More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gobs_0812 on replicon NC_013757
Organism: Geodermatophilus obscurus DSM 43160



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013757  Gobs_0812  cold-shock DNA-binding domain protein  100 
 
 
131 aa  259  6e-69  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.507491  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0104  cold-shock DNA-binding protein family protein  70.77 
 
 
129 aa  181  2.0000000000000003e-45  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0818  cold-shock DNA-binding domain protein  65.12 
 
 
135 aa  174  3e-43  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3932  cold-shock DNA-binding protein family protein  64.89 
 
 
131 aa  174  5e-43  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.558986  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8097  cold-shock DNA-binding domain protein  59.54 
 
 
131 aa  171  3.9999999999999995e-42  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0146  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  64.89 
 
 
132 aa  168  3e-41  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00475602 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0234  cold-shock DNA-binding protein family protein  63.85 
 
 
127 aa  166  9e-41  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4426  cold-shock DNA-binding protein family protein  64.62 
 
 
131 aa  164  2.9999999999999998e-40  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.285968 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3580  putative cold-shock DNA-binding domain protein  62.31 
 
 
152 aa  163  6.9999999999999995e-40  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0321058  normal  0.113438 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4185  cold-shock DNA-binding domain protein  60.77 
 
 
127 aa  160  6e-39  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.942545  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8902  putative cold-shock DNA-binding domain protein  58.02 
 
 
132 aa  158  2e-38  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.197613  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_31390  cold-shock DNA-binding protein family  56.15 
 
 
127 aa  147  4e-35  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.5492  normal  0.13403 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1236  Cold-shock protein DNA-binding protein  56.2 
 
 
155 aa  147  6e-35  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.111681  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0825  cold-shock DNA-binding domain protein  55.07 
 
 
139 aa  145  2.0000000000000003e-34  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.425934  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1707  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  55.56 
 
 
136 aa  144  4.0000000000000006e-34  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5045  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  55.56 
 
 
136 aa  143  7.0000000000000006e-34  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2047  cold-shock DNA-binding domain protein  55.38 
 
 
127 aa  142  2e-33  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.716085 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0848  cold-shock DNA-binding domain protein  53.08 
 
 
127 aa  142  2e-33  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.433224  decreased coverage  0.00674689 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3294  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  56.15 
 
 
131 aa  140  4e-33  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.977708  normal  0.173304 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0746  cold-shock DNA-binding domain protein  53.85 
 
 
127 aa  141  4e-33  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0633058  hitchhiker  0.00940381 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5860  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  54.55 
 
 
144 aa  140  5e-33  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.344345 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_34040  cold-shock DNA-binding protein family  56.49 
 
 
128 aa  140  8e-33  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26200  cold-shock DNA-binding protein family  52.67 
 
 
128 aa  139  9.999999999999999e-33  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.109676  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10888  cold shock protein B cspB  53.73 
 
 
138 aa  139  9.999999999999999e-33  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  3.73128e-16  normal  0.272066 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_24110  cold-shock DNA-binding protein family  50.77 
 
 
133 aa  139  1.9999999999999998e-32  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4858  cold-shock DNA-binding protein family protein  56.3 
 
 
136 aa  137  3e-32  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.705438  normal  0.0994336 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4562  cold-shock DNA-binding protein family protein  56.3 
 
 
136 aa  137  3e-32  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.0340056 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4475  cold-shock DNA-binding protein family protein  55.56 
 
 
147 aa  136  1e-31  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.534449  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0481  cold-shock DNA-binding domain protein  54.96 
 
 
131 aa  136  1e-31  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2930  cold-shock DNA-binding domain protein  53.08 
 
 
127 aa  134  5e-31  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.915487  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_04160  cold-shock DNA-binding protein family  52.31 
 
 
127 aa  133  9e-31  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0300603  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0790  cold-shock DNA-binding protein family protein  50 
 
 
127 aa  132  1.9999999999999998e-30  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0007  cold shock protein  46.92 
 
 
129 aa  129  1.0000000000000001e-29  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0908  cold-shock DNA-binding domain protein  46.92 
 
 
127 aa  129  1.0000000000000001e-29  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.547384 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4731  cold-shock DNA-binding domain protein  50.76 
 
 
129 aa  126  1.0000000000000001e-28  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4338  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50.38 
 
 
128 aa  124  4.0000000000000003e-28  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3947  cold-shock protein, DNA-binding  49.62 
 
 
128 aa  124  6e-28  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.986356  normal 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0722  cold-shock DNA-binding domain protein  44.62 
 
 
129 aa  121  3e-27  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.155583 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0833  cold-shock protein DNA-binding  60.32 
 
 
66 aa  80.1  0.00000000000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000457197  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0817  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  60.32 
 
 
66 aa  80.1  0.00000000000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.000000123312  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2784  cold-shock protein DNA-binding  53.03 
 
 
66 aa  77  0.00000000000007  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2727  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  53.03 
 
 
66 aa  77  0.00000000000007  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0466  CSD family cold shock protein  58.73 
 
 
66 aa  77  0.00000000000008  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.281351  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5298  cold shock protein CspC  63.33 
 
 
67 aa  75.5  0.0000000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0754  cold-shock DNA-binding domain protein  59.02 
 
 
66 aa  75.5  0.0000000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5356  cold shock protein CspC  63.33 
 
 
67 aa  75.5  0.0000000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5040  cold shock protein CspC  63.33 
 
 
67 aa  75.1  0.0000000000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4870  cold shock protein  63.33 
 
 
67 aa  75.1  0.0000000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4885  cold shock protein  63.33 
 
 
67 aa  75.1  0.0000000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4985  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  63.33 
 
 
67 aa  75.1  0.0000000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5280  cold shock protein CspC  63.33 
 
 
67 aa  75.1  0.0000000000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000584465 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3728  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  61.67 
 
 
65 aa  74.7  0.0000000000004  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.484525  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5310  cold shock protein CspC  63.33 
 
 
65 aa  74.7  0.0000000000004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.156889  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5647  cold shock protein CspC  63.33 
 
 
65 aa  74.7  0.0000000000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000135799 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5424  cold shock protein CspC  63.33 
 
 
65 aa  74.7  0.0000000000004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.491326  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2064  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  52.24 
 
 
67 aa  73.9  0.0000000000007  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.0000000000424325  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2338  cold-shock DNA-binding domain protein  54.69 
 
 
143 aa  73.6  0.000000000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00428193  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0226  cold-shock DNA-binding protein family protein  61.67 
 
 
65 aa  72.8  0.000000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000017804  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3497  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  58.73 
 
 
66 aa  72  0.000000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.000000616798  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1072  cold-shock DNA-binding domain protein  54.55 
 
 
68 aa  71.6  0.000000000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  unclonable  0.0000000253624  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6113  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  53.03 
 
 
66 aa  72  0.000000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001460  cold shock protein CspE  54.69 
 
 
69 aa  72  0.000000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3973  cold-shock DNA-binding domain protein  60 
 
 
65 aa  71.2  0.000000000004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.000000000342931  unclonable  0.0000000000681945 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1655  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  53.97 
 
 
69 aa  70.9  0.000000000006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.260165  normal  0.588405 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3069  cold-shock DNA-binding protein family protein  54.69 
 
 
69 aa  70.9  0.000000000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0986156  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17950  Cold-shock DNA-binding domain-containing protein  54.69 
 
 
69 aa  70.9  0.000000000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.140008  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2532  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  56.25 
 
 
65 aa  70.5  0.000000000007  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.19716  normal  0.287944 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3784  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  51.56 
 
 
69 aa  70.5  0.000000000007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1092  cold shock DNA-binding domain-containing protein  53.12 
 
 
69 aa  70.5  0.000000000008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000741991  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0036  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  53.97 
 
 
66 aa  70.5  0.000000000008  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11700  Cold shock domain family protein  54.69 
 
 
70 aa  70.5  0.000000000008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0476912  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1543  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50.77 
 
 
68 aa  70.5  0.000000000008  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1614  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  53.12 
 
 
68 aa  70.1  0.000000000008  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.074349  hitchhiker  0.00762568 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0756  cold-shock DNA-binding protein family protein  51.56 
 
 
66 aa  70.5  0.000000000008  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.000688666  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5019  cold shock protein CspD  57.14 
 
 
66 aa  70.1  0.00000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0351296  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3141  cold-shock DNA-binding domain protein  57.81 
 
 
67 aa  70.1  0.00000000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0244532  hitchhiker  0.00153434 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2485  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  53.12 
 
 
68 aa  69.7  0.00000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.109641  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2052  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  53.12 
 
 
68 aa  69.7  0.00000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0435864  normal  0.0231014 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4990  cold shock protein CspD  57.14 
 
 
66 aa  70.1  0.00000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00510931  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4754  cold shock protein CspD  57.14 
 
 
66 aa  70.1  0.00000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000000181  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4592  cold shock protein  57.14 
 
 
66 aa  70.1  0.00000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000232551  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4614  cold shock protein  57.14 
 
 
66 aa  70.1  0.00000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.0000000000000169422  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0248  cold shock protein CspD  57.14 
 
 
66 aa  69.7  0.00000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00000599312  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3523  cold-shock DNA-binding protein family protein  54.69 
 
 
70 aa  69.7  0.00000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.32154 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3123  cold-shock protein, DNA-binding  53.85 
 
 
67 aa  69.7  0.00000000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0870951  normal  0.605091 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5001  cold shock protein CspD  57.14 
 
 
66 aa  70.1  0.00000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.219986  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0310  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  53.03 
 
 
67 aa  69.7  0.00000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000124748 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4972  cold shock protein CspD  57.14 
 
 
66 aa  70.1  0.00000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5115  cold shock protein CspD  57.14 
 
 
66 aa  70.1  0.00000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00303936  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_34450  cold-shock DNA-binding protein family  56.72 
 
 
68 aa  69.7  0.00000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1894  cold-shock DNA-binding protein family protein  51.52 
 
 
66 aa  69.7  0.00000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.00218073  hitchhiker  0.000840233 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3080  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  58.33 
 
 
65 aa  69.7  0.00000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000356634  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1580  cold-shock DNA-binding domain protein  55.22 
 
 
67 aa  69.3  0.00000000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.507056  normal  0.495998 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05400  putative cold-shock DNA-binding domain protein  51.52 
 
 
67 aa  69.7  0.00000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  4.33246e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0755  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50 
 
 
68 aa  69.7  0.00000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3353  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  53.85 
 
 
67 aa  69.7  0.00000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0827794  hitchhiker  0.00618792 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0268  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  53.03 
 
 
67 aa  69.7  0.00000000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00110044 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3612  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  54.69 
 
 
68 aa  70.1  0.00000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.00000433441  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4701  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  57.14 
 
 
66 aa  68.9  0.00000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000295831  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2407  cold-shock DNA-binding protein family protein  53.12 
 
 
69 aa  69.3  0.00000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0284217  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>