More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Reut_B5042 on replicon NC_007348
Organism: Ralstonia eutropha JMP134



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007348  Reut_B5042  excisionase/Xis, DNA-binding  100 
 
 		 198 aa  399  9.999999999999999e-111  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0562  excisionase/Xis, DNA-binding  39.88 
 
 		 195 aa  127  1.0000000000000001e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2239  response regulator receiver protein  36.13 
 
 		 209 aa  122  2e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.00314839  hitchhiker  0.0000034786 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0733  response regulator receiver protein  38.17 
 
 		 215 aa  122  4e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2708  response regulator receiver protein  38.01 
 
 		 204 aa  118  4.9999999999999996e-26  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.18523  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1874  response regulator receiver protein  34.02 
 
 		 212 aa  112  5e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0451  response regulator receiver protein  32.56 
 
 		 213 aa  100  1e-20  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4926  merR family DNA-binding response regulator  32.58 
 
 		 192 aa  99.4  3e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4196  response regulator receiver domain-containing protein  35.26 
 
 		 215 aa  99.8  3e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1938  excisionase family DNA-binding response regulator  27.98 
 
 		 190 aa  91.3  8e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.440271  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1619  DNA-binding response regulator  30.11 
 
 		 185 aa  89.7  2e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.208637  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1282  response regulator receiver domain-containing protein  35.24 
 
 		 164 aa  77.4  0.0000000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.546653  hitchhiker  0.0000171742 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0839  DNA binding domain-containing protein  32.6 
 
 		 231 aa  75.1  0.0000000000006  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03493  response regulator  29.26 
 
 		 186 aa  71.6  0.000000000007  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2479  putative GAF sensor protein  31.01 
 
 		 363 aa  70.1  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.301075  normal  0.376583 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0855  DNA-binding response regulator  24.86 
 
 		 189 aa  69.3  0.00000000003  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0365807  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2054  two component transcriptional regulator, AraC family  37.4 
 
 		 1201 aa  68.9  0.00000000005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.695732  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0825  response regulator receiver  31.25 
 
 		 204 aa  66.6  0.0000000002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.751719  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2544  DNA binding domain protein, excisionase family  26.63 
 
 		 264 aa  66.6  0.0000000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0361834  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2505  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  34.82 
 
 		 331 aa  67  0.0000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1352  response regulator receiver protein  31.53 
 
 		 410 aa  65.9  0.0000000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1090  response regulator receiver protein  34.96 
 
 		 846 aa  65.9  0.0000000004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.874134  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6559  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.33 
 
 		 541 aa  64.7  0.0000000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.59439 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2443  LytTR family two component transcriptional regulator  32.54 
 
 		 279 aa  64.3  0.000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0860  response regulator  34.29 
 
 		 339 aa  64.3  0.000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2540  response regulator  27.27 
 
 		 192 aa  63.9  0.000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4530  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  33.59 
 
 		 386 aa  63.9  0.000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5316  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.77 
 
 		 354 aa  63.9  0.000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.100222 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1236  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  33.59 
 
 		 386 aa  63.5  0.000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.493129  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0135  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  35.59 
 
 		 858 aa  62.8  0.000000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.711395  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2002  two component transcriptional regulator, LuxR family  33.03 
 
 		 306 aa  62.8  0.000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0716  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  33.33 
 
 		 338 aa  63.2  0.000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3306  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  33.33 
 
 		 338 aa  63.2  0.000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3418  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  33.33 
 
 		 338 aa  63.2  0.000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2382  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  28.1 
 
 		 359 aa  62.4  0.000000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1055  two component signal transduction response regulator  32.8 
 
 		 734 aa  62.4  0.000000004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0148851  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0871  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  33.33 
 
 		 338 aa  62.4  0.000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0836  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  33.33 
 
 		 338 aa  62.4  0.000000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3141  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  33.33 
 
 		 338 aa  62.4  0.000000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002587  chitin catabolic cascade sensor histidine kinase ChiS  28.57 
 
 		 1111 aa  62.4  0.000000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3504  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  33.33 
 
 		 338 aa  62.4  0.000000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7700  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.58 
 
 		 541 aa  62  0.000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.163324  normal  0.507763 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2522  response regulator receiver  31.2 
 
 		 229 aa  62  0.000000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.661278  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0859  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  33.33 
 
 		 338 aa  62.4  0.000000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2143  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  35.37 
 
 		 755 aa  62.4  0.000000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01756  Response regulator CheB (receptor modification enzyme, protein-glutamate methylesterase)  32.08 
 
 		 337 aa  61.6  0.000000007  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.844049  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0150  sensory box sensor histidine kinase/response regulator  31.48 
 
 		 1177 aa  61.2  0.000000009  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1976  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.07 
 
 		 1383 aa  61.2  0.000000009  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.624185 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1228  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.43 
 
 		 349 aa  61.2  0.000000009  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5207  winged helix family two component transcriptional regulator  30.58 
 
 		 247 aa  60.5  0.00000001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3876  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.77 
 
 		 1022 aa  60.5  0.00000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4702  response regulator receiver Signal transduction histidine kinase  28.35 
 
 		 381 aa  60.8  0.00000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0901362  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3866  response regulator receiver  31.73 
 
 		 309 aa  60.8  0.00000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.370865  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3499  transcriptional regulator LuxR family  31.78 
 
 		 312 aa  60.8  0.00000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3699  histidine kinase  31.87 
 
 		 998 aa  60.5  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4080  DNA-binding response regulator, LuxR family  35.58 
 
 		 222 aa  60.1  0.00000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.542388  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1098  PAS:GGDEF  31.71 
 
 		 705 aa  59.7  0.00000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3134  response regulator receiver protein  36.28 
 
 		 200 aa  60.1  0.00000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6548  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  32 
 
 		 397 aa  60.5  0.00000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.543575 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0587  excisionase/Xis, DNA-binding  56.6 
 
 		 199 aa  60.1  0.00000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2399  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.79 
 
 		 1131 aa  59.7  0.00000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2551  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  33.33 
 
 		 396 aa  60.5  0.00000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.14529e-19 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3111  response regulator receiver protein  33.02 
 
 		 328 aa  60.5  0.00000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.0637882 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1662  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  33.33 
 
 		 396 aa  60.5  0.00000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2670  excisionase/Xis, DNA-binding  56.6 
 
 		 219 aa  59.7  0.00000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1498  two component transcriptional regulator  30.58 
 
 		 247 aa  59.7  0.00000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.220919  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1409  Signal transduction histidine kinase-like  28.57 
 
 		 685 aa  59.7  0.00000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03429  two-component system response regulator (hybrid family) protein  31.93 
 
 		 358 aa  59.3  0.00000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0378  response regulator receiver protein  30.16 
 
 		 204 aa  59.7  0.00000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3676  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  33.33 
 
 		 328 aa  59.7  0.00000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3970  response regulator receiver protein  30.48 
 
 		 121 aa  59.3  0.00000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0244969 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3199  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  31.43 
 
 		 339 aa  59.3  0.00000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2977  response regulator receiver domain-containing protein  33.33 
 
 		 303 aa  58.9  0.00000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.13601 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1441  two component transcriptional regulator, LuxR family  29.41 
 
 		 308 aa  58.9  0.00000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3794  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  33.02 
 
 		 376 aa  59.3  0.00000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0277983  normal  0.543799 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1218  response regulator receiver protein  36.36 
 
 		 545 aa  58.9  0.00000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1797  DNA-binding response regulator/sensor histidine kinase  32.23 
 
 		 961 aa  58.5  0.00000005  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4132  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  30 
 
 		 310 aa  58.9  0.00000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0360  response regulator receiver protein  30.47 
 
 		 204 aa  58.9  0.00000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000726536 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0135  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  27.13 
 
 		 306 aa  58.9  0.00000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.248217 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03422  hypothetical protein  27.82 
 
 		 1128 aa  58.9  0.00000005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4204  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  30 
 
 		 310 aa  58.9  0.00000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2248  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  33.65 
 
 		 331 aa  58.9  0.00000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1213  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.97 
 
 		 457 aa  58.9  0.00000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0467  response regulator receiver protein  35.71 
 
 		 124 aa  58.5  0.00000006  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.117091  normal  0.827791 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4410  response regulator receiver protein  31.2 
 
 		 131 aa  58.5  0.00000006  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.686937 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0629  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  32.38 
 
 		 339 aa  58.5  0.00000006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4464  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  31.45 
 
 		 945 aa  58.5  0.00000006  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2112  Cache sensor hybrid histidine kinase  32.38 
 
 		 1361 aa  58.5  0.00000006  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4734  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.28 
 
 		 798 aa  58.5  0.00000006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00660973 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3764  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.45 
 
 		 917 aa  58.2  0.00000007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.432635  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2149  response regulator receiver Signal transduction histidine kinase  31.43 
 
 		 407 aa  58.2  0.00000007  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.142048 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5808  sensor histidine kinase  32.69 
 
 		 1299 aa  58.2  0.00000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.284316  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3637  two component transcriptional regulator, winged helix family  30.58 
 
 		 246 aa  58.2  0.00000008  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3066  two component transcriptional regulator, LuxR family  30.25 
 
 		 305 aa  58.2  0.00000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2575  chitin degradation sensor protein  24.82 
 
 		 1127 aa  58.2  0.00000009  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4336  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  29.09 
 
 		 310 aa  58.2  0.00000009  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4937  two component transcriptional regulator  29.75 
 
 		 257 aa  58.2  0.00000009  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.565868 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2717  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.56 
 
 		 720 aa  58.2  0.00000009  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00595541 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1826  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  29.37 
 
 		 363 aa  57.4  0.0000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>