More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bpro_4196 on replicon NC_007948
Organism: Polaromonas sp. JS666



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007948  Bpro_4196  response regulator receiver domain-containing protein  100 
 
 		 215 aa  445  1.0000000000000001e-124  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0451  response regulator receiver protein  78.87 
 
 		 213 aa  351  5e-96  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2708  response regulator receiver protein  41.92 
 
 		 204 aa  166  2.9999999999999998e-40  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.18523  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0562  excisionase/Xis, DNA-binding  38.54 
 
 		 195 aa  146  3e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5042  excisionase/Xis, DNA-binding  35.26 
 
 		 198 aa  99.8  3e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2239  response regulator receiver protein  34.3 
 
 		 209 aa  98.2  8e-20  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.00314839  hitchhiker  0.0000034786 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0839  DNA binding domain-containing protein  32.26 
 
 		 231 aa  82.4  0.000000000000005  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0733  response regulator receiver protein  32.95 
 
 		 215 aa  82  0.000000000000007  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1938  excisionase family DNA-binding response regulator  30.54 
 
 		 190 aa  76.3  0.0000000000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.440271  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1874  response regulator receiver protein  29.7 
 
 		 212 aa  76.3  0.0000000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1282  response regulator receiver domain-containing protein  34.29 
 
 		 164 aa  75.5  0.0000000000006  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.546653  hitchhiker  0.0000171742 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0587  excisionase/Xis, DNA-binding  30.08 
 
 		 199 aa  68.6  0.00000000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0627  response regulator receiver protein  32.23 
 
 		 163 aa  65.9  0.0000000005  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.143116  hitchhiker  0.00307044 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2670  excisionase/Xis, DNA-binding  31.54 
 
 		 219 aa  62.8  0.000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2479  putative GAF sensor protein  31.68 
 
 		 363 aa  62  0.000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.301075  normal  0.376583 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4915  PAS  33.83 
 
 		 1384 aa  60.5  0.00000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0467  response regulator receiver protein  30 
 
 		 124 aa  60.1  0.00000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.117091  normal  0.827791 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2226  multi-sensor hybrid histidine kinase  27.37 
 
 		 796 aa  58.5  0.00000007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.000698755  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3695  DNA binding domain-containing protein  27.52 
 
 		 210 aa  58.2  0.00000009  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0855  DNA-binding response regulator  23.24 
 
 		 189 aa  57.4  0.0000001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0365807  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2092  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.08 
 
 		 882 aa  58.2  0.0000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.112279  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2317  response regulator receiver protein  27.61 
 
 		 149 aa  58.2  0.0000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0609  DNA-binding response regulator  31.97 
 
 		 231 aa  57.8  0.0000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.0000282114  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1619  DNA-binding response regulator  26.37 
 
 		 185 aa  57  0.0000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.208637  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3745  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  26.83 
 
 		 1010 aa  57  0.0000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.412805  hitchhiker  0.00597184 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3574  response regulator receiver domain-containing protein  28.19 
 
 		 207 aa  57.4  0.0000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6399  signal transduction histidine kinase with CheB and CheR activity  36.75 
 
 		 1361 aa  57  0.0000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.191888  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0623  DNA-binding response regulator  31.97 
 
 		 231 aa  56.6  0.0000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000212568  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2155  multi-sensor hybrid histidine kinase  23.94 
 
 		 753 aa  55.8  0.0000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5841  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.4 
 
 		 887 aa  56.2  0.0000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.111175 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1929  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  30.81 
 
 		 853 aa  56.2  0.0000004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2001  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  25.79 
 
 		 796 aa  55.5  0.0000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  7.77001e-34 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06169  histidine kinase  29.55 
 
 		 1225 aa  55.8  0.0000005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3627  response regulator receiver protein  29.17 
 
 		 129 aa  55.5  0.0000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.0857805 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2838  response regulator receiver domain-containing protein  31.53 
 
 		 128 aa  55.5  0.0000005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.689717  normal  0.196154 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3545  response regulator for Gln (sensor glnL) (nitrogen regulator I, NRI)  27.48 
 
 		 148 aa  55.8  0.0000005  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.000295304  normal  0.0892706 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2540  response regulator  25 
 
 		 192 aa  55.5  0.0000006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0378  response regulator receiver protein  34.58 
 
 		 204 aa  55.5  0.0000006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3819  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  28 
 
 		 1297 aa  55.1  0.0000007  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.11644  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3544  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.21 
 
 		 322 aa  55.1  0.0000007  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0106122 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3272  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  28.21 
 
 		 962 aa  55.5  0.0000007  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4350  response regulator receiver modulated PilZ sensor protein  31.54 
 
 		 248 aa  55.1  0.0000007  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.767241  normal  0.344464 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1825  Hpt sensor hybrid histidine kinase  25.12 
 
 		 932 aa  55.5  0.0000007  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3111  response regulator receiver protein  32.28 
 
 		 328 aa  55.1  0.0000008  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.0637882 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2749  response regulator receiver domain-containing protein  28.24 
 
 		 436 aa  55.1  0.0000009  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0667  GAF sensor hybrid histidine kinase  25.99 
 
 		 703 aa  54.7  0.0000009  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2550  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.82 
 
 		 685 aa  54.7  0.0000009  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0081  two component transcriptional regulator, AraC family  29.67 
 
 		 399 aa  54.3  0.000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0726  response regulator receiver protein  30.95 
 
 		 119 aa  54.7  0.000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2262  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.61 
 
 		 853 aa  54.7  0.000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3265  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  28.96 
 
 		 1106 aa  54.7  0.000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0165  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.15 
 
 		 826 aa  54.3  0.000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0329  two component transcriptional regulator, winged helix family  29.37 
 
 		 231 aa  54.3  0.000001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0654  response regulator receiver protein  36.89 
 
 		 413 aa  54.3  0.000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.113697  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3429  histidine kinase  25.73 
 
 		 538 aa  53.9  0.000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4113  multi-sensor hybrid histidine kinase  26.36 
 
 		 801 aa  53.9  0.000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0059237 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4926  merR family DNA-binding response regulator  24.49 
 
 		 192 aa  53.9  0.000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1458  GAF sensor hybrid histidine kinase  25.27 
 
 		 585 aa  53.9  0.000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1490  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  27.27 
 
 		 835 aa  53.9  0.000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2544  DNA binding domain protein, excisionase family  25.5 
 
 		 264 aa  53.5  0.000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0361834  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0558  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.35 
 
 		 237 aa  53.9  0.000002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3612  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  26.8 
 
 		 770 aa  53.9  0.000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.019984 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03429  two-component system response regulator (hybrid family) protein  31.25 
 
 		 358 aa  53.9  0.000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1296  sensory box histidine kinase/response regulator  26.74 
 
 		 726 aa  53.5  0.000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00691779  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2804  response regulator receiver protein  30.25 
 
 		 128 aa  53.1  0.000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2396  response regulator receiver protein  30.36 
 
 		 126 aa  53.1  0.000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.612966  normal  0.464694 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2942  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  29.75 
 
 		 702 aa  52.8  0.000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.897088  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2062  response regulator receiver protein  32.99 
 
 		 217 aa  53.1  0.000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0029  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.01 
 
 		 732 aa  53.1  0.000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.598305 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1748  response regulator receiver  30 
 
 		 123 aa  53.1  0.000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.122601  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0846  response regulator receiver protein  31.53 
 
 		 139 aa  53.1  0.000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00282438 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0337  response regulator receiver protein  30.63 
 
 		 139 aa  52.8  0.000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0132867 
 
 
-
 
NC_002977  MCA3105  DNA-binding response regulator PhoB  32.98 
 
 		 232 aa  52.8  0.000004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3467  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  28.46 
 
 		 865 aa  52.8  0.000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3044  DMSO/TMAO-sensor hybrid histidine kinase  28.49 
 
 		 813 aa  52.8  0.000004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1404  signal transduction histidine kinase with CheB and CheR activity  31.71 
 
 		 1759 aa  52.8  0.000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0135  response regulator receiver protein  34.86 
 
 		 124 aa  52.8  0.000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1134  response regulator receiver protein  32.17 
 
 		 138 aa  52.8  0.000004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.461969  hitchhiker  0.00297359 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3014  multi-sensor hybrid histidine kinase  25.52 
 
 		 1132 aa  52.8  0.000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.829917  hitchhiker  0.00701741 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0360  response regulator receiver protein  34.58 
 
 		 204 aa  52.8  0.000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000726536 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0118  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  25.71 
 
 		 1927 aa  52.4  0.000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.125924 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0198  two component transcriptional regulator, AraC family  32.46 
 
 		 534 aa  52.4  0.000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1378  response regulator receiver domain-containing protein  31.25 
 
 		 219 aa  52.4  0.000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.321431  normal  0.0110306 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3535  response regulator receiver protein  28.18 
 
 		 134 aa  52.4  0.000005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.283754  normal  0.0368978 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0315  response regulator receiver protein  32.56 
 
 		 141 aa  52.4  0.000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2333  histidine kinase  26.11 
 
 		 538 aa  52.4  0.000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3071  response regulator receiver protein  35.14 
 
 		 304 aa  52.4  0.000005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  unclonable  0.000000348024  unclonable  0.0000000210343 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5251  histidine kinase  30.94 
 
 		 571 aa  52.4  0.000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.782087 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1576  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.46 
 
 		 1267 aa  52.4  0.000006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2720  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.71 
 
 		 657 aa  52.4  0.000006  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.312815 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0284  response regulator receiver protein  32.56 
 
 		 141 aa  52  0.000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1155  response regulator receiver protein  30.08 
 
 		 132 aa  52  0.000007  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.194588  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0812  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  31.9 
 
 		 453 aa  52  0.000007  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0257022  hitchhiker  0.00000328811 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1095  response regulator receiver domain-containing protein  30 
 
 		 138 aa  52  0.000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.117755  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0493  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  29.37 
 
 		 440 aa  52  0.000007  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.274957  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3956  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.8 
 
 		 357 aa  52  0.000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.892783  normal  0.485051 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2554  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.61 
 
 		 551 aa  52  0.000007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.344016  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0776  response regulator receiver protein  34.78 
 
 		 121 aa  52  0.000007  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.428997  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1223  response regulator receiver protein  30.08 
 
 		 132 aa  52  0.000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1718  response regulator receiver protein  36.44 
 
 		 224 aa  52  0.000007  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0955826  normal  0.0525727 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>