More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_2116 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007973  Rmet_2116  peptidase M23B  100 
 
 		 295 aa  592  1e-168  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.046362  normal  0.381161 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2096  peptidoglycan-binding LysM:peptidase M23B  76.09 
 
 		 287 aa  431  1e-120  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1050  Peptidase M23  66.15 
 
 		 275 aa  327  1.0000000000000001e-88  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.515696  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1142  Peptidase M23  65.77 
 
 		 274 aa  323  2e-87  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.405042 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1206  lipoprotein NLPD/LppB-like protein  66.42 
 
 		 268 aa  322  3e-87  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.630097 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1836  Peptidase M23  54.36 
 
 		 315 aa  285  8e-76  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.117063  normal  0.29408 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2351  putative lipoprotein/metalloendopeptidase  53.49 
 
 		 311 aa  283  2.0000000000000002e-75  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0718469  normal  0.0896324 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0961  peptidase M23B  53.22 
 
 		 312 aa  280  1e-74  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1732  peptidase M23  52.33 
 
 		 295 aa  267  1e-70  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0850817  normal  0.0853785 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1821  peptidase M23B  53.33 
 
 		 296 aa  267  1e-70  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.361225  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6258  peptidase M23B  53.33 
 
 		 296 aa  267  1e-70  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0271245  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1845  peptidase M23B  51.99 
 
 		 296 aa  267  1e-70  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.736133  normal  0.104174 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1452  peptidase M23B  52.33 
 
 		 292 aa  266  4e-70  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.3197  normal  0.212696 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2522  peptidoglycan-binding LysM:peptidase M23B  46.43 
 
 		 304 aa  259  4e-68  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000138444  normal  0.0361265 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1759  peptidase M23B  50.67 
 
 		 295 aa  257  1e-67  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.125432  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3059  peptidase M23B  51.06 
 
 		 318 aa  250  2e-65  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.430429  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5122  peptidase M23B  51 
 
 		 294 aa  248  6e-65  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00948111  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5027  peptidase M23B  50.86 
 
 		 292 aa  244  9e-64  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1416  peptidase M23B  50.17 
 
 		 299 aa  244  9.999999999999999e-64  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1254  peptidase  45.54 
 
 		 317 aa  244  9.999999999999999e-64  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.174583 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2577  peptidase M23B  50.19 
 
 		 301 aa  243  3e-63  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0480337  hitchhiker  0.00120984 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1355  lipoprotein NlpD, putative  53.08 
 
 		 298 aa  242  5e-63  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.209854  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2199  M23 family peptidase  53.08 
 
 		 296 aa  242  5e-63  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.577669  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1845  putative lipoprotein NlpD  53.08 
 
 		 296 aa  242  5e-63  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.362158  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0052  putative lipoprotein NlpD  53.08 
 
 		 296 aa  242  5e-63  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.367666  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2237  M23 family peptidase  53.08 
 
 		 296 aa  242  5e-63  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.772749  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1117  putative lipoprotein NlpD  53.08 
 
 		 296 aa  242  5e-63  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2366  peptidase  53.08 
 
 		 292 aa  242  6e-63  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.417341  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1162  peptidase M23B  50.17 
 
 		 303 aa  240  2e-62  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.465665  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1799  Peptidase M23  48.98 
 
 		 298 aa  238  8e-62  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.129139  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2225  lipoprotein NlpD, putative  53.38 
 
 		 292 aa  236  4e-61  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.483803  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0088  peptidase M23B  52.65 
 
 		 295 aa  235  5.0000000000000005e-61  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1082  Peptidase M23  49.83 
 
 		 303 aa  229  4e-59  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.103445  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1297  peptidase M23B  46.71 
 
 		 270 aa  227  2e-58  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0650361  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2780  peptidase M23B  45.66 
 
 		 292 aa  226  3e-58  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.139555  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1920  peptidase M23B  50.21 
 
 		 315 aa  225  7e-58  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.123446 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0657  Peptidase M23  45.58 
 
 		 252 aa  221  1.9999999999999999e-56  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1228  peptidase M23  48.75 
 
 		 230 aa  207  2e-52  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3021  peptidase M23B  45.04 
 
 		 293 aa  205  8e-52  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000191073 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0899  peptidase M23B  46.4 
 
 		 240 aa  201  9e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.159864 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1296  peptidoglycan-binding LysM/peptidase M23B  43.51 
 
 		 238 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.775372  normal  0.108769 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17470  hypothetical protein  46.93 
 
 		 297 aa  201  9.999999999999999e-51  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0497  peptidase M23B  39.38 
 
 		 360 aa  196  3e-49  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1202  peptidase M23B  48.33 
 
 		 230 aa  196  5.000000000000001e-49  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0803  lipoprotein NlpD, putative  45.45 
 
 		 233 aa  193  2e-48  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1320  putative peptidoglycan-binding LysM/M23B peptidase  45.45 
 
 		 233 aa  193  2e-48  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1542  putative peptidoglycan-binding LysM/M23B peptidase  45.45 
 
 		 233 aa  193  2e-48  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1037  peptidase M23B  42.24 
 
 		 240 aa  194  2e-48  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.283686 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0553  putative peptidoglycan-binding LysM/M23B peptidase  45.45 
 
 		 233 aa  193  2e-48  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1711  peptidase  45.45 
 
 		 296 aa  193  3e-48  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.651895  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0602  putative peptidoglycan-binding LysM/M23B peptidase  45.45 
 
 		 296 aa  193  3e-48  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.469429  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2839  Peptidase M23  41.24 
 
 		 236 aa  192  4e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.882621  normal  0.16298 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1826  peptidase M23B  43.16 
 
 		 264 aa  192  4e-48  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1511  peptidase  46.28 
 
 		 236 aa  191  1e-47  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1176  peptidase M23B  41.96 
 
 		 285 aa  190  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.534318  normal  0.430733 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03726  hypothetical lipoprotein NlpD  40.56 
 
 		 289 aa  189  4e-47  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3213  lipoprotein NlpD  43.97 
 
 		 374 aa  187  2e-46  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.160012 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2752  lipoprotein NlpD, putative  45.49 
 
 		 295 aa  187  2e-46  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.112943  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1990  peptidase M23B  41.78 
 
 		 239 aa  187  2e-46  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1564  lipoprotein NlpD, putative  39.26 
 
 		 288 aa  186  3e-46  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1073  peptidoglycan-binding LysM:peptidase M23B  45.45 
 
 		 242 aa  184  1.0000000000000001e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1299  peptidase M23B  46.67 
 
 		 233 aa  185  1.0000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.132462  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1373  peptidoglycan-binding LysM:peptidase M23B  39.86 
 
 		 288 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.142196  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4460  peptidase M23B  47.08 
 
 		 233 aa  183  3e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.561403  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0836  peptidase M23B  46.25 
 
 		 233 aa  183  3e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0155509  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1317  peptidase M23B  46.25 
 
 		 233 aa  183  3e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1622  peptidase M23B  40.22 
 
 		 262 aa  181  1e-44  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.752531  normal  0.248121 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0837  peptidoglycan-binding protein LysM  41.9 
 
 		 309 aa  180  2e-44  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.239144  normal  0.258287 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1502  lipoprotein B  40.91 
 
 		 290 aa  180  2e-44  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.176009  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4155  peptidase M23B  41.67 
 
 		 262 aa  180  2e-44  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.647334  normal  0.0748574 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38690  lipoprotein NlpD  44.4 
 
 		 284 aa  179  4e-44  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3075  lipoprotein NlpD  42.53 
 
 		 377 aa  178  8e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.567477  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3131  lipoprotein NlpD  42.53 
 
 		 377 aa  178  9e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.143103 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3114  lipoprotein NlpD  42.53 
 
 		 377 aa  178  9e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.378129  normal  0.89385 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3234  lipoprotein NlpD  42.53 
 
 		 377 aa  178  9e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3050  lipoprotein NlpD  42.53 
 
 		 377 aa  178  9e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0959  lipoprotein NlpD  41.09 
 
 		 327 aa  177  2e-43  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1516  hypothetical protein  45.32 
 
 		 307 aa  176  5e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3426  lipoprotein NlpD  40.7 
 
 		 327 aa  175  9e-43  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0796777  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3294  lipoprotein NlpD  40.7 
 
 		 327 aa  175  9e-43  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3015  Peptidase M23  45.83 
 
 		 274 aa  174  9.999999999999999e-43  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.508636  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1212  peptidase M23B  37.96 
 
 		 310 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0929  peptidase M23B  45.9 
 
 		 261 aa  174  1.9999999999999998e-42  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1862  putative lipoprotein NlpD  39.72 
 
 		 230 aa  172  5e-42  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0831  lipoprotein NlpD  41.8 
 
 		 328 aa  172  5.999999999999999e-42  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0680895 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0330  peptidoglycan-specific endopeptidase, M23 family  39.36 
 
 		 230 aa  172  5.999999999999999e-42  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3863  peptidase M23B  35.82 
 
 		 272 aa  172  5.999999999999999e-42  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.826682  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02592  predicted outer membrane lipoprotein  41.25 
 
 		 379 aa  170  2e-41  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1380  putative peptidoglycan-binding LysM/M23B peptidase  40.41 
 
 		 322 aa  171  2e-41  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.801957  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3132  lipoprotein NlpD  41.25 
 
 		 363 aa  170  2e-41  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02557  hypothetical protein  41.25 
 
 		 379 aa  170  2e-41  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4053  peptidase M23B  38.33 
 
 		 285 aa  171  2e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000777294 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1826  peptidase M23B  37.26 
 
 		 333 aa  170  2e-41  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0261154  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3043  lipoprotein NlpD  41.25 
 
 		 379 aa  170  2e-41  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0970  lipoprotein NlpD  41.25 
 
 		 379 aa  170  2e-41  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.957286  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2880  lipoprotein NlpD  41.25 
 
 		 379 aa  170  2e-41  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.704845  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1300  putative peptidoglycan-binding LysM/M23B peptidase  40.41 
 
 		 322 aa  169  5e-41  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1203  peptidase M23B  36.13 
 
 		 311 aa  169  6e-41  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000000304892  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0258  putative peptidoglycan-binding LysM/M23B peptidase  42.08 
 
 		 322 aa  167  1e-40  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1039  putative peptidoglycan-binding LysM/M23B peptidase  42.08 
 
 		 322 aa  167  1e-40  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>