More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MCA1614 on replicon NC_002977
Organism: Methylococcus capsulatus str. Bath



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002977  MCA1614  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  100 
 
 		 305 aa  634    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4306  protein of unknown function DUF88  45.72 
 
 		 299 aa  263  3e-69  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.122513 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4244  protein of unknown function DUF88  45.72 
 
 		 299 aa  263  3e-69  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1985  cold shock protein  45.21 
 
 		 310 aa  253  3e-66  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3445  protein of unknown function DUF88  41.64 
 
 		 338 aa  240  2e-62  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4302  protein of unknown function DUF88  30.8 
 
 		 281 aa  103  3e-21  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1300  protein of unknown function DUF88  33.67 
 
 		 208 aa  85.9  7e-16  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  unclonable  0.0000000638541  normal  0.142561 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5838  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  48.39 
 
 		 67 aa  63.5  0.000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.284132  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1449  cold-shock DNA-binding protein family protein  48.39 
 
 		 67 aa  63.5  0.000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3904  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  48.39 
 
 		 67 aa  63.5  0.000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4464  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  48.39 
 
 		 67 aa  63.5  0.000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4361  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  46.77 
 
 		 67 aa  62.4  0.00000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3900  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  46.77 
 
 		 67 aa  62.4  0.00000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.878106  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5134  cold-shock DNA-binding protein family protein  44.62 
 
 		 67 aa  60.5  0.00000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.984065  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4166  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  44.62 
 
 		 67 aa  59.7  0.00000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.745487  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6765  cold-shock DNA-binding domain protein  44.62 
 
 		 67 aa  59.3  0.00000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.929729  normal  0.307986 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4995  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  44.62 
 
 		 67 aa  59.3  0.00000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.833631  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1853  cold-shock domain-contain protein  44.62 
 
 		 67 aa  58.9  0.0000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.537737  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0899  cold-shock domain-contain protein  44.62 
 
 		 67 aa  58.9  0.0000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1944  hypothetical protein  44.62 
 
 		 67 aa  58.9  0.0000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0388  cold shock transcription regulator protein  44.62 
 
 		 67 aa  58.9  0.0000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1002  cold-shock domain-contain protein  44.62 
 
 		 67 aa  58.5  0.0000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.229308  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0167  cold-shock domain-contain protein  44.62 
 
 		 67 aa  58.9  0.0000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2780  cold-shock DNA-binding protein family protein  43.08 
 
 		 67 aa  58.5  0.0000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00000626517  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0482  cold-shock domain-contain protein  44.62 
 
 		 67 aa  58.9  0.0000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1442  cold-shock domain-contain protein  44.62 
 
 		 67 aa  58.9  0.0000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4409  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  45.16 
 
 		 67 aa  57.8  0.0000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5095  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  45.16 
 
 		 67 aa  57.4  0.0000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5764  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  45.16 
 
 		 170 aa  57.4  0.0000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.008002 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5798  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  44.62 
 
 		 67 aa  57  0.0000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.992183 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2140  cold-shock DNA-binding protein family protein  45.31 
 
 		 67 aa  56.6  0.0000005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.000000000648799  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5581  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  44.62 
 
 		 67 aa  56.6  0.0000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6014  cold-shock DNA-binding protein family protein  43.08 
 
 		 67 aa  56.6  0.0000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0273  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  43.75 
 
 		 67 aa  56.2  0.0000006  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.355642 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6028  cold-shock DNA-binding protein family protein  43.08 
 
 		 67 aa  56.2  0.0000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1151  cold-shock DNA-binding protein family protein  43.08 
 
 		 67 aa  56.2  0.0000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0114699  normal  0.306384 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1892  cold-shock DNA-binding domain protein  41.54 
 
 		 67 aa  56.2  0.0000007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4522  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  43.08 
 
 		 67 aa  56.2  0.0000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.044588  normal  0.193224 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4064  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  43.08 
 
 		 67 aa  56.2  0.0000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.325578  normal  0.535982 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1374  cold-shock DNA-binding domain protein  46.03 
 
 		 67 aa  55.8  0.0000009  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.287556  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0290  cold-shock DNA-binding protein family protein  40.62 
 
 		 67 aa  55.8  0.0000009  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1681  cold-shock DNA-binding domain protein  43.08 
 
 		 69 aa  55.1  0.000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.248337  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0992  protein of unknown function DUF88  35.35 
 
 		 195 aa  55.1  0.000001  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000104741  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0252  cold-shock DNA-binding protein family protein  41.54 
 
 		 67 aa  55.8  0.000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.994476  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2596  cold-shock DNA-binding protein family protein  43.55 
 
 		 67 aa  55.5  0.000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.111063  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3782  cold-shock DNA-binding domain protein  44.44 
 
 		 67 aa  55.8  0.000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0399631  normal  0.208523 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0262  cold-shock DNA-binding domain protein  41.54 
 
 		 67 aa  55.8  0.000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3895  cold-shock DNA-binding domain protein  44.44 
 
 		 67 aa  55.8  0.000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0273  cold-shock DNA-binding domain protein  41.54 
 
 		 67 aa  55.8  0.000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp0002  cold shock-like transcription regulator protein  42.86 
 
 		 67 aa  54.3  0.000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  unclonable  0.0000000106276  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1388  cold-shock DNA-binding protein family protein  42.86 
 
 		 67 aa  54.7  0.000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000202704  normal  0.239262 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5342  cold-shock DNA-binding protein family protein  42.86 
 
 		 67 aa  54.7  0.000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1668  cold-shock DNA-binding protein family protein  41.27 
 
 		 67 aa  54.7  0.000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.0000281076  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2503  cold-shock DNA-binding protein family protein  41.27 
 
 		 68 aa  54.3  0.000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00000079429  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5818  cold-shock DNA-binding protein family  42.86 
 
 		 67 aa  54.7  0.000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3156  cold shock-like transcription regulator protein  41.54 
 
 		 67 aa  54.3  0.000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.82157 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6397  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  41.54 
 
 		 67 aa  53.9  0.000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.257839 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2559  cold-shock DNA-binding domain protein  41.54 
 
 		 67 aa  54.3  0.000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0164583 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5524  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  41.54 
 
 		 67 aa  53.9  0.000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.337597  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2676  cold-shock DNA-binding protein family protein  42.42 
 
 		 67 aa  53.9  0.000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000256327  unclonable  1.4308e-18 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5888  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  41.54 
 
 		 67 aa  53.9  0.000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.232235  normal  0.225892 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0200  cold-shock DNA-binding domain protein  39.02 
 
 		 311 aa  53.9  0.000004  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0333811  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5171  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  43.08 
 
 		 126 aa  53.5  0.000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.515643  normal  0.7858 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0590  cold-shock protein  41.27 
 
 		 67 aa  53.5  0.000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  hitchhiker  0.000832642  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0742  cold-shock DNA-binding domain protein  41.27 
 
 		 67 aa  53.5  0.000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  unclonable  0.0000000000219995  unclonable  0.0000000000274746 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_29050  cold-shock DNA-binding protein family  43.75 
 
 		 67 aa  53.5  0.000005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.415515  normal  0.771728 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5185  cold-shock DNA-binding protein family protein  41.54 
 
 		 67 aa  53.1  0.000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1685  cold-shock DNA-binding protein family protein  42.86 
 
 		 89 aa  52.8  0.000007  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000048024  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0492  putative cold-shock DNA-binding domain protein  41.94 
 
 		 67 aa  52.8  0.000008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3483  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  42.86 
 
 		 70 aa  52.8  0.000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.207055  normal  0.0338515 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2376  cold shock domain family protein  41.27 
 
 		 70 aa  52.4  0.000009  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.85246  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1310  cold-shock DNA-binding domain protein  41.54 
 
 		 67 aa  52.4  0.000009  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.00171676  normal  0.537383 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1374  cold-shock DNA-binding domain protein  41.54 
 
 		 67 aa  52.4  0.000009  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.215281  normal  0.985957 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1042  cold-shock DNA-binding domain protein  40.62 
 
 		 68 aa  52  0.00001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2874  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  44.12 
 
 		 68 aa  52.4  0.00001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3176  cold-shock DNA-binding protein family protein  40 
 
 		 67 aa  51.6  0.00001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1949  cold-shock DNA-binding protein family protein  40 
 
 		 141 aa  52  0.00001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0433733  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4386  cold-shock DNA-binding domain protein  41.94 
 
 		 67 aa  52.4  0.00001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.490734 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2951  cold-shock DNA-binding protein family protein  38.89 
 
 		 77 aa  52  0.00001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.15288  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0751  cold-shock DNA-binding protein family protein  39.68 
 
 		 67 aa  51.6  0.00001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5449  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  39.47 
 
 		 94 aa  52  0.00001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.265568  normal  0.248856 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3637  putative cold-shock DNA-binding domain protein  42.19 
 
 		 67 aa  52  0.00001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4276  cold-shock DNA-binding domain protein  41.94 
 
 		 67 aa  52.4  0.00001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0735  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  39.06 
 
 		 70 aa  52  0.00001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0103  cold-shock DNA-binding domain protein  40 
 
 		 67 aa  51.2  0.00002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0312  cold-shock DNA-binding domain protein  41.94 
 
 		 418 aa  51.6  0.00002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.147611  hitchhiker  0.000223606 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4200  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  38.46 
 
 		 146 aa  51.6  0.00002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0910872  normal  0.749922 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2701  cold-shock DNA-binding domain protein  40.62 
 
 		 67 aa  51.6  0.00002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0172  cold-shock DNA-binding domain protein  40.32 
 
 		 67 aa  51.2  0.00002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  hitchhiker  0.0000163048  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0679  cold-shock DNA-binding protein family protein  42.86 
 
 		 68 aa  51.6  0.00002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.233328  normal  0.774201 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0855  cold-shock DNA-binding protein family protein  41.27 
 
 		 68 aa  51.2  0.00002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.563444  normal  0.445485 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3261  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  39.71 
 
 		 69 aa  51.2  0.00002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0573  Cold-shock protein DNA-binding protein  40.62 
 
 		 67 aa  51.6  0.00002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1257  putative cold shock-like protein  40.32 
 
 		 70 aa  51.2  0.00002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.143325 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0927  cold-shock protein, DNA-binding  37.31 
 
 		 70 aa  51.2  0.00002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000650584  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6907  cold-shock DNA-binding domain protein  39.68 
 
 		 67 aa  51.6  0.00002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.240211  normal  0.394944 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0175  cold-shock DNA-binding protein family protein  35.94 
 
 		 67 aa  51.6  0.00002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1251  cold-shock DNA-binding domain protein  40.62 
 
 		 67 aa  51.6  0.00002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.791861  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2741  cold-shock DNA-binding domain protein  39.34 
 
 		 152 aa  50.8  0.00002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1929  cold-shock DNA-binding protein family protein  41.27 
 
 		 70 aa  50.8  0.00003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00237274  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>