More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_2540 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_2540  response regulator  100 
 
 		 192 aa  390  1e-108  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03493  response regulator  45.83 
 
 		 186 aa  181  8.000000000000001e-45  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1537  response regulator receiver protein  42.41 
 
 		 272 aa  162  3e-39  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0855  DNA-binding response regulator  31.91 
 
 		 189 aa  103  1e-21  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0365807  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2544  DNA binding domain protein, excisionase family  30.93 
 
 		 264 aa  101  6e-21  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0361834  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0614  response regulator receiver protein  40.34 
 
 		 121 aa  86.3  3e-16  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1901  response regulator receiver protein  38.66 
 
 		 125 aa  84.7  7e-16  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1562  response regulator receiver Signal transduction histidine kinase  41.74 
 
 		 369 aa  83.6  0.000000000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.847548  normal  0.236297 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5999  response regulator receiver protein  37.17 
 
 		 280 aa  83.6  0.000000000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0932  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  42.61 
 
 		 374 aa  83.2  0.000000000000002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2649  response regulator receiver protein  37.82 
 
 		 122 aa  83.2  0.000000000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.857048  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2699  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  39.66 
 
 		 328 aa  82.4  0.000000000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2185  response regulator receiver  34.96 
 
 		 356 aa  82.8  0.000000000000003  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1181  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.46 
 
 		 234 aa  82  0.000000000000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00335068 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0987  response regulator receiver protein  34.38 
 
 		 414 aa  82  0.000000000000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.332272 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0783  two component transcriptional regulator  38.14 
 
 		 231 aa  81.6  0.000000000000006  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0070  two component transcriptional regulator  40.17 
 
 		 229 aa  81.3  0.000000000000008  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.834843 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5615  DNA-binding response regulator YycF  39.82 
 
 		 235 aa  80.9  0.000000000000009  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5319  DNA-binding response regulator YycF  39.82 
 
 		 235 aa  80.9  0.000000000000009  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.169223  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5147  response regulator  39.82 
 
 		 235 aa  80.9  0.000000000000009  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00168683  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5163  response regulator  39.82 
 
 		 235 aa  80.9  0.000000000000009  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00196509  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5715  DNA-binding response regulator YycF  39.82 
 
 		 235 aa  80.9  0.000000000000009  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.656882  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3473  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.97 
 
 		 351 aa  81.3  0.000000000000009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5572  DNA-binding response regulator YycF  39.82 
 
 		 235 aa  80.9  0.000000000000009  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.81316e-29 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5650  DNA-binding response regulator YycF  39.82 
 
 		 235 aa  80.9  0.000000000000009  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00563499  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3625  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.97 
 
 		 322 aa  80.9  0.00000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4410  response regulator receiver protein  40.87 
 
 		 131 aa  80.5  0.00000000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.686937 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0085  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.33 
 
 		 738 aa  80.9  0.00000000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.127866 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1694  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  37.82 
 
 		 472 aa  80.5  0.00000000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3557  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.97 
 
 		 322 aa  80.9  0.00000000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.457648  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5113  response regulator receiver protein  35.9 
 
 		 121 aa  80.5  0.00000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5346  DNA-binding response regulator YycF  39.82 
 
 		 235 aa  80.1  0.00000000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000000234523  hitchhiker  0.00000000000323141 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5259  two component transcriptional regulator  39.82 
 
 		 235 aa  80.1  0.00000000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000559572  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5589  DNA-binding response regulator YycF  39.82 
 
 		 235 aa  80.1  0.00000000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0469644  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_4006  two component transcriptional regulator  39.82 
 
 		 235 aa  80.1  0.00000000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.010356  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2286  response regulator GltR  38.02 
 
 		 241 aa  80.1  0.00000000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.336147  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1538  phosphate regulon transcriptional regulatory protein  34.17 
 
 		 228 aa  79.7  0.00000000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.280381 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1011  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.93 
 
 		 231 aa  79.3  0.00000000000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0289  response regulator receiver protein  37.19 
 
 		 119 aa  79.3  0.00000000000003  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3778  response regulator receiver domain-containing protein  39.83 
 
 		 124 aa  79.3  0.00000000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0776  response regulator receiver protein  36.97 
 
 		 121 aa  79  0.00000000000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.428997  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3647  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  37.07 
 
 		 471 aa  79  0.00000000000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0209004  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1759  two component transcriptional regulator  39.5 
 
 		 220 aa  78.6  0.00000000000005  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2054  response regulator receiver protein  37.61 
 
 		 140 aa  78.6  0.00000000000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0880044 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4080  DNA-binding response regulator, LuxR family  36.21 
 
 		 222 aa  78.2  0.00000000000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.542388  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0805  two component transcriptional regulator  37.07 
 
 		 229 aa  78.2  0.00000000000007  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1518  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 767 aa  78.2  0.00000000000007  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0706082  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2782  two component transcriptional regulator  37.61 
 
 		 231 aa  78.2  0.00000000000007  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.92379  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0313  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.07 
 
 		 216 aa  77.4  0.0000000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0019  two component transcriptional regulator  38.05 
 
 		 235 aa  77.8  0.0000000000001  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1955  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.9 
 
 		 236 aa  77.4  0.0000000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.295041  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0467  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.44 
 
 		 230 aa  77.4  0.0000000000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2333  two component transcriptional regulator  39.64 
 
 		 232 aa  77.8  0.0000000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2675  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.46 
 
 		 234 aa  77.4  0.0000000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.661044  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4555  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  35.83 
 
 		 406 aa  77.4  0.0000000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.330139  normal  0.677797 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4868  response regulator receiver protein  34.35 
 
 		 143 aa  77.4  0.0000000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25160  response regulator  37.5 
 
 		 356 aa  77.4  0.0000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0776  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.79 
 
 		 1559 aa  77.8  0.0000000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2022  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.48 
 
 		 589 aa  77  0.0000000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1278  sensory box protein/response regulator  37.4 
 
 		 705 aa  76.6  0.0000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.517683  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1394  two component transcriptional regulator  35.9 
 
 		 236 aa  76.3  0.0000000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.00000024965  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1811  response regulator receiver protein  33.33 
 
 		 140 aa  76.6  0.0000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  unclonable  0.000108366  normal  0.182528 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2854  DNA binding domain protein, excisionase family  26.5 
 
 		 190 aa  76.3  0.0000000000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3538  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.47 
 
 		 237 aa  77  0.0000000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3409  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.47 
 
 		 236 aa  76.6  0.0000000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0195  two component transcriptional regulator  37.29 
 
 		 243 aa  76.3  0.0000000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00716616 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1944  two component transcriptional regulator  38.79 
 
 		 238 aa  76.6  0.0000000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4432  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.75 
 
 		 1002 aa  76.3  0.0000000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0650  response regulator receiver protein  32.79 
 
 		 123 aa  76.6  0.0000000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.438565  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0761  two component transcriptional regulator  34.17 
 
 		 229 aa  76.3  0.0000000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.179681 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2570  two component transcriptional regulator  37.07 
 
 		 222 aa  76.6  0.0000000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000747651 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0622  two component transcriptional regulator  38.02 
 
 		 240 aa  76.6  0.0000000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0603  two component transcriptional regulator  38.02 
 
 		 233 aa  76.6  0.0000000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0519325  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3838  response regulator receiver domain-containing protein  35.29 
 
 		 234 aa  77  0.0000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000539223  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4150  response regulator receiver protein  39.5 
 
 		 125 aa  76.6  0.0000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.583085 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0549  response regulator receiver protein  33.88 
 
 		 119 aa  77  0.0000000000002  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1997  two component transcriptional regulator  32.48 
 
 		 234 aa  77  0.0000000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000000742772  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0350  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.94 
 
 		 1390 aa  76.3  0.0000000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0937102  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1214  DNA-binding response regulator KdpE  35.9 
 
 		 237 aa  76.6  0.0000000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000130813  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0339  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.94 
 
 		 1390 aa  76.3  0.0000000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.726297  normal  0.77171 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1531  response regulator receiver  33.33 
 
 		 140 aa  76.6  0.0000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0584637 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0360  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.94 
 
 		 1390 aa  76.3  0.0000000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.592677 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1887  two component transcriptional regulator  38.79 
 
 		 231 aa  76.3  0.0000000000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.882564  normal  0.344123 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1938  excisionase family DNA-binding response regulator  29.05 
 
 		 190 aa  76.3  0.0000000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.440271  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1370  response regulator receiver protein  33.88 
 
 		 119 aa  75.9  0.0000000000003  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0702  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  37.93 
 
 		 331 aa  75.9  0.0000000000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.140022  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4344  two component transcriptional regulator  37.29 
 
 		 239 aa  76.3  0.0000000000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.325933  normal  0.345767 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_01471  two-component response regulator  36.97 
 
 		 260 aa  76.3  0.0000000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.37604  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_01451  two-component response regulator  36.97 
 
 		 260 aa  76.3  0.0000000000003  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.480778  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0130  two component transcriptional regulator  36.97 
 
 		 260 aa  76.3  0.0000000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.907894  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2709  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.82 
 
 		 236 aa  76.3  0.0000000000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0011921  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2977  response regulator receiver domain-containing protein  35.43 
 
 		 303 aa  75.9  0.0000000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.13601 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3136  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.66 
 
 		 919 aa  76.3  0.0000000000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0669  response regulator receiver protein  35.29 
 
 		 123 aa  75.9  0.0000000000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0064  DNA-binding response regulator  38.94 
 
 		 235 aa  75.9  0.0000000000003  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.611294  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4844  two component transcriptional regulator  38.79 
 
 		 231 aa  75.9  0.0000000000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.312171 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1502  response regulator receiver modulated GAF sensor protein  36.75 
 
 		 311 aa  75.5  0.0000000000004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1976  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.42 
 
 		 1383 aa  75.5  0.0000000000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.624185 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0513  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.97 
 
 		 228 aa  75.9  0.0000000000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.985837  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1723  response regulator receiver (CheY-like) modulated serine phosphatase  40.68 
 
 		 381 aa  75.5  0.0000000000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00833768  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>