141 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphy_0789 on replicon NC_010001
Organism: Clostridium phytofermentans ISDg



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010001  Cphy_0789  peptidoglycan-binding LysM  100 
 
 		 285 aa  582  1.0000000000000001e-165  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2954  peptidoglycan-binding LysM  57.92 
 
 		 312 aa  239  2.9999999999999997e-62  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1442  hypothetical protein  32.56 
 
 		 215 aa  122  7e-27  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1417  Peptidoglycan-binding LysM  26.76 
 
 		 223 aa  80.9  0.00000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2489  peptidoglycan-binding LysM  30.62 
 
 		 219 aa  73.6  0.000000000004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2497  Curculin domain protein (mannose-binding) lectin  59.57 
 
 		 190 aa  64.7  0.000000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4808  Peptidoglycan-binding LysM  25.82 
 
 		 235 aa  61.6  0.00000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2166  Peptidoglycan-binding lysin domain protein  53.7 
 
 		 954 aa  58.2  0.0000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.16902  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2795  Peptidoglycan-binding lysin domain protein  58.33 
 
 		 233 aa  57  0.0000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.683971  normal  0.0904413 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5027  peptidase M23B  41.89 
 
 		 292 aa  56.2  0.0000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2522  peptidoglycan-binding LysM:peptidase M23B  42.86 
 
 		 304 aa  55.5  0.0000009  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000138444  normal  0.0361265 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3059  peptidase M23B  36.9 
 
 		 318 aa  53.9  0.000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.430429  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0262  Peptidoglycan-binding LysM  40.35 
 
 		 318 aa  53.9  0.000003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1416  peptidase M23B  43.66 
 
 		 299 aa  53.5  0.000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1162  peptidase M23B  53.06 
 
 		 303 aa  52  0.00001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.465665  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1853  mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosamidase  51.61 
 
 		 568 aa  52  0.00001  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  0.000000000056221  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1891  Lytic transglycosylase catalytic  45.45 
 
 		 304 aa  51.2  0.00002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1082  Peptidase M23  54.17 
 
 		 303 aa  50.8  0.00003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.103445  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1799  Peptidase M23  40 
 
 		 298 aa  50.4  0.00003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.129139  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0088  peptidase M23B  56.25 
 
 		 295 aa  49.7  0.00005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2780  peptidase M23B  40.79 
 
 		 292 aa  49.3  0.00007  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.139555  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1228  peptidase M23  37.33 
 
 		 230 aa  48.9  0.00009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2351  putative lipoprotein/metalloendopeptidase  42.86 
 
 		 311 aa  48.5  0.0001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0718469  normal  0.0896324 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1043  lipoprotein NlpD  34.44 
 
 		 296 aa  48.1  0.0001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.859563 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1836  Peptidase M23  42.86 
 
 		 315 aa  48.5  0.0001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.117063  normal  0.29408 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1315  peptidoglycan-binding LysM  42.37 
 
 		 377 aa  47.8  0.0002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.798915  normal  0.930034 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3711  5prime-nucleotidase  40 
 
 		 638 aa  48.1  0.0002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.165492  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0326  muramidase  53.19 
 
 		 372 aa  48.1  0.0002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  unclonable  0.000174883  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1073  Peptidoglycan-binding LysM  50.94 
 
 		 221 aa  47.4  0.0003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0991  peptidoglycan-binding LysM  26.47 
 
 		 339 aa  47  0.0003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0156975  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1153  Lyzozyme M1 (1,4-beta-N-acetylmuramidase)  35.35 
 
 		 429 aa  47.4  0.0003  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.0116595  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1548  peptidoglycan-binding LysM  46.43 
 
 		 1051 aa  47.4  0.0003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.637066  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2097  NLP/P60 protein  32.35 
 
 		 341 aa  47.4  0.0003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0925  peptidoglycan binding domain-containing protein  47.17 
 
 		 327 aa  47  0.0003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2172  peptidase M23B  44.64 
 
 		 284 aa  47.4  0.0003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1845  peptidase M23B  42.11 
 
 		 296 aa  47  0.0003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.736133  normal  0.104174 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2495  Peptidase M23  45.83 
 
 		 331 aa  47  0.0004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2225  lipoprotein NlpD, putative  50 
 
 		 292 aa  46.6  0.0004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.483803  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2728  Lytic transglycosylase catalytic  36.47 
 
 		 547 aa  46.6  0.0004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1388  NLP/P60  37.04 
 
 		 303 aa  47  0.0004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.297937  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6258  peptidase M23B  50 
 
 		 296 aa  47  0.0004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0271245  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1759  peptidase M23B  50 
 
 		 295 aa  46.6  0.0004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.125432  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1821  peptidase M23B  50 
 
 		 296 aa  47  0.0004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.361225  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0072  Peptidoglycan-binding lysin domain protein  35.82 
 
 		 334 aa  47  0.0004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.859252  normal  0.733338 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1452  peptidase M23B  53.33 
 
 		 292 aa  47  0.0004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.3197  normal  0.212696 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1732  peptidase M23  50 
 
 		 295 aa  47  0.0004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0850817  normal  0.0853785 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0961  peptidase M23B  50 
 
 		 312 aa  47  0.0004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1355  lipoprotein NlpD, putative  50 
 
 		 298 aa  46.6  0.0005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.209854  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2366  peptidase  50 
 
 		 292 aa  46.6  0.0005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.417341  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1845  putative lipoprotein NlpD  50 
 
 		 296 aa  46.6  0.0005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.362158  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0052  putative lipoprotein NlpD  50 
 
 		 296 aa  46.6  0.0005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.367666  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2199  M23 family peptidase  50 
 
 		 296 aa  46.6  0.0005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.577669  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2237  M23 family peptidase  50 
 
 		 296 aa  46.6  0.0005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.772749  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1117  putative lipoprotein NlpD  50 
 
 		 296 aa  46.6  0.0005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5122  peptidase M23B  41.38 
 
 		 294 aa  46.2  0.0006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00948111  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0598  peptidoglycan-binding LysM  37.5 
 
 		 590 aa  46.2  0.0006  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  unclonable  0.0000000000165223  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0971  rare lipoprotein A  51.11 
 
 		 204 aa  46.2  0.0006  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.619688  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1087  lytic transglycosylase, catalytic  29.81 
 
 		 650 aa  46.2  0.0006  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.106498  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2998  M23B family peptidase  39.47 
 
 		 250 aa  46.2  0.0006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.310031 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1636  Peptidoglycan-binding LysM  36.71 
 
 		 109 aa  46.2  0.0006  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2470  Peptidase M23  52.08 
 
 		 332 aa  46.2  0.0007  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0397928 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2964  NLP/P60 protein  43.55 
 
 		 208 aa  45.8  0.0007  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1754  Lyzozyme M1 (1,4-beta-N-acetylmuramidase)  34.34 
 
 		 448 aa  45.8  0.0008  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.0659855  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04252  LysM domain protein  45.83 
 
 		 424 aa  45.8  0.0009  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0803  lipoprotein NlpD, putative  43.48 
 
 		 233 aa  45.1  0.001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3195  peptidoglycan-binding LysM  34.07 
 
 		 754 aa  45.8  0.001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  unclonable  0.000000000999045  decreased coverage  0.00000682898 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1711  peptidase  43.48 
 
 		 296 aa  45.1  0.001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.651895  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1199  LysM repeat-containing muramidase  55.32 
 
 		 390 aa  45.4  0.001  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00727449  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1320  putative peptidoglycan-binding LysM/M23B peptidase  43.48 
 
 		 233 aa  45.1  0.001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1254  peptidase  46.94 
 
 		 317 aa  45.1  0.001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.174583 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0553  putative peptidoglycan-binding LysM/M23B peptidase  43.48 
 
 		 233 aa  45.1  0.001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1511  peptidase  43.48 
 
 		 236 aa  45.1  0.001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1542  putative peptidoglycan-binding LysM/M23B peptidase  43.48 
 
 		 233 aa  45.1  0.001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0602  putative peptidoglycan-binding LysM/M23B peptidase  43.48 
 
 		 296 aa  45.1  0.001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.469429  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0093  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  41.18 
 
 		 192 aa  45.4  0.001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_21400  Peptidoglycan-binding LysM  46.81 
 
 		 500 aa  45.4  0.001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1990  peptidase M23B  46.94 
 
 		 239 aa  45.4  0.001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0899  peptidase M23B  44.9 
 
 		 240 aa  45.8  0.001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.159864 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02698  Tetratricopeptide repeat transcriptional regulator  43.64 
 
 		 251 aa  44.3  0.002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.686613  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0827  Peptidase M23  43.64 
 
 		 251 aa  44.3  0.002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2096  peptidoglycan-binding LysM:peptidase M23B  52.17 
 
 		 287 aa  44.7  0.002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2116  peptidase M23B  46.94 
 
 		 295 aa  44.7  0.002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.046362  normal  0.381161 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0712  tetratricopeptide TPR_2  44 
 
 		 677 aa  44.3  0.002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1202  peptidase M23B  44.9 
 
 		 230 aa  44.7  0.002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2577  peptidase M23B  42.19 
 
 		 301 aa  44.7  0.002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0480337  hitchhiker  0.00120984 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1611  peptidoglycan-binding LysM  46.81 
 
 		 334 aa  44.7  0.002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000139366  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3025  M23B family peptidase  43.64 
 
 		 251 aa  44.3  0.002  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00328229  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1988  lytic transglycosylase, catalytic  31.25 
 
 		 519 aa  44.7  0.002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.010206  hitchhiker  0.00147511 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0425  peptidoglycan-binding LysM  46.81 
 
 		 334 aa  44.7  0.002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0216464  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0843  peptidase M23B  43.64 
 
 		 251 aa  44.3  0.002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.325004  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02660  hypothetical protein  43.64 
 
 		 251 aa  44.3  0.002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.649815  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4460  peptidase M23B  42.86 
 
 		 233 aa  43.9  0.003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.561403  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4246  Peptidoglycan-binding LysM  24.41 
 
 		 217 aa  43.9  0.003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.995524  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1527  Peptidoglycan-binding LysM  35.14 
 
 		 338 aa  43.9  0.003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.27524e-30 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1299  peptidase M23B  42.86 
 
 		 233 aa  43.9  0.003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.132462  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1211  NLP/P60 protein  45.28 
 
 		 338 aa  43.9  0.003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.0000171376  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2152  Peptidoglycan-binding LysM  43.55 
 
 		 334 aa  43.9  0.003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3306  peptidase M23B  47.92 
 
 		 248 aa  43.5  0.004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1142  Peptidase M23  48.98 
 
 		 274 aa  43.5  0.004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.405042 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1413  peptidoglycan-binding LysM  39.34 
 
 		 323 aa  43.1  0.005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.00299984  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>