More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Caci_8097 on replicon NC_013131
Organism: Catenulispora acidiphila DSM 44928



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013131  Caci_8097  cold-shock DNA-binding domain protein  100 
 
 
131 aa  263  5.999999999999999e-70  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0104  cold-shock DNA-binding protein family protein  64.62 
 
 
129 aa  171  2.9999999999999996e-42  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0812  cold-shock DNA-binding domain protein  59.54 
 
 
131 aa  171  3.9999999999999995e-42  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.507491  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0818  cold-shock DNA-binding domain protein  61.54 
 
 
135 aa  169  2e-41  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0234  cold-shock DNA-binding protein family protein  58.46 
 
 
127 aa  161  3e-39  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3932  cold-shock DNA-binding protein family protein  55.38 
 
 
131 aa  156  9e-38  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.558986  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8902  putative cold-shock DNA-binding domain protein  55.73 
 
 
132 aa  155  1e-37  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.197613  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4185  cold-shock DNA-binding domain protein  56.49 
 
 
127 aa  153  9e-37  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.942545  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4426  cold-shock DNA-binding protein family protein  55.38 
 
 
131 aa  152  2e-36  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.285968 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_31390  cold-shock DNA-binding protein family  55.73 
 
 
127 aa  149  1e-35  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.5492  normal  0.13403 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2047  cold-shock DNA-binding domain protein  55.73 
 
 
127 aa  149  1e-35  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.716085 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3580  putative cold-shock DNA-binding domain protein  56.49 
 
 
152 aa  148  3e-35  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0321058  normal  0.113438 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_24110  cold-shock DNA-binding protein family  51.15 
 
 
133 aa  147  4e-35  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0848  cold-shock DNA-binding domain protein  53.44 
 
 
127 aa  147  6e-35  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.433224  decreased coverage  0.00674689 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0146  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50.38 
 
 
132 aa  145  2.0000000000000003e-34  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00475602 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0825  cold-shock DNA-binding domain protein  51.08 
 
 
139 aa  145  3e-34  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.425934  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0746  cold-shock DNA-binding domain protein  53.44 
 
 
127 aa  141  2e-33  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0633058  hitchhiker  0.00940381 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2930  cold-shock DNA-binding domain protein  51.15 
 
 
127 aa  139  9.999999999999999e-33  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.915487  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1707  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  51.09 
 
 
136 aa  137  4.999999999999999e-32  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3947  cold-shock protein, DNA-binding  51.91 
 
 
128 aa  137  7e-32  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.986356  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_34040  cold-shock DNA-binding protein family  50.38 
 
 
128 aa  135  1e-31  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4731  cold-shock DNA-binding domain protein  54.89 
 
 
129 aa  136  1e-31  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4338  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  51.15 
 
 
128 aa  135  2e-31  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3294  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  53.08 
 
 
131 aa  133  7.000000000000001e-31  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.977708  normal  0.173304 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_04160  cold-shock DNA-binding protein family  50.76 
 
 
127 aa  132  9.999999999999999e-31  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0300603  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5045  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  48.18 
 
 
136 aa  132  1.9999999999999998e-30  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0481  cold-shock DNA-binding domain protein  47.33 
 
 
131 aa  131  3e-30  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0790  cold-shock DNA-binding protein family protein  47.33 
 
 
127 aa  130  6e-30  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10888  cold shock protein B cspB  46.67 
 
 
138 aa  130  9e-30  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  3.73128e-16  normal  0.272066 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1236  Cold-shock protein DNA-binding protein  49.26 
 
 
155 aa  129  1.0000000000000001e-29  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.111681  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0722  cold-shock DNA-binding domain protein  48.46 
 
 
129 aa  128  2.0000000000000002e-29  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.155583 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0908  cold-shock DNA-binding domain protein  46.92 
 
 
127 aa  128  2.0000000000000002e-29  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.547384 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0007  cold shock protein  46.15 
 
 
129 aa  127  4.0000000000000003e-29  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26200  cold-shock DNA-binding protein family  48.48 
 
 
128 aa  124  4.0000000000000003e-28  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.109676  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5860  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  45.45 
 
 
144 aa  122  2e-27  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.344345 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4562  cold-shock DNA-binding protein family protein  44.53 
 
 
136 aa  122  2e-27  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.0340056 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4858  cold-shock DNA-binding protein family protein  44.53 
 
 
136 aa  122  2e-27  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.705438  normal  0.0994336 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4475  cold-shock DNA-binding protein family protein  43.8 
 
 
147 aa  120  6e-27  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.534449  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0817  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50.79 
 
 
66 aa  70.9  0.000000000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.000000123312  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0833  cold-shock protein DNA-binding  50.79 
 
 
66 aa  70.9  0.000000000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000457197  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0979  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  51.56 
 
 
66 aa  68.9  0.00000000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000188175  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0028  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  48.44 
 
 
66 aa  68.9  0.00000000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.00000000000670362  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1151  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  51.56 
 
 
66 aa  68.9  0.00000000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.00000468526  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1263  cold-shock DNA-binding domain protein  53.73 
 
 
67 aa  68.6  0.00000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2727  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  43.94 
 
 
66 aa  68.6  0.00000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2784  cold-shock protein DNA-binding  43.94 
 
 
66 aa  68.6  0.00000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1072  cold-shock DNA-binding domain protein  47.89 
 
 
68 aa  68.6  0.00000000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  unclonable  0.0000000253624  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0466  CSD family cold shock protein  49.21 
 
 
66 aa  68.2  0.00000000004  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.281351  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4169  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  52.24 
 
 
67 aa  67.8  0.00000000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.206868  normal  0.740799 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1376  cold-shock DNA-binding protein family protein  50 
 
 
67 aa  68.2  0.00000000004  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.128629  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3637  putative cold-shock DNA-binding domain protein  52.24 
 
 
67 aa  67.4  0.00000000005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6113  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  46.97 
 
 
66 aa  67.4  0.00000000006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3621  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  53.12 
 
 
69 aa  67.4  0.00000000006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0652324  hitchhiker  0.000182164 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5298  cold shock protein CspC  50.82 
 
 
67 aa  67  0.00000000008  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3728  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50 
 
 
65 aa  67  0.00000000008  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.484525  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5356  cold shock protein CspC  50.82 
 
 
67 aa  67  0.00000000008  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3141  cold-shock DNA-binding domain protein  53.12 
 
 
67 aa  67  0.00000000009  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0244532  hitchhiker  0.00153434 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05400  putative cold-shock DNA-binding domain protein  51.56 
 
 
67 aa  67  0.00000000009  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  4.33246e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5040  cold shock protein CspC  50.82 
 
 
67 aa  66.2  0.0000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4870  cold shock protein  50.82 
 
 
67 aa  66.2  0.0000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4885  cold shock protein  50.82 
 
 
67 aa  66.2  0.0000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0201  cold shock protein  49.21 
 
 
66 aa  66.6  0.0000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000435671  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5424  cold shock protein CspC  50.82 
 
 
65 aa  66.2  0.0000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.491326  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5280  cold shock protein CspC  50.82 
 
 
67 aa  66.2  0.0000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000584465 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5647  cold shock protein CspC  50.82 
 
 
65 aa  66.2  0.0000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000135799 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4985  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50.82 
 
 
67 aa  66.2  0.0000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0278  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50.79 
 
 
65 aa  66.6  0.0000000001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  unclonable  0.0000000141015  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5310  cold shock protein CspC  50.82 
 
 
65 aa  66.2  0.0000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.156889  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3065  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  46.97 
 
 
66 aa  65.5  0.0000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  0.000000000279167  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001460  cold shock protein CspE  46.88 
 
 
69 aa  65.1  0.0000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1092  cold shock DNA-binding domain-containing protein  46.88 
 
 
69 aa  65.1  0.0000000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000741991  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1369  hypothetical protein  50 
 
 
66 aa  65.1  0.0000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.309276 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3123  cold-shock protein, DNA-binding  47.76 
 
 
67 aa  64.7  0.0000000004  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0870951  normal  0.605091 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3784  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  51.72 
 
 
69 aa  64.7  0.0000000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3353  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  47.76 
 
 
67 aa  64.7  0.0000000004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0827794  hitchhiker  0.00618792 
 
 
-
 
NC_008505  LACR_C47  cold-shock DNA-binding protein family protein  46.03 
 
 
66 aa  64.7  0.0000000004  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3497  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  49.21 
 
 
66 aa  64.3  0.0000000005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.000000616798  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0754  cold-shock DNA-binding domain protein  47.54 
 
 
66 aa  64.3  0.0000000005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3973  cold-shock DNA-binding domain protein  51.67 
 
 
65 aa  64.7  0.0000000005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.000000000342931  unclonable  0.0000000000681945 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0803  cold-shock DNA-binding domain protein  50 
 
 
66 aa  64.3  0.0000000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2064  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  48.44 
 
 
67 aa  64.3  0.0000000005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.0000000000424325  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2338  cold-shock DNA-binding domain protein  43.08 
 
 
143 aa  63.9  0.0000000006  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00428193  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1732  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  46.88 
 
 
66 aa  63.9  0.0000000006  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.0000000000101176  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0226  cold-shock DNA-binding protein family protein  51.67 
 
 
65 aa  63.9  0.0000000007  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000017804  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0368  cold-shock DNA-binding domain protein  51.61 
 
 
68 aa  63.9  0.0000000007  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  unclonable  2.16983e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_34450  cold-shock DNA-binding protein family  52.63 
 
 
68 aa  63.9  0.0000000007  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1777  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  52.46 
 
 
67 aa  63.9  0.0000000007  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000000555984  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0756  cold-shock DNA-binding protein family protein  46.88 
 
 
66 aa  63.9  0.0000000007  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.000688666  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1896  cold-shock DNA-binding domain protein  47.76 
 
 
67 aa  63.9  0.0000000008  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.385975  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3299  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  46.97 
 
 
66 aa  63.5  0.0000000008  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.301257  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_16470  putative cold-shock DNA-binding domain protein  49.18 
 
 
67 aa  63.5  0.0000000009  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  8.463030000000001e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0310  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  46.97 
 
 
67 aa  63.5  0.0000000009  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000124748 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0268  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  46.97 
 
 
67 aa  63.5  0.0000000009  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00110044 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3612  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50 
 
 
68 aa  63.5  0.0000000009  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.00000433441  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1655  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  47.62 
 
 
69 aa  63.5  0.000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.260165  normal  0.588405 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3248  cold shock protein  48.44 
 
 
66 aa  63.2  0.000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.0000000000000222014  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4614  cold shock protein  49.21 
 
 
66 aa  63.5  0.000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.0000000000000169422  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4972  cold shock protein CspD  49.21 
 
 
66 aa  63.5  0.000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1894  cold-shock DNA-binding protein family protein  45.45 
 
 
66 aa  63.2  0.000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.00218073  hitchhiker  0.000840233 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3548  cold shock protein CspB  48.44 
 
 
66 aa  63.2  0.000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    decreased coverage  4.8624399999999996e-45 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>