More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene YPK_3426 on replicon NC_010465
Organism: Yersinia pseudotuberculosis YPIII



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010465  YPK_3426  lipoprotein NlpD  100 
 
 
327 aa  661    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0796777  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0959  lipoprotein NlpD  98.47 
 
 
327 aa  651    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3294  lipoprotein NlpD  99.69 
 
 
327 aa  659    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0831  lipoprotein NlpD  76.35 
 
 
328 aa  463  1e-129  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.0680895 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3349  lipoprotein NlpD  70.94 
 
 
344 aa  449  1e-125  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0164165  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3506  lipoprotein NlpD  69.03 
 
 
345 aa  448  1e-125  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0871  Peptidase M23  58.66 
 
 
401 aa  424  1e-117  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3132  lipoprotein NlpD  59.94 
 
 
363 aa  404  1e-111  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3075  lipoprotein NlpD  58.2 
 
 
377 aa  403  1e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.567477  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3050  lipoprotein NlpD  58.2 
 
 
377 aa  402  1e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3234  lipoprotein NlpD  58.2 
 
 
377 aa  402  1e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3131  lipoprotein NlpD  58.2 
 
 
377 aa  402  1e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.143103 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3114  lipoprotein NlpD  58.2 
 
 
377 aa  402  1e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.378129  normal  0.89385 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02592  predicted outer membrane lipoprotein  57.41 
 
 
379 aa  397  1e-109  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02557  hypothetical protein  57.41 
 
 
379 aa  397  1e-109  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0970  lipoprotein NlpD  57.41 
 
 
379 aa  397  1e-109  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.957286  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2880  lipoprotein NlpD  57.41 
 
 
379 aa  397  1e-109  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.704845  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3043  lipoprotein NlpD  57.41 
 
 
379 aa  397  1e-109  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3993  lipoprotein NlpD  58.29 
 
 
363 aa  389  1e-107  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3213  lipoprotein NlpD  57.87 
 
 
374 aa  390  1e-107  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.160012 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0840  Peptidase M23  53.68 
 
 
404 aa  386  1e-106  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.250204  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0946  Peptidase M23  55.82 
 
 
379 aa  383  1e-105  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0564272  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2867  lipoprotein NlpD  55.82 
 
 
379 aa  383  1e-105  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0299  peptidase M23B  45 
 
 
249 aa  258  1e-67  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000319427 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1502  lipoprotein B  49.81 
 
 
290 aa  254  1.0000000000000001e-66  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.176009  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002515  membrane protein  42.06 
 
 
307 aa  249  4e-65  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0061  lipoprotein NlpD  45.82 
 
 
311 aa  244  9.999999999999999e-64  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03518  hypothetical protein  41.18 
 
 
307 aa  238  1e-61  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3343  peptidase M23B  40.91 
 
 
298 aa  228  1e-58  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0875471  unclonable  0.00000001454 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03726  hypothetical lipoprotein NlpD  44.94 
 
 
289 aa  226  3e-58  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1192  peptidase M23B  42.31 
 
 
296 aa  226  4e-58  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3863  peptidase M23B  44 
 
 
272 aa  226  5.0000000000000005e-58  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.826682  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1123  peptidase M23B  45.07 
 
 
298 aa  224  2e-57  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1122  peptidase M23B  44.91 
 
 
298 aa  223  3e-57  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1193  peptidase M23B  44.91 
 
 
298 aa  223  3e-57  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.8562  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1212  peptidase M23B  45.59 
 
 
310 aa  222  4.9999999999999996e-57  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2507  lipoprotein  41.92 
 
 
330 aa  223  4.9999999999999996e-57  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0676  peptidase M23B  38.41 
 
 
285 aa  221  9.999999999999999e-57  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.208838  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1297  peptidase M23B  41.39 
 
 
304 aa  221  9.999999999999999e-57  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.353225  hitchhiker  0.00000000164338 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2750  peptidase M23B  45.42 
 
 
294 aa  221  9.999999999999999e-57  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1059  peptidase M23B  38.12 
 
 
309 aa  220  1.9999999999999999e-56  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1203  peptidase M23B  37.97 
 
 
311 aa  220  3e-56  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000000304892  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3272  peptidase M23B  39.35 
 
 
298 aa  217  2e-55  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.601855  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3120  peptidase M23B  39.17 
 
 
298 aa  216  2.9999999999999998e-55  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02698  Tetratricopeptide repeat transcriptional regulator  46.18 
 
 
251 aa  216  5e-55  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.686613  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0827  Peptidase M23  46.18 
 
 
251 aa  216  5e-55  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3025  M23B family peptidase  46.18 
 
 
251 aa  216  5e-55  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00328229  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02660  hypothetical protein  46.18 
 
 
251 aa  216  5e-55  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.649815  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3129  peptidase M23B  39.17 
 
 
298 aa  216  5e-55  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.365869  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3433  lipoprotein NlpD  42.96 
 
 
298 aa  216  5.9999999999999996e-55  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0843  peptidase M23B  46.18 
 
 
251 aa  215  8e-55  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.325004  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1244  Peptidase M23  39.17 
 
 
298 aa  215  9e-55  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  unclonable  0.00000000000297961 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2998  M23B family peptidase  46.56 
 
 
250 aa  213  2.9999999999999995e-54  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.310031 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1043  lipoprotein NlpD  43.1 
 
 
296 aa  211  2e-53  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.859563 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3021  peptidase M23B  42.91 
 
 
293 aa  209  5e-53  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000191073 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38690  lipoprotein NlpD  46.27 
 
 
284 aa  208  8e-53  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17470  hypothetical protein  45.88 
 
 
297 aa  208  1e-52  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1176  peptidase M23B  44.14 
 
 
285 aa  207  2e-52  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.534318  normal  0.430733 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1078  putative lipoprotein NlpD  44.53 
 
 
283 aa  206  3e-52  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4155  peptidase M23B  43.79 
 
 
262 aa  206  5e-52  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.647334  normal  0.0748574 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1622  peptidase M23B  42.76 
 
 
262 aa  205  8e-52  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.752531  normal  0.248121 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1564  lipoprotein NlpD, putative  42.21 
 
 
288 aa  204  1e-51  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3193  LysM domain/M23 peptidase domain protein  45.42 
 
 
250 aa  194  1e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.561609  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1373  peptidoglycan-binding LysM:peptidase M23B  40.69 
 
 
288 aa  194  3e-48  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.142196  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2522  peptidoglycan-binding LysM:peptidase M23B  38.62 
 
 
304 aa  190  2e-47  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000138444  normal  0.0361265 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0792  peptidase M23B  37.28 
 
 
257 aa  190  2e-47  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.814248  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3373  hypothetical protein  62.76 
 
 
250 aa  188  1e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.507543  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3272  hypothetical protein  62.76 
 
 
250 aa  188  1e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3206  YgeR  62.76 
 
 
250 aa  188  1e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.317836 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3268  hypothetical protein  62.07 
 
 
250 aa  187  3e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1131  peptidase M23B  39.93 
 
 
293 aa  185  9e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1516  hypothetical protein  42.69 
 
 
307 aa  182  5.0000000000000004e-45  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3304  peptidase, M23B family  62.94 
 
 
251 aa  181  1e-44  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3190  M23B family peptidase  62.94 
 
 
251 aa  181  1e-44  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4155  peptidase, M23B family  62.94 
 
 
251 aa  181  1e-44  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.0947828 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2577  peptidase M23B  37.74 
 
 
301 aa  181  2e-44  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0480337  hitchhiker  0.00120984 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3306  peptidase M23B  60.71 
 
 
248 aa  179  5.999999999999999e-44  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0497  peptidase M23B  40.5 
 
 
360 aa  175  8e-43  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1252  lipoprotein NlpD  39.69 
 
 
260 aa  172  5e-42  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.18696  normal  0.0631891 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0929  peptidase M23B  40.93 
 
 
261 aa  172  5e-42  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1845  peptidase M23B  39.06 
 
 
296 aa  168  1e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.736133  normal  0.104174 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3059  peptidase M23B  38.51 
 
 
318 aa  168  1e-40  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.430429  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0961  peptidase M23B  39.3 
 
 
312 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4053  peptidase M23B  62.6 
 
 
285 aa  165  9e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000777294 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0837  peptidoglycan-binding protein LysM  39.3 
 
 
309 aa  163  3e-39  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.239144  normal  0.258287 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1307  peptidase M23B  37.98 
 
 
265 aa  164  3e-39  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.654603 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1732  peptidase M23  39.53 
 
 
295 aa  162  5.0000000000000005e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0850817  normal  0.0853785 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1461  Peptidase M23  38.52 
 
 
261 aa  162  7e-39  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1836  Peptidase M23  39.23 
 
 
315 aa  160  2e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.117063  normal  0.29408 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2351  putative lipoprotein/metalloendopeptidase  38.66 
 
 
311 aa  161  2e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0718469  normal  0.0896324 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1206  lipoprotein NLPD/LppB-like protein  41.11 
 
 
268 aa  160  3e-38  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.630097 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1050  Peptidase M23  41.9 
 
 
275 aa  160  3e-38  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.515696  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3015  Peptidase M23  39.23 
 
 
274 aa  159  5e-38  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.508636  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1228  peptidase M23  39.22 
 
 
230 aa  159  5e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1826  peptidase M23B  39.38 
 
 
264 aa  159  5e-38  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1297  peptidase M23B  38.43 
 
 
270 aa  159  7e-38  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0650361  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1254  peptidase  38.04 
 
 
317 aa  159  8e-38  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.174583 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1799  Peptidase M23  36.59 
 
 
298 aa  157  2e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.129139  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6258  peptidase M23B  37.89 
 
 
296 aa  157  2e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0271245  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1821  peptidase M23B  37.89 
 
 
296 aa  157  2e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.361225  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>