More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noca_3932 on replicon NC_008699
Organism: Nocardioides sp. JS614



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008699  Noca_3932  cold-shock DNA-binding protein family protein  100 
 
 
131 aa  266  8e-71  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.558986  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0812  cold-shock DNA-binding domain protein  64.89 
 
 
131 aa  174  5e-43  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.507491  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0818  cold-shock DNA-binding domain protein  60 
 
 
135 aa  166  1e-40  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0234  cold-shock DNA-binding protein family protein  58.46 
 
 
127 aa  160  5.0000000000000005e-39  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0104  cold-shock DNA-binding protein family protein  60.31 
 
 
129 aa  160  7e-39  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8902  putative cold-shock DNA-binding domain protein  54.96 
 
 
132 aa  156  9e-38  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.197613  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8097  cold-shock DNA-binding domain protein  55.38 
 
 
131 aa  156  9e-38  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1707  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  59.26 
 
 
136 aa  156  1e-37  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3580  putative cold-shock DNA-binding domain protein  59.23 
 
 
152 aa  155  1e-37  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0321058  normal  0.113438 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4185  cold-shock DNA-binding domain protein  56.92 
 
 
127 aa  155  2e-37  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.942545  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4426  cold-shock DNA-binding protein family protein  57.69 
 
 
131 aa  151  2e-36  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.285968 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_24110  cold-shock DNA-binding protein family  54.62 
 
 
133 aa  150  4e-36  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0146  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  54.96 
 
 
132 aa  147  3e-35  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00475602 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5045  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  55.56 
 
 
136 aa  147  3e-35  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1236  Cold-shock protein DNA-binding protein  56.93 
 
 
155 aa  146  1.0000000000000001e-34  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.111681  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10888  cold shock protein B cspB  56.72 
 
 
138 aa  145  2.0000000000000003e-34  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  3.73128e-16  normal  0.272066 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2930  cold-shock DNA-binding domain protein  54.62 
 
 
127 aa  143  1e-33  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.915487  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0825  cold-shock DNA-binding domain protein  55.07 
 
 
139 aa  142  2e-33  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.425934  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4562  cold-shock DNA-binding protein family protein  54.07 
 
 
136 aa  142  2e-33  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.0340056 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4858  cold-shock DNA-binding protein family protein  54.07 
 
 
136 aa  142  2e-33  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.705438  normal  0.0994336 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4475  cold-shock DNA-binding protein family protein  53.33 
 
 
147 aa  140  5e-33  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.534449  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3294  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  54.62 
 
 
131 aa  137  3e-32  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.977708  normal  0.173304 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2047  cold-shock DNA-binding domain protein  53.08 
 
 
127 aa  137  6e-32  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.716085 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0848  cold-shock DNA-binding domain protein  52.31 
 
 
127 aa  137  7e-32  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.433224  decreased coverage  0.00674689 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0746  cold-shock DNA-binding domain protein  53.08 
 
 
127 aa  136  1e-31  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0633058  hitchhiker  0.00940381 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0481  cold-shock DNA-binding domain protein  52.67 
 
 
131 aa  134  3.0000000000000003e-31  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_34040  cold-shock DNA-binding protein family  52.67 
 
 
128 aa  134  6.0000000000000005e-31  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_31390  cold-shock DNA-binding protein family  50.77 
 
 
127 aa  133  9e-31  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.5492  normal  0.13403 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26200  cold-shock DNA-binding protein family  51.15 
 
 
128 aa  128  3e-29  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.109676  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_04160  cold-shock DNA-binding protein family  49.23 
 
 
127 aa  127  5.0000000000000004e-29  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0300603  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0790  cold-shock DNA-binding protein family protein  46.92 
 
 
127 aa  127  7.000000000000001e-29  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0908  cold-shock DNA-binding domain protein  45.38 
 
 
127 aa  125  2.0000000000000002e-28  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.547384 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4731  cold-shock DNA-binding domain protein  50 
 
 
129 aa  124  6e-28  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0007  cold shock protein  43.08 
 
 
129 aa  123  8.000000000000001e-28  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4338  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  48.09 
 
 
128 aa  121  3e-27  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3947  cold-shock protein, DNA-binding  47.33 
 
 
128 aa  120  6e-27  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.986356  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5860  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  44.7 
 
 
144 aa  119  9.999999999999999e-27  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.344345 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0722  cold-shock DNA-binding domain protein  41.54 
 
 
129 aa  112  1.0000000000000001e-24  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.155583 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2727  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50 
 
 
66 aa  73.6  0.0000000000009  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2784  cold-shock protein DNA-binding  50 
 
 
66 aa  73.6  0.0000000000009  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6113  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  56.06 
 
 
66 aa  72.4  0.000000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001460  cold shock protein CspE  51.56 
 
 
69 aa  71.2  0.000000000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0466  CSD family cold shock protein  53.97 
 
 
66 aa  70.1  0.00000000001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.281351  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0817  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  52.38 
 
 
66 aa  69.7  0.00000000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.000000123312  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0833  cold-shock protein DNA-binding  52.38 
 
 
66 aa  69.7  0.00000000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000457197  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1092  cold shock DNA-binding domain-containing protein  50 
 
 
69 aa  68.6  0.00000000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000741991  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2532  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  54.69 
 
 
65 aa  68.6  0.00000000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.19716  normal  0.287944 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2338  cold-shock DNA-binding domain protein  52.31 
 
 
143 aa  68.2  0.00000000004  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00428193  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1543  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  48.44 
 
 
68 aa  67.8  0.00000000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3299  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  53.03 
 
 
66 aa  68.2  0.00000000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.301257  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2614  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  48.44 
 
 
68 aa  67.8  0.00000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.0114712 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0028  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  46.03 
 
 
66 aa  67.8  0.00000000005  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.00000000000670362  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05400  putative cold-shock DNA-binding domain protein  53.03 
 
 
67 aa  67.4  0.00000000006  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  4.33246e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1614  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  46.88 
 
 
68 aa  67.4  0.00000000006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.074349  hitchhiker  0.00762568 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2485  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  46.88 
 
 
68 aa  67  0.00000000007  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.109641  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1693  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  48.44 
 
 
68 aa  67  0.00000000007  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1572  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  48.44 
 
 
69 aa  67.4  0.00000000007  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.259211  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2052  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  46.88 
 
 
68 aa  67  0.00000000007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0435864  normal  0.0231014 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0268  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50 
 
 
67 aa  67  0.00000000008  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00110044 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0310  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50 
 
 
67 aa  67  0.00000000008  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000124748 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1705  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  48.44 
 
 
69 aa  66.6  0.00000000009  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000671273  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2659  cold-shock DNA-binding domain protein  48.44 
 
 
69 aa  66.6  0.00000000009  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00019694  hitchhiker  0.00182123 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1748  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  48.44 
 
 
69 aa  66.6  0.00000000009  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000249775  normal  0.291294 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1708  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  48.44 
 
 
69 aa  66.6  0.00000000009  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000316023  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0754  cold-shock DNA-binding domain protein  52.46 
 
 
66 aa  66.2  0.0000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2787  cold shock domain-contain protein  46.88 
 
 
69 aa  66.6  0.0000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0778  cold shock proteins  51.56 
 
 
66 aa  66.6  0.0000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000726747  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8123  cold-shock DNA-binding domain protein  48.48 
 
 
67 aa  66.2  0.0000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0143  putative cold-shock DNA-binding domain protein  55.22 
 
 
67 aa  66.2  0.0000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.113975  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2285  cold-shock protein, DNA-binding  46.88 
 
 
69 aa  66.2  0.0000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3784  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  46.88 
 
 
69 aa  66.2  0.0000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2407  cold-shock DNA-binding protein family protein  46.88 
 
 
69 aa  66.6  0.0000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0284217  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2477  cold-shock DNA-binding protein family protein  46.88 
 
 
69 aa  66.6  0.0000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.916903  normal  0.105419 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2569  cold-shock DNA-binding protein family protein  46.88 
 
 
69 aa  66.6  0.0000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.608616  normal  0.369821 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1970  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  48.44 
 
 
69 aa  66.6  0.0000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.00428125  normal  0.0463669 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05396  hypothetical protein  48.44 
 
 
69 aa  66.2  0.0000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11700  Cold shock domain family protein  51.56 
 
 
70 aa  65.9  0.0000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0476912  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3065  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  46.97 
 
 
66 aa  66.2  0.0000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  0.000000000279167  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1318  cold-shock DNA-binding domain protein  52.24 
 
 
67 aa  65.9  0.0000000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0833029  normal  0.039104 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1580  cold-shock DNA-binding domain protein  53.73 
 
 
67 aa  65.9  0.0000000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.507056  normal  0.495998 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1072  cold-shock DNA-binding domain protein  50 
 
 
68 aa  65.9  0.0000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  unclonable  0.0000000253624  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3523  cold-shock DNA-binding protein family protein  51.56 
 
 
70 aa  65.5  0.0000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.32154 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3242  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  51.56 
 
 
66 aa  65.1  0.0000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.0000000134861  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1369  hypothetical protein  51.56 
 
 
66 aa  65.1  0.0000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.309276 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6800  cold-shock DNA-binding domain protein  52.24 
 
 
67 aa  65.1  0.0000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0560  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  52.31 
 
 
67 aa  65.1  0.0000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1151  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  47.62 
 
 
66 aa  64.7  0.0000000004  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.00000468526  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0372  cold shock protein  49.21 
 
 
66 aa  64.7  0.0000000004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  2.69681e-23  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0979  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  47.62 
 
 
66 aa  64.7  0.0000000004  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000188175  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1732  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  47.62 
 
 
66 aa  65.1  0.0000000004  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.0000000000101176  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3123  cold-shock protein, DNA-binding  49.23 
 
 
67 aa  64.3  0.0000000005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0870951  normal  0.605091 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0218  putative cold-shock DNA-binding domain protein  50.75 
 
 
67 aa  64.3  0.0000000005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.230692  hitchhiker  0.00399283 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5298  cold shock protein CspC  53.33 
 
 
67 aa  64.3  0.0000000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2630  cold-shock DNA-binding domain protein  51.56 
 
 
66 aa  64.7  0.0000000005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.681724  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2290  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50.75 
 
 
68 aa  64.3  0.0000000005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.388252  hitchhiker  0.00970612 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3497  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50.79 
 
 
66 aa  64.7  0.0000000005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.000000616798  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5356  cold shock protein CspC  53.33 
 
 
67 aa  64.3  0.0000000005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1466  cold-shock DNA-binding domain protein  52.31 
 
 
67 aa  64.3  0.0000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.00122582  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1235  cold-shock DNA-binding protein family protein  51.56 
 
 
66 aa  64.7  0.0000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3353  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  49.23 
 
 
67 aa  64.3  0.0000000005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0827794  hitchhiker  0.00618792 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>