More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_3349 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_3349  lipoprotein NlpD  100 
 
 		 344 aa  693    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0164165  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3506  lipoprotein NlpD  91.88 
 
 		 345 aa  606  9.999999999999999e-173  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3294  lipoprotein NlpD  72.93 
 
 		 327 aa  475  1e-133  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3426  lipoprotein NlpD  72.93 
 
 		 327 aa  476  1e-133  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0796777  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0959  lipoprotein NlpD  72.65 
 
 		 327 aa  472  1e-132  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0871  Peptidase M23  61.23 
 
 		 401 aa  452  1.0000000000000001e-126  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0831  lipoprotein NlpD  69.91 
 
 		 328 aa  449  1e-125  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0680895 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0840  Peptidase M23  61.37 
 
 		 404 aa  415  9.999999999999999e-116  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.250204  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3132  lipoprotein NlpD  60.16 
 
 		 363 aa  411  1e-114  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3131  lipoprotein NlpD  57.85 
 
 		 377 aa  410  1e-113  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.143103 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3050  lipoprotein NlpD  57.85 
 
 		 377 aa  410  1e-113  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3075  lipoprotein NlpD  57.85 
 
 		 377 aa  410  1e-113  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.567477  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3114  lipoprotein NlpD  57.85 
 
 		 377 aa  410  1e-113  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.378129  normal  0.89385 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3234  lipoprotein NlpD  57.85 
 
 		 377 aa  409  1e-113  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02592  predicted outer membrane lipoprotein  57.66 
 
 		 379 aa  405  1.0000000000000001e-112  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2880  lipoprotein NlpD  57.66 
 
 		 379 aa  405  1.0000000000000001e-112  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.704845  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3043  lipoprotein NlpD  57.66 
 
 		 379 aa  405  1.0000000000000001e-112  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0970  lipoprotein NlpD  57.66 
 
 		 379 aa  405  1.0000000000000001e-112  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.957286  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02557  hypothetical protein  57.66 
 
 		 379 aa  405  1.0000000000000001e-112  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3993  lipoprotein NlpD  58.54 
 
 		 363 aa  395  1e-109  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3213  lipoprotein NlpD  56.2 
 
 		 374 aa  392  1e-108  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.160012 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0946  Peptidase M23  56.1 
 
 		 379 aa  389  1e-107  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0564272  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2867  lipoprotein NlpD  56.1 
 
 		 379 aa  389  1e-107  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0299  peptidase M23B  42.11 
 
 		 249 aa  254  2.0000000000000002e-66  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000319427 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002515  membrane protein  41.09 
 
 		 307 aa  246  3e-64  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1502  lipoprotein B  47.62 
 
 		 290 aa  243  1.9999999999999999e-63  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.176009  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0061  lipoprotein NlpD  48.4 
 
 		 311 aa  237  2e-61  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03518  hypothetical protein  43.99 
 
 		 307 aa  233  3e-60  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1123  peptidase M23B  48.35 
 
 		 298 aa  231  1e-59  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1192  peptidase M23B  46.18 
 
 		 296 aa  228  1e-58  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3343  peptidase M23B  44.91 
 
 		 298 aa  226  5.0000000000000005e-58  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0875471  unclonable  0.00000001454 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1122  peptidase M23B  47.88 
 
 		 298 aa  226  5.0000000000000005e-58  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1193  peptidase M23B  47.88 
 
 		 298 aa  226  5.0000000000000005e-58  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.8562  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1212  peptidase M23B  44.44 
 
 		 310 aa  226  6e-58  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3863  peptidase M23B  44.29 
 
 		 272 aa  224  2e-57  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.826682  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03726  hypothetical lipoprotein NlpD  45.31 
 
 		 289 aa  221  9.999999999999999e-57  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3433  lipoprotein NlpD  44.94 
 
 		 298 aa  220  3e-56  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1059  peptidase M23B  46.77 
 
 		 309 aa  220  3.9999999999999997e-56  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3120  peptidase M23B  38.53 
 
 		 298 aa  219  6e-56  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3272  peptidase M23B  38.24 
 
 		 298 aa  218  8.999999999999998e-56  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.601855  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1244  Peptidase M23  39.43 
 
 		 298 aa  218  2e-55  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000000000297961 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3129  peptidase M23B  38.57 
 
 		 298 aa  216  5e-55  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.365869  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1297  peptidase M23B  45.74 
 
 		 304 aa  215  9.999999999999999e-55  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.353225  hitchhiker  0.00000000164338 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2750  peptidase M23B  44.36 
 
 		 294 aa  214  9.999999999999999e-55  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1203  peptidase M23B  37.18 
 
 		 311 aa  213  2.9999999999999995e-54  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000000304892  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0676  peptidase M23B  35.63 
 
 		 285 aa  211  1e-53  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.208838  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02698  Tetratricopeptide repeat transcriptional regulator  44.87 
 
 		 251 aa  211  2e-53  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.686613  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0827  Peptidase M23  44.87 
 
 		 251 aa  211  2e-53  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02660  hypothetical protein  44.87 
 
 		 251 aa  211  2e-53  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.649815  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3025  M23B family peptidase  44.87 
 
 		 251 aa  211  2e-53  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00328229  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2507  lipoprotein  43.75 
 
 		 330 aa  210  3e-53  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0843  peptidase M23B  44.87 
 
 		 251 aa  210  3e-53  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.325004  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2998  M23B family peptidase  46.77 
 
 		 250 aa  208  1e-52  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.310031 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1078  putative lipoprotein NlpD  43.14 
 
 		 283 aa  207  2e-52  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1043  lipoprotein NlpD  44.44 
 
 		 296 aa  207  2e-52  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.859563 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1176  peptidase M23B  43.97 
 
 		 285 aa  204  2e-51  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.534318  normal  0.430733 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4155  peptidase M23B  43.97 
 
 		 262 aa  202  5e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.647334  normal  0.0748574 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1622  peptidase M23B  44.33 
 
 		 262 aa  202  9.999999999999999e-51  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.752531  normal  0.248121 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17470  hypothetical protein  44.71 
 
 		 297 aa  197  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3021  peptidase M23B  44.14 
 
 		 293 aa  196  4.0000000000000005e-49  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000191073 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1564  lipoprotein NlpD, putative  45.56 
 
 		 288 aa  192  7e-48  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38690  lipoprotein NlpD  42.75 
 
 		 284 aa  190  4e-47  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1373  peptidoglycan-binding LysM:peptidase M23B  44.31 
 
 		 288 aa  189  5.999999999999999e-47  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.142196  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3272  hypothetical protein  62.24 
 
 		 250 aa  187  2e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3206  YgeR  62.24 
 
 		 250 aa  187  2e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.317836 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3373  hypothetical protein  62.24 
 
 		 250 aa  187  2e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.507543  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3193  LysM domain/M23 peptidase domain protein  62.24 
 
 		 250 aa  187  2e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.561609  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0792  peptidase M23B  38.79 
 
 		 257 aa  186  5e-46  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.814248  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3268  hypothetical protein  61.54 
 
 		 250 aa  186  5e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2522  peptidoglycan-binding LysM:peptidase M23B  37.25 
 
 		 304 aa  183  3e-45  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000138444  normal  0.0361265 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3190  M23B family peptidase  61.27 
 
 		 251 aa  183  5.0000000000000004e-45  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3304  peptidase, M23B family  61.27 
 
 		 251 aa  182  5.0000000000000004e-45  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4155  peptidase, M23B family  61.27 
 
 		 251 aa  182  5.0000000000000004e-45  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0947828 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0497  peptidase M23B  39.78 
 
 		 360 aa  182  1e-44  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3306  peptidase M23B  60.28 
 
 		 248 aa  179  7e-44  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1826  peptidase M23B  39.05 
 
 		 333 aa  176  4e-43  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0261154  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1516  hypothetical protein  42.35 
 
 		 307 aa  176  6e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0929  peptidase M23B  40.84 
 
 		 261 aa  175  9.999999999999999e-43  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1836  Peptidase M23  40.61 
 
 		 315 aa  171  1e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.117063  normal  0.29408 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1254  peptidase  41.02 
 
 		 317 aa  171  2e-41  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.174583 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1252  lipoprotein NlpD  38.91 
 
 		 260 aa  171  2e-41  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.18696  normal  0.0631891 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2577  peptidase M23B  37.74 
 
 		 301 aa  169  6e-41  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0480337  hitchhiker  0.00120984 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4053  peptidase M23B  62.9 
 
 		 285 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000777294 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0961  peptidase M23B  39.84 
 
 		 312 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1845  peptidase M23B  40.7 
 
 		 296 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.736133  normal  0.104174 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1206  lipoprotein NLPD/LppB-like protein  39.13 
 
 		 268 aa  163  4.0000000000000004e-39  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.630097 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1732  peptidase M23  39.61 
 
 		 295 aa  163  5.0000000000000005e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0850817  normal  0.0853785 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1452  peptidase M23B  40 
 
 		 292 aa  161  1e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.3197  normal  0.212696 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3015  Peptidase M23  39.92 
 
 		 274 aa  161  2e-38  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.508636  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2351  putative lipoprotein/metalloendopeptidase  39.19 
 
 		 311 aa  159  5e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0718469  normal  0.0896324 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1285  Peptidase M23  37.5 
 
 		 246 aa  159  7e-38  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.780134  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2096  peptidoglycan-binding LysM:peptidase M23B  40.32 
 
 		 287 aa  158  1e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1131  peptidase M23B  60.83 
 
 		 293 aa  158  1e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1461  Peptidase M23  39.92 
 
 		 261 aa  158  1e-37  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1826  peptidase M23B  39.06 
 
 		 264 aa  158  1e-37  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1759  peptidase M23B  39.13 
 
 		 295 aa  157  2e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.125432  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1307  peptidase M23B  35.9 
 
 		 265 aa  156  5.0000000000000005e-37  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.654603 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2116  peptidase M23B  39.61 
 
 		 295 aa  155  1e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.046362  normal  0.381161 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1228  peptidase M23  38.43 
 
 		 230 aa  154  2e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5122  peptidase M23B  37.94 
 
 		 294 aa  154  2e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00948111  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>