More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_1100 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009439  Pmen_1100  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
264 aa  521  1e-147  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.576998  normal  0.0165353 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5551  putative short-chain dehydrogenase  70.98 
 
 
265 aa  354  6.999999999999999e-97  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63890  putative short-chain dehydrogenase  70.98 
 
 
265 aa  351  5e-96  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4040  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  68.18 
 
 
264 aa  337  8e-92  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.128419  normal  0.923094 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0380  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61 
 
 
265 aa  318  5e-86  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.453235 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3970  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.56 
 
 
270 aa  298  7e-80  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4474  putative short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.79 
 
 
270 aa  297  1e-79  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000662369 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3460  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.38 
 
 
269 aa  295  7e-79  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.590645  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4200  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.13 
 
 
271 aa  288  9e-77  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2989  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  56.54 
 
 
264 aa  277  1e-73  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0851531 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2703  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.15 
 
 
264 aa  276  2e-73  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5270  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.59 
 
 
262 aa  276  2e-73  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4735  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.98 
 
 
262 aa  277  2e-73  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3183  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.38 
 
 
260 aa  275  7e-73  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2278  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.47 
 
 
260 aa  272  5.000000000000001e-72  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.161761 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0129  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.55 
 
 
271 aa  269  4e-71  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3539  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.62 
 
 
262 aa  268  5.9999999999999995e-71  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.0684522 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2478  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.17 
 
 
262 aa  268  5.9999999999999995e-71  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1864  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  56.25 
 
 
262 aa  266  2.9999999999999995e-70  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1706  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.72 
 
 
266 aa  264  1e-69  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.951732  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4061  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.34 
 
 
281 aa  262  4e-69  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.786818  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4305  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.34 
 
 
281 aa  262  4e-69  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.699263 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3212  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.34 
 
 
266 aa  259  2e-68  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.177624  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2059  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.75 
 
 
260 aa  260  2e-68  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3723  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.57 
 
 
266 aa  259  2e-68  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.662669  normal  0.858524 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3582  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.15 
 
 
265 aa  257  1e-67  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.15353 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1901  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.85 
 
 
266 aa  256  3e-67  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2174  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.14 
 
 
261 aa  255  4e-67  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.30567  hitchhiker  0.00567391 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3070  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.76 
 
 
265 aa  255  6e-67  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0355963  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1035  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.33 
 
 
270 aa  254  1.0000000000000001e-66  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0312813  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4199  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.19 
 
 
266 aa  254  1.0000000000000001e-66  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.308915  normal  0.0922746 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2365  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.55 
 
 
257 aa  254  1.0000000000000001e-66  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4300  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.98 
 
 
266 aa  253  2.0000000000000002e-66  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.498015  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4523  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.57 
 
 
266 aa  253  3e-66  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.642907  decreased coverage  0.0040913 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2007  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.25 
 
 
262 aa  249  4e-65  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.511264  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0995  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.47 
 
 
267 aa  246  2e-64  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5531  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.39 
 
 
269 aa  246  3e-64  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.356237  normal  0.14087 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5185  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.86 
 
 
285 aa  245  6e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0082  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.97 
 
 
269 aa  245  6e-64  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2716  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.47 
 
 
265 aa  244  6.999999999999999e-64  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.490599 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6849  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50 
 
 
269 aa  244  9.999999999999999e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.674583 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1294  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.97 
 
 
266 aa  243  1.9999999999999999e-63  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3264  putative oxidoreductase protein  48.09 
 
 
264 aa  243  3e-63  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.724633  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4718  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.71 
 
 
270 aa  239  4e-62  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3491  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.17 
 
 
287 aa  238  1e-61  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.210779  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0718  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.78 
 
 
263 aa  233  2.0000000000000002e-60  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.520585  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0153  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.78 
 
 
262 aa  229  3e-59  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.418257  normal  0.135019 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3566  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.15 
 
 
269 aa  227  1e-58  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.138362 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1275  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.34 
 
 
271 aa  225  6e-58  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0209  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50 
 
 
262 aa  224  1e-57  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.128983  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0887  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.21 
 
 
266 aa  224  2e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4444  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.42 
 
 
264 aa  222  4.9999999999999996e-57  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.241971  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1512  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.49 
 
 
264 aa  213  1.9999999999999998e-54  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.360234 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5551  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.83 
 
 
266 aa  207  1e-52  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.614615  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2349  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.7 
 
 
266 aa  207  1e-52  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.341044  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0308  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.94 
 
 
266 aa  203  2e-51  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.130238  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0512  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.14 
 
 
269 aa  198  1.0000000000000001e-49  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5145  putative Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.53 
 
 
267 aa  191  1e-47  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.645114  normal  0.0551529 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0958  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.31 
 
 
263 aa  186  3e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5779  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.97 
 
 
268 aa  178  7e-44  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00272439 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_05610  short-chain dehydrogenase of unknown substrate specificity  44.49 
 
 
296 aa  175  6e-43  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.100134  normal  0.886117 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5566  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.11 
 
 
199 aa  173  1.9999999999999998e-42  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0343056 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1004  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.4 
 
 
276 aa  169  3e-41  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.118299  decreased coverage  0.00158374 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1466  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.41 
 
 
253 aa  168  1e-40  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0605466  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3647  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.58 
 
 
255 aa  166  2.9999999999999998e-40  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2979  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.05 
 
 
269 aa  166  5e-40  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2426  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.72 
 
 
269 aa  164  1.0000000000000001e-39  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.316114 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2466  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.64 
 
 
283 aa  164  2.0000000000000002e-39  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_35320  short-chain dehydrogenase of unknown substrate specificity  43.42 
 
 
249 aa  163  3e-39  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.135035  normal  0.316469 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2195  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.78 
 
 
250 aa  159  4e-38  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.92313 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6941  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.37 
 
 
259 aa  158  7e-38  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0129  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.57 
 
 
269 aa  154  2e-36  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000288771 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_38500  short-chain dehydrogenase of unknown substrate specificity  40.62 
 
 
253 aa  151  1e-35  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3579  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.41 
 
 
258 aa  149  3e-35  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.392131  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0469  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.41 
 
 
258 aa  149  3e-35  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0124  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.67 
 
 
269 aa  149  6e-35  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0523  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.84 
 
 
255 aa  148  8e-35  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3148  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.88 
 
 
259 aa  148  1.0000000000000001e-34  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1833  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.44 
 
 
252 aa  147  2.0000000000000003e-34  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.092001  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6420  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.29 
 
 
259 aa  146  3e-34  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0244  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.17 
 
 
258 aa  146  3e-34  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2231  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.33 
 
 
263 aa  146  4.0000000000000006e-34  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.19807  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0480  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.52 
 
 
258 aa  145  6e-34  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0491  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.52 
 
 
258 aa  145  6e-34  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.354983 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0289  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.38 
 
 
258 aa  145  8.000000000000001e-34  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6514  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.71 
 
 
250 aa  145  8.000000000000001e-34  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.757683  normal  0.645684 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2814  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.22 
 
 
260 aa  145  9e-34  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.563613  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1572  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.53 
 
 
263 aa  143  2e-33  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.577459 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08440  putative short chain alcohol dehydrogenase  38.6 
 
 
266 aa  143  4e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000229698 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8914  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.11 
 
 
255 aa  142  5e-33  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.505504 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1619  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.72 
 
 
271 aa  142  8e-33  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.61951 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3538  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.57 
 
 
259 aa  141  9.999999999999999e-33  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0177311  normal  0.151964 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3113  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.4 
 
 
262 aa  140  9.999999999999999e-33  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.999856 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1378  hypothetical protein  33.04 
 
 
259 aa  140  1.9999999999999998e-32  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4642  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.55 
 
 
264 aa  140  1.9999999999999998e-32  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000179752 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0516  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.61 
 
 
263 aa  140  1.9999999999999998e-32  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11577  ketoacyl reductase  37.14 
 
 
267 aa  139  3.9999999999999997e-32  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0140  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.09 
 
 
261 aa  138  1e-31  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0661  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.08 
 
 
258 aa  137  1e-31  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.381329 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0089  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.48 
 
 
264 aa  137  1e-31  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>