More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphamn1_1359 on replicon NC_010831
Organism: Chlorobium phaeobacteroides BS1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010831  Cphamn1_1359  putative PAS/PAC sensor protein  100 
 
 
259 aa  545  1e-154  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2295  putative PAS/PAC sensor protein  89.58 
 
 
259 aa  489  1e-137  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1232  putative PAS/PAC sensor protein  51.6 
 
 
290 aa  276  3e-73  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1350  multi-sensor signal transduction histidine kinase  41.61 
 
 
1758 aa  124  1e-27  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.669381 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0154  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.33 
 
 
845 aa  120  3e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0219  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.92 
 
 
1452 aa  117  1.9999999999999998e-25  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0484  multi-sensor histidine kinase  33.33 
 
 
1255 aa  116  3.9999999999999997e-25  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.908962 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1325  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.81 
 
 
843 aa  111  1.0000000000000001e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  decreased coverage  0.000657328  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3258  sensory box protein  36.88 
 
 
1206 aa  111  1.0000000000000001e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2324  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.43 
 
 
1162 aa  111  1.0000000000000001e-23  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2003  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.43 
 
 
1109 aa  111  1.0000000000000001e-23  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1349  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.14 
 
 
875 aa  111  1.0000000000000001e-23  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0386  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.67 
 
 
1342 aa  110  3e-23  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012030  Hlac_3655  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  36.5 
 
 
858 aa  109  4.0000000000000004e-23  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0700  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.03 
 
 
1419 aa  109  4.0000000000000004e-23  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.81616  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3543  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.57 
 
 
1603 aa  109  4.0000000000000004e-23  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00143205 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1273  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.52 
 
 
1090 aa  109  5e-23  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1302  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.52 
 
 
1090 aa  109  5e-23  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0842919  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2764  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.21 
 
 
1275 aa  108  8.000000000000001e-23  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0647988  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3576  hypothetical protein  33.54 
 
 
796 aa  108  8.000000000000001e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.966885  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1353  multi-sensor signal transduction histidine kinase  39.13 
 
 
1078 aa  108  8.000000000000001e-23  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2006  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.33 
 
 
724 aa  108  9.000000000000001e-23  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.332381  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_2010  putative PAS/PAC sensor protein  34.39 
 
 
462 aa  108  1e-22  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2409  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.78 
 
 
729 aa  107  2e-22  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.798311  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1622  PAS  33.54 
 
 
802 aa  106  3e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.2135  normal  0.458803 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2448  sensory box protein  33.55 
 
 
1036 aa  106  3e-22  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2332  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  36.75 
 
 
960 aa  107  3e-22  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3120  putative periplasmic ligand-binding sensor protein  37.6 
 
 
1653 aa  105  5e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4631  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.76 
 
 
1672 aa  105  6e-22  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.659803  normal  0.0232391 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1910  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.79 
 
 
994 aa  105  6e-22  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_04420  hypothetical protein  35.11 
 
 
376 aa  104  1e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4844  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.06 
 
 
507 aa  104  2e-21  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0550144  normal  0.563731 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1082  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.94 
 
 
1068 aa  103  2e-21  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.31862 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0431  hypothetical protein  35.11 
 
 
345 aa  103  3e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.139342  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2674  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.85 
 
 
1305 aa  103  4e-21  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1140  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.83 
 
 
1193 aa  102  4e-21  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1170  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.83 
 
 
1193 aa  102  5e-21  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2112  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  40 
 
 
836 aa  101  1e-20  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1221  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.57 
 
 
1044 aa  100  2e-20  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.227424  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0549  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.62 
 
 
765 aa  100  2e-20  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48220  cyclic di-GMP signal transduction protein  35.61 
 
 
344 aa  99.8  4e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.590583  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0634  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.58 
 
 
1000 aa  99.4  5e-20  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.932649  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2203  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.14 
 
 
554 aa  99.4  5e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0309516  normal  0.310474 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2350  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  36.17 
 
 
1000 aa  99  7e-20  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.521127 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1154  sensory box protein  34.27 
 
 
340 aa  99  7e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2588  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.46 
 
 
710 aa  98.6  8e-20  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0652312  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2351  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.25 
 
 
991 aa  98.6  9e-20  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.248597  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1896  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.59 
 
 
865 aa  98.2  1e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1851  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  36.61 
 
 
1301 aa  98.6  1e-19  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0114339  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1679  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.18 
 
 
1050 aa  97.4  2e-19  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.251418  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06145  Putative signal protein with PAS(PAC), GGDEF and EAL domains  33.91 
 
 
920 aa  97.4  2e-19  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0228154  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4204  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  31.58 
 
 
771 aa  97.4  2e-19  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01021  Putative signal protein with PAS(PAC), GGDEF and EAL domains  33.91 
 
 
920 aa  97.4  2e-19  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.311552  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2953  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.33 
 
 
1202 aa  97.1  3e-19  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.999143  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1795  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.69 
 
 
1330 aa  96.3  5e-19  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.173382  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1642  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.09 
 
 
1131 aa  95.9  5e-19  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0330659  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3902  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.84 
 
 
990 aa  94.4  1e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0380  diguanylate cyclase  34.59 
 
 
249 aa  94.7  1e-18  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000065  diguanylate cyclase/phosphodiesterase domain 2  38.05 
 
 
320 aa  95.1  1e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.175883  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1392  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.68 
 
 
483 aa  94.7  1e-18  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.103234  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1928  two component LuxR family transcriptional regulator  32.17 
 
 
487 aa  94.4  2e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.793322  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1796  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.12 
 
 
1965 aa  94  2e-18  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3409  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.52 
 
 
2654 aa  94.4  2e-18  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4120  diguanylate phosphodiesterase  31.9 
 
 
816 aa  93.6  3e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1931  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28 
 
 
1289 aa  93.2  4e-18  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0959119  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2611  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.11 
 
 
1134 aa  93.2  4e-18  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.413442  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0601  Signal transduction histidine kinase-like protein  32.57 
 
 
1442 aa  92.8  5e-18  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0966  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.4 
 
 
556 aa  92.4  6e-18  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2222  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  27.11 
 
 
1120 aa  92.4  6e-18  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.201183 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2494  signal transduction histidine kinase-like protein  34.43 
 
 
1317 aa  92.4  7e-18  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.206751 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0117  serine/threonine protein kinase and signal transduction histidine kinase with GAF and PAS/PAC sensor  30.52 
 
 
2361 aa  91.7  9e-18  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4300  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.61 
 
 
816 aa  92  9e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000054921 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2336  signal transduction histidine kinase  33.33 
 
 
3706 aa  91.7  9e-18  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1217  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.05 
 
 
803 aa  92  9e-18  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.503931  normal  0.0882093 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4355  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  33.61 
 
 
816 aa  92  9e-18  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4497  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  33.61 
 
 
816 aa  92  9e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.635856 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4345  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  38.98 
 
 
890 aa  91.7  1e-17  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.5665  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0371  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.71 
 
 
890 aa  91.3  1e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1199  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  29.35 
 
 
1014 aa  91.3  1e-17  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.553063 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0043  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  33.61 
 
 
816 aa  91.7  1e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3404  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.4 
 
 
327 aa  91.3  1e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3917  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30.17 
 
 
816 aa  91.3  1e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0116  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.86 
 
 
666 aa  91.3  1e-17  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4734  sensory box protein  32.76 
 
 
764 aa  90.5  2e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3006  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.58 
 
 
1064 aa  90.5  2e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1841  putative PAS/PAC sensor protein  28.98 
 
 
506 aa  90.9  2e-17  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.212286 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3915  diguanylate phosphodiesterase  31.03 
 
 
816 aa  90.5  2e-17  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.178171 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1379  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.77 
 
 
1611 aa  90.9  2e-17  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4405  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  29.17 
 
 
332 aa  90.1  3e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.382822 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3966  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  29.86 
 
 
332 aa  90.1  3e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.756589  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1152  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  28.87 
 
 
758 aa  90.5  3e-17  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0362  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.89 
 
 
890 aa  90.1  3e-17  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.190279  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2629  signal transduction histidine kinase  31.01 
 
 
788 aa  90.1  3e-17  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0596  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.41 
 
 
1471 aa  89.7  4e-17  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2215  putative PAS/PAC sensor protein  29.35 
 
 
637 aa  89.4  5e-17  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.245996 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1366  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  28.81 
 
 
329 aa  89.4  5e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1349  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.93 
 
 
1578 aa  89.7  5e-17  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2654  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.33 
 
 
714 aa  89.4  5e-17  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2826  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  26.05 
 
 
1260 aa  89.4  6e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0616256  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0046  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.06 
 
 
836 aa  89.4  6e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>