More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mext_0209 on replicon NC_010172
Organism: Methylobacterium extorquens PA1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010172  Mext_0209  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
262 aa  518  1e-146  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.128983  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0153  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  98.09 
 
 
262 aa  508  1e-143  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.418257  normal  0.135019 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0718  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  91.6 
 
 
263 aa  455  1e-127  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.520585  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3264  putative oxidoreductase protein  80 
 
 
264 aa  427  1e-119  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.724633  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1035  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  70.16 
 
 
270 aa  361  7.0000000000000005e-99  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0312813  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1294  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  70.77 
 
 
266 aa  349  3e-95  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3212  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  66.54 
 
 
266 aa  332  3e-90  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.177624  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4061  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  66.15 
 
 
281 aa  332  3e-90  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.786818  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4305  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  66.15 
 
 
281 aa  332  3e-90  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.699263 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1706  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  65.77 
 
 
266 aa  330  2e-89  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.951732  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4199  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  65.38 
 
 
266 aa  328  8e-89  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.308915  normal  0.0922746 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3723  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  65.77 
 
 
266 aa  327  1.0000000000000001e-88  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.662669  normal  0.858524 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4300  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  63.4 
 
 
266 aa  323  2e-87  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.498015  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3582  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.92 
 
 
265 aa  321  8e-87  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.15353 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0129  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  63.22 
 
 
271 aa  320  9.999999999999999e-87  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5185  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.47 
 
 
285 aa  299  3e-80  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3566  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  66.02 
 
 
269 aa  299  4e-80  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.138362 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4200  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.4 
 
 
271 aa  298  7e-80  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4523  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.98 
 
 
266 aa  291  6e-78  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.642907  decreased coverage  0.0040913 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3970  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.81 
 
 
270 aa  288  5.0000000000000004e-77  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4474  putative short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.81 
 
 
270 aa  288  5.0000000000000004e-77  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000662369 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1901  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.16 
 
 
266 aa  285  5.999999999999999e-76  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0082  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59 
 
 
269 aa  284  1.0000000000000001e-75  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5531  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.67 
 
 
269 aa  281  8.000000000000001e-75  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.356237  normal  0.14087 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6849  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.49 
 
 
269 aa  277  1e-73  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.674583 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1275  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.78 
 
 
271 aa  272  3e-72  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3070  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.7 
 
 
265 aa  272  4.0000000000000004e-72  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0355963  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4718  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.98 
 
 
270 aa  268  8e-71  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5551  putative short-chain dehydrogenase  53.28 
 
 
265 aa  259  3e-68  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63890  putative short-chain dehydrogenase  52.51 
 
 
265 aa  259  4e-68  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2716  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.81 
 
 
265 aa  257  1e-67  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.490599 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0308  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.97 
 
 
266 aa  256  4e-67  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.130238  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2349  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.16 
 
 
266 aa  254  1.0000000000000001e-66  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.341044  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5551  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.97 
 
 
266 aa  251  8.000000000000001e-66  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.614615  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0380  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.39 
 
 
265 aa  251  8.000000000000001e-66  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.453235 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4040  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.9 
 
 
264 aa  249  3e-65  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.128419  normal  0.923094 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0887  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.02 
 
 
266 aa  249  3e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3183  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.85 
 
 
260 aa  243  1.9999999999999999e-63  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2278  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.51 
 
 
260 aa  237  1e-61  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.161761 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5566  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  62.83 
 
 
199 aa  236  2e-61  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0343056 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1512  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.35 
 
 
264 aa  236  3e-61  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.360234 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1100  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50 
 
 
264 aa  235  7e-61  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.576998  normal  0.0165353 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5270  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.61 
 
 
262 aa  232  4.0000000000000004e-60  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4735  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50 
 
 
262 aa  232  4.0000000000000004e-60  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1864  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  48.83 
 
 
262 aa  232  5e-60  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2174  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.18 
 
 
261 aa  231  8.000000000000001e-60  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.30567  hitchhiker  0.00567391 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2059  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.27 
 
 
260 aa  229  4e-59  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3460  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.42 
 
 
269 aa  227  2e-58  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.590645  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3491  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.44 
 
 
287 aa  225  6e-58  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.210779  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0995  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.72 
 
 
267 aa  224  9e-58  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3539  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.48 
 
 
262 aa  224  1e-57  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.0684522 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5145  putative Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.9 
 
 
267 aa  224  1e-57  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.645114  normal  0.0551529 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2478  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.26 
 
 
262 aa  223  3e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2703  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.95 
 
 
264 aa  218  5e-56  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2989  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  46.33 
 
 
264 aa  218  7e-56  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0851531 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2007  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.58 
 
 
262 aa  218  1e-55  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.511264  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2365  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.88 
 
 
257 aa  213  3.9999999999999995e-54  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0512  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.51 
 
 
269 aa  212  4.9999999999999996e-54  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5779  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.66 
 
 
268 aa  204  1e-51  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00272439 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0958  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.46 
 
 
263 aa  188  8e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4444  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.16 
 
 
264 aa  176  5e-43  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.241971  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2466  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.12 
 
 
283 aa  175  6e-43  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_38500  short-chain dehydrogenase of unknown substrate specificity  45.74 
 
 
253 aa  167  2e-40  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6941  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.13 
 
 
259 aa  164  1.0000000000000001e-39  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2195  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.98 
 
 
250 aa  161  1e-38  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.92313 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1833  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.78 
 
 
252 aa  156  4e-37  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.092001  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0124  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.99 
 
 
269 aa  155  4e-37  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2122  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.85 
 
 
249 aa  154  1e-36  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.617745 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_05610  short-chain dehydrogenase of unknown substrate specificity  41.13 
 
 
296 aa  152  5e-36  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.100134  normal  0.886117 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1466  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.11 
 
 
253 aa  152  5e-36  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0605466  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6514  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.29 
 
 
250 aa  152  5.9999999999999996e-36  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.757683  normal  0.645684 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0289  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.27 
 
 
258 aa  151  8.999999999999999e-36  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6716  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40 
 
 
259 aa  151  1e-35  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.543445  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11577  ketoacyl reductase  38.31 
 
 
267 aa  150  2e-35  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1352  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.22 
 
 
271 aa  147  2.0000000000000003e-34  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.708878  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0129  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.29 
 
 
269 aa  145  7.0000000000000006e-34  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000288771 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2426  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.91 
 
 
269 aa  145  8.000000000000001e-34  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.316114 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1655  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.47 
 
 
272 aa  142  7e-33  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0516  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.86 
 
 
263 aa  142  7e-33  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3647  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.61 
 
 
255 aa  141  9e-33  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2231  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.23 
 
 
263 aa  141  9.999999999999999e-33  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.19807  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0089  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.08 
 
 
264 aa  141  9.999999999999999e-33  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3579  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.48 
 
 
258 aa  140  1.9999999999999998e-32  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.392131  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8408  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.67 
 
 
254 aa  139  6e-32  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.485174  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08440  putative short chain alcohol dehydrogenase  37.72 
 
 
266 aa  139  6e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000229698 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0799  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  38.6 
 
 
266 aa  139  6e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1378  hypothetical protein  31.88 
 
 
259 aa  138  7e-32  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2979  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.3 
 
 
269 aa  137  1e-31  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6420  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.27 
 
 
259 aa  137  2e-31  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0351  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.84 
 
 
291 aa  136  3.0000000000000003e-31  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0480  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.46 
 
 
258 aa  136  4e-31  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0491  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.46 
 
 
258 aa  136  4e-31  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.354983 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0137  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.17 
 
 
261 aa  136  4e-31  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000076045 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0469  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.89 
 
 
258 aa  135  6.0000000000000005e-31  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0138  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.5 
 
 
273 aa  135  9e-31  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1836  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.65 
 
 
260 aa  134  9.999999999999999e-31  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1382  hypothetical protein  31.88 
 
 
259 aa  135  9.999999999999999e-31  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1011  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.44 
 
 
258 aa  134  9.999999999999999e-31  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.968961  hitchhiker  0.00922057 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0140  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.73 
 
 
261 aa  133  3e-30  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3113  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37 
 
 
262 aa  133  3e-30  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.999856 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>