More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPS_2386 on replicon NC_003910
Organism: Colwellia psychrerythraea 34H



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003910  CPS_2386  RND family efflux transporter outer membrane lipoprotein  100 
 
 
479 aa  963    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0682208  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2380  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  25.11 
 
 
481 aa  155  2e-36  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3444  RND efflux system outer membrane lipoprotein  26.81 
 
 
495 aa  142  1.9999999999999998e-32  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.960604 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2162  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  27.87 
 
 
475 aa  135  1.9999999999999998e-30  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0722212  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2338  efflux ABC transporter outer membrane protein  27.31 
 
 
470 aa  133  5e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0105  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  27.75 
 
 
457 aa  128  2.0000000000000002e-28  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.265235  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2178  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  26.92 
 
 
479 aa  126  8.000000000000001e-28  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6346  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  27.07 
 
 
491 aa  124  3e-27  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2360  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  23.54 
 
 
465 aa  123  8e-27  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.578411  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4769  RND efflux system outer membrane lipoprotein  28.08 
 
 
485 aa  123  8e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.482827  normal  0.462892 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2037  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  26.57 
 
 
489 aa  123  9e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.248346  normal  0.0238408 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0387  Fis family transcriptional regulator  25.48 
 
 
492 aa  120  4.9999999999999996e-26  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0316  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  24.06 
 
 
481 aa  120  7e-26  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.464824  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3923  outer membrane efflux protein  25.85 
 
 
569 aa  118  1.9999999999999998e-25  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.19723 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0321  RND efflux system outer membrane lipoprotein  24.76 
 
 
480 aa  119  1.9999999999999998e-25  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.877077 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0284  outer membrane efflux family protein  24.16 
 
 
518 aa  118  3e-25  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.552621  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1545  RND efflux system outer membrane lipoprotein  28.25 
 
 
485 aa  117  3.9999999999999997e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.355658 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1600  RND efflux system outer membrane lipoprotein  27.85 
 
 
483 aa  117  6.9999999999999995e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.375157 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1624  RND efflux system outer membrane lipoprotein  26.77 
 
 
486 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1164  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  25.94 
 
 
473 aa  115  1.0000000000000001e-24  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.0000188172  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0395  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  25.42 
 
 
464 aa  115  1.0000000000000001e-24  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0499  RND efflux system outer membrane lipoprotein  25.54 
 
 
485 aa  116  1.0000000000000001e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1144  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  26.77 
 
 
486 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.804634  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1522  RND efflux system outer membrane lipoprotein  27.47 
 
 
485 aa  115  2.0000000000000002e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1614  RND efflux system outer membrane lipoprotein  25 
 
 
487 aa  114  5e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0245631 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1948  RND efflux system outer membrane lipoprotein  26.78 
 
 
495 aa  114  5e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0802  RND efflux system outer membrane lipoprotein  24.43 
 
 
476 aa  114  5e-24  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.102308  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3454  outer membrane efflux protein  26.02 
 
 
477 aa  113  6e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00515771  hitchhiker  0.00444269 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0477  RND efflux system outer membrane lipoprotein  24.89 
 
 
471 aa  113  7.000000000000001e-24  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.392731  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0309  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  23.41 
 
 
531 aa  113  7.000000000000001e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1450  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  25.05 
 
 
471 aa  112  1.0000000000000001e-23  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0667  outer membrane efflux protein  25.17 
 
 
478 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2072  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  25.47 
 
 
495 aa  111  2.0000000000000002e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0610186  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3237  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  26.6 
 
 
461 aa  111  3e-23  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0761  RND efflux system outer membrane lipoprotein  26.6 
 
 
491 aa  111  3e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2254  RND efflux system outer membrane lipoprotein  24.36 
 
 
487 aa  110  5e-23  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3534  RND efflux system outer membrane lipoprotein  23.88 
 
 
483 aa  110  7.000000000000001e-23  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00132321  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5539  RND efflux system outer membrane lipoprotein  24.63 
 
 
503 aa  110  7.000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.541532  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0822  outer membrane efflux family protein  25.58 
 
 
472 aa  110  8.000000000000001e-23  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0169  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  24.51 
 
 
493 aa  110  8.000000000000001e-23  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000204876 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0168  NodT family efflux transporter outer membrane lipoprotein  24.65 
 
 
508 aa  109  1e-22  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0618806  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0141  RND efflux system, outer membrane protein  24.65 
 
 
506 aa  109  1e-22  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3932  RND efflux system outer membrane lipoprotein  24.15 
 
 
491 aa  109  1e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1037  RND efflux system, outer membrane protein  24.65 
 
 
508 aa  109  1e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2209  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  26.28 
 
 
472 aa  109  1e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1312  NodT family efflux transporter outer membrane lipoprotein  24.65 
 
 
508 aa  109  1e-22  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0827  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  23.88 
 
 
483 aa  109  1e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00460212  hitchhiker  0.00000000259986 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4744  RND efflux system outer membrane lipoprotein  25 
 
 
503 aa  109  1e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.918566  hitchhiker  0.00837312 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2631  NodT family efflux transporter outer membrane lipoprotein  24.65 
 
 
508 aa  109  1e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3623  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  25 
 
 
503 aa  109  1e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.392647  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2885  RND efflux system outer membrane lipoprotein  23.57 
 
 
495 aa  108  2e-22  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.183945  normal  0.24109 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0323  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  25.48 
 
 
496 aa  108  2e-22  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.501802  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4652  RND efflux system outer membrane lipoprotein  24.62 
 
 
464 aa  108  2e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.964655 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1686  RND efflux system outer membrane lipoprotein NodT  25.12 
 
 
516 aa  108  2e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.108559  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2774  Outer membrane protein  24.65 
 
 
508 aa  108  2e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0165  RND efflux system outer membrane lipoprotein  24.88 
 
 
477 aa  107  5e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0834  RND efflux system outer membrane lipoprotein  23.78 
 
 
483 aa  105  1e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.933668  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1006  RND efflux system outer membrane lipoprotein  24.08 
 
 
507 aa  106  1e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0211246  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2218  RND efflux system outer membrane lipoprotein  25.25 
 
 
432 aa  105  2e-21  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1638  30S ribosomal protein S12  26.2 
 
 
460 aa  105  2e-21  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.240044  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0699  hypothetical protein  24.44 
 
 
489 aa  105  2e-21  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0527  outer membrane protein OprM precursor  26.05 
 
 
485 aa  104  4e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.71666  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6208  RND efflux system outer membrane lipoprotein  23.66 
 
 
497 aa  104  4e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.842439  normal  0.408471 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0480  RND efflux system outer membrane lipoprotein  24.29 
 
 
505 aa  104  4e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0104002 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2162  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  23.11 
 
 
489 aa  103  5e-21  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0563  RND efflux system, outer membrane lipoprotein CmeC  23.87 
 
 
482 aa  103  5e-21  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.0291463  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0710  RND efflux system outer membrane lipoprotein  24.03 
 
 
515 aa  103  5e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.437206  normal 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4297  copper/silver efflux system outer membrane protein CusC  23.67 
 
 
461 aa  103  7e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00173675  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2064  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  24 
 
 
499 aa  103  7e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2742  RND efflux system outer membrane lipoprotein  23.92 
 
 
517 aa  103  7e-21  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0440  RND efflux system, outer membrane protein  25.06 
 
 
509 aa  103  8e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0506  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  24.06 
 
 
492 aa  103  8e-21  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3169  RND efflux system outer membrane lipoprotein  24.16 
 
 
471 aa  103  9e-21  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.228737  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0259  copper/silver efflux system outer membrane protein CusC  23.67 
 
 
461 aa  102  1e-20  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2443  RND efflux system outer membrane lipoprotein  26.53 
 
 
544 aa  102  1e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.167735  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1591  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  24.68 
 
 
481 aa  102  1e-20  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  unclonable  0.000000292967 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4955  RND efflux system outer membrane lipoprotein  24.71 
 
 
459 aa  102  1e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.525956  normal  0.0720894 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3412  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  24.71 
 
 
459 aa  102  1e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2820  RND efflux system outer membrane lipoprotein  23.68 
 
 
517 aa  102  1e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3306  RND efflux system outer membrane lipoprotein  25.9 
 
 
474 aa  102  1e-20  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0719  hypothetical protein  24.24 
 
 
479 aa  102  2e-20  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05550  major intrinsic multiple antibiotic resistance efflux outer membrane protein OprM precursor  25.84 
 
 
485 aa  102  2e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.203755  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2568  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  27.52 
 
 
482 aa  102  2e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0985785 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3836  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  26.46 
 
 
471 aa  101  3e-20  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.232227  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3271  outer membrane efflux protein OprA  25.71 
 
 
467 aa  101  3e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3709  RND efflux system outer membrane lipoprotein  23.77 
 
 
500 aa  101  3e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2924  RND efflux system outer membrane lipoprotein  24.84 
 
 
511 aa  101  3e-20  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1914  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  24.07 
 
 
531 aa  100  5e-20  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.000272629  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1086  TolC protein  23.5 
 
 
448 aa  100  5e-20  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1919  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  22.9 
 
 
482 aa  100  5e-20  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.328582  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4187  RND efflux system outer membrane lipoprotein  23.53 
 
 
504 aa  100  6e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.164619  normal  0.718277 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1393  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  24.34 
 
 
461 aa  100  7e-20  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0925  NodT family efflux transporter outer membrane lipoprotein  22.93 
 
 
460 aa  100  7e-20  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0590  copper/silver efflux system outer membrane protein CusC  22.22 
 
 
460 aa  100  8e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0284493  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0834  NodT family efflux transporter outer membrane lipoprotein  22.93 
 
 
460 aa  100  8e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4301  RND efflux system outer membrane lipoprotein  23.77 
 
 
472 aa  100  8e-20  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.123018  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0619  copper/silver efflux system outer membrane protein CusC  22.22 
 
 
457 aa  100  9e-20  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000166732  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3074  copper/silver efflux system outer membrane protein CusC  22.22 
 
 
457 aa  100  9e-20  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.127852  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2035  RND efflux system outer membrane lipoprotein  24.85 
 
 
486 aa  99.8  9e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.152355  normal  0.152355 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0590  copper/silver efflux system outer membrane protein CusC  22.22 
 
 
460 aa  99.8  9e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.583273  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>