167 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_3373 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008321  Shewmr4_3373  cold-shock DNA-binding protein family protein  100 
 
 		 185 aa  391  1e-108  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3544  cold-shock DNA-binding protein family protein  83.25 
 
 		 192 aa  316  1e-85  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0580  cold-shock DNA-binding protein family protein  82.05 
 
 		 197 aa  287  7e-77  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3697  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  64.5 
 
 		 203 aa  269  1e-71  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0659  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  62.5 
 
 		 217 aa  268  2e-71  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0680  cold-shock DNA-binding domain protein  60.55 
 
 		 219 aa  265  4e-70  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0689  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  60.09 
 
 		 219 aa  263  8.999999999999999e-70  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3647  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  56.86 
 
 		 204 aa  236  2e-61  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0733  cold shock domain-contain protein  57.07 
 
 		 203 aa  232  3e-60  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3678  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  65.24 
 
 		 188 aa  229  2e-59  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0647  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  54.84 
 
 		 217 aa  228  4e-59  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0485  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50.24 
 
 		 205 aa  207  1e-52  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4295  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  52.94 
 
 		 206 aa  196  1.0000000000000001e-49  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0441  cold-shock protein, DNA-binding  39.66 
 
 		 239 aa  174  8e-43  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00249195  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3103  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  46.11 
 
 		 186 aa  171  7.999999999999999e-42  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.0104717 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0537  cold-shock DNA-binding protein family protein  40 
 
 		 195 aa  148  5e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.120085  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3355  cold-shock DNA-binding protein family protein  33.69 
 
 		 193 aa  124  9e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0545  cold-shock DNA-binding domain protein  35.71 
 
 		 168 aa  115  3.9999999999999997e-25  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.803384  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0875  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  32.24 
 
 		 177 aa  109  2.0000000000000002e-23  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.377088  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1486  cold-shock protein  36.46 
 
 		 176 aa  101  8e-21  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00940094  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1304  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  30.6 
 
 		 201 aa  92.8  2e-18  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.366521  normal  0.14728 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3278  hypothetical protein  38.46 
 
 		 274 aa  90.1  1e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0154434  hitchhiker  0.000533264 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3425  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  46.84 
 
 		 276 aa  83.6  0.000000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1043  hypothetical protein  47.89 
 
 		 156 aa  79.7  0.00000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0355222  normal  0.453598 
 
 
-
 
NC_009999  Sbal195_4616  hypothetical protein  56.34 
 
 		 231 aa  79  0.00000000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.825297 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1327  cold-shock DNA-binding domain protein  40.86 
 
 		 209 aa  71.2  0.000000000007  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1356  cold-shock DNA-binding domain protein  40.86 
 
 		 211 aa  71.2  0.000000000008  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000728005 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2151  cold-shock domain-contain protein  52.94 
 
 		 225 aa  70.1  0.00000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01686  cold shock domain protein  36.63 
 
 		 129 aa  69.7  0.00000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.711044  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0693  hypothetical protein  60 
 
 		 143 aa  68.9  0.00000000004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3705  Excalibur domain-containing protein  37.63 
 
 		 97 aa  67.8  0.00000000008  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3072  cold-shock protein, DNA-binding  28.14 
 
 		 197 aa  64.7  0.0000000006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4786  putative cold-shock protein, DNA-binding  60 
 
 		 104 aa  64.7  0.0000000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.548437  normal  0.675436 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2865  hypothetical protein  39.51 
 
 		 196 aa  62.8  0.000000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00327413  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2336  hypothetical protein  57.14 
 
 		 111 aa  62  0.000000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.900928  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1841  Excalibur domain protein  60.47 
 
 		 102 aa  61.6  0.000000007  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1911  hypothetical protein  66.67 
 
 		 87 aa  61.2  0.000000008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.357462  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47870  SNase-like protein  57.14 
 
 		 225 aa  57.8  0.00000009  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0396  hypothetical protein  57.14 
 
 		 134 aa  57.8  0.0000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.713289  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2028  cold shock DNA-binding domain-containing protein  32.98 
 
 		 203 aa  56.6  0.0000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.344773  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0148  cold shock DNA-binding domain-containing protein  35.71 
 
 		 201 aa  56.2  0.0000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3336  hypothetical protein  32.95 
 
 		 238 aa  56.2  0.0000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.928903  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1103  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  40 
 
 		 203 aa  55.1  0.0000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.984456 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2942  prophage MuMc02, nuclease, putative  57.89 
 
 		 216 aa  53.9  0.000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.375298  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2176  hypothetical protein  39.71 
 
 		 240 aa  53.1  0.000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.979062  normal  0.0387048 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0927  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  32.56 
 
 		 205 aa  53.1  0.000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0292  guanine-specific ribonuclease  25 
 
 		 247 aa  52.8  0.000003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.135359  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1832  cold-shock DNA-binding domain protein  47.06 
 
 		 204 aa  52.4  0.000004  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1412  cold-shock DNA-binding domain protein  29.73 
 
 		 204 aa  52  0.000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3494  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  36.07 
 
 		 224 aa  52  0.000005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0199101  normal  0.508028 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2628  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  30.28 
 
 		 237 aa  51.6  0.000007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.326591  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2966  hypothetical protein  35.71 
 
 		 214 aa  50.4  0.00001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2482  cold-shock DNA-binding domain protein  30.23 
 
 		 204 aa  50.8  0.00001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0321  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  26.12 
 
 		 253 aa  50.1  0.00002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0827995  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1810  cold-shock DNA-binding domain protein  49.18 
 
 		 69 aa  49.7  0.00002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.275955  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2624  hypothetical protein  65.52 
 
 		 34 aa  48.9  0.00004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5491  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  47.54 
 
 		 69 aa  48.5  0.00005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.599855  normal  0.0633447 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3853  cold-shock DNA-binding domain protein  59.46 
 
 		 69 aa  48.1  0.00007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2851  hypothetical protein  28.57 
 
 		 207 aa  48.1  0.00008  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0591  cold-shock DNA-binding protein family protein  39.71 
 
 		 68 aa  47.4  0.0001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0400  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  25 
 
 		 223 aa  47.4  0.0001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.666449  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2455  protein of unknown function DUF1294  28.87 
 
 		 204 aa  47.4  0.0001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2245  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  39.71 
 
 		 68 aa  47.4  0.0001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.38362 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0495  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  39.71 
 
 		 68 aa  47.4  0.0001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.309606 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2034  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  43.86 
 
 		 67 aa  46.6  0.0002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.465881  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3723  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  34.15 
 
 		 179 aa  46.6  0.0002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6292  cold-shock DNA-binding domain protein  39.73 
 
 		 67 aa  45.8  0.0003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.392497  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5254  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  32.08 
 
 		 219 aa  46.2  0.0003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.737386  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1893  cold-shock protein DNA-binding  46.94 
 
 		 69 aa  45.8  0.0003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.208302  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6033  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  62.5 
 
 		 69 aa  45.4  0.0004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.263263  normal  0.0669471 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1345  cold-shock DNA-binding domain protein  46 
 
 		 69 aa  45.4  0.0005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.708004 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4677  cold-shock DNA-binding domain protein  46.94 
 
 		 69 aa  45.1  0.0005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.403947  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2681  cold-shock DNA-binding domain protein  37.5 
 
 		 68 aa  45.4  0.0005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.741556  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0895  cold-shock DNA-binding domain protein  45.28 
 
 		 63 aa  45.4  0.0005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.164019 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6274  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  46.94 
 
 		 69 aa  45.1  0.0005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.517051  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1185  cold-shock protein DNA-binding  46 
 
 		 69 aa  45.4  0.0005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0202677 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1892  cold-shock protein DNA-binding  46 
 
 		 69 aa  45.4  0.0005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2147  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  34.33 
 
 		 68 aa  45.1  0.0006  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.135641  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2344  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  35.82 
 
 		 249 aa  45.1  0.0006  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.157339 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4533  cold-shock DNA-binding domain protein  46.94 
 
 		 69 aa  45.1  0.0006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4164  cold-shock protein DNA-binding  46.94 
 
 		 69 aa  45.1  0.0006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.593748  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5157  cold-shock DNA-binding domain protein  47.17 
 
 		 63 aa  44.7  0.0008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01099  integral membrane protein  39.22 
 
 		 60 aa  43.9  0.001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0894512  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5433  cold-shock DNA-binding domain protein  38.36 
 
 		 67 aa  44.3  0.001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0949203  hitchhiker  0.00613475 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1914  cold-shock DNA-binding protein family protein  39.06 
 
 		 68 aa  43.9  0.001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4272  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  37.1 
 
 		 66 aa  43.9  0.001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.217345  normal  0.672054 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5022  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  44.9 
 
 		 69 aa  43.9  0.001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.499823  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2980  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  59.38 
 
 		 73 aa  44.3  0.001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  decreased coverage  0.0073832  normal  0.0936276 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3143  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  38.1 
 
 		 68 aa  43.9  0.001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06258  integral membrane protein  39.22 
 
 		 60 aa  43.9  0.001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0533489  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3086  cold shock protein  41.1 
 
 		 67 aa  44.3  0.001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3098  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  37.68 
 
 		 69 aa  44.3  0.001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.392301 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3209  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  39.68 
 
 		 67 aa  43.9  0.001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.522557 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4283  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  45.76 
 
 		 68 aa  44.3  0.001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.331477 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0270  cold-shock DNA-binding domain protein  55.56 
 
 		 67 aa  43.1  0.002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1798  cold-shock DNA-binding domain protein  50 
 
 		 69 aa  43.5  0.002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0367  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  62.5 
 
 		 73 aa  43.1  0.002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4422  cold-shock DNA-binding domain protein  43.4 
 
 		 69 aa  43.5  0.002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.369024 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0886  cold-shock protein DNA-binding  41.18 
 
 		 69 aa  43.1  0.002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0757124 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3947  cold-shock protein DNA-binding  43.4 
 
 		 69 aa  43.1  0.002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.246482 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>