB  53.33 
 
 
65 aa  69.3  0.00000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.146917  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2454  cold shock protein CspA  52.46 
 
 
67 aa  69.3  0.00000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.0000000020427  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2257  cold shock protein CspA  52.46 
 
 
67 aa  69.3  0.00000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000681816  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3679  cold shock protein CspB  51.67 
 
 
65 aa  68.9  0.00000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.844549  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2216  cold shock protein  52.46 
 
 
67 aa  69.3  0.00000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  9.62754e-25  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1474  cold shock protein  53.33 
 
 
65 aa  69.3  0.00000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.259968  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2177  cold shock protein  52.46 
 
 
67 aa  69.3  0.00000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000147175  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3621  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  48.48 
 
 
69 aa  68.9  0.00000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0652324  hitchhiker  0.000182164 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2422  cold shock protein CspA  52.46 
 
 
67 aa  69.3  0.00000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000271714  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3242  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  48.44 
 
 
66 aa  69.3  0.00000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.0000000134861  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1771  cold shock protein CspB  53.33 
 
 
65 aa  69.3  0.00000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.674817  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8123  cold-shock DNA-binding domain protein  45.45 
 
 
67 aa  68.9  0.00000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0754  cold-shock DNA-binding domain protein  52.38 
 
 
66 aa  69.3  0.00000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1777  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  54.1 
 
 
67 aa  69.3  0.00000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000000555984  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1666  cold shock protein CspB  51.67 
 
 
65 aa  68.9  0.00000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0782  cold-shock DNA-binding domain protein  50.82 
 
 
66 aa  68.9  0.00000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.733249  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0777  cold-shock DNA-binding protein family protein  54.84 
 
 
67 aa  68.9  0.00000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2440  cold shock protein CspA  52.46 
 
 
67 aa  69.3  0.00000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.11145 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2521  cold shock protein CspA  52.46 
 
 
67 aa  69.3  0.00000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000175758  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>