More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_0837 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007404  Tbd_0837  peptidoglycan-binding protein LysM  100 
 
 		 309 aa  607  1e-173  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.239144  normal  0.258287 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0497  peptidase M23B  42.9 
 
 		 360 aa  216  2.9999999999999998e-55  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2522  peptidoglycan-binding LysM:peptidase M23B  42.63 
 
 		 304 aa  215  5.9999999999999996e-55  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000138444  normal  0.0361265 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3021  peptidase M23B  45.12 
 
 		 293 aa  212  5.999999999999999e-54  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000191073 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1836  Peptidase M23  41.94 
 
 		 315 aa  199  3e-50  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.117063  normal  0.29408 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2351  putative lipoprotein/metalloendopeptidase  41.06 
 
 		 311 aa  192  9e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0718469  normal  0.0896324 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1732  peptidase M23  43.88 
 
 		 295 aa  191  1e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0850817  normal  0.0853785 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03726  hypothetical lipoprotein NlpD  39.74 
 
 		 289 aa  190  2.9999999999999997e-47  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1845  peptidase M23B  42.71 
 
 		 296 aa  188  8e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.736133  normal  0.104174 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1826  peptidase M23B  39.3 
 
 		 333 aa  187  1e-46  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0261154  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1821  peptidase M23B  42.23 
 
 		 296 aa  187  3e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.361225  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6258  peptidase M23B  42.23 
 
 		 296 aa  187  3e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0271245  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0961  peptidase M23B  42.02 
 
 		 312 aa  186  4e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1176  peptidase M23B  39.55 
 
 		 285 aa  185  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.534318  normal  0.430733 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1759  peptidase M23B  43.88 
 
 		 295 aa  185  1.0000000000000001e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.125432  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3131  lipoprotein NlpD  39.7 
 
 		 377 aa  182  6e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.143103 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3114  lipoprotein NlpD  39.7 
 
 		 377 aa  182  6e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.378129  normal  0.89385 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3050  lipoprotein NlpD  39.7 
 
 		 377 aa  182  6e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3075  lipoprotein NlpD  39.7 
 
 		 377 aa  181  1e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.567477  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0676  peptidase M23B  35.14 
 
 		 285 aa  181  2e-44  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.208838  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3234  lipoprotein NlpD  39.31 
 
 		 377 aa  181  2e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2577  peptidase M23B  38.03 
 
 		 301 aa  180  2e-44  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0480337  hitchhiker  0.00120984 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1564  lipoprotein NlpD, putative  37.18 
 
 		 288 aa  180  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1452  peptidase M23B  42.62 
 
 		 292 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.3197  normal  0.212696 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3426  lipoprotein NlpD  39.62 
 
 		 327 aa  179  4e-44  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0796777  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3294  lipoprotein NlpD  39.62 
 
 		 327 aa  179  4e-44  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0792  peptidase M23B  39.03 
 
 		 257 aa  179  4.999999999999999e-44  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.814248  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0959  lipoprotein NlpD  39.3 
 
 		 327 aa  179  7e-44  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2116  peptidase M23B  40.49 
 
 		 295 aa  179  7e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.046362  normal  0.381161 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3213  lipoprotein NlpD  38.95 
 
 		 374 aa  178  1e-43  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.160012 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002515  membrane protein  35.94 
 
 		 307 aa  177  2e-43  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2096  peptidoglycan-binding LysM:peptidase M23B  39.94 
 
 		 287 aa  176  4e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02592  predicted outer membrane lipoprotein  40.68 
 
 		 379 aa  176  5e-43  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02557  hypothetical protein  40.68 
 
 		 379 aa  176  5e-43  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3132  lipoprotein NlpD  40.68 
 
 		 363 aa  176  5e-43  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0970  lipoprotein NlpD  40.68 
 
 		 379 aa  176  5e-43  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.957286  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3043  lipoprotein NlpD  40.68 
 
 		 379 aa  176  5e-43  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2880  lipoprotein NlpD  40.68 
 
 		 379 aa  176  5e-43  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.704845  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17470  hypothetical protein  41.99 
 
 		 297 aa  176  6e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5027  peptidase M23B  38.06 
 
 		 292 aa  175  9e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5122  peptidase M23B  42.18 
 
 		 294 aa  175  9e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00948111  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38690  lipoprotein NlpD  42.11 
 
 		 284 aa  174  9.999999999999999e-43  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1920  peptidase M23B  39.38 
 
 		 315 aa  174  1.9999999999999998e-42  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.123446 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1373  peptidoglycan-binding LysM:peptidase M23B  37.86 
 
 		 288 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.142196  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1254  peptidase  42.25 
 
 		 317 aa  174  1.9999999999999998e-42  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.174583 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1416  peptidase M23B  40.88 
 
 		 299 aa  174  1.9999999999999998e-42  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1622  peptidase M23B  38.8 
 
 		 262 aa  173  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.752531  normal  0.248121 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1059  peptidase M23B  36.05 
 
 		 309 aa  172  5e-42  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4155  peptidase M23B  38.46 
 
 		 262 aa  172  7.999999999999999e-42  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.647334  normal  0.0748574 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0871  Peptidase M23  36.49 
 
 		 401 aa  171  2e-41  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2750  peptidase M23B  38.29 
 
 		 294 aa  171  2e-41  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1043  lipoprotein NlpD  39.16 
 
 		 296 aa  171  2e-41  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.859563 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3059  peptidase M23B  38.51 
 
 		 318 aa  170  2e-41  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.430429  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1355  lipoprotein NlpD, putative  40.92 
 
 		 298 aa  169  4e-41  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.209854  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2366  peptidase  40.92 
 
 		 292 aa  169  5e-41  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.417341  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1117  putative lipoprotein NlpD  40.92 
 
 		 296 aa  169  6e-41  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1845  putative lipoprotein NlpD  40.92 
 
 		 296 aa  169  6e-41  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.362158  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0052  putative lipoprotein NlpD  40.92 
 
 		 296 aa  169  6e-41  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.367666  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2237  M23 family peptidase  40.92 
 
 		 296 aa  169  6e-41  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.772749  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2199  M23 family peptidase  40.92 
 
 		 296 aa  169  6e-41  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.577669  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3506  lipoprotein NlpD  33.91 
 
 		 345 aa  169  8e-41  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3349  lipoprotein NlpD  33.72 
 
 		 344 aa  167  1e-40  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0164165  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1244  Peptidase M23  33.44 
 
 		 298 aa  168  1e-40  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000000000297961 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3863  peptidase M23B  39.53 
 
 		 272 aa  168  1e-40  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.826682  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1122  peptidase M23B  36.81 
 
 		 298 aa  168  1e-40  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1193  peptidase M23B  36.81 
 
 		 298 aa  168  1e-40  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.8562  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3343  peptidase M23B  39.18 
 
 		 298 aa  167  2e-40  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0875471  unclonable  0.00000001454 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3129  peptidase M23B  33.44 
 
 		 298 aa  167  2e-40  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.365869  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1228  peptidase M23  38.13 
 
 		 230 aa  167  2e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1203  peptidase M23B  34.58 
 
 		 311 aa  167  2e-40  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000000304892  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03518  hypothetical protein  36.16 
 
 		 307 aa  167  2e-40  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1502  lipoprotein B  36.96 
 
 		 290 aa  167  2e-40  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.176009  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3120  peptidase M23B  33.33 
 
 		 298 aa  167  2e-40  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3272  peptidase M23B  33.44 
 
 		 298 aa  167  2.9999999999999998e-40  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.601855  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1123  peptidase M23B  36.12 
 
 		 298 aa  166  4e-40  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4053  peptidase M23B  36.77 
 
 		 285 aa  166  4e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000777294 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0946  Peptidase M23  38.4 
 
 		 379 aa  166  6.9999999999999995e-40  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0564272  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1078  putative lipoprotein NlpD  34.84 
 
 		 283 aa  165  6.9999999999999995e-40  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3993  lipoprotein NlpD  38.4 
 
 		 363 aa  166  6.9999999999999995e-40  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2867  lipoprotein NlpD  38.4 
 
 		 379 aa  166  6.9999999999999995e-40  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1050  Peptidase M23  38.16 
 
 		 275 aa  164  1.0000000000000001e-39  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.515696  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0831  lipoprotein NlpD  38.2 
 
 		 328 aa  165  1.0000000000000001e-39  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0680895 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1206  lipoprotein NLPD/LppB-like protein  37.68 
 
 		 268 aa  164  2.0000000000000002e-39  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.630097 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3015  Peptidase M23  40.08 
 
 		 274 aa  164  2.0000000000000002e-39  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.508636  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1212  peptidase M23B  38.37 
 
 		 310 aa  163  3e-39  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3433  lipoprotein NlpD  37.36 
 
 		 298 aa  162  8.000000000000001e-39  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0840  Peptidase M23  37.07 
 
 		 404 aa  161  1e-38  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.250204  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1131  peptidase M23B  35.5 
 
 		 293 aa  160  3e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1252  lipoprotein NlpD  37.54 
 
 		 260 aa  159  6e-38  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.18696  normal  0.0631891 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1826  peptidase M23B  35.6 
 
 		 264 aa  158  9e-38  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1192  peptidase M23B  35.34 
 
 		 296 aa  158  1e-37  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0899  peptidase M23B  40.08 
 
 		 240 aa  157  2e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.159864 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0330  peptidoglycan-specific endopeptidase, M23 family  37.66 
 
 		 230 aa  156  3e-37  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1307  peptidase M23B  37.09 
 
 		 265 aa  156  4e-37  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.654603 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2507  lipoprotein  33.84 
 
 		 330 aa  156  5.0000000000000005e-37  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1862  putative lipoprotein NlpD  37.34 
 
 		 230 aa  155  7e-37  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0061  lipoprotein NlpD  36.39 
 
 		 311 aa  154  1e-36  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1202  peptidase M23B  39.15 
 
 		 230 aa  155  1e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1799  Peptidase M23  61.34 
 
 		 298 aa  154  2e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.129139  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2632  peptidase M23B  57.94 
 
 		 367 aa  153  2.9999999999999998e-36  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>