More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_1537 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_1537  response regulator receiver protein  100 
 
 		 272 aa  568  1e-161  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03493  response regulator  57.07 
 
 		 186 aa  220  1.9999999999999999e-56  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2540  response regulator  42.41 
 
 		 192 aa  162  5.0000000000000005e-39  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2544  DNA binding domain protein, excisionase family  31.38 
 
 		 264 aa  99.8  5e-20  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0361834  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0855  DNA-binding response regulator  33.15 
 
 		 189 aa  93.6  3e-18  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0365807  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3772  CheA signal transduction histidine kinase  38.52 
 
 		 2539 aa  92  9e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0408  CheA signal transduction histidine kinase  37.93 
 
 		 2423 aa  85.1  0.000000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2096  CheA signal transduction histidine kinases  37.29 
 
 		 2301 aa  84.7  0.000000000000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0673  CheA signal transduction histidine kinases  33.86 
 
 		 1989 aa  84  0.000000000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.765625  normal  0.432631 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0513  response regulator  34.43 
 
 		 2458 aa  83.2  0.000000000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05390  ChpA  34.43 
 
 		 2476 aa  83.2  0.000000000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.812783  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2619  response regulator receiver:CheW-like protein:ATP-binding region, ATPase-like:Hpt  33.33 
 
 		 1956 aa  81.3  0.00000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1311  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.54 
 
 		 776 aa  81.6  0.00000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.103963 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0896  CheA signal transduction histidine kinase  35.82 
 
 		 1725 aa  80.9  0.00000000000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.720203  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1020  putative CheA signal transduction histidine kinase  35.82 
 
 		 1725 aa  80.9  0.00000000000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2155  CheA signal transduction histidine kinase  32.81 
 
 		 1609 aa  80.1  0.00000000000004  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2900  putative CheA signal transduction histidine kinase  33.05 
 
 		 1974 aa  80.1  0.00000000000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2854  DNA binding domain protein, excisionase family  28.88 
 
 		 190 aa  78.6  0.0000000000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2427  response regulator receiver protein  33.08 
 
 		 159 aa  78.2  0.0000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.468058 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3692  CheA signal transduction histidine kinase  35.77 
 
 		 1907 aa  78.6  0.0000000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3017  CheA signal transduction histidine kinases  33.63 
 
 		 1983 aa  78.2  0.0000000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1576  CheA signal transduction histidine kinase  30.5 
 
 		 2137 aa  77.4  0.0000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.167147  normal  0.557453 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1813  putative hybrid two-component sensor and regulatory protein  36.44 
 
 		 2284 aa  77.8  0.0000000000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.409027  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1375  CheA signal transduction histidine kinases  36.7 
 
 		 1888 aa  77.8  0.0000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0722  response regulator receiver protein  36.44 
 
 		 121 aa  77  0.0000000000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0751  response regulator receiver protein  36.44 
 
 		 121 aa  77  0.0000000000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4988  CheA signal transduction histidine kinase  32.08 
 
 		 1646 aa  76.6  0.0000000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.4615  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4862  CheA signal transduction histidine kinase  32.08 
 
 		 1646 aa  76.6  0.0000000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00418474 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0564  CheA signal transduction histidine kinase  32.76 
 
 		 2012 aa  76.3  0.0000000000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.472069  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0672  putative composite two component regulatory (sensor histidine kinase and response regulator hybrid) transcription regulator protein  31.9 
 
 		 2048 aa  76.3  0.0000000000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.843202  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1955  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.34 
 
 		 236 aa  76.3  0.0000000000005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.295041  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0616  CheA signal transduction histidine kinase  32.76 
 
 		 2009 aa  75.9  0.0000000000006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5030  sensor histidine kinase/response regulator  35.71 
 
 		 1987 aa  75.5  0.0000000000008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1011  two component transcriptional regulator, winged helix family  31.9 
 
 		 231 aa  75.5  0.0000000000008  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1140  CheA signal transduction histidine kinases  33.04 
 
 		 2070 aa  75.5  0.0000000000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.607614 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1893  two component transcriptional regulator  36.44 
 
 		 235 aa  75.5  0.0000000000008  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.203788 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0905  CheA signal transduction histidine kinase  32.14 
 
 		 2164 aa  75.1  0.000000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.384813 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2316  two component transcriptional regulator PhoB, winged helix family  35.83 
 
 		 230 aa  75.1  0.000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0669  response regulator receiver protein  34.19 
 
 		 123 aa  74.7  0.000000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5113  response regulator receiver protein  32.48 
 
 		 121 aa  74.7  0.000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5038  CheA signal transduction histidine kinase  31.45 
 
 		 1647 aa  74.3  0.000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01607  PilL protein  32.61 
 
 		 2301 aa  74.3  0.000000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.68194  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3737  two component transcriptional regulator  33.33 
 
 		 231 aa  73.9  0.000000000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00273603 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3739  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.04 
 
 		 266 aa  73.6  0.000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.453489  normal  0.0202921 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0759  two component transcriptional regulator  33.9 
 
 		 223 aa  73.9  0.000000000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00128917  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1504  two component transcriptional regulator  32.48 
 
 		 231 aa  73.9  0.000000000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.263867  normal  0.57819 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1151  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.75 
 
 		 243 aa  73.6  0.000000000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2969  two component transcriptional regulator  35.04 
 
 		 229 aa  73.2  0.000000000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000000855765  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0492  response regulator receiver:CheW-like protein:ATP-binding region, ATPase-like:Hpt  34.82 
 
 		 1992 aa  73.6  0.000000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1434  DNA-binding response regulator PhoB  34.75 
 
 		 243 aa  73.6  0.000000000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5304  CheA Signal transduction histidine Kinases (STHK)  32.28 
 
 		 1971 aa  73.2  0.000000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.266028 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3248  response regulator receiver protein  32.2 
 
 		 121 aa  73.2  0.000000000004  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.500247 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2044  response regulator receiver protein  33.62 
 
 		 123 aa  73.6  0.000000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0300859  normal  0.405857 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1441  two component transcriptional regulator  32.03 
 
 		 247 aa  73.2  0.000000000004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.167327  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2396  CheA signal transduction histidine kinase  33.08 
 
 		 1832 aa  73.2  0.000000000004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.412957 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1718  response regulator receiver protein  37.07 
 
 		 224 aa  73.2  0.000000000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0955826  normal  0.0525727 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3186  twitching motility protein  34.82 
 
 		 2092 aa  72.8  0.000000000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0988113  normal  0.323736 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0476  CheA signal transduction histidine kinase  33.62 
 
 		 1629 aa  72.8  0.000000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1296  two component transcriptional regulator  35.9 
 
 		 229 aa  72.8  0.000000000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.000000000460678  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2709  two component transcriptional regulator  35.9 
 
 		 229 aa  72.8  0.000000000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000407229  decreased coverage  0.000000263688 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2777  two component transcriptional regulator  35.9 
 
 		 229 aa  72.8  0.000000000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000628627  decreased coverage  0.000208697 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2879  two component transcriptional regulator  35.9 
 
 		 229 aa  72.8  0.000000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000143261  hitchhiker  0.00000615281 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2897  CheA signal transduction histidine kinase  30.36 
 
 		 2026 aa  72.8  0.000000000006  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.855039  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0723  response regulator receiver protein  30.08 
 
 		 405 aa  72.8  0.000000000006  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1403  two component transcriptional regulator  35.9 
 
 		 229 aa  72.8  0.000000000006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00109837  normal  0.0219543 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0558  two component transcriptional regulator, winged helix family  33.33 
 
 		 237 aa  72.8  0.000000000006  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3574  CheA signal transduction histidine kinases  30.36 
 
 		 2026 aa  72.8  0.000000000006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.906934  normal  0.231875 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3967  CheA signal transduction histidine kinase  35.78 
 
 		 2414 aa  72.8  0.000000000006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0139967 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1364  two component transcriptional regulator  35.9 
 
 		 229 aa  72.8  0.000000000006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000657343  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2981  two component transcriptional regulator PhoB, winged helix family  35.9 
 
 		 229 aa  72.8  0.000000000006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000000220801  hitchhiker  0.00121997 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3452  two component transcriptional regulator  35.59 
 
 		 229 aa  72.8  0.000000000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00686704  hitchhiker  0.000158375 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1378  two component transcriptional regulator  35.9 
 
 		 229 aa  72.8  0.000000000006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000291119  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1558  phosphate regulon response regulator PhoB  35.9 
 
 		 239 aa  72.4  0.000000000007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2416  two component transcriptional regulator  35.2 
 
 		 255 aa  72.4  0.000000000007  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.0279623 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2695  response regulator receiver domain-containing protein  35.25 
 
 		 186 aa  72.4  0.000000000007  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.00269866  normal  0.78823 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1472  response regulator receiver protein  35.83 
 
 		 122 aa  72.4  0.000000000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.413604  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3155  adenylate/guanylate cyclase  33.61 
 
 		 1172 aa  72.4  0.000000000008  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.386213  hitchhiker  0.00095291 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4657  two component transcriptional regulator, winged helix family  33.61 
 
 		 240 aa  72  0.000000000009  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0752  response regulator receiver protein  30.58 
 
 		 405 aa  72  0.000000000009  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.26894  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3303  two component transcriptional regulator  34.19 
 
 		 229 aa  72  0.000000000009  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000702519  hitchhiker  0.00000106408 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0136  two component transcriptional regulator  36.89 
 
 		 248 aa  72  0.000000000009  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_01511  two-component response regulator  36.89 
 
 		 248 aa  72  0.000000000009  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2201  two component transcriptional regulator  36.75 
 
 		 242 aa  72  0.00000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.153982  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4913  two component transcriptional regulator  37.07 
 
 		 231 aa  72  0.00000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.121364 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3895  response regulator receiver:CheW-like protein:ATP-binding region, ATPase-like:Hpt  33.63 
 
 		 1866 aa  72  0.00000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3350  CheA signal transduction histidine kinases  30.26 
 
 		 1970 aa  72  0.00000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0171  response regulator receiver protein  35 
 
 		 122 aa  71.6  0.00000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1805  response regulator receiver protein  35 
 
 		 122 aa  71.6  0.00000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.422276 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2257  two component transcriptional regulator  34.45 
 
 		 243 aa  72  0.00000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.512842  normal  0.410356 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4622  CheA signal transduction histidine kinase  31.5 
 
 		 2022 aa  71.6  0.00000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2457  response regulator homolog PhoB (phosphate regulon transcriptional regulatory protein)  31.62 
 
 		 230 aa  71.6  0.00000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1963  two component transcriptional regulator, winged helix family  31.62 
 
 		 246 aa  71.2  0.00000000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.470012 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1632  response regulator receiver  32.48 
 
 		 123 aa  70.9  0.00000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1849  two component transcriptional regulator, winged helix family  33.94 
 
 		 228 aa  70.9  0.00000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.418833  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3629  putative CheA signal transduction histidine kinases  30.71 
 
 		 2336 aa  71.2  0.00000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2749  two component transcriptional regulator  33.33 
 
 		 241 aa  71.2  0.00000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000593879  unclonable  0.00000330773 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3085  CheA signal transduction histidine kinase  30.94 
 
 		 2212 aa  70.9  0.00000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.284349 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_01621  two-component response regulator  36.89 
 
 		 248 aa  70.9  0.00000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.367767  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5296  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.11 
 
 		 776 aa  71.2  0.00000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2029  response regulator receiver protein  35.9 
 
 		 124 aa  70.9  0.00000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.371136 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>