More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Arth_0790 on replicon NC_008541
Organism: Arthrobacter sp. FB24



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008541  Arth_0790  cold-shock DNA-binding protein family protein  100 
 
 
127 aa  249  9.000000000000001e-66  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0908  cold-shock DNA-binding domain protein  95.24 
 
 
127 aa  239  1e-62  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.547384 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_04160  cold-shock DNA-binding protein family  55.91 
 
 
127 aa  152  1e-36  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0300603  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_31390  cold-shock DNA-binding protein family  57.48 
 
 
127 aa  152  2e-36  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.5492  normal  0.13403 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0746  cold-shock DNA-binding domain protein  58.27 
 
 
127 aa  149  1e-35  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0633058  hitchhiker  0.00940381 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3580  putative cold-shock DNA-binding domain protein  54.33 
 
 
152 aa  145  2.0000000000000003e-34  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0321058  normal  0.113438 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2930  cold-shock DNA-binding domain protein  55.91 
 
 
127 aa  145  3e-34  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.915487  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8902  putative cold-shock DNA-binding domain protein  55.73 
 
 
132 aa  144  4.0000000000000006e-34  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.197613  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0848  cold-shock DNA-binding domain protein  52.76 
 
 
127 aa  144  6e-34  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.433224  decreased coverage  0.00674689 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0234  cold-shock DNA-binding protein family protein  53.97 
 
 
127 aa  142  2e-33  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0104  cold-shock DNA-binding protein family protein  52.38 
 
 
129 aa  142  2e-33  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0818  cold-shock DNA-binding domain protein  53.49 
 
 
135 aa  140  5e-33  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0722  cold-shock DNA-binding domain protein  50.79 
 
 
129 aa  139  1.9999999999999998e-32  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.155583 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4185  cold-shock DNA-binding domain protein  51.18 
 
 
127 aa  136  7.999999999999999e-32  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.942545  normal 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0007  cold shock protein  47.62 
 
 
129 aa  136  7.999999999999999e-32  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_34040  cold-shock DNA-binding protein family  51.18 
 
 
128 aa  136  7.999999999999999e-32  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0481  cold-shock DNA-binding domain protein  51.18 
 
 
131 aa  135  2e-31  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0812  cold-shock DNA-binding domain protein  50 
 
 
131 aa  132  1.9999999999999998e-30  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.507491  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26200  cold-shock DNA-binding protein family  49.22 
 
 
128 aa  131  3e-30  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.109676  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2047  cold-shock DNA-binding domain protein  49.61 
 
 
127 aa  131  3.9999999999999996e-30  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.716085 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_24110  cold-shock DNA-binding protein family  48.09 
 
 
133 aa  130  5e-30  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8097  cold-shock DNA-binding domain protein  47.33 
 
 
131 aa  130  6e-30  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0146  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50.38 
 
 
132 aa  130  7.999999999999999e-30  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00475602 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4338  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  48.03 
 
 
128 aa  128  2.0000000000000002e-29  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5045  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  47.79 
 
 
136 aa  129  2.0000000000000002e-29  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3947  cold-shock protein, DNA-binding  47.24 
 
 
128 aa  127  4.0000000000000003e-29  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.986356  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1236  Cold-shock protein DNA-binding protein  50.74 
 
 
155 aa  127  5.0000000000000004e-29  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.111681  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4562  cold-shock DNA-binding protein family protein  50 
 
 
136 aa  127  5.0000000000000004e-29  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.0340056 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4858  cold-shock DNA-binding protein family protein  50 
 
 
136 aa  127  5.0000000000000004e-29  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.705438  normal  0.0994336 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3932  cold-shock DNA-binding protein family protein  46.92 
 
 
131 aa  127  7.000000000000001e-29  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.558986  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1707  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  47.06 
 
 
136 aa  126  1.0000000000000001e-28  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4475  cold-shock DNA-binding protein family protein  49.26 
 
 
147 aa  125  1.0000000000000001e-28  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.534449  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4426  cold-shock DNA-binding protein family protein  49.62 
 
 
131 aa  125  2.0000000000000002e-28  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.285968 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10888  cold shock protein B cspB  45.93 
 
 
138 aa  124  3e-28  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  3.73128e-16  normal  0.272066 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0825  cold-shock DNA-binding domain protein  46.04 
 
 
139 aa  124  5e-28  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.425934  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3294  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  48.85 
 
 
131 aa  118  3e-26  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.977708  normal  0.173304 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4731  cold-shock DNA-binding domain protein  48.06 
 
 
129 aa  114  6e-25  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5860  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  43.18 
 
 
144 aa  113  8.999999999999998e-25  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.344345 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0028  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  47.62 
 
 
66 aa  64.3  0.0000000005  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.00000000000670362  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3299  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  46.97 
 
 
66 aa  63.9  0.0000000007  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.301257  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1732  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  46.03 
 
 
66 aa  63.9  0.0000000007  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.0000000000101176  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6113  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  46.97 
 
 
66 aa  63.5  0.0000000008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0103  cold-shock DNA-binding domain protein  52.24 
 
 
67 aa  63.2  0.000000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0278  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  49.21 
 
 
65 aa  62.4  0.000000002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  unclonable  0.0000000141015  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2532  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  48.44 
 
 
65 aa  62  0.000000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.19716  normal  0.287944 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0268  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  48.48 
 
 
67 aa  62  0.000000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00110044 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0310  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  48.48 
 
 
67 aa  62  0.000000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000124748 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0817  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  48.33 
 
 
66 aa  61.6  0.000000004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.000000123312  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0312  cold-shock DNA-binding domain protein  49.25 
 
 
418 aa  61.6  0.000000004  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.147611  hitchhiker  0.000223606 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0833  cold-shock protein DNA-binding  48.33 
 
 
66 aa  61.6  0.000000004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000457197  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0010  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  49.21 
 
 
65 aa  60.5  0.000000007  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  unclonable  0.00000000102405  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3728  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  46.67 
 
 
65 aa  60.5  0.000000009  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.484525  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0803  cold-shock DNA-binding domain protein  45.45 
 
 
66 aa  59.7  0.00000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3185  cold-shock protein, DNA-binding  42.22 
 
 
92 aa  60.1  0.00000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.937654  normal  0.149852 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8123  cold-shock DNA-binding domain protein  43.94 
 
 
67 aa  59.7  0.00000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2064  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  44.78 
 
 
67 aa  58.9  0.00000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.0000000000424325  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5040  cold shock protein CspC  49.12 
 
 
67 aa  59.3  0.00000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4870  cold shock protein  49.12 
 
 
67 aa  59.3  0.00000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4885  cold shock protein  49.12 
 
 
67 aa  59.3  0.00000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4985  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  49.12 
 
 
67 aa  59.3  0.00000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5424  cold shock protein CspC  48.28 
 
 
65 aa  59.3  0.00000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.491326  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5647  cold shock protein CspC  48.28 
 
 
65 aa  59.3  0.00000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000135799 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1777  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  51.72 
 
 
67 aa  59.3  0.00000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000000555984  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2338  cold-shock DNA-binding domain protein  41.54 
 
 
143 aa  59.3  0.00000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00428193  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5280  cold shock protein CspC  49.12 
 
 
67 aa  59.3  0.00000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000584465 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0782  cold-shock DNA-binding domain protein  48.44 
 
 
66 aa  59.3  0.00000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.733249  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0392  cold-shock DNA-binding protein family protein  47.62 
 
 
92 aa  59.3  0.00000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5310  cold shock protein CspC  48.28 
 
 
65 aa  59.3  0.00000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.156889  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3497  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  48.33 
 
 
66 aa  58.5  0.00000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.000000616798  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0928  cold-shock DNA-binding domain protein  49.12 
 
 
65 aa  58.5  0.00000003  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3784  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  46.88 
 
 
69 aa  58.2  0.00000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4701  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  48.33 
 
 
66 aa  58.2  0.00000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000295831  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0466  CSD family cold shock protein  46.67 
 
 
66 aa  58.2  0.00000004  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.281351  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1580  cold-shock DNA-binding domain protein  47.76 
 
 
67 aa  58.2  0.00000004  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.507056  normal  0.495998 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3141  cold-shock DNA-binding domain protein  52.46 
 
 
67 aa  58.2  0.00000004  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0244532  hitchhiker  0.00153434 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0668  cold-shock DNA-binding domain protein  49.25 
 
 
67 aa  58.2  0.00000004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.16024  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1151  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  46.03 
 
 
66 aa  57.8  0.00000005  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.00000468526  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0979  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  46.03 
 
 
66 aa  57.8  0.00000005  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000188175  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2630  cold-shock DNA-binding domain protein  45.31 
 
 
66 aa  57.8  0.00000005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.681724  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1235  cold-shock DNA-binding protein family protein  45.31 
 
 
66 aa  57.8  0.00000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3637  putative cold-shock DNA-binding domain protein  46.27 
 
 
67 aa  57.8  0.00000005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2724  cold-shock DNA-binding domain protein  45.31 
 
 
66 aa  57.8  0.00000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.720009  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0754  cold-shock DNA-binding domain protein  44.26 
 
 
66 aa  57.8  0.00000005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5298  cold shock protein CspC  46.55 
 
 
67 aa  57.8  0.00000006  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5356  cold shock protein CspC  46.55 
 
 
67 aa  57.8  0.00000006  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8911  putative cold-shock DNA-binding domain protein  42.42 
 
 
66 aa  57.8  0.00000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05400  putative cold-shock DNA-binding domain protein  43.94 
 
 
67 aa  57.4  0.00000006  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  4.33246e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1072  cold-shock DNA-binding domain protein  48.48 
 
 
68 aa  57.8  0.00000006  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  unclonable  0.0000000253624  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0301  cold-shock DNA-binding domain protein  50.77 
 
 
67 aa  57.4  0.00000007  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  decreased coverage  0.00253542  normal  0.0688177 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4020  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  48.33 
 
 
66 aa  57  0.00000008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000184454  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1092  cold shock DNA-binding domain-containing protein  45.31 
 
 
69 aa  57  0.00000009  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000741991  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2236  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50 
 
 
67 aa  57  0.00000009  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.0000000182228  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0260  cold-shock DNA-binding protein family protein  46.27 
 
 
67 aa  57  0.00000009  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008505  LACR_C47  cold-shock DNA-binding protein family protein  41.27 
 
 
66 aa  57  0.00000009  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6575  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  46.27 
 
 
67 aa  57  0.00000009  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.513102  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2454  cold shock protein CspA  50 
 
 
67 aa  56.6  0.0000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.0000000020427  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3553  cold shock protein CspB  45.31 
 
 
66 aa  56.6  0.0000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.0000000000960966  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2257  cold shock protein CspA  50 
 
 
67 aa  56.6  0.0000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000681816  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3333  cold shock protein CspB  45.31 
 
 
66 aa  56.6  0.0000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  0.0000000000000736097  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4754  cold shock protein CspD  46.67 
 
 
66 aa  56.6  0.0000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000000181  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>