More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_1786 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_1786  response regulator receiver protein  100 
 
 		 120 aa  233  6e-61  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  hitchhiker  0.00311899  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1406  response regulator receiver protein  50.43 
 
 		 121 aa  110  7.000000000000001e-24  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0894387  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1805  response regulator receiver protein  50.82 
 
 		 122 aa  110  8.000000000000001e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.422276 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0171  response regulator receiver protein  50.82 
 
 		 122 aa  110  8.000000000000001e-24  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1472  response regulator receiver protein  48.36 
 
 		 122 aa  107  8.000000000000001e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.413604  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1509  response regulator receiver protein  47.83 
 
 		 137 aa  102  1e-21  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2695  response regulator receiver domain-containing protein  49.07 
 
 		 186 aa  102  2e-21  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.00269866  normal  0.78823 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4555  response regulator receiver protein  47.86 
 
 		 123 aa  98.6  3e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4210  response regulator receiver protein  47.46 
 
 		 123 aa  94.7  4e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  hitchhiker  0.00926762  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2649  response regulator receiver protein  41.88 
 
 		 122 aa  92.8  1e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.857048  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4150  response regulator receiver protein  39.66 
 
 		 125 aa  92  2e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.583085 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1501  response regulator receiver protein  43.59 
 
 		 132 aa  90.9  5e-18  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.153095  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0504  response regulator receiver protein  43.7 
 
 		 129 aa  90.5  8e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0548558  normal  0.11151 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0573  response regulator receiver protein  42.86 
 
 		 129 aa  89.4  1e-17  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.087024  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2226  response regulator receiver protein  42.86 
 
 		 129 aa  89.4  1e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.561592  normal  0.814785 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5113  response regulator receiver protein  42.24 
 
 		 121 aa  87.8  4e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1632  response regulator receiver  37.93 
 
 		 123 aa  87  7e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2845  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.53 
 
 		 234 aa  84.7  3e-16  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1147  response regulator receiver protein  40.52 
 
 		 149 aa  84  6e-16  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.339513  normal  0.0728357 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0722  response regulator receiver protein  36.21 
 
 		 121 aa  82.8  0.000000000000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0751  response regulator receiver protein  36.21 
 
 		 121 aa  82.8  0.000000000000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5261  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.52 
 
 		 237 aa  82  0.000000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.909356  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0603  two component transcriptional regulator  40.52 
 
 		 233 aa  81.6  0.000000000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0519325  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2903  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.45 
 
 		 234 aa  81.3  0.000000000000004  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2427  response regulator receiver protein  38.33 
 
 		 159 aa  81.6  0.000000000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.468058 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1597  two component transcriptional regulator  36.21 
 
 		 237 aa  81.3  0.000000000000004  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4918  two component transcriptional regulator  40.34 
 
 		 234 aa  81.6  0.000000000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.134814 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1944  two component transcriptional regulator  38.14 
 
 		 238 aa  80.9  0.000000000000006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1991  two component transcriptional regulator  40.16 
 
 		 235 aa  80.9  0.000000000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0511  phosphate regulon transcriptional regulatory protein phoB  39.66 
 
 		 234 aa  80.5  0.000000000000008  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.473137 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2472  response regulator receiver protein  36.21 
 
 		 216 aa  80.1  0.000000000000009  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0707  two component transcriptional regulator  37.17 
 
 		 232 aa  79.7  0.00000000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0640  two component transcriptional regulator  40.34 
 
 		 233 aa  80.1  0.00000000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.772339  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0202  two component transcriptional regulator  42.74 
 
 		 233 aa  80.1  0.00000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.382528  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0130  two component transcriptional regulator  44.44 
 
 		 229 aa  79.7  0.00000000000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.848842  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0623  DNA-binding response regulator  37.07 
 
 		 231 aa  80.1  0.00000000000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000212568  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2054  response regulator receiver protein  38.52 
 
 		 140 aa  79.7  0.00000000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0880044 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0951  response regulator receiver protein  34.75 
 
 		 239 aa  79.7  0.00000000000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.0000000111905  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2316  two component transcriptional regulator PhoB, winged helix family  41.03 
 
 		 230 aa  79.7  0.00000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4050  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.38 
 
 		 227 aa  80.1  0.00000000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00552008  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1077  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.94 
 
 		 235 aa  79  0.00000000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5185  two component transcriptional regulator PhoB, winged helix family  40 
 
 		 234 aa  79  0.00000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.809056 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0609  DNA-binding response regulator  37.07 
 
 		 231 aa  79.3  0.00000000000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.0000282114  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4718  phosphate regulon transcriptional regulatory protein PhoB  40 
 
 		 239 aa  79  0.00000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.220817 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1288  two component transcriptional regulator  38.79 
 
 		 238 aa  79  0.00000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1288  two component transcriptional regulator  36.89 
 
 		 228 aa  79.3  0.00000000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.00000000128008  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3413  two component transcriptional regulator  39.67 
 
 		 252 aa  78.2  0.00000000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.427436 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0567  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.16 
 
 		 225 aa  78.6  0.00000000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.463355  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2232  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  34.48 
 
 		 227 aa  78.6  0.00000000000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.326614  normal  0.43086 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0669  response regulator receiver protein  34.75 
 
 		 123 aa  77.8  0.00000000000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2662  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.34 
 
 		 231 aa  77.4  0.00000000000005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1838  two component transcriptional regulator, LuxR family  35.48 
 
 		 231 aa  77  0.00000000000007  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1812  two component transcriptional regulator, LuxR family  35.48 
 
 		 231 aa  77  0.00000000000007  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0183  two component transcriptional regulator PhoB, winged helix family  38.79 
 
 		 227 aa  77  0.00000000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.635675 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2219  response regulator  36.44 
 
 		 123 aa  77  0.00000000000008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1522  two component transcriptional regulator  40.52 
 
 		 227 aa  77  0.00000000000008  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0485  phosphate regulon transcriptional regulatory protein PhoB  37.93 
 
 		 227 aa  77  0.00000000000009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.537934  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1247  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.24 
 
 		 235 aa  77  0.00000000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.464606  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1461  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.55 
 
 		 225 aa  77  0.00000000000009  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.616357  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3778  response regulator receiver domain-containing protein  37.82 
 
 		 124 aa  77  0.00000000000009  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1268  two component transcriptional regulator, winged helix family  29.91 
 
 		 229 aa  76.6  0.0000000000001  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2143  phosphate regulon transcriptional regulatory protein Phob  38.79 
 
 		 228 aa  76.3  0.0000000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1612  two component transcriptional regulator  44.83 
 
 		 259 aa  76.3  0.0000000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  hitchhiker  0.00249249  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1485  response regulator receiver  39.17 
 
 		 235 aa  76.6  0.0000000000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.236897  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0997  two component transcriptional regulator  39.1 
 
 		 230 aa  76.6  0.0000000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.679101  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1221  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.17 
 
 		 256 aa  76.6  0.0000000000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.655279  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0766  two component transcriptional regulator  37.7 
 
 		 228 aa  76.3  0.0000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0291358  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2401  phosphate regulon transcriptional regulatory protein phoB  37.07 
 
 		 229 aa  76.6  0.0000000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0578  two component transcriptional regulator  37.07 
 
 		 240 aa  76.3  0.0000000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2951  two component transcriptional regulator  40.52 
 
 		 236 aa  76.3  0.0000000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2955  two component transcriptional regulator, LuxR family  33.87 
 
 		 231 aa  76.6  0.0000000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.800941 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1924  two component transcriptional regulator  37.93 
 
 		 230 aa  75.9  0.0000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.781724  normal  0.399122 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0588  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.93 
 
 		 226 aa  75.5  0.0000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.944339  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4913  two component transcriptional regulator  38.79 
 
 		 231 aa  75.9  0.0000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.121364 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0588  two component transcriptional regulator  34.48 
 
 		 227 aa  75.5  0.0000000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000000451147  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1257  two component transcriptional regulator  37.93 
 
 		 230 aa  75.9  0.0000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.621627  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2599  phosphate regulon transcriptional regulator, PhoR  37.93 
 
 		 230 aa  75.9  0.0000000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1011  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.71 
 
 		 231 aa  75.9  0.0000000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1271  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.79 
 
 		 225 aa  75.9  0.0000000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2058  phosphate regulon transcriptional regulatory protein PhoB  38.79 
 
 		 228 aa  75.5  0.0000000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.275433  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0781  two component transcriptional regulator  37.93 
 
 		 233 aa  75.5  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.174075 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1955  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.28 
 
 		 236 aa  75.5  0.0000000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.295041  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0173  two component transcriptional regulator PhoB, winged helix family  38.79 
 
 		 227 aa  75.9  0.0000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.505642  normal  0.985195 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8520  response regulator receiver protein  39.66 
 
 		 224 aa  75.5  0.0000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.697367 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1491  two component transcriptional regulator PhoB, winged helix family  38.79 
 
 		 235 aa  75.9  0.0000000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2631  two component transcriptional regulator  37.93 
 
 		 235 aa  75.9  0.0000000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.552533  normal  0.0653315 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2367  two component transcriptional regulator  38.79 
 
 		 235 aa  75.9  0.0000000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3956  response regulator receiver protein  40.52 
 
 		 128 aa  75.5  0.0000000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.314568 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0216  two component transcriptional regulator  33.61 
 
 		 230 aa  75.1  0.0000000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.305183 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0124  two component transcriptional regulator  37.93 
 
 		 227 aa  75.1  0.0000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.352403 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0893  winged helix family two component transcriptional regulator  37.93 
 
 		 233 aa  75.5  0.0000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4546  two component transcriptional regulator  40.52 
 
 		 230 aa  74.7  0.0000000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.281853 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1772  response regulator  35.04 
 
 		 254 aa  74.7  0.0000000000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0789  response regulator receiver protein  35.4 
 
 		 278 aa  74.7  0.0000000000004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2983  two component transcriptional regulator  37.07 
 
 		 228 aa  74.7  0.0000000000004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1991  DNA-binding response regulator  35.04 
 
 		 254 aa  74.7  0.0000000000004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.9362699999999994e-45 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0227  two component transcriptional regulator PhoB, winged helix family  38.46 
 
 		 236 aa  74.7  0.0000000000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1419  two component transcriptional regulator  38.94 
 
 		 231 aa  74.7  0.0000000000004  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0720218  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1901  response regulator receiver protein  31.97 
 
 		 125 aa  74.7  0.0000000000004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1652  DNA-binding response regulator CreB  41.38 
 
 		 232 aa  74.3  0.0000000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>