More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_5113 on replicon NC_008688
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008688  Pden_5113  response regulator receiver protein  100 
 
 		 121 aa  239  1e-62  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2427  response regulator receiver protein  74.58 
 
 		 159 aa  179  1e-44  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.468058 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2649  response regulator receiver protein  64.17 
 
 		 122 aa  167  6e-41  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.857048  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3778  response regulator receiver domain-containing protein  61.67 
 
 		 124 aa  164  2.9999999999999998e-40  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1632  response regulator receiver  60.83 
 
 		 123 aa  158  3e-38  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4150  response regulator receiver protein  55.83 
 
 		 125 aa  155  2e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.583085 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2029  response regulator receiver protein  60.33 
 
 		 124 aa  150  8e-36  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.371136 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0237  response regulator receiver protein  55.83 
 
 		 124 aa  148  3e-35  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000555979 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0669  response regulator receiver protein  52.5 
 
 		 123 aa  133  9e-31  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2054  response regulator receiver protein  53.04 
 
 		 140 aa  126  1.0000000000000001e-28  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0880044 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1501  response regulator receiver protein  47.9 
 
 		 132 aa  126  1.0000000000000001e-28  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.153095  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2044  response regulator receiver protein  46.55 
 
 		 123 aa  125  2.0000000000000002e-28  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0300859  normal  0.405857 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1901  response regulator receiver protein  46.28 
 
 		 125 aa  123  7e-28  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2662  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.33 
 
 		 231 aa  120  6e-27  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4431  response regulator receiver domain-containing protein  47.15 
 
 		 125 aa  120  9e-27  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1011  two component transcriptional regulator, winged helix family  49.14 
 
 		 231 aa  119  9.999999999999999e-27  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0609  DNA-binding response regulator  46.28 
 
 		 231 aa  113  1.0000000000000001e-24  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.0000282114  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0567  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.33 
 
 		 225 aa  112  2.0000000000000002e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.463355  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0623  DNA-binding response regulator  46.28 
 
 		 231 aa  112  2.0000000000000002e-24  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000212568  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0399  two component transcriptional regulator  45 
 
 		 272 aa  110  6e-24  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.802217  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1077  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.83 
 
 		 235 aa  109  1.0000000000000001e-23  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0734  response regulator receiver protein  44.26 
 
 		 127 aa  109  1.0000000000000001e-23  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0573  response regulator receiver protein  41.53 
 
 		 129 aa  109  2.0000000000000002e-23  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.087024  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1319  response regulator receiver protein  47.06 
 
 		 129 aa  108  2.0000000000000002e-23  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2226  response regulator receiver protein  41.53 
 
 		 129 aa  109  2.0000000000000002e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.561592  normal  0.814785 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0504  response regulator receiver protein  41.53 
 
 		 129 aa  108  2.0000000000000002e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0548558  normal  0.11151 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0951  response regulator receiver protein  44.74 
 
 		 239 aa  108  3e-23  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.0000000111905  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1406  response regulator receiver protein  43.7 
 
 		 121 aa  107  4.0000000000000004e-23  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0894387  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1805  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.3 
 
 		 310 aa  108  4.0000000000000004e-23  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0638722  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2575  chitin degradation sensor protein  47.41 
 
 		 1127 aa  107  5e-23  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_03750  PhoP-like protein  46.15 
 
 		 226 aa  107  6e-23  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.181369  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4009  two component transcriptional regulator  45.69 
 
 		 230 aa  107  6e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  decreased coverage  0.00751412  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4125  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.69 
 
 		 230 aa  107  7.000000000000001e-23  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.125271  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2534  DNA-binding response regulator YycF  48.33 
 
 		 233 aa  107  7.000000000000001e-23  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4151  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.69 
 
 		 230 aa  107  7.000000000000001e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0018  two component transcriptional regulator  48.33 
 
 		 233 aa  107  7.000000000000001e-23  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.70243  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0018  response regulator receiver  48.33 
 
 		 233 aa  107  7.000000000000001e-23  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2709  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.83 
 
 		 236 aa  107  7.000000000000001e-23  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0011921  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0789  response regulator receiver protein  46.15 
 
 		 278 aa  107  8.000000000000001e-23  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1784  alkaline phosphatase synthesis transcriptional regulatory protein  44.17 
 
 		 234 aa  106  9.000000000000001e-23  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.561076  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5515  response regulator receiver protein  46.9 
 
 		 134 aa  106  9.000000000000001e-23  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1750  two component transcriptional regulator  44.17 
 
 		 234 aa  106  9.000000000000001e-23  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1865  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.83 
 
 		 226 aa  105  1e-22  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0588  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.15 
 
 		 226 aa  105  2e-22  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.944339  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2910  response regulator receiver  47.86 
 
 		 230 aa  105  2e-22  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0200  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.55 
 
 		 242 aa  105  2e-22  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.0955644  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2308  response regulator receiver protein  44.07 
 
 		 123 aa  105  2e-22  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0603  two component transcriptional regulator  41.67 
 
 		 233 aa  105  2e-22  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0519325  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1472  response regulator receiver protein  41.67 
 
 		 122 aa  105  2e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.413604  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0695  response regulator receiver  42.74 
 
 		 170 aa  105  2e-22  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.412637  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1739  response regulator receiver protein  44.63 
 
 		 126 aa  105  2e-22  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1714  response regulator receiver protein  44.63 
 
 		 126 aa  105  2e-22  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6310  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.3 
 
 		 261 aa  105  2e-22  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.534044  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_4006  two component transcriptional regulator  44.44 
 
 		 235 aa  105  3e-22  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.010356  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5259  two component transcriptional regulator  44.44 
 
 		 235 aa  105  3e-22  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000559572  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0791  response regulator receiver domain-containing protein  45.3 
 
 		 125 aa  105  3e-22  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00778943 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3767  response regulator receiver protein  47.01 
 
 		 124 aa  104  3e-22  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0858272 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0251  response regulator receiver protein  37.61 
 
 		 126 aa  105  3e-22  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.102048 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5589  DNA-binding response regulator YycF  44.44 
 
 		 235 aa  105  3e-22  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0469644  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2892  two component transcriptional regulator  45.3 
 
 		 227 aa  105  3e-22  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.0239565 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5346  DNA-binding response regulator YycF  44.44 
 
 		 235 aa  105  3e-22  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000000234523  hitchhiker  0.00000000000323141 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2333  two component transcriptional regulator  44.17 
 
 		 232 aa  104  3e-22  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4322  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.72 
 
 		 231 aa  105  3e-22  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5650  DNA-binding response regulator YycF  44.44 
 
 		 235 aa  104  4e-22  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00563499  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5615  DNA-binding response regulator YycF  44.44 
 
 		 235 aa  104  4e-22  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5319  DNA-binding response regulator YycF  44.44 
 
 		 235 aa  104  4e-22  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.169223  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5147  response regulator  44.44 
 
 		 235 aa  104  4e-22  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00168683  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5572  DNA-binding response regulator YycF  44.44 
 
 		 235 aa  104  4e-22  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.81316e-29 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5163  response regulator  44.44 
 
 		 235 aa  104  4e-22  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00196509  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0761  two component transcriptional regulator  46.15 
 
 		 229 aa  104  4e-22  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.179681 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0171  response regulator receiver protein  40.83 
 
 		 122 aa  104  4e-22  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5715  DNA-binding response regulator YycF  44.44 
 
 		 235 aa  104  4e-22  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.656882  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1071  two component transcriptional regulator, winged helix family  51 
 
 		 238 aa  104  4e-22  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6208  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.83 
 
 		 226 aa  104  4e-22  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4050  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.79 
 
 		 227 aa  104  4e-22  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00552008  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1805  response regulator receiver protein  40.83 
 
 		 122 aa  104  4e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.422276 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0150  sensory box sensor histidine kinase/response regulator  47.32 
 
 		 1177 aa  104  4e-22  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1256  alkaline phosphatase synthesis transcriptional regulatory protein PhoP  43.33 
 
 		 236 aa  104  5e-22  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.577358  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3409  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.01 
 
 		 236 aa  103  5e-22  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3394  two component transcriptional regulator, winged helix family  45 
 
 		 230 aa  104  5e-22  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.103692  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1347  two component transcriptional regulator  46.85 
 
 		 228 aa  103  5e-22  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1155  two component transcriptional regulator  40.83 
 
 		 231 aa  104  5e-22  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.000000430064  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1365  two component transcriptional regulator  46.85 
 
 		 228 aa  103  5e-22  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1381  two component transcriptional regulator  46.85 
 
 		 228 aa  103  5e-22  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.497022 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1930  two component transcriptional regulator  47.46 
 
 		 233 aa  103  6e-22  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.465475  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4445  two component transcriptional regulator  45.3 
 
 		 229 aa  103  7e-22  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.14031 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1271  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.69 
 
 		 225 aa  103  9e-22  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET0135  DNA-binding response regulator  41.88 
 
 		 230 aa  102  1e-21  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2952  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.69 
 
 		 225 aa  103  1e-21  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3538  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.15 
 
 		 237 aa  102  1e-21  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2693  two component transcriptional regulator  43.97 
 
 		 226 aa  102  1e-21  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.575064 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1135  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.61 
 
 		 227 aa  102  1e-21  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0329  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.38 
 
 		 231 aa  103  1e-21  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1955  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.96 
 
 		 236 aa  103  1e-21  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.295041  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1846  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.37 
 
 		 226 aa  102  1e-21  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1748  response regulator receiver  40.17 
 
 		 123 aa  103  1e-21  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.122601  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1752  two component transcriptional regulator  46.85 
 
 		 228 aa  103  1e-21  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.581522 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4712  two component transcriptional regulator  46.85 
 
 		 228 aa  103  1e-21  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.541483  normal  0.0134498 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3391  two component transcriptional regulator  42.74 
 
 		 227 aa  102  1e-21  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.141218  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1102  DNA-binding response regulator  42.24 
 
 		 225 aa  102  2e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>