More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Strop_3947 on replicon NC_009380
Organism: Salinispora tropica CNB-440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009380  Strop_3947  cold-shock protein, DNA-binding  100 
 
 
128 aa  259  1e-68  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.986356  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4338  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  98.44 
 
 
128 aa  255  1e-67  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_34040  cold-shock DNA-binding protein family  63.78 
 
 
128 aa  173  7e-43  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5860  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  61.36 
 
 
144 aa  164  4e-40  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.344345 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4731  cold-shock DNA-binding domain protein  60.16 
 
 
129 aa  160  7e-39  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4426  cold-shock DNA-binding protein family protein  62.12 
 
 
131 aa  159  1e-38  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.285968 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1707  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  56.3 
 
 
136 aa  157  5e-38  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5045  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  54.81 
 
 
136 aa  156  8e-38  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10888  cold shock protein B cspB  53.73 
 
 
138 aa  155  2e-37  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  3.73128e-16  normal  0.272066 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0481  cold-shock DNA-binding domain protein  54.33 
 
 
131 aa  153  6e-37  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1236  Cold-shock protein DNA-binding protein  53.68 
 
 
155 aa  150  5.9999999999999996e-36  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.111681  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0825  cold-shock DNA-binding domain protein  51.45 
 
 
139 aa  149  1e-35  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.425934  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0146  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  56.06 
 
 
132 aa  148  2e-35  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00475602 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4562  cold-shock DNA-binding protein family protein  51.11 
 
 
136 aa  148  2e-35  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.0340056 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4858  cold-shock DNA-binding protein family protein  51.11 
 
 
136 aa  148  2e-35  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.705438  normal  0.0994336 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4475  cold-shock DNA-binding protein family protein  50.37 
 
 
147 aa  146  8e-35  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.534449  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0104  cold-shock DNA-binding protein family protein  55.12 
 
 
129 aa  144  4.0000000000000006e-34  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0234  cold-shock DNA-binding protein family protein  50 
 
 
127 aa  139  9.999999999999999e-33  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0007  cold shock protein  51.56 
 
 
129 aa  137  3.9999999999999997e-32  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8097  cold-shock DNA-binding domain protein  51.91 
 
 
131 aa  137  7e-32  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0746  cold-shock DNA-binding domain protein  52.76 
 
 
127 aa  134  4e-31  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0633058  hitchhiker  0.00940381 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2930  cold-shock DNA-binding domain protein  48.03 
 
 
127 aa  131  3e-30  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.915487  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_04160  cold-shock DNA-binding protein family  51.18 
 
 
127 aa  131  3.9999999999999996e-30  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0300603  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0848  cold-shock DNA-binding domain protein  49.61 
 
 
127 aa  130  5e-30  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.433224  decreased coverage  0.00674689 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_24110  cold-shock DNA-binding protein family  49.62 
 
 
133 aa  130  7.999999999999999e-30  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4185  cold-shock DNA-binding domain protein  49.61 
 
 
127 aa  130  9e-30  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.942545  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0908  cold-shock DNA-binding domain protein  47.66 
 
 
127 aa  129  1.0000000000000001e-29  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.547384 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0790  cold-shock DNA-binding protein family protein  47.24 
 
 
127 aa  127  4.0000000000000003e-29  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0722  cold-shock DNA-binding domain protein  47.66 
 
 
129 aa  126  1.0000000000000001e-28  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.155583 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0818  cold-shock DNA-binding domain protein  48.85 
 
 
135 aa  126  1.0000000000000001e-28  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26200  cold-shock DNA-binding protein family  49.22 
 
 
128 aa  125  3e-28  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.109676  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2047  cold-shock DNA-binding domain protein  48.03 
 
 
127 aa  124  5e-28  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.716085 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0812  cold-shock DNA-binding domain protein  49.62 
 
 
131 aa  124  6e-28  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.507491  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_31390  cold-shock DNA-binding protein family  46.46 
 
 
127 aa  123  8.000000000000001e-28  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.5492  normal  0.13403 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3932  cold-shock DNA-binding protein family protein  47.33 
 
 
131 aa  120  6e-27  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.558986  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8902  putative cold-shock DNA-binding domain protein  43.94 
 
 
132 aa  120  8e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.197613  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3580  putative cold-shock DNA-binding domain protein  46.46 
 
 
152 aa  119  9.999999999999999e-27  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0321058  normal  0.113438 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3294  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  46.21 
 
 
131 aa  114  3.9999999999999997e-25  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.977708  normal  0.173304 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0979  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50 
 
 
66 aa  68.6  0.00000000003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000188175  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1151  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50 
 
 
66 aa  68.6  0.00000000003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.00000468526  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1376  cold-shock DNA-binding protein family protein  51.56 
 
 
67 aa  66.6  0.0000000001  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.128629  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_16470  putative cold-shock DNA-binding domain protein  47.62 
 
 
67 aa  63.9  0.0000000007  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  8.463030000000001e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0278  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  49.21 
 
 
65 aa  63.2  0.000000001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  unclonable  0.0000000141015  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0028  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  45.31 
 
 
66 aa  62.8  0.000000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.00000000000670362  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0036  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50 
 
 
66 aa  62.4  0.000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1584  cold-shock DNA-binding protein family  47.76 
 
 
67 aa  61.2  0.000000004  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  unclonable  0.0000000000000297873  unclonable  9.08249e-24 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0982  cold-shock DNA-binding domain protein  47.69 
 
 
83 aa  61.2  0.000000004  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.000000000734957  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3080  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  48.33 
 
 
65 aa  61.2  0.000000004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000356634  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05400  putative cold-shock DNA-binding domain protein  45.31 
 
 
67 aa  61.2  0.000000004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  4.33246e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3299  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  46.97 
 
 
66 aa  61.2  0.000000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.301257  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0312  cold-shock DNA-binding domain protein  47.76 
 
 
418 aa  60.8  0.000000005  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.147611  hitchhiker  0.000223606 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0803  cold-shock DNA-binding domain protein  48.48 
 
 
66 aa  60.8  0.000000006  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0466  CSD family cold shock protein  44.44 
 
 
66 aa  60.5  0.000000008  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.281351  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2784  cold-shock protein DNA-binding  39.39 
 
 
66 aa  59.7  0.00000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2727  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  39.39 
 
 
66 aa  59.7  0.00000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3637  putative cold-shock DNA-binding domain protein  47.76 
 
 
67 aa  60.1  0.00000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2053  cold-shock DNA-binding domain protein  49.23 
 
 
67 aa  60.1  0.00000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.203977  normal  0.0111256 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1732  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  43.75 
 
 
66 aa  60.1  0.00000001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.0000000000101176  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2064  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  43.75 
 
 
67 aa  59.7  0.00000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.0000000000424325  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3973  cold-shock DNA-binding domain protein  46.67 
 
 
65 aa  60.1  0.00000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.000000000342931  unclonable  0.0000000000681945 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0817  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  42.86 
 
 
66 aa  59.3  0.00000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.000000123312  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0833  cold-shock protein DNA-binding  42.86 
 
 
66 aa  59.3  0.00000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000457197  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6113  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  43.94 
 
 
66 aa  58.9  0.00000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2503  cold-shock DNA-binding protein family protein  42.65 
 
 
68 aa  59.3  0.00000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00000079429  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0200  cold-shock DNA-binding domain protein  50.79 
 
 
311 aa  58.9  0.00000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0333811  n/a   
 
 
-
 
NC_008505  LACR_C47  cold-shock DNA-binding protein family protein  42.86 
 
 
66 aa  58.9  0.00000002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0174  cold-shock DNA-binding protein family protein  45.31 
 
 
65 aa  59.3  0.00000002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.0000215085  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1492  cold-shock family protein  43.48 
 
 
69 aa  58.5  0.00000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.136425  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5040  cold shock protein CspC  46.67 
 
 
67 aa  58.5  0.00000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4870  cold shock protein  46.67 
 
 
67 aa  58.5  0.00000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4885  cold shock protein  46.67 
 
 
67 aa  58.5  0.00000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5647  cold shock protein CspC  46.67 
 
 
65 aa  58.5  0.00000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000135799 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1817  cold-shock DNA-binding domain protein  45.31 
 
 
66 aa  58.5  0.00000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000000002542  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5424  cold shock protein CspC  46.67 
 
 
65 aa  58.5  0.00000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.491326  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4985  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  46.67 
 
 
67 aa  58.5  0.00000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3728  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  45 
 
 
65 aa  58.5  0.00000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.484525  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2140  cold-shock DNA-binding protein family protein  44.62 
 
 
67 aa  58.5  0.00000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.000000000648799  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5310  cold shock protein CspC  46.67 
 
 
65 aa  58.5  0.00000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.156889  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5280  cold shock protein CspC  46.67 
 
 
67 aa  58.5  0.00000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000584465 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1466  cold-shock DNA-binding domain protein  46.15 
 
 
67 aa  58.5  0.00000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.00122582  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03487  putative cold shock-like protein cspG  47.69 
 
 
69 aa  58.2  0.00000004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0754  cold-shock DNA-binding domain protein  44.26 
 
 
66 aa  57.8  0.00000004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3497  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  42.86 
 
 
66 aa  57.8  0.00000005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.000000616798  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1111  cold shock transcriptional regulator CspA  46.15 
 
 
70 aa  57.4  0.00000006  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0273  cold-shock DNA-binding domain protein  46.15 
 
 
67 aa  57.4  0.00000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0252  cold-shock DNA-binding protein family protein  46.15 
 
 
67 aa  57.4  0.00000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.994476  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0262  cold-shock DNA-binding domain protein  46.15 
 
 
67 aa  57.4  0.00000006  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5298  cold shock protein CspC  45 
 
 
67 aa  57.4  0.00000007  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5356  cold shock protein CspC  45 
 
 
67 aa  57.4  0.00000007  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1446  cold-shock family protein  45.9 
 
 
105 aa  57.4  0.00000007  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.215876  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4701  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  44.44 
 
 
66 aa  57  0.00000008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000295831  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06418  hypothetical protein  49.23 
 
 
70 aa  57  0.00000008  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0273  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  46.15 
 
 
67 aa  57  0.00000009  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.355642 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4042  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  46.27 
 
 
67 aa  57  0.00000009  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0538  cold-shock DNA-binding domain protein  48.44 
 
 
217 aa  57  0.00000009  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0733  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  43.94 
 
 
67 aa  57  0.00000009  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.0000585148  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3214  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  44.78 
 
 
67 aa  57  0.00000009  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0979697  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2178  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  43.33 
 
 
65 aa  57  0.00000009  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5019  cold shock protein CspD  42.86 
 
 
66 aa  56.2  0.0000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0351296  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0567  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  46.15 
 
 
68 aa  56.6  0.0000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  unclonable  0.0000000000101913  hitchhiker  0.000143899 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>