More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphyt_3970 on replicon NC_010681
Organism: Burkholderia phytofirmans PsJN



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010681  Bphyt_3970  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
270 aa  538  9.999999999999999e-153  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4474  putative short-chain dehydrogenase/reductase SDR  91.11 
 
 
270 aa  488  1e-137  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000662369 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4200  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  66.02 
 
 
271 aa  348  6e-95  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1706  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  66.67 
 
 
266 aa  348  7e-95  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.951732  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3212  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  64.89 
 
 
266 aa  344  1e-93  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.177624  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4061  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  64.12 
 
 
281 aa  341  5.999999999999999e-93  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.786818  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4305  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  64.12 
 
 
281 aa  341  5.999999999999999e-93  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.699263 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3723  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  63.98 
 
 
266 aa  340  2e-92  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.662669  normal  0.858524 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3582  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  65.13 
 
 
265 aa  337  1.9999999999999998e-91  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.15353 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4199  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  63.98 
 
 
266 aa  336  1.9999999999999998e-91  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.308915  normal  0.0922746 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4300  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  63.22 
 
 
266 aa  333  2e-90  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.498015  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0129  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.6 
 
 
271 aa  324  8.000000000000001e-88  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5185  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.15 
 
 
285 aa  323  2e-87  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4523  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.74 
 
 
266 aa  320  9.999999999999999e-87  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.642907  decreased coverage  0.0040913 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1035  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.37 
 
 
270 aa  310  2e-83  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0312813  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0380  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.47 
 
 
265 aa  308  8e-83  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.453235 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1901  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.6 
 
 
266 aa  306  2.0000000000000002e-82  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3566  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  62.31 
 
 
269 aa  303  1.0000000000000001e-81  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.138362 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5531  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.93 
 
 
269 aa  302  3.0000000000000004e-81  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.356237  normal  0.14087 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6849  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.6 
 
 
269 aa  298  9e-80  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.674583 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5551  putative short-chain dehydrogenase  57.03 
 
 
265 aa  296  2e-79  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0082  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.11 
 
 
269 aa  296  2e-79  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2716  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.09 
 
 
265 aa  295  5e-79  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.490599 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3070  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.87 
 
 
265 aa  295  6e-79  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0355963  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1100  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.56 
 
 
264 aa  293  2e-78  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.576998  normal  0.0165353 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63890  putative short-chain dehydrogenase  56.27 
 
 
265 aa  293  2e-78  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4718  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.56 
 
 
270 aa  289  4e-77  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1294  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.46 
 
 
266 aa  287  1e-76  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3264  putative oxidoreductase protein  54.75 
 
 
264 aa  281  6.000000000000001e-75  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.724633  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4040  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.65 
 
 
264 aa  281  8.000000000000001e-75  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.128419  normal  0.923094 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0153  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.2 
 
 
262 aa  276  3e-73  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.418257  normal  0.135019 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0718  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.81 
 
 
263 aa  273  2.0000000000000002e-72  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.520585  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0209  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.81 
 
 
262 aa  271  6e-72  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.128983  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1275  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.82 
 
 
271 aa  270  2.9999999999999997e-71  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0995  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.34 
 
 
267 aa  263  2e-69  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3460  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.11 
 
 
269 aa  255  4e-67  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.590645  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3183  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.81 
 
 
260 aa  242  6e-63  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0887  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.15 
 
 
266 aa  241  1e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2989  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  48.68 
 
 
264 aa  240  2e-62  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0851531 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2703  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.04 
 
 
264 aa  240  2e-62  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2278  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.64 
 
 
260 aa  239  2.9999999999999997e-62  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.161761 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4735  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.98 
 
 
262 aa  239  4e-62  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5270  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.59 
 
 
262 aa  239  4e-62  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0308  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.74 
 
 
266 aa  236  3e-61  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.130238  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2174  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.06 
 
 
261 aa  234  8e-61  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.30567  hitchhiker  0.00567391 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2349  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.77 
 
 
266 aa  234  1.0000000000000001e-60  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.341044  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2059  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.88 
 
 
260 aa  233  2.0000000000000002e-60  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1512  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.89 
 
 
264 aa  233  3e-60  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.360234 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1864  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  48.63 
 
 
262 aa  232  4.0000000000000004e-60  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3539  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.1 
 
 
262 aa  232  5e-60  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.0684522 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5551  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.19 
 
 
266 aa  226  4e-58  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.614615  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2478  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.47 
 
 
262 aa  223  2e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5566  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.12 
 
 
199 aa  220  1.9999999999999999e-56  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0343056 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5145  putative Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.3 
 
 
267 aa  218  8.999999999999998e-56  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.645114  normal  0.0551529 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2365  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.14 
 
 
257 aa  211  1e-53  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2007  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.45 
 
 
262 aa  210  2e-53  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.511264  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3491  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.79 
 
 
287 aa  209  5e-53  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.210779  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0512  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.92 
 
 
269 aa  203  2e-51  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0958  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.04 
 
 
263 aa  202  4e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4444  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.67 
 
 
264 aa  201  8e-51  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.241971  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5779  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.77 
 
 
268 aa  200  1.9999999999999998e-50  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00272439 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2466  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.82 
 
 
283 aa  169  5e-41  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2195  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.22 
 
 
250 aa  168  7e-41  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.92313 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0124  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.26 
 
 
269 aa  166  4e-40  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1352  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.98 
 
 
271 aa  166  5e-40  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.708878  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6941  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.22 
 
 
259 aa  166  5e-40  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_38500  short-chain dehydrogenase of unknown substrate specificity  43.75 
 
 
253 aa  165  8e-40  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_05610  short-chain dehydrogenase of unknown substrate specificity  40 
 
 
296 aa  162  4.0000000000000004e-39  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.100134  normal  0.886117 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2979  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.54 
 
 
269 aa  161  1e-38  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1833  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.89 
 
 
252 aa  161  1e-38  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.092001  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1466  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.89 
 
 
253 aa  160  3e-38  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0605466  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0129  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.46 
 
 
269 aa  159  6e-38  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000288771 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8408  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.98 
 
 
254 aa  157  1e-37  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.485174  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3647  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.34 
 
 
255 aa  155  7e-37  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3579  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.86 
 
 
258 aa  155  7e-37  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.392131  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2426  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.21 
 
 
269 aa  155  1e-36  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.316114 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6514  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.04 
 
 
250 aa  154  2e-36  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.757683  normal  0.645684 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3538  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.89 
 
 
259 aa  154  2e-36  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0177311  normal  0.151964 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2122  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.36 
 
 
249 aa  154  2e-36  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.617745 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0244  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.44 
 
 
258 aa  146  4.0000000000000006e-34  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2692  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.83 
 
 
267 aa  145  7.0000000000000006e-34  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.0000430049  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0516  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.89 
 
 
263 aa  145  9e-34  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0661  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40 
 
 
258 aa  144  1e-33  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.381329 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08440  putative short chain alcohol dehydrogenase  36.89 
 
 
266 aa  143  2e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000229698 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1619  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.89 
 
 
271 aa  144  2e-33  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.61951 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0469  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.84 
 
 
258 aa  143  2e-33  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3113  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.3 
 
 
262 aa  143  3e-33  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.999856 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_35320  short-chain dehydrogenase of unknown substrate specificity  38.77 
 
 
249 aa  142  5e-33  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.135035  normal  0.316469 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0480  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.39 
 
 
258 aa  142  6e-33  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0491  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.39 
 
 
258 aa  142  6e-33  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.354983 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0799  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  36.44 
 
 
266 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1572  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.75 
 
 
263 aa  141  9.999999999999999e-33  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.577459 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8914  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.89 
 
 
255 aa  140  1.9999999999999998e-32  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.505504 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1655  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.28 
 
 
272 aa  140  1.9999999999999998e-32  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1004  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.89 
 
 
276 aa  140  1.9999999999999998e-32  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.118299  decreased coverage  0.00158374 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3324  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.91 
 
 
269 aa  139  3e-32  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.377978 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2231  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.1 
 
 
263 aa  139  6e-32  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.19807  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0289  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.9 
 
 
258 aa  139  6e-32  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6716  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.18 
 
 
259 aa  137  2e-31  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.543445  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0140  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.28 
 
 
261 aa  136  4e-31  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>