More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_1406 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_1406  response regulator receiver protein  100 
 
 		 121 aa  246  8e-65  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0894387  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2695  response regulator receiver domain-containing protein  63.48 
 
 		 186 aa  155  3e-37  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.00269866  normal  0.78823 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1509  response regulator receiver protein  60.5 
 
 		 137 aa  146  1.0000000000000001e-34  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1472  response regulator receiver protein  62.18 
 
 		 122 aa  143  6e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.413604  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0171  response regulator receiver protein  60.5 
 
 		 122 aa  141  4e-33  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1805  response regulator receiver protein  60.5 
 
 		 122 aa  141  4e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.422276 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4150  response regulator receiver protein  41.32 
 
 		 125 aa  117  3.9999999999999996e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.583085 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0669  response regulator receiver protein  43.8 
 
 		 123 aa  116  9.999999999999999e-26  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3778  response regulator receiver domain-containing protein  45.38 
 
 		 124 aa  115  3e-25  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0237  response regulator receiver protein  42.02 
 
 		 124 aa  112  1.0000000000000001e-24  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000555979 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2649  response regulator receiver protein  43.8 
 
 		 122 aa  111  3e-24  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.857048  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1786  response regulator receiver protein  50.43 
 
 		 120 aa  110  7.000000000000001e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  hitchhiker  0.00311899  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1901  response regulator receiver protein  38.66 
 
 		 125 aa  110  8.000000000000001e-24  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5113  response regulator receiver protein  43.7 
 
 		 121 aa  107  4.0000000000000004e-23  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1501  response regulator receiver protein  40.87 
 
 		 132 aa  103  7e-22  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.153095  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1632  response regulator receiver  40.65 
 
 		 123 aa  103  8e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0882  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.48 
 
 		 230 aa  103  9e-22  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.148935 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2387  two component transcriptional regulator  43.22 
 
 		 229 aa  102  1e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00115026  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1077  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.98 
 
 		 235 aa  102  2e-21  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2472  response regulator receiver protein  43.97 
 
 		 216 aa  101  3e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2709  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.88 
 
 		 236 aa  101  3e-21  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0011921  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0567  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.59 
 
 		 225 aa  101  4e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.463355  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1572  two component transcriptional regulator  43.48 
 
 		 225 aa  99.8  1e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000784208  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1911  two component transcriptional regulator  43.22 
 
 		 229 aa  99.8  1e-20  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.258551 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0393  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.48 
 
 		 227 aa  99  2e-20  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.202895 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0070  two component transcriptional regulator  44.35 
 
 		 229 aa  99.4  2e-20  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.834843 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6002  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.22 
 
 		 243 aa  99  2e-20  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.472724  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2427  response regulator receiver protein  39.13 
 
 		 159 aa  99  2e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.468058 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2513  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.13 
 
 		 225 aa  98.6  2e-20  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13797  two component transcriptional regulatory protein  46.36 
 
 		 286 aa  99  2e-20  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.173423 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0951  response regulator receiver protein  39.82 
 
 		 239 aa  98.6  3e-20  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.0000000111905  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2693  two component transcriptional regulator  39.13 
 
 		 226 aa  97.4  5e-20  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.575064 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1865  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.87 
 
 		 226 aa  97.4  6e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0603  two component transcriptional regulator  40.34 
 
 		 233 aa  97.4  6e-20  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0519325  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2308  response regulator receiver protein  38.46 
 
 		 123 aa  97.1  7e-20  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2219  response regulator  38.46 
 
 		 123 aa  97.1  8e-20  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2333  two component transcriptional regulator  39.32 
 
 		 232 aa  97.1  8e-20  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0783  two component transcriptional regulator  40.17 
 
 		 231 aa  96.7  9e-20  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1997  two component transcriptional regulator  41.88 
 
 		 234 aa  96.3  1e-19  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000000742772  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0758  response regulator receiver protein  39.09 
 
 		 132 aa  95.9  2e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0540632 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2401  phosphate regulon transcriptional regulatory protein phoB  39.32 
 
 		 229 aa  95.5  2e-19  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1102  DNA-binding response regulator  39.13 
 
 		 225 aa  95.1  3e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0399  two component transcriptional regulator  39.32 
 
 		 272 aa  95.1  3e-19  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.802217  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0743  response regulator receiver protein  38.18 
 
 		 132 aa  95.1  3e-19  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0609  DNA-binding response regulator  40.68 
 
 		 231 aa  94.7  3e-19  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.0000282114  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2952  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.23 
 
 		 225 aa  95.1  3e-19  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2662  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.46 
 
 		 231 aa  95.1  3e-19  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1271  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.23 
 
 		 225 aa  94.4  4e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3394  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.46 
 
 		 230 aa  94.4  5e-19  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.103692  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1237  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.94 
 
 		 234 aa  94.4  5e-19  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.178035  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4555  response regulator receiver protein  44.07 
 
 		 123 aa  94.4  5e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1748  response regulator receiver  43.48 
 
 		 123 aa  94.4  5e-19  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.122601  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1276  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.37 
 
 		 242 aa  94  6e-19  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.114994 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1409  two component signal transduction response regulator  37.39 
 
 		 123 aa  94  6e-19  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000120114  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1555  response regulator receiver protein  38.46 
 
 		 121 aa  94  6e-19  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2534  DNA-binding response regulator YycF  39.32 
 
 		 233 aa  93.6  7e-19  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5261  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.18 
 
 		 237 aa  94  7e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.909356  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1490  two component transcriptional regulator  37.39 
 
 		 239 aa  94  7e-19  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.000000000120928  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2054  response regulator receiver protein  38.94 
 
 		 140 aa  94  7e-19  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0880044 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5615  DNA-binding response regulator YycF  38.46 
 
 		 235 aa  93.6  8e-19  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5319  DNA-binding response regulator YycF  38.46 
 
 		 235 aa  93.6  8e-19  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.169223  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5147  response regulator  38.46 
 
 		 235 aa  93.6  8e-19  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00168683  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5163  response regulator  38.46 
 
 		 235 aa  93.6  8e-19  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00196509  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5715  DNA-binding response regulator YycF  38.46 
 
 		 235 aa  93.6  8e-19  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.656882  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0018  two component transcriptional regulator  39.32 
 
 		 233 aa  93.6  8e-19  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.70243  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0411  two component transcriptional regulator  40.52 
 
 		 230 aa  93.6  8e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5572  DNA-binding response regulator YycF  38.46 
 
 		 235 aa  93.6  8e-19  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.81316e-29 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5650  DNA-binding response regulator YycF  38.46 
 
 		 235 aa  93.6  8e-19  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00563499  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4508  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.53 
 
 		 231 aa  93.6  8e-19  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0018  response regulator receiver  39.32 
 
 		 233 aa  93.6  8e-19  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0216  two component transcriptional regulator  37.61 
 
 		 230 aa  93.2  1e-18  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.305183 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2029  response regulator receiver protein  40.5 
 
 		 124 aa  93.2  1e-18  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.371136 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4159  two component transcriptional regulator  40.17 
 
 		 230 aa  93.2  1e-18  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.667277  normal  0.0359145 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5259  two component transcriptional regulator  38.46 
 
 		 235 aa  92.8  1e-18  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000559572  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0623  DNA-binding response regulator  40.68 
 
 		 231 aa  93.2  1e-18  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000212568  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_4006  two component transcriptional regulator  38.46 
 
 		 235 aa  92.8  1e-18  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.010356  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2575  chitin degradation sensor protein  37.17 
 
 		 1127 aa  92.8  1e-18  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0440  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.66 
 
 		 230 aa  92.8  1e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2922  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.59 
 
 		 230 aa  93.2  1e-18  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.221617  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2795  response regulator receiver protein  36.36 
 
 		 121 aa  92  2e-18  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4050  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.59 
 
 		 227 aa  92.8  2e-18  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00552008  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5589  DNA-binding response regulator YycF  38.46 
 
 		 235 aa  92.8  2e-18  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0469644  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5346  DNA-binding response regulator YycF  38.46 
 
 		 235 aa  92.4  2e-18  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000000234523  hitchhiker  0.00000000000323141 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4918  two component transcriptional regulator  40.34 
 
 		 234 aa  92.4  2e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.134814 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1750  two component transcriptional regulator  40.17 
 
 		 234 aa  92.4  2e-18  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0439  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.66 
 
 		 230 aa  92.4  2e-18  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0588  two component transcriptional regulator  39.13 
 
 		 227 aa  92  2e-18  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000000451147  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2903  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.97 
 
 		 234 aa  92.8  2e-18  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3155  two component transcriptional regulator  39.5 
 
 		 228 aa  92.4  2e-18  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1288  two component transcriptional regulator  39.82 
 
 		 228 aa  92.4  2e-18  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.00000000128008  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1784  alkaline phosphatase synthesis transcriptional regulatory protein  40.17 
 
 		 234 aa  92.4  2e-18  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.561076  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0588  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.26 
 
 		 226 aa  91.7  3e-18  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.944339  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3143  response regulator receiver protein  37.61 
 
 		 124 aa  91.7  3e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1155  two component transcriptional regulator  41.18 
 
 		 231 aa  91.7  3e-18  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.000000430064  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3409  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.46 
 
 		 236 aa  91.7  3e-18  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0227  two component transcriptional regulator PhoB, winged helix family  40.17 
 
 		 236 aa  91.7  3e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1897  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.59 
 
 		 229 aa  91.7  3e-18  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1597  two component transcriptional regulator  37.82 
 
 		 237 aa  91.7  3e-18  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3000  response regulator receiver protein  34.45 
 
 		 124 aa  91.7  3e-18  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0444  DNA-binding response regulator  40 
 
 		 233 aa  91.7  3e-18  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>