More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ksed_24110 on replicon NC_013169
Organism: Kytococcus sedentarius DSM 20547



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013169  Ksed_24110  cold-shock DNA-binding protein family  100 
 
 
133 aa  266  8.999999999999999e-71  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0234  cold-shock DNA-binding protein family protein  58.46 
 
 
127 aa  158  2e-38  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0746  cold-shock DNA-binding domain protein  57.25 
 
 
127 aa  154  3e-37  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0633058  hitchhiker  0.00940381 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0848  cold-shock DNA-binding domain protein  58.02 
 
 
127 aa  152  2e-36  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.433224  decreased coverage  0.00674689 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3932  cold-shock DNA-binding protein family protein  54.62 
 
 
131 aa  150  4e-36  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.558986  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26200  cold-shock DNA-binding protein family  57.58 
 
 
128 aa  149  1e-35  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.109676  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0104  cold-shock DNA-binding protein family protein  55.38 
 
 
129 aa  149  2e-35  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_31390  cold-shock DNA-binding protein family  56.49 
 
 
127 aa  147  4e-35  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.5492  normal  0.13403 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8097  cold-shock DNA-binding domain protein  51.15 
 
 
131 aa  147  4e-35  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2047  cold-shock DNA-binding domain protein  56.49 
 
 
127 aa  146  8e-35  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.716085 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0007  cold shock protein  55.38 
 
 
129 aa  145  2.0000000000000003e-34  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3580  putative cold-shock DNA-binding domain protein  56.06 
 
 
152 aa  145  2.0000000000000003e-34  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0321058  normal  0.113438 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4426  cold-shock DNA-binding protein family protein  52.67 
 
 
131 aa  145  3e-34  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.285968 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0146  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  51.91 
 
 
132 aa  143  8.000000000000001e-34  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00475602 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8902  putative cold-shock DNA-binding domain protein  49.62 
 
 
132 aa  142  2e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.197613  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2930  cold-shock DNA-binding domain protein  52.67 
 
 
127 aa  140  5e-33  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.915487  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0825  cold-shock DNA-binding domain protein  49.64 
 
 
139 aa  138  1.9999999999999998e-32  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.425934  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_04160  cold-shock DNA-binding protein family  53.79 
 
 
127 aa  138  1.9999999999999998e-32  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0300603  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0812  cold-shock DNA-binding domain protein  50.77 
 
 
131 aa  139  1.9999999999999998e-32  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.507491  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4185  cold-shock DNA-binding domain protein  50.38 
 
 
127 aa  136  7.999999999999999e-32  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.942545  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0818  cold-shock DNA-binding domain protein  49.23 
 
 
135 aa  136  8.999999999999999e-32  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4731  cold-shock DNA-binding domain protein  51.88 
 
 
129 aa  134  3.0000000000000003e-31  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_34040  cold-shock DNA-binding protein family  51.97 
 
 
128 aa  133  7.000000000000001e-31  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0722  cold-shock DNA-binding domain protein  50 
 
 
129 aa  132  9.999999999999999e-31  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.155583 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0908  cold-shock DNA-binding domain protein  49.23 
 
 
127 aa  132  9.999999999999999e-31  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.547384 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0481  cold-shock DNA-binding domain protein  50.39 
 
 
131 aa  132  1.9999999999999998e-30  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0790  cold-shock DNA-binding protein family protein  48.09 
 
 
127 aa  130  5e-30  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3947  cold-shock protein, DNA-binding  49.62 
 
 
128 aa  130  6.999999999999999e-30  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.986356  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4338  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  49.62 
 
 
128 aa  129  1.0000000000000001e-29  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10888  cold shock protein B cspB  46.04 
 
 
138 aa  128  3e-29  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  3.73128e-16  normal  0.272066 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1707  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  44.85 
 
 
136 aa  127  5.0000000000000004e-29  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3294  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50 
 
 
131 aa  126  1.0000000000000001e-28  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.977708  normal  0.173304 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5045  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  44.12 
 
 
136 aa  125  2.0000000000000002e-28  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5860  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  44.7 
 
 
144 aa  119  9.999999999999999e-27  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.344345 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1236  Cold-shock protein DNA-binding protein  45.59 
 
 
155 aa  119  1.9999999999999998e-26  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.111681  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4858  cold-shock DNA-binding protein family protein  42.65 
 
 
136 aa  117  6e-26  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.705438  normal  0.0994336 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4562  cold-shock DNA-binding protein family protein  42.65 
 
 
136 aa  117  6e-26  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.0340056 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4475  cold-shock DNA-binding protein family protein  41.91 
 
 
147 aa  115  1.9999999999999998e-25  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.534449  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0979  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  52.38 
 
 
66 aa  69.7  0.00000000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000188175  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1151  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  52.38 
 
 
66 aa  69.7  0.00000000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.00000468526  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1580  cold-shock DNA-binding domain protein  52.24 
 
 
67 aa  67.8  0.00000000004  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.507056  normal  0.495998 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6113  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  48.48 
 
 
66 aa  67  0.00000000007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2784  cold-shock protein DNA-binding  42.42 
 
 
66 aa  67  0.00000000008  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2727  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  42.42 
 
 
66 aa  67  0.00000000008  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0036  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  47.62 
 
 
66 aa  65.5  0.0000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3784  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  46.88 
 
 
69 aa  66.2  0.0000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1970  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  48.44 
 
 
69 aa  65.5  0.0000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.00428125  normal  0.0463669 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0817  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  47.62 
 
 
66 aa  65.9  0.0000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.000000123312  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3497  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  47.62 
 
 
66 aa  65.9  0.0000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.000000616798  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0833  cold-shock protein DNA-binding  47.62 
 
 
66 aa  65.9  0.0000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000457197  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8911  putative cold-shock DNA-binding domain protein  50.79 
 
 
66 aa  65.1  0.0000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8123  cold-shock DNA-binding domain protein  48.48 
 
 
67 aa  65.5  0.0000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0248  cold shock protein CspD  47.62 
 
 
66 aa  65.1  0.0000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00000599312  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5019  cold shock protein CspD  47.62 
 
 
66 aa  64.7  0.0000000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0351296  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4972  cold shock protein CspD  47.62 
 
 
66 aa  64.7  0.0000000004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4754  cold shock protein CspD  47.62 
 
 
66 aa  64.7  0.0000000004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000000181  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4592  cold shock protein  47.62 
 
 
66 aa  64.7  0.0000000004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000232551  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4614  cold shock protein  47.62 
 
 
66 aa  64.7  0.0000000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.0000000000000169422  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5115  cold shock protein CspD  47.62 
 
 
66 aa  64.7  0.0000000004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00303936  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3299  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  48.48 
 
 
66 aa  64.7  0.0000000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.301257  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5001  cold shock protein CspD  47.62 
 
 
66 aa  64.7  0.0000000004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.219986  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1853  cold-shock DNA-binding protein family protein  47.62 
 
 
66 aa  64.7  0.0000000004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.00000000550442  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0028  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  46.03 
 
 
66 aa  64.7  0.0000000004  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.00000000000670362  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4990  cold shock protein CspD  47.62 
 
 
66 aa  64.7  0.0000000004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00510931  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0310  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  48.48 
 
 
67 aa  64.3  0.0000000005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000124748 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1614  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  45.31 
 
 
68 aa  64.3  0.0000000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.074349  hitchhiker  0.00762568 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0268  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  48.48 
 
 
67 aa  64.3  0.0000000005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00110044 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1731  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  48.44 
 
 
69 aa  64.3  0.0000000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  unclonable  0.0000000915529  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0466  CSD family cold shock protein  46.03 
 
 
66 aa  64.3  0.0000000006  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.281351  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2901  cold-shock DNA-binding domain protein  46.88 
 
 
66 aa  64.3  0.0000000006  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  unclonable  0.0000000000581473  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2052  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  45.31 
 
 
68 aa  63.9  0.0000000007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0435864  normal  0.0231014 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2485  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  45.31 
 
 
68 aa  63.9  0.0000000007  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.109641  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1775  cold-shock protein, DNA-binding  50.75 
 
 
67 aa  63.5  0.0000000009  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1762  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50.75 
 
 
67 aa  63.5  0.0000000009  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00760021 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2614  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  43.75 
 
 
68 aa  63.5  0.0000000009  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.0114712 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3637  putative cold-shock DNA-binding domain protein  47.76 
 
 
67 aa  63.5  0.0000000009  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4701  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  47.62 
 
 
66 aa  63.2  0.000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000295831  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2787  cold shock domain-contain protein  45.31 
 
 
69 aa  63.2  0.000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0782  cold-shock DNA-binding domain protein  50 
 
 
66 aa  62.8  0.000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.733249  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1572  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  43.75 
 
 
69 aa  62.8  0.000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.259211  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0948  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  49.25 
 
 
67 aa  62.8  0.000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.360484  normal  0.128926 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2285  cold-shock protein, DNA-binding  45.31 
 
 
69 aa  63.2  0.000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1264  cold-shock DNA-binding domain protein  46.03 
 
 
66 aa  63.2  0.000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.00000000000176373  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2407  cold-shock DNA-binding protein family protein  45.31 
 
 
69 aa  63.2  0.000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0284217  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2477  cold-shock DNA-binding protein family protein  45.31 
 
 
69 aa  63.2  0.000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.916903  normal  0.105419 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1693  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  43.75 
 
 
68 aa  62.8  0.000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2221  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  46.03 
 
 
66 aa  63.2  0.000000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.00000000348612  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2569  cold-shock DNA-binding protein family protein  45.31 
 
 
69 aa  63.2  0.000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.608616  normal  0.369821 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0392  cold-shock DNA-binding protein family protein  52.63 
 
 
92 aa  63.2  0.000000001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2017  cold-shock DNA-binding protein family protein  51.67 
 
 
65 aa  63.2  0.000000001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.679038  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3333  cold shock protein CspB  44.44 
 
 
66 aa  62.4  0.000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  0.0000000000000736097  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3548  cold shock protein CspB  44.44 
 
 
66 aa  62.4  0.000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    decreased coverage  4.8624399999999996e-45 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2532  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  47.62 
 
 
65 aa  62.8  0.000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.19716  normal  0.287944 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3647  cold shock protein CspB  44.44 
 
 
66 aa  62.4  0.000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.00000702498  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1670  cold shock protein CspB  44.44 
 
 
66 aa  62.4  0.000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.000000000143673  decreased coverage  2.4479999999999998e-23 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2338  cold-shock DNA-binding domain protein  49.23 
 
 
143 aa  62.4  0.000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00428193  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2064  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  46.03 
 
 
67 aa  62.4  0.000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.0000000000424325  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1708  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  43.75 
 
 
69 aa  62.4  0.000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000316023  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2146  cold-shock DNA-binding domain protein  46.03 
 
 
66 aa  62.8  0.000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0644  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  46.97 
 
 
66 aa  62.8  0.000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.0000000000253244  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>