More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_1122 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008321  Shewmr4_1122  peptidase M23B  100 
 
 		 298 aa  607  1e-173  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1193  peptidase M23B  100 
 
 		 298 aa  607  1e-173  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.8562  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1123  peptidase M23B  94.33 
 
 		 298 aa  543  1e-153  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3433  lipoprotein NlpD  85.46 
 
 		 298 aa  491  9.999999999999999e-139  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2750  peptidase M23B  82.98 
 
 		 294 aa  471  1e-132  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3120  peptidase M23B  78.19 
 
 		 298 aa  461  1e-129  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1244  Peptidase M23  78.19 
 
 		 298 aa  462  1e-129  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000000000297961 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3272  peptidase M23B  77.85 
 
 		 298 aa  459  9.999999999999999e-129  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.601855  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3129  peptidase M23B  77.85 
 
 		 298 aa  459  9.999999999999999e-129  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.365869  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1059  peptidase M23B  56.31 
 
 		 309 aa  346  3e-94  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1297  peptidase M23B  62.16 
 
 		 304 aa  345  7e-94  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.353225  hitchhiker  0.00000000164338 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1192  peptidase M23B  61.51 
 
 		 296 aa  337  9.999999999999999e-92  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1203  peptidase M23B  56.77 
 
 		 311 aa  337  1.9999999999999998e-91  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000000304892  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1212  peptidase M23B  62.28 
 
 		 310 aa  336  2.9999999999999997e-91  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3343  peptidase M23B  57.39 
 
 		 298 aa  324  9e-88  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0875471  unclonable  0.00000001454 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1043  lipoprotein NlpD  61.05 
 
 		 296 aa  322  4e-87  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.859563 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03726  hypothetical lipoprotein NlpD  43.34 
 
 		 289 aa  236  4e-61  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1078  putative lipoprotein NlpD  43.2 
 
 		 283 aa  232  5e-60  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0061  lipoprotein NlpD  43.05 
 
 		 311 aa  225  6e-58  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002515  membrane protein  42.11 
 
 		 307 aa  224  1e-57  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0959  lipoprotein NlpD  40.67 
 
 		 327 aa  223  2e-57  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3426  lipoprotein NlpD  40.98 
 
 		 327 aa  223  4e-57  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0796777  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3294  lipoprotein NlpD  40.98 
 
 		 327 aa  223  4e-57  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03518  hypothetical protein  41.23 
 
 		 307 aa  218  7.999999999999999e-56  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0831  lipoprotein NlpD  39.58 
 
 		 328 aa  216  2.9999999999999998e-55  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0680895 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3506  lipoprotein NlpD  39.23 
 
 		 345 aa  216  2.9999999999999998e-55  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0871  Peptidase M23  42.67 
 
 		 401 aa  216  4e-55  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3234  lipoprotein NlpD  43.77 
 
 		 377 aa  214  9.999999999999999e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0676  peptidase M23B  40.74 
 
 		 285 aa  214  9.999999999999999e-55  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.208838  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3050  lipoprotein NlpD  43.77 
 
 		 377 aa  214  9.999999999999999e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3075  lipoprotein NlpD  43.77 
 
 		 377 aa  214  9.999999999999999e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.567477  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3114  lipoprotein NlpD  43.77 
 
 		 377 aa  214  9.999999999999999e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.378129  normal  0.89385 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3131  lipoprotein NlpD  43.77 
 
 		 377 aa  214  9.999999999999999e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.143103 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3132  lipoprotein NlpD  37.01 
 
 		 363 aa  212  5.999999999999999e-54  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3349  lipoprotein NlpD  38.58 
 
 		 344 aa  211  1e-53  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0164165  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1502  lipoprotein B  43.56 
 
 		 290 aa  211  1e-53  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.176009  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02592  predicted outer membrane lipoprotein  41.67 
 
 		 379 aa  210  2e-53  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2880  lipoprotein NlpD  41.67 
 
 		 379 aa  210  2e-53  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.704845  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0970  lipoprotein NlpD  41.67 
 
 		 379 aa  210  2e-53  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.957286  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3043  lipoprotein NlpD  41.67 
 
 		 379 aa  210  2e-53  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02557  hypothetical protein  41.67 
 
 		 379 aa  210  2e-53  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0840  Peptidase M23  41.1 
 
 		 404 aa  207  1e-52  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.250204  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3213  lipoprotein NlpD  45.09 
 
 		 374 aa  207  2e-52  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.160012 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3863  peptidase M23B  40.47 
 
 		 272 aa  207  2e-52  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.826682  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3993  lipoprotein NlpD  36.9 
 
 		 363 aa  204  1e-51  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0946  Peptidase M23  41.22 
 
 		 379 aa  201  9.999999999999999e-51  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0564272  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2867  lipoprotein NlpD  41.22 
 
 		 379 aa  201  9.999999999999999e-51  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1176  peptidase M23B  40.07 
 
 		 285 aa  196  4.0000000000000005e-49  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.534318  normal  0.430733 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2507  lipoprotein  39.31 
 
 		 330 aa  196  6e-49  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1564  lipoprotein NlpD, putative  38.23 
 
 		 288 aa  189  7e-47  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1373  peptidoglycan-binding LysM:peptidase M23B  38.91 
 
 		 288 aa  187  2e-46  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.142196  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4155  peptidase M23B  39.79 
 
 		 262 aa  187  2e-46  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.647334  normal  0.0748574 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1622  peptidase M23B  39.79 
 
 		 262 aa  187  3e-46  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.752531  normal  0.248121 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0299  peptidase M23B  38.06 
 
 		 249 aa  182  8.000000000000001e-45  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000319427 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3021  peptidase M23B  40.15 
 
 		 293 aa  181  1e-44  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000191073 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2998  M23B family peptidase  38.51 
 
 		 250 aa  180  2e-44  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.310031 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02698  Tetratricopeptide repeat transcriptional regulator  38.51 
 
 		 251 aa  179  4e-44  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.686613  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0827  Peptidase M23  38.51 
 
 		 251 aa  179  4e-44  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02660  hypothetical protein  38.51 
 
 		 251 aa  179  4e-44  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.649815  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3025  M23B family peptidase  38.51 
 
 		 251 aa  179  4e-44  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00328229  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1131  peptidase M23B  37.2 
 
 		 293 aa  179  4.999999999999999e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0843  peptidase M23B  38.51 
 
 		 251 aa  179  7e-44  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.325004  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17470  hypothetical protein  37.5 
 
 		 297 aa  177  2e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1252  lipoprotein NlpD  39.15 
 
 		 260 aa  175  9e-43  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.18696  normal  0.0631891 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0792  peptidase M23B  37.07 
 
 		 257 aa  172  3.9999999999999995e-42  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.814248  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3190  M23B family peptidase  38.18 
 
 		 251 aa  172  3.9999999999999995e-42  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4155  peptidase, M23B family  38.18 
 
 		 251 aa  172  7.999999999999999e-42  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0947828 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3304  peptidase, M23B family  38.18 
 
 		 251 aa  172  7.999999999999999e-42  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1307  peptidase M23B  35.79 
 
 		 265 aa  170  3e-41  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.654603 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3206  YgeR  37.5 
 
 		 250 aa  170  3e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.317836 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3272  hypothetical protein  37.5 
 
 		 250 aa  170  3e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3373  hypothetical protein  37.5 
 
 		 250 aa  170  3e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.507543  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38690  lipoprotein NlpD  38.67 
 
 		 284 aa  169  6e-41  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0929  peptidase M23B  39.44 
 
 		 261 aa  167  2e-40  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0330  peptidoglycan-specific endopeptidase, M23 family  35.71 
 
 		 230 aa  167  2.9999999999999998e-40  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1862  putative lipoprotein NlpD  35.37 
 
 		 230 aa  166  4e-40  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3193  LysM domain/M23 peptidase domain protein  37.88 
 
 		 250 aa  163  4.0000000000000004e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.561609  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3268  hypothetical protein  38.26 
 
 		 250 aa  162  6e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1836  Peptidase M23  35.1 
 
 		 315 aa  162  6e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.117063  normal  0.29408 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1435  Peptidase M23  34.38 
 
 		 265 aa  161  1e-38  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0922892  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2522  peptidoglycan-binding LysM:peptidase M23B  38.05 
 
 		 304 aa  160  3e-38  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000138444  normal  0.0361265 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0497  peptidase M23B  32.31 
 
 		 360 aa  155  8e-37  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2096  peptidoglycan-binding LysM:peptidase M23B  34.2 
 
 		 287 aa  154  2e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1254  peptidase  33.64 
 
 		 317 aa  154  2e-36  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.174583 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1826  peptidase M23B  34.33 
 
 		 264 aa  154  2e-36  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0837  peptidoglycan-binding protein LysM  35.35 
 
 		 309 aa  151  1e-35  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.239144  normal  0.258287 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4053  peptidase M23B  57.26 
 
 		 285 aa  151  1e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000777294 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2351  putative lipoprotein/metalloendopeptidase  35.83 
 
 		 311 aa  151  1e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0718469  normal  0.0896324 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2577  peptidase M23B  34.17 
 
 		 301 aa  151  1e-35  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0480337  hitchhiker  0.00120984 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3306  peptidase M23B  52.14 
 
 		 248 aa  151  1e-35  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1826  peptidase M23B  34.29 
 
 		 333 aa  151  2e-35  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0261154  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1285  Peptidase M23  31.01 
 
 		 246 aa  148  1.0000000000000001e-34  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.780134  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1246  novel lipoprotein homolog NlpD  36.3 
 
 		 247 aa  147  2.0000000000000003e-34  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1246  novel lipoprotein homolog NlpD  36.3 
 
 		 247 aa  147  3e-34  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3059  peptidase M23B  34.46 
 
 		 318 aa  147  3e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.430429  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1799  Peptidase M23  32.69 
 
 		 298 aa  146  4.0000000000000006e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.129139  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1845  peptidase M23B  34.8 
 
 		 296 aa  146  5e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.736133  normal  0.104174 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0961  peptidase M23B  35.6 
 
 		 312 aa  146  5e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1461  Peptidase M23  33.87 
 
 		 261 aa  145  7.0000000000000006e-34  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1732  peptidase M23  33.6 
 
 		 295 aa  143  3e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0850817  normal  0.0853785 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>