More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Jden_2047 on replicon NC_013174
Organism: Jonesia denitrificans DSM 20603



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013174  Jden_2047  cold-shock DNA-binding domain protein  100 
 
 		 127 aa  254  2e-67  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.716085 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_31390  cold-shock DNA-binding protein family  74.8 
 
 		 127 aa  200  6e-51  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.5492  normal  0.13403 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0746  cold-shock DNA-binding domain protein  70.87 
 
 		 127 aa  186  1e-46  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0633058  hitchhiker  0.00940381 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0848  cold-shock DNA-binding domain protein  66.14 
 
 		 127 aa  180  6e-45  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.433224  decreased coverage  0.00674689 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2930  cold-shock DNA-binding domain protein  66.93 
 
 		 127 aa  177  4e-44  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.915487  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0234  cold-shock DNA-binding protein family protein  61.11 
 
 		 127 aa  163  5.9999999999999996e-40  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0104  cold-shock DNA-binding protein family protein  59.52 
 
 		 129 aa  159  1e-38  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3580  putative cold-shock DNA-binding domain protein  59.06 
 
 		 152 aa  152  2e-36  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0321058  normal  0.113438 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4185  cold-shock DNA-binding domain protein  54.33 
 
 		 127 aa  150  5e-36  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.942545  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8097  cold-shock DNA-binding domain protein  55.73 
 
 		 131 aa  149  1e-35  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0007  cold shock protein  54.76 
 
 		 129 aa  147  5e-35  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8902  putative cold-shock DNA-binding domain protein  53.44 
 
 		 132 aa  147  7e-35  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.197613  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_24110  cold-shock DNA-binding protein family  56.49 
 
 		 133 aa  146  8e-35  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26200  cold-shock DNA-binding protein family  54.69 
 
 		 128 aa  146  8e-35  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.109676  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0818  cold-shock DNA-binding domain protein  56.15 
 
 		 135 aa  146  9e-35  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0481  cold-shock DNA-binding domain protein  55.12 
 
 		 131 aa  144  3e-34  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_04160  cold-shock DNA-binding protein family  55.12 
 
 		 127 aa  142  1e-33  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0300603  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0812  cold-shock DNA-binding domain protein  55.38 
 
 		 131 aa  142  2e-33  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.507491  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0146  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  55.73 
 
 		 132 aa  141  3e-33  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00475602 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_34040  cold-shock DNA-binding protein family  52.76 
 
 		 128 aa  139  9.999999999999999e-33  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4426  cold-shock DNA-binding protein family protein  55.38 
 
 		 131 aa  138  3e-32  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.285968 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3932  cold-shock DNA-binding protein family protein  53.08 
 
 		 131 aa  137  6e-32  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.558986  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0722  cold-shock DNA-binding domain protein  50 
 
 		 129 aa  136  7.999999999999999e-32  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.155583 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4731  cold-shock DNA-binding domain protein  53.49 
 
 		 129 aa  135  2e-31  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0825  cold-shock DNA-binding domain protein  47.48 
 
 		 139 aa  133  7.000000000000001e-31  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.425934  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5045  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  48.53 
 
 		 136 aa  133  9.999999999999999e-31  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10888  cold shock protein B cspB  48.15 
 
 		 138 aa  132  9.999999999999999e-31  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  3.73128e-16  normal  0.272066 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3294  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  54.2 
 
 		 131 aa  132  1.9999999999999998e-30  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.977708  normal  0.173304 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0790  cold-shock DNA-binding protein family protein  49.61 
 
 		 127 aa  131  3.9999999999999996e-30  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1707  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  47.79 
 
 		 136 aa  130  9e-30  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0908  cold-shock DNA-binding domain protein  47.62 
 
 		 127 aa  127  6e-29  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.547384 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1236  Cold-shock protein DNA-binding protein  47.79 
 
 		 155 aa  125  1.0000000000000001e-28  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.111681  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4338  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  48.82 
 
 		 128 aa  125  2.0000000000000002e-28  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3947  cold-shock protein, DNA-binding  48.03 
 
 		 128 aa  124  5e-28  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.986356  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4562  cold-shock DNA-binding protein family protein  44.12 
 
 		 136 aa  121  4e-27  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.0340056 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4858  cold-shock DNA-binding protein family protein  44.12 
 
 		 136 aa  121  4e-27  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.705438  normal  0.0994336 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4475  cold-shock DNA-binding protein family protein  43.38 
 
 		 147 aa  119  1.9999999999999998e-26  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.534449  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5860  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  44.7 
 
 		 144 aa  111  4.0000000000000004e-24  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.344345 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3299  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  51.56 
 
 		 66 aa  68.2  0.00000000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.301257  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0278  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  49.18 
 
 		 65 aa  67  0.00000000009  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  unclonable  0.0000000141015  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1376  cold-shock DNA-binding protein family protein  46.88 
 
 		 67 aa  65.5  0.0000000002  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.128629  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0310  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50 
 
 		 67 aa  65.1  0.0000000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000124748 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1732  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  45.9 
 
 		 66 aa  65.1  0.0000000003  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.0000000000101176  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0268  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50 
 
 		 67 aa  65.1  0.0000000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00110044 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6113  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  46.88 
 
 		 66 aa  64.7  0.0000000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3637  putative cold-shock DNA-binding domain protein  50.75 
 
 		 67 aa  65.1  0.0000000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0028  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  44.44 
 
 		 66 aa  63.9  0.0000000007  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.00000000000670362  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8911  putative cold-shock DNA-binding domain protein  48.44 
 
 		 66 aa  63.9  0.0000000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0010  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  49.18 
 
 		 65 aa  63.9  0.0000000008  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  unclonable  0.00000000102405  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1151  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  47.54 
 
 		 66 aa  63.5  0.000000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.00000468526  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0979  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  47.54 
 
 		 66 aa  63.5  0.000000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000188175  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0803  cold-shock DNA-binding domain protein  46.97 
 
 		 66 aa  62  0.000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5040  cold shock protein CspC  45.9 
 
 		 67 aa  62.4  0.000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4985  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  45.9 
 
 		 67 aa  62.4  0.000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4870  cold shock protein  45.9 
 
 		 67 aa  62.4  0.000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4885  cold shock protein  45.9 
 
 		 67 aa  62.4  0.000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2064  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  44.78 
 
 		 67 aa  62.4  0.000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.0000000000424325  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5280  cold shock protein CspC  45.9 
 
 		 67 aa  62.4  0.000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000584465 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5647  cold shock protein CspC  45.9 
 
 		 65 aa  62  0.000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000135799 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5424  cold shock protein CspC  45.9 
 
 		 65 aa  62  0.000000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.491326  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5310  cold shock protein CspC  45.9 
 
 		 65 aa  62  0.000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.156889  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1853  cold-shock DNA-binding protein family protein  47.62 
 
 		 66 aa  62  0.000000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.00000000550442  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0782  cold-shock DNA-binding domain protein  48.44 
 
 		 66 aa  61.6  0.000000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.733249  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8123  cold-shock DNA-binding domain protein  43.94 
 
 		 67 aa  61.6  0.000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0260  cold-shock DNA-binding protein family protein  49.23 
 
 		 67 aa  61.6  0.000000004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6575  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  49.23 
 
 		 67 aa  61.6  0.000000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.513102  normal  1 
 
 
-
 
NC_008505  LACR_C47  cold-shock DNA-binding protein family protein  41.27 
 
 		 66 aa  61.6  0.000000004  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5298  cold shock protein CspC  44.26 
 
 		 67 aa  60.8  0.000000006  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0833  cold-shock protein DNA-binding  42.86 
 
 		 66 aa  60.8  0.000000006  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000457197  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5356  cold shock protein CspC  44.26 
 
 		 67 aa  60.8  0.000000006  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0817  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  42.86 
 
 		 66 aa  60.8  0.000000006  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.000000123312  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2901  cold-shock DNA-binding domain protein  45.31 
 
 		 66 aa  60.8  0.000000007  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  unclonable  0.0000000000581473  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05400  putative cold-shock DNA-binding domain protein  45.9 
 
 		 67 aa  60.5  0.000000008  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  4.33246e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3728  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  43.33 
 
 		 65 aa  60.1  0.000000009  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.484525  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4701  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  44.44 
 
 		 66 aa  60.1  0.00000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000295831  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1580  cold-shock DNA-binding domain protein  49.23 
 
 		 67 aa  60.1  0.00000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.507056  normal  0.495998 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0392  cold-shock DNA-binding protein family protein  47.54 
 
 		 92 aa  59.7  0.00000001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0945  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  42.62 
 
 		 66 aa  58.9  0.00000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  unclonable  0.000000276652  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3621  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  49.18 
 
 		 69 aa  59.3  0.00000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0652324  hitchhiker  0.000182164 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0928  cold-shock DNA-binding domain protein  45 
 
 		 65 aa  59.7  0.00000002  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1072  cold-shock DNA-binding domain protein  48.48 
 
 		 68 aa  58.9  0.00000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  unclonable  0.0000000253624  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0892  cold-shock DNA-binding domain protein  49.23 
 
 		 68 aa  59.3  0.00000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2236  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  46.88 
 
 		 67 aa  58.9  0.00000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.0000000182228  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0644  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  42.42 
 
 		 66 aa  58.9  0.00000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.0000000000253244  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0777  cold-shock DNA-binding protein family protein  47.69 
 
 		 67 aa  58.9  0.00000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1817  cold-shock DNA-binding domain protein  43.75 
 
 		 66 aa  58.9  0.00000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000000002542  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3242  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  43.75 
 
 		 66 aa  58.9  0.00000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.0000000134861  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0248  cold shock protein CspD  42.86 
 
 		 66 aa  58.9  0.00000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00000599312  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0982  cold-shock DNA-binding domain protein  43.08 
 
 		 83 aa  58.9  0.00000002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.000000000734957  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0923  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  42.62 
 
 		 66 aa  58.9  0.00000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000200134  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5001  cold shock protein CspD  42.86 
 
 		 66 aa  58.5  0.00000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.219986  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2454  cold shock protein CspA  45.31 
 
 		 67 aa  58.5  0.00000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.0000000020427  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5019  cold shock protein CspD  42.86 
 
 		 66 aa  58.5  0.00000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0351296  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2216  cold shock protein  45.31 
 
 		 67 aa  58.5  0.00000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  9.62754e-25  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4592  cold shock protein  42.86 
 
 		 66 aa  58.5  0.00000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000232551  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2177  cold shock protein  45.31 
 
 		 67 aa  58.5  0.00000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000147175  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4614  cold shock protein  42.86 
 
 		 66 aa  58.5  0.00000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.0000000000000169422  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2440  cold shock protein CspA  45.31 
 
 		 67 aa  58.5  0.00000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.11145 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0103  cold-shock DNA-binding domain protein  47.76 
 
 		 67 aa  58.5  0.00000003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4972  cold shock protein CspD  42.86 
 
 		 66 aa  58.5  0.00000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>