More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_1176 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_1176  peptidase M23B  100 
 
 		 285 aa  573  1.0000000000000001e-162  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.534318  normal  0.430733 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4155  peptidase M23B  97.33 
 
 		 262 aa  469  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.647334  normal  0.0748574 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1622  peptidase M23B  96.56 
 
 		 262 aa  466  9.999999999999999e-131  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.752531  normal  0.248121 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4053  peptidase M23B  87.02 
 
 		 285 aa  453  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000777294 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1131  peptidase M23B  68.94 
 
 		 293 aa  376  1e-103  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1564  lipoprotein NlpD, putative  67.12 
 
 		 288 aa  374  1e-102  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1373  peptidoglycan-binding LysM:peptidase M23B  65.54 
 
 		 288 aa  364  1e-100  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.142196  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17470  hypothetical protein  61.49 
 
 		 297 aa  330  1e-89  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3021  peptidase M23B  61.8 
 
 		 293 aa  321  8e-87  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000191073 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38690  lipoprotein NlpD  61.78 
 
 		 284 aa  308  6.999999999999999e-83  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1516  hypothetical protein  59.33 
 
 		 307 aa  301  6.000000000000001e-81  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0929  peptidase M23B  49.79 
 
 		 261 aa  226  3e-58  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1252  lipoprotein NlpD  47.47 
 
 		 260 aa  215  5e-55  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.18696  normal  0.0631891 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3294  lipoprotein NlpD  43.45 
 
 		 327 aa  211  1e-53  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3426  lipoprotein NlpD  43.45 
 
 		 327 aa  210  2e-53  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0796777  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0959  lipoprotein NlpD  43.1 
 
 		 327 aa  209  4e-53  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1307  peptidase M23B  43.73 
 
 		 265 aa  209  5e-53  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.654603 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0792  peptidase M23B  45.26 
 
 		 257 aa  206  4e-52  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.814248  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0676  peptidase M23B  41.22 
 
 		 285 aa  205  7e-52  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.208838  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3050  lipoprotein NlpD  42.14 
 
 		 377 aa  205  7e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3114  lipoprotein NlpD  42.14 
 
 		 377 aa  205  7e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.378129  normal  0.89385 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3131  lipoprotein NlpD  42.14 
 
 		 377 aa  205  7e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.143103 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3234  lipoprotein NlpD  42.14 
 
 		 377 aa  205  7e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3075  lipoprotein NlpD  42.14 
 
 		 377 aa  205  7e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.567477  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1212  peptidase M23B  44.44 
 
 		 310 aa  202  5e-51  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0831  lipoprotein NlpD  44.2 
 
 		 328 aa  202  7e-51  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0680895 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2522  peptidoglycan-binding LysM:peptidase M23B  41.56 
 
 		 304 aa  201  9.999999999999999e-51  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000138444  normal  0.0361265 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3349  lipoprotein NlpD  43.26 
 
 		 344 aa  201  9.999999999999999e-51  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0164165  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0871  Peptidase M23  42.28 
 
 		 401 aa  201  9.999999999999999e-51  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3120  peptidase M23B  40.2 
 
 		 298 aa  201  9.999999999999999e-51  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3272  peptidase M23B  40.2 
 
 		 298 aa  201  9.999999999999999e-51  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.601855  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0299  peptidase M23B  42.18 
 
 		 249 aa  200  1.9999999999999998e-50  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000319427 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1192  peptidase M23B  40.77 
 
 		 296 aa  200  1.9999999999999998e-50  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3506  lipoprotein NlpD  44.4 
 
 		 345 aa  199  3e-50  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1826  peptidase M23B  39.94 
 
 		 333 aa  200  3e-50  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0261154  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3129  peptidase M23B  40.2 
 
 		 298 aa  199  3.9999999999999996e-50  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.365869  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1244  Peptidase M23  40.2 
 
 		 298 aa  199  3.9999999999999996e-50  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000000000297961 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1502  lipoprotein B  46.32 
 
 		 290 aa  199  5e-50  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.176009  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3343  peptidase M23B  41.75 
 
 		 298 aa  199  6e-50  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0875471  unclonable  0.00000001454 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02592  predicted outer membrane lipoprotein  44.44 
 
 		 379 aa  197  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3132  lipoprotein NlpD  44.44 
 
 		 363 aa  197  2.0000000000000003e-49  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0970  lipoprotein NlpD  44.44 
 
 		 379 aa  197  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.957286  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02557  hypothetical protein  44.44 
 
 		 379 aa  197  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3213  lipoprotein NlpD  42.38 
 
 		 374 aa  197  2.0000000000000003e-49  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.160012 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2880  lipoprotein NlpD  44.44 
 
 		 379 aa  197  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.704845  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3043  lipoprotein NlpD  44.44 
 
 		 379 aa  197  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1845  peptidase M23B  43.36 
 
 		 296 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.736133  normal  0.104174 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03726  hypothetical lipoprotein NlpD  38.3 
 
 		 289 aa  194  1e-48  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1732  peptidase M23  42.46 
 
 		 295 aa  193  2e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0850817  normal  0.0853785 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2577  peptidase M23B  42.03 
 
 		 301 aa  194  2e-48  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0480337  hitchhiker  0.00120984 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1123  peptidase M23B  41.64 
 
 		 298 aa  193  3e-48  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0330  peptidoglycan-specific endopeptidase, M23 family  42.16 
 
 		 230 aa  192  4e-48  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1862  putative lipoprotein NlpD  42.16 
 
 		 230 aa  192  5e-48  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1461  Peptidase M23  42.09 
 
 		 261 aa  192  6e-48  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1122  peptidase M23B  40.35 
 
 		 298 aa  192  7e-48  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1193  peptidase M23B  40.35 
 
 		 298 aa  192  7e-48  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.8562  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3059  peptidase M23B  41.38 
 
 		 318 aa  191  8e-48  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.430429  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1836  Peptidase M23  40.67 
 
 		 315 aa  191  8e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.117063  normal  0.29408 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3433  lipoprotein NlpD  39.86 
 
 		 298 aa  191  9e-48  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1254  peptidase  45.38 
 
 		 317 aa  191  1e-47  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.174583 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1078  putative lipoprotein NlpD  37.01 
 
 		 283 aa  189  2.9999999999999997e-47  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5122  peptidase M23B  42.96 
 
 		 294 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00948111  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1435  Peptidase M23  44.23 
 
 		 265 aa  189  2.9999999999999997e-47  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0922892  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3863  peptidase M23B  38.59 
 
 		 272 aa  189  5.999999999999999e-47  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.826682  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1297  peptidase M23B  41.58 
 
 		 304 aa  188  7e-47  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.353225  hitchhiker  0.00000000164338 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1059  peptidase M23B  37.54 
 
 		 309 aa  188  7e-47  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5027  peptidase M23B  44.09 
 
 		 292 aa  187  1e-46  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0497  peptidase M23B  40.74 
 
 		 360 aa  187  1e-46  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2750  peptidase M23B  39.35 
 
 		 294 aa  187  1e-46  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1206  lipoprotein NLPD/LppB-like protein  47.16 
 
 		 268 aa  187  2e-46  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.630097 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1043  lipoprotein NlpD  40.28 
 
 		 296 aa  187  2e-46  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.859563 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2351  putative lipoprotein/metalloendopeptidase  41.03 
 
 		 311 aa  187  2e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0718469  normal  0.0896324 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0946  Peptidase M23  42.41 
 
 		 379 aa  186  3e-46  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0564272  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3993  lipoprotein NlpD  42.41 
 
 		 363 aa  186  3e-46  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1452  peptidase M23B  42.55 
 
 		 292 aa  186  3e-46  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.3197  normal  0.212696 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2867  lipoprotein NlpD  42.41 
 
 		 379 aa  186  3e-46  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6258  peptidase M23B  41.46 
 
 		 296 aa  186  4e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0271245  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1799  Peptidase M23  41.52 
 
 		 298 aa  186  4e-46  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.129139  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1821  peptidase M23B  41.46 
 
 		 296 aa  186  4e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.361225  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1416  peptidase M23B  43.24 
 
 		 299 aa  186  5e-46  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02698  Tetratricopeptide repeat transcriptional regulator  41.35 
 
 		 251 aa  185  6e-46  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.686613  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0827  Peptidase M23  41.35 
 
 		 251 aa  185  6e-46  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02660  hypothetical protein  41.35 
 
 		 251 aa  185  6e-46  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.649815  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3025  M23B family peptidase  41.35 
 
 		 251 aa  185  6e-46  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00328229  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002515  membrane protein  36.75 
 
 		 307 aa  185  8e-46  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1203  peptidase M23B  39.78 
 
 		 311 aa  185  9e-46  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000000304892  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3015  Peptidase M23  46.03 
 
 		 274 aa  184  1.0000000000000001e-45  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.508636  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1355  lipoprotein NlpD, putative  41.88 
 
 		 298 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.209854  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0843  peptidase M23B  41.35 
 
 		 251 aa  184  2.0000000000000003e-45  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.325004  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2199  M23 family peptidase  41.88 
 
 		 296 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.577669  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1845  putative lipoprotein NlpD  41.88 
 
 		 296 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.362158  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2366  peptidase  41.88 
 
 		 292 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.417341  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0052  putative lipoprotein NlpD  41.88 
 
 		 296 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.367666  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0061  lipoprotein NlpD  39.47 
 
 		 311 aa  184  2.0000000000000003e-45  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2237  M23 family peptidase  41.88 
 
 		 296 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.772749  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2998  M23B family peptidase  41.35 
 
 		 250 aa  184  2.0000000000000003e-45  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.310031 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2780  peptidase M23B  39.66 
 
 		 292 aa  184  2.0000000000000003e-45  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.139555  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1117  putative lipoprotein NlpD  41.88 
 
 		 296 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1759  peptidase M23B  42.39 
 
 		 295 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.125432  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00162  lipoprotein  44.02 
 
 		 263 aa  182  5.0000000000000004e-45  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.989449  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>