163 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PXO_04252 on replicon NC_010717
Organism: Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010717  PXO_04252  LysM domain protein  100 
 
 
424 aa  880    Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1931  hypothetical protein  35.24 
 
 
457 aa  125  1e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1197  DNA-directed RNA polymerase beta' chain  32.88 
 
 
946 aa  120  3e-26  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.0957323  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6107  hypothetical protein  34.93 
 
 
450 aa  121  3e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.724115 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0578  Peptidoglycan-binding domain 1 protein  36.68 
 
 
283 aa  119  9e-26  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0181563  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2350  hypothetical protein  34.62 
 
 
280 aa  107  5e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.889087  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0199  peptidoglycan binding domain-containing protein  29.55 
 
 
266 aa  106  8e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.691121  normal  0.116846 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1343  hypothetical protein  30.7 
 
 
250 aa  104  3e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2908  peptidoglycan binding domain-containing protein  30.88 
 
 
273 aa  104  3e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0270551  normal  0.498444 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4844  peptidoglycan binding domain-containing protein  29.09 
 
 
266 aa  101  3e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.38175  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1872  Peptidoglycan-binding domain 1 protein  29.52 
 
 
268 aa  94  5e-18  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.322765  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_37540  PG-binding-1 domain-containing protein  28.99 
 
 
276 aa  86.7  8e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.111379  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2969  peptidoglycan binding domain-containing protein  33.62 
 
 
274 aa  86.3  0.000000000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1931  putative phage-related protein (hydrolase)  28.14 
 
 
268 aa  80.9  0.00000000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.537579  normal  0.910807 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2250  Lytic transglycosylase catalytic  30.18 
 
 
294 aa  77.8  0.0000000000004  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3197  putative phage-related protein (hydrolase)  24.12 
 
 
267 aa  72  0.00000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000132764  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3855  hypothetical protein  28.5 
 
 
277 aa  66.2  0.0000000009  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.322075 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4256  hypothetical protein  26.87 
 
 
203 aa  63.5  0.000000007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0588  hypothetical protein  28.92 
 
 
188 aa  63.2  0.000000008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.255449  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0267  peptidoglycan binding domain-containing protein  33.67 
 
 
317 aa  61.2  0.00000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.252847  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2089  Peptidase M23  32.2 
 
 
751 aa  57  0.0000006  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000000000000016694 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6577  hypothetical protein  28.64 
 
 
404 aa  56.2  0.000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0080  hypothetical protein  26.9 
 
 
203 aa  55.8  0.000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.658451  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2734  peptidoglycan binding domain-containing protein  23.53 
 
 
300 aa  55.5  0.000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.230692  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4490  peptidoglycan-binding LysM  37.84 
 
 
744 aa  54.3  0.000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.474839  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0492  alginate lyase 2  36.08 
 
 
1556 aa  53.9  0.000005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1636  Peptidoglycan-binding LysM  52.27 
 
 
109 aa  53.5  0.000008  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2207  Peptidase M23  44.68 
 
 
727 aa  52.8  0.00001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2270  Peptidase M23  44.68 
 
 
727 aa  52.8  0.00001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  unclonable  0.0000539525  unclonable  0.00000000807187 
 
 
-
 
NC_004116  SAG2148  LysM domain-containing protein  43.33 
 
 
179 aa  52  0.00002  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.321456  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1239  hypothetical protein  23.77 
 
 
258 aa  52  0.00002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4425  cell wall hydrolase SleB  32.56 
 
 
286 aa  52  0.00002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2470  Peptidase M23  40.98 
 
 
332 aa  52  0.00002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.0397928 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_10980  peptidase M23B  42.31 
 
 
274 aa  51.2  0.00003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000310987  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0843  peptidase M23B  41.38 
 
 
251 aa  51.2  0.00003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.325004  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1448  Peptidase M23  48 
 
 
509 aa  51.6  0.00003  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000360423  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02698  Tetratricopeptide repeat transcriptional regulator  41.38 
 
 
251 aa  51.2  0.00004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.686613  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0827  Peptidase M23  41.38 
 
 
251 aa  51.2  0.00004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02660  hypothetical protein  41.38 
 
 
251 aa  51.2  0.00004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.649815  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1199  LysM repeat-containing muramidase  48.84 
 
 
390 aa  50.8  0.00004  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00727449  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3025  M23B family peptidase  41.38 
 
 
251 aa  51.2  0.00004  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00328229  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1306  CHAP domain-containing protein  48.89 
 
 
372 aa  50.8  0.00005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.387302  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1331  CHAP domain-containing protein  48.89 
 
 
372 aa  50.8  0.00005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.745429  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3195  peptidoglycan-binding LysM  45.65 
 
 
754 aa  50.4  0.00006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  unclonable  0.000000000999045  decreased coverage  0.00000682898 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4147  peptidoglycan-binding LysM  43.48 
 
 
250 aa  50.4  0.00006  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.0392634 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2998  M23B family peptidase  40.85 
 
 
250 aa  50.1  0.00007  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.310031 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0326  muramidase  48.84 
 
 
372 aa  50.1  0.00008  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  unclonable  0.000174883  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0180  peptidoglycan-binding LysM  24.88 
 
 
567 aa  50.1  0.00009  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2097  NLP/P60 protein  32.79 
 
 
341 aa  50.1  0.00009  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0704  peptidoglycan-binding LysM  42.86 
 
 
411 aa  49.7  0.0001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2739  NLP/P60 protein  33.33 
 
 
216 aa  49.7  0.0001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.232039  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1770  3D domain-containing protein  50 
 
 
526 aa  49.7  0.0001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.103231  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1694  peptidoglycan-binding LysM  43.28 
 
 
444 aa  48.5  0.0002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.17683  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1825  Peptidoglycan-binding LysM  40.43 
 
 
128 aa  48.9  0.0002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2149  peptidoglycan-binding LysM  40 
 
 
709 aa  48.9  0.0002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4510  peptidoglycan binding domain-containing protein  25.24 
 
 
398 aa  48.5  0.0002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.678924 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4155  peptidase, M23B family  46.67 
 
 
251 aa  48.1  0.0003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.0947828 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3304  peptidase, M23B family  46.67 
 
 
251 aa  48.1  0.0003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0805  cell wall-associated hydrolase  41.07 
 
 
395 aa  48.1  0.0003  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.0271814  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3257  lytic transglycosylase, catalytic  48.84 
 
 
471 aa  48.1  0.0003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1853  mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosamidase  41.67 
 
 
568 aa  48.1  0.0003  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  0.000000000056221  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3231  Peptidoglycan-binding LysM  35.21 
 
 
390 aa  48.1  0.0003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0309569 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3190  M23B family peptidase  46.67 
 
 
251 aa  48.1  0.0003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4268  peptidoglycan-binding LysM  47.92 
 
 
132 aa  48.1  0.0003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.0000000954581  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06400  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  44 
 
 
797 aa  48.1  0.0003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2172  peptidase M23B  40.74 
 
 
284 aa  47.8  0.0003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1153  Lyzozyme M1 (1,4-beta-N-acetylmuramidase)  48.78 
 
 
429 aa  47.8  0.0004  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.0116595  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0694  lytic transglycosylase catalytic  40.38 
 
 
595 aa  47.8  0.0004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000324493  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_21400  Peptidoglycan-binding LysM  40.91 
 
 
500 aa  47.4  0.0005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0164  Peptidase M23  45.45 
 
 
353 aa  47  0.0006  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1754  Lyzozyme M1 (1,4-beta-N-acetylmuramidase)  48.78 
 
 
448 aa  47  0.0006  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.0659855  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0922  Peptidoglycan-binding lysin domain protein  47.83 
 
 
75 aa  47  0.0006  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.005941  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0893  Peptidoglycan-binding LysM  40 
 
 
137 aa  46.6  0.0007  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1885  Slt family transglycosylase  51.02 
 
 
495 aa  47  0.0007  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000000159239  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1816  NLP/P60 protein  41.86 
 
 
330 aa  47  0.0007  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00581974  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2042  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  38.46 
 
 
617 aa  46.6  0.0008  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000130746  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0598  peptidoglycan-binding LysM  36.21 
 
 
590 aa  46.6  0.0008  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  unclonable  0.0000000000165223  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0971  rare lipoprotein A  41.86 
 
 
204 aa  46.6  0.0008  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.619688  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1086  rare lipoprotein A  39.13 
 
 
163 aa  46.6  0.0009  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.463128 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3908  lytic transglycosylase catalytic  35.71 
 
 
544 aa  46.6  0.0009  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0496507 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3268  hypothetical protein  44.44 
 
 
250 aa  46.6  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22030  Peptidoglycan-binding LysM  37.84 
 
 
409 aa  46.2  0.001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1862  Peptidoglycan-binding LysM  41.1 
 
 
642 aa  46.2  0.001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.746272  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3206  YgeR  44.44 
 
 
250 aa  46.6  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.317836 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3584  MltD domain-containing protein  46.51 
 
 
474 aa  46.2  0.001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1186  Slt family transglycosylase  41.86 
 
 
398 aa  46.2  0.001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3193  LysM domain/M23 peptidase domain protein  44.44 
 
 
250 aa  46.6  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.561609  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3373  hypothetical protein  44.44 
 
 
250 aa  46.6  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.507543  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3272  hypothetical protein  44.44 
 
 
250 aa  46.6  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3306  peptidase M23B  44.44 
 
 
248 aa  46.6  0.001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0925  peptidoglycan binding domain-containing protein  45.45 
 
 
327 aa  46.2  0.001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0648  MLTD_N domain protein  46.51 
 
 
483 aa  45.1  0.002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2328  MLTD_N domain protein  39.68 
 
 
515 aa  45.1  0.002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000191267  hitchhiker  0.00043621 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3414  MltD domain-containing protein  46.51 
 
 
474 aa  45.1  0.002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.387896 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3007  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  45.45 
 
 
230 aa  45.4  0.002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1995  MltD domain-containing protein  39.68 
 
 
519 aa  45.1  0.002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0597997  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3737  MltD domain-containing protein  46.51 
 
 
483 aa  45.1  0.002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3173  peptidase M23B  37.5 
 
 
314 aa  45.4  0.002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000536198  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5743  peptidoglycan-binding LysM  39.06 
 
 
571 aa  45.4  0.002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.538891  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3112  peptidase M23B  44.68 
 
 
633 aa  45.4  0.002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.233689 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>