More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc1206 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc1206  lipoprotein NLPD/LppB-like protein  100 
 
 		 268 aa  536  1e-151  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.630097 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1050  Peptidase M23  86.57 
 
 		 275 aa  430  1e-119  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.515696  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1142  Peptidase M23  87.31 
 
 		 274 aa  427  1e-119  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.405042 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2096  peptidoglycan-binding LysM:peptidase M23B  67.14 
 
 		 287 aa  342  4e-93  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2116  peptidase M23B  65 
 
 		 295 aa  322  3e-87  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.046362  normal  0.381161 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6258  peptidase M23B  53.09 
 
 		 296 aa  253  3e-66  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0271245  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1821  peptidase M23B  53.09 
 
 		 296 aa  253  3e-66  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.361225  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1732  peptidase M23  51.27 
 
 		 295 aa  252  4.0000000000000004e-66  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0850817  normal  0.0853785 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1845  peptidase M23B  52.17 
 
 		 296 aa  250  2e-65  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.736133  normal  0.104174 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1355  lipoprotein NlpD, putative  50.18 
 
 		 298 aa  249  4e-65  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.209854  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1845  putative lipoprotein NlpD  50.18 
 
 		 296 aa  249  4e-65  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.362158  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1117  putative lipoprotein NlpD  50.18 
 
 		 296 aa  249  4e-65  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2199  M23 family peptidase  50.18 
 
 		 296 aa  249  4e-65  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.577669  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2237  M23 family peptidase  50.18 
 
 		 296 aa  249  4e-65  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.772749  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0052  putative lipoprotein NlpD  50.18 
 
 		 296 aa  249  4e-65  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.367666  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1452  peptidase M23B  54.24 
 
 		 292 aa  249  5e-65  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.3197  normal  0.212696 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2366  peptidase  50.18 
 
 		 292 aa  249  5e-65  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.417341  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1759  peptidase M23B  50.73 
 
 		 295 aa  246  4e-64  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.125432  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1836  Peptidase M23  48.83 
 
 		 315 aa  245  4.9999999999999997e-64  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.117063  normal  0.29408 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2351  putative lipoprotein/metalloendopeptidase  48.5 
 
 		 311 aa  244  9.999999999999999e-64  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0718469  normal  0.0896324 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5122  peptidase M23B  52.55 
 
 		 294 aa  241  6e-63  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00948111  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0961  peptidase M23B  47.54 
 
 		 312 aa  242  6e-63  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5027  peptidase M23B  48.28 
 
 		 292 aa  238  8e-62  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3059  peptidase M23B  50.18 
 
 		 318 aa  230  2e-59  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.430429  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2577  peptidase M23B  49.42 
 
 		 301 aa  228  8e-59  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0480337  hitchhiker  0.00120984 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2225  lipoprotein NlpD, putative  48.07 
 
 		 292 aa  225  7e-58  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.483803  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1162  peptidase M23B  46.08 
 
 		 303 aa  222  4e-57  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.465665  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2522  peptidoglycan-binding LysM:peptidase M23B  41.53 
 
 		 304 aa  219  3.9999999999999997e-56  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000138444  normal  0.0361265 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1416  peptidase M23B  46.29 
 
 		 299 aa  219  3.9999999999999997e-56  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1799  Peptidase M23  46.15 
 
 		 298 aa  218  7.999999999999999e-56  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.129139  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1297  peptidase M23B  49.03 
 
 		 270 aa  214  9.999999999999999e-55  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0650361  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1254  peptidase  44.07 
 
 		 317 aa  213  2.9999999999999995e-54  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.174583 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2780  peptidase M23B  49.29 
 
 		 292 aa  211  7.999999999999999e-54  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.139555  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1082  Peptidase M23  46.42 
 
 		 303 aa  211  9e-54  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.103445  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0088  peptidase M23B  46.55 
 
 		 295 aa  210  2e-53  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1920  peptidase M23B  41.29 
 
 		 315 aa  208  7e-53  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.123446 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0657  Peptidase M23  47.31 
 
 		 252 aa  207  1e-52  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3021  peptidase M23B  49.4 
 
 		 293 aa  205  7e-52  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000191073 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1176  peptidase M23B  44.32 
 
 		 285 aa  198  7.999999999999999e-50  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.534318  normal  0.430733 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1296  peptidoglycan-binding LysM/peptidase M23B  47.1 
 
 		 238 aa  196  2.0000000000000003e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.775372  normal  0.108769 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17470  hypothetical protein  47.65 
 
 		 297 aa  196  4.0000000000000005e-49  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2839  Peptidase M23  45.56 
 
 		 236 aa  193  2e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.882621  normal  0.16298 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1037  peptidase M23B  46.3 
 
 		 240 aa  192  5e-48  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.283686 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1622  peptidase M23B  43.77 
 
 		 262 aa  187  2e-46  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.752531  normal  0.248121 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1564  lipoprotein NlpD, putative  41.09 
 
 		 288 aa  186  3e-46  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1511  peptidase  47.03 
 
 		 236 aa  186  3e-46  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1228  peptidase M23  47.95 
 
 		 230 aa  186  3e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0899  peptidase M23B  44.09 
 
 		 240 aa  186  3e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.159864 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4155  peptidase M23B  43.56 
 
 		 262 aa  185  6e-46  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.647334  normal  0.0748574 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1073  peptidoglycan-binding LysM:peptidase M23B  49.77 
 
 		 242 aa  184  2.0000000000000003e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0602  putative peptidoglycan-binding LysM/M23B peptidase  46.58 
 
 		 296 aa  182  4.0000000000000006e-45  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.469429  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0803  lipoprotein NlpD, putative  46.58 
 
 		 233 aa  182  4.0000000000000006e-45  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1711  peptidase  46.58 
 
 		 296 aa  182  4.0000000000000006e-45  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.651895  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0553  putative peptidoglycan-binding LysM/M23B peptidase  46.58 
 
 		 233 aa  182  4.0000000000000006e-45  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1542  putative peptidoglycan-binding LysM/M23B peptidase  46.58 
 
 		 233 aa  182  4.0000000000000006e-45  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1320  putative peptidoglycan-binding LysM/M23B peptidase  46.58 
 
 		 233 aa  182  4.0000000000000006e-45  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2752  lipoprotein NlpD, putative  47.03 
 
 		 295 aa  180  2e-44  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.112943  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1202  peptidase M23B  47 
 
 		 230 aa  180  2e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38690  lipoprotein NlpD  45.38 
 
 		 284 aa  179  4.999999999999999e-44  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4053  peptidase M23B  41.91 
 
 		 285 aa  178  1e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000777294 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1373  peptidoglycan-binding LysM:peptidase M23B  40.88 
 
 		 288 aa  176  3e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.142196  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1516  hypothetical protein  43.77 
 
 		 307 aa  176  4e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0792  peptidase M23B  40.67 
 
 		 257 aa  176  5e-43  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.814248  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1461  Peptidase M23  40.15 
 
 		 261 aa  174  9.999999999999999e-43  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1990  peptidase M23B  44.09 
 
 		 239 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1862  putative lipoprotein NlpD  41.15 
 
 		 230 aa  172  5.999999999999999e-42  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0330  peptidoglycan-specific endopeptidase, M23 family  40.77 
 
 		 230 aa  171  7.999999999999999e-42  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3015  Peptidase M23  44.05 
 
 		 274 aa  171  9e-42  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.508636  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03726  hypothetical lipoprotein NlpD  37.68 
 
 		 289 aa  171  1e-41  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1826  peptidase M23B  40.22 
 
 		 264 aa  171  1e-41  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1131  peptidase M23B  40.36 
 
 		 293 aa  171  2e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3206  YgeR  39.85 
 
 		 250 aa  169  4e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.317836 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3272  hypothetical protein  39.85 
 
 		 250 aa  169  4e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3373  hypothetical protein  39.85 
 
 		 250 aa  169  4e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.507543  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1502  lipoprotein B  39.29 
 
 		 290 aa  169  5e-41  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.176009  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3193  LysM domain/M23 peptidase domain protein  43.52 
 
 		 250 aa  167  1e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.561609  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1299  peptidase M23B  46.02 
 
 		 233 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.132462  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3268  hypothetical protein  43.98 
 
 		 250 aa  166  5e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0836  peptidase M23B  46.02 
 
 		 233 aa  165  6.9999999999999995e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0155509  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1317  peptidase M23B  46.02 
 
 		 233 aa  165  6.9999999999999995e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4460  peptidase M23B  46.46 
 
 		 233 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.561403  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2998  M23B family peptidase  38.78 
 
 		 250 aa  162  4.0000000000000004e-39  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.310031 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3075  lipoprotein NlpD  39.61 
 
 		 377 aa  162  7e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.567477  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3050  lipoprotein NlpD  39.61 
 
 		 377 aa  162  7e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3131  lipoprotein NlpD  39.61 
 
 		 377 aa  162  7e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.143103 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3114  lipoprotein NlpD  39.61 
 
 		 377 aa  162  7e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.378129  normal  0.89385 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3234  lipoprotein NlpD  39.61 
 
 		 377 aa  162  8.000000000000001e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02698  Tetratricopeptide repeat transcriptional regulator  38.4 
 
 		 251 aa  160  1e-38  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.686613  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0827  Peptidase M23  38.4 
 
 		 251 aa  160  1e-38  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3213  lipoprotein NlpD  39.22 
 
 		 374 aa  161  1e-38  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.160012 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02660  hypothetical protein  38.4 
 
 		 251 aa  160  1e-38  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.649815  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3025  M23B family peptidase  38.4 
 
 		 251 aa  160  1e-38  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00328229  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002515  membrane protein  34.39 
 
 		 307 aa  160  2e-38  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0843  peptidase M23B  38.4 
 
 		 251 aa  160  2e-38  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.325004  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1212  peptidase M23B  37.3 
 
 		 310 aa  160  3e-38  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1059  peptidase M23B  34.88 
 
 		 309 aa  159  4e-38  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3506  lipoprotein NlpD  40.08 
 
 		 345 aa  159  5e-38  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0959  lipoprotein NlpD  39.61 
 
 		 327 aa  159  6e-38  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0299  peptidase M23B  38.78 
 
 		 249 aa  159  6e-38  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000319427 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0831  lipoprotein NlpD  38.52 
 
 		 328 aa  158  7e-38  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0680895 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>